ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51769

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.043, 0.124, 0.205, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.124 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.010, 0.097, 0.184, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.097 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.060, 0.154, 0.248, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.154 std_dev=0.094
O3' A 0, 0.044, 0.142, 0.240, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.142 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.029, 0.132, 0.236, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.132 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.072, 0.206, 0.339, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.206 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.101, 0.252, 0.403, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.252 std_dev=0.151
N2 B 0, 0.107, 0.262, 0.416, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.262 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.071, 0.237, 0.403, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.237 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.089, 0.262, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.262 std_dev=0.173
C5' A 0, 0.106, 0.281, 0.456, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.281 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.129, 0.307, 0.485, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.307 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.126, 0.304, 0.482, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.304 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.098, 0.277, 0.457, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.277 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.090, 0.271, 0.453, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.271 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.110, 0.295, 0.479, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.295 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.136, 0.329, 0.521, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.329 std_dev=0.192
C8 B 0, 0.135, 0.330, 0.525, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.330 std_dev=0.195
N7 B 0, 0.146, 0.347, 0.547, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.347 std_dev=0.201
C2' B 0, 0.120, 0.326, 0.531, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.326 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.139, 0.350, 0.562, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.350 std_dev=0.211
C5' B 0, 0.160, 0.383, 0.606, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.383 std_dev=0.223
P A 0, 0.162, 0.391, 0.619, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.391 std_dev=0.229
P B 0, 0.127, 0.365, 0.603, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.365 std_dev=0.238
O6 B 0, 0.150, 0.391, 0.632, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.391 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.151, 0.393, 0.636, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.393 std_dev=0.243
OP1 A 0, 0.170, 0.418, 0.666, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.418 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.114, 0.364, 0.615, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.364 std_dev=0.250
O5' B 0, 0.122, 0.381, 0.640, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.381 std_dev=0.259
OP2 B 0, 0.126, 0.386, 0.647, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.386 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.180, 0.449, 0.719, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.449 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.205, 0.521, 0.836, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.521 std_dev=0.315
OP2 A 0, 0.202, 0.549, 0.895, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.549 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.102, 0.496, 0.890, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.496 std_dev=0.394

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.13 0.22 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.05 0.05 0.24 0.21 0.11 0.09
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.13 0.07
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.16 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.02 0.03 0.24 0.21 0.10 0.08
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.19 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.29 0.19 0.10 0.10
C5' 0.05 0.10 0.07 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.12 0.13 0.08 0.17 0.14 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04 0.30 0.18 0.12 0.12
C8 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.26 0.22 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.04 0.05 0.28 0.19 0.11 0.11
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.04 0.05 0.21 0.22 0.12 0.08
N6 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.32 0.17 0.16 0.15
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.29 0.19 0.09 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.21 0.23 0.13 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.07 0.08 0.05 0.12 0.14 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.09 0.17 0.11 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.14 0.16 0.06
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.23 0.25 0.13
O5' 0.13 0.24 0.09 0.03 0.24 0.01 0.29 0.00 0.30 0.26 0.28 0.21 0.32 0.29 0.21 0.09 0.03 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.21 0.18 0.14 0.21 0.13 0.19 0.02 0.18 0.22 0.19 0.22 0.17 0.19 0.23 0.17 0.14 0.23 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.11 0.13 0.16 0.10 0.19 0.10 0.12 0.12 0.09 0.11 0.12 0.16 0.09 0.13 0.11 0.16 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.01 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.10 0.08 0.07 0.06 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.10 0.05 0.16 0.04 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.10 0.06 0.04 0.21 0.06 0.14
C2 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.07 0.06 0.10 0.09 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.12 0.03 0.12 0.16 0.10
C2' 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.10 0.07 0.15 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.23 0.09 0.14
C3' 0.03 0.06 0.05 0.08 0.02 0.11 0.03 0.16 0.03 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.02 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02 0.24 0.07 0.14
C4 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.12 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.08 0.04 0.04 0.03 0.08 0.07 0.05 0.15 0.11 0.11
C4' 0.05 0.05 0.06 0.09 0.02 0.14 0.02 0.17 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.07 0.11 0.07 0.03 0.21 0.07 0.15
C5 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.04 0.10 0.05 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.13 0.14 0.10
C5' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.15 0.09 0.17 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.11 0.11 0.18 0.08 0.15
C6 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.04 0.11 0.05 0.03 0.03 0.06 0.09 0.12 0.11 0.17 0.10
C8 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.09 0.08 0.13 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.10 0.06 0.08 0.16 0.09 0.11
N1 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.11 0.04 0.03 0.05 0.04 0.11 0.09 0.11 0.19 0.10
N3 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.10 0.02 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.10 0.02 0.15 0.12 0.10
N6 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.12 0.08 0.14 0.09 0.11 0.08 0.03 0.12 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.16 0.10 0.20 0.09
N7 0.05 0.09 0.04 0.04 0.08 0.07 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.07 0.10 0.07 0.05 0.03 0.08 0.07 0.11 0.13 0.13 0.10
N9 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.09 0.06 0.14 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.10 0.06 0.05 0.18 0.08 0.12
O2' 0.06 0.12 0.05 0.02 0.11 0.05 0.14 0.11 0.14 0.14 0.13 0.13 0.11 0.15 0.09 0.07 0.01 0.04 0.16 0.14 0.23 0.14 0.14
O3' 0.04 0.06 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.15 0.04 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.10 0.07 0.05 0.08 0.03 0.26 0.10 0.15
O4' 0.08 0.04 0.06 0.11 0.03 0.18 0.04 0.21 0.03 0.09 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05 0.08 0.17 0.11 0.04 0.23 0.08 0.19
O5' 0.22 0.27 0.21 0.18 0.23 0.20 0.22 0.20 0.24 0.19 0.27 0.29 0.26 0.20 0.21 0.20 0.13 0.21 0.15 0.25 0.21 0.13 0.19
OP1 0.22 0.16 0.15 0.17 0.21 0.21 0.22 0.24 0.20 0.25 0.18 0.14 0.18 0.25 0.23 0.13 0.13 0.25 0.20 0.21 0.26 0.19 0.24
OP2 0.17 0.08 0.14 0.15 0.12 0.19 0.12 0.20 0.09 0.16 0.08 0.09 0.10 0.14 0.16 0.15 0.15 0.20 0.18 0.09 0.20 0.17 0.19
P 0.12 0.07 0.07 0.09 0.08 0.14 0.08 0.16 0.07 0.12 0.06 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.05 0.16 0.11 0.07 0.17 0.06 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.17 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.08 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.16 0.03
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.18 0.05
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.18 0.06
C8 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.16 0.05
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.17 0.05
N2 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.16 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.07 0.19 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.03
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03 0.08 0.09 0.06
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.23 0.08 0.13 0.13 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.03 0.13 0.04
O5' 0.01 0.02 0.10 0.17 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.23 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.18 0.07
OP1 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.13 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.17 0.08 0.08 0.16 0.07 0.18 0.05 0.18 0.16 0.17 0.16 0.16 0.19 0.14 0.09 0.13 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.14 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00