ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51770

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.024, 0.071, 0.118, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.071 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.003, 0.051, 0.099, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.051 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.048, 0.115, 0.181, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.115 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.010, 0.103, 0.197, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.103 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.024, 0.148, 0.273, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.148 std_dev=0.124
O3' A 0, 0.025, 0.167, 0.308, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.167 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.066, 0.212, 0.357, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.212 std_dev=0.145
P A 0, 0.062, 0.240, 0.417, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.240 std_dev=0.177
O5' A 0, 0.066, 0.254, 0.442, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.254 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.047, 0.269, 0.491, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.269 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.115, 0.352, 0.589, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.352 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.183, 0.444, 0.704, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.444 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.162, 0.435, 0.709, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.435 std_dev=0.273
O6 B 0, 0.110, 0.408, 0.706, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.408 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.043, 0.346, 0.648, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.346 std_dev=0.302
N7 B 0, 0.157, 0.473, 0.789, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.473 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.230, 0.570, 0.910, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.570 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.134, 0.478, 0.822, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.478 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.241, 0.610, 0.979, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.610 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.196, 0.568, 0.940, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.568 std_dev=0.372
N9 B 0, 0.191, 0.590, 0.989, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.590 std_dev=0.399
N2 B 0, 0.291, 0.741, 1.190, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.741 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.316, 0.815, 1.314, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.815 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.269, 0.801, 1.333, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.801 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.373, 0.909, 1.445, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.909 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.346, 0.899, 1.451, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.899 std_dev=0.553
P B 0, 0.205, 0.761, 1.317, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.761 std_dev=0.556
C5' B 0, 0.354, 0.912, 1.470, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.912 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.388, 0.970, 1.551, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.970 std_dev=0.582
C3' B 0, 0.418, 1.003, 1.588, 1.445 max_d=1.445 avg_d=1.003 std_dev=0.585
OP2 B 0, 0.000, 0.588, 1.176, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.588 std_dev=0.588
OP1 B 0, 0.399, 0.995, 1.591, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.995 std_dev=0.596
O2' B 0, 0.450, 1.073, 1.695, 1.513 max_d=1.513 avg_d=1.073 std_dev=0.622
O3' B 0, 0.522, 1.237, 1.952, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.237 std_dev=0.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.19 0.03 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.18 0.18 0.07 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.06 0.11
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.19 0.03 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.19 0.18 0.08 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.23 0.17 0.12 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.10 0.06 0.04 0.08 0.11 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.24 0.17 0.12 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.24 0.18 0.12 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03 0.21 0.17 0.10 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04 0.15 0.18 0.06 0.09
N6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.26 0.16 0.13 0.15
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.26 0.17 0.15 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.18 0.18 0.07 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.28 0.08 0.14
O3' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.07 0.19 0.05 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.14 0.05 0.03
O5' 0.09 0.18 0.02 0.06 0.19 0.01 0.23 0.00 0.24 0.24 0.21 0.15 0.26 0.26 0.18 0.05 0.07 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.18 0.25 0.19 0.18 0.12 0.17 0.05 0.17 0.18 0.17 0.18 0.16 0.17 0.18 0.28 0.19 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.06 0.03 0.08 0.06 0.12 0.07 0.12 0.12 0.10 0.06 0.13 0.15 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.11 0.08 0.10 0.02 0.13 0.02 0.13 0.12 0.12 0.09 0.15 0.15 0.08 0.14 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.18 0.19 0.14 0.16 0.12 0.17 0.12 0.17 0.19 0.26 0.19 0.19 0.14 0.16 0.21 0.13 0.06 0.09 0.24 0.05 0.08
C2 0.08 0.12 0.12 0.14 0.11 0.08 0.22 0.11 0.27 0.20 0.20 0.19 0.06 0.26 0.12 0.15 0.20 0.08 0.13 0.34 0.35 0.19 0.18
C2' 0.14 0.20 0.18 0.19 0.13 0.15 0.11 0.17 0.11 0.17 0.17 0.24 0.18 0.16 0.13 0.17 0.20 0.13 0.08 0.10 0.23 0.06 0.07
C3' 0.17 0.24 0.20 0.20 0.17 0.17 0.15 0.17 0.18 0.17 0.23 0.28 0.21 0.16 0.16 0.19 0.22 0.16 0.08 0.17 0.18 0.06 0.04
C4 0.08 0.14 0.14 0.16 0.03 0.11 0.12 0.13 0.11 0.18 0.08 0.22 0.12 0.23 0.08 0.15 0.20 0.08 0.07 0.19 0.29 0.09 0.11
C4' 0.20 0.26 0.22 0.23 0.21 0.19 0.19 0.18 0.23 0.18 0.26 0.29 0.24 0.17 0.19 0.21 0.24 0.18 0.08 0.23 0.15 0.08 0.05
C5 0.07 0.15 0.14 0.16 0.02 0.11 0.12 0.13 0.12 0.18 0.11 0.22 0.12 0.22 0.07 0.15 0.20 0.07 0.06 0.17 0.29 0.06 0.10
C5' 0.25 0.28 0.28 0.28 0.25 0.24 0.24 0.22 0.26 0.23 0.28 0.30 0.27 0.22 0.24 0.27 0.30 0.23 0.10 0.26 0.15 0.15 0.10
C6 0.07 0.18 0.12 0.12 0.11 0.07 0.19 0.09 0.21 0.20 0.19 0.24 0.11 0.24 0.11 0.16 0.19 0.06 0.07 0.25 0.32 0.09 0.12
C8 0.16 0.20 0.20 0.21 0.14 0.18 0.08 0.19 0.06 0.17 0.14 0.24 0.20 0.16 0.14 0.19 0.23 0.15 0.07 0.04 0.25 0.07 0.08
N1 0.10 0.19 0.13 0.13 0.15 0.08 0.24 0.09 0.28 0.21 0.25 0.24 0.11 0.26 0.14 0.17 0.20 0.09 0.11 0.32 0.35 0.16 0.17
N3 0.07 0.10 0.12 0.15 0.05 0.09 0.17 0.12 0.19 0.19 0.08 0.20 0.07 0.25 0.09 0.14 0.20 0.07 0.11 0.29 0.32 0.16 0.15
N6 0.09 0.21 0.11 0.09 0.13 0.05 0.19 0.07 0.21 0.20 0.21 0.27 0.16 0.22 0.13 0.18 0.18 0.06 0.05 0.23 0.32 0.07 0.11
N7 0.12 0.17 0.18 0.20 0.08 0.16 0.04 0.17 0.03 0.16 0.11 0.23 0.17 0.16 0.09 0.18 0.22 0.12 0.07 0.07 0.26 0.07 0.09
N9 0.13 0.19 0.17 0.19 0.11 0.15 0.08 0.17 0.04 0.17 0.13 0.24 0.18 0.20 0.12 0.16 0.21 0.12 0.06 0.07 0.26 0.05 0.08
O2' 0.14 0.15 0.16 0.18 0.11 0.15 0.13 0.19 0.10 0.20 0.12 0.20 0.14 0.21 0.14 0.15 0.19 0.13 0.10 0.13 0.31 0.09 0.13
O3' 0.15 0.24 0.17 0.18 0.15 0.15 0.13 0.15 0.16 0.16 0.23 0.29 0.20 0.15 0.14 0.17 0.20 0.13 0.09 0.15 0.18 0.04 0.04
O4' 0.16 0.26 0.19 0.20 0.18 0.17 0.17 0.17 0.21 0.16 0.26 0.29 0.23 0.15 0.15 0.17 0.22 0.14 0.07 0.20 0.18 0.05 0.03
O5' 0.43 0.36 0.45 0.45 0.38 0.42 0.35 0.41 0.31 0.40 0.33 0.37 0.39 0.36 0.40 0.43 0.45 0.41 0.18 0.27 0.34 0.11 0.20
OP1 0.29 0.22 0.31 0.31 0.19 0.29 0.16 0.27 0.18 0.22 0.21 0.25 0.22 0.16 0.23 0.33 0.33 0.29 0.10 0.19 0.21 0.10 0.09
OP2 0.32 0.29 0.33 0.33 0.29 0.31 0.27 0.29 0.25 0.29 0.27 0.30 0.30 0.26 0.30 0.32 0.35 0.31 0.19 0.23 0.21 0.25 0.19
P 0.32 0.27 0.34 0.34 0.27 0.32 0.23 0.30 0.22 0.27 0.25 0.28 0.28 0.23 0.29 0.34 0.35 0.31 0.13 0.20 0.22 0.15 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.04 0.20 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04 0.18 0.00 0.41 0.29 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03 0.12 0.13 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.16 0.00 0.18 0.10 0.11
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.19 0.00 0.13 0.12 0.11
C5' 0.02 0.17 0.02 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.14 0.21 0.16 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.19 0.00 0.20 0.13 0.13
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.23 0.00 0.07 0.29 0.21
N1 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.17 0.00 0.33 0.23 0.21
N2 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.05 0.22 0.00 0.56 0.43 0.39
N3 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.16 0.00 0.34 0.20 0.21
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.24 0.00 0.07 0.24 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.01 0.06 0.18 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.08 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.05 0.10 0.17 0.06
O3' 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.08 0.02 0.23 0.01 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.04 0.21 0.16
O5' 0.13 0.18 0.07 0.00 0.16 0.02 0.19 0.01 0.19 0.23 0.17 0.22 0.16 0.24 0.17 0.05 0.08 0.14 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.20 0.00 0.17 0.12 0.13
OP1 0.04 0.41 0.12 0.17 0.18 0.07 0.13 0.08 0.20 0.07 0.33 0.56 0.34 0.07 0.06 0.10 0.23 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.29 0.13 0.03 0.10 0.08 0.12 0.03 0.13 0.29 0.23 0.43 0.20 0.24 0.18 0.17 0.01 0.21 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.27 0.06 0.04 0.11 0.05 0.11 0.02 0.13 0.21 0.21 0.39 0.21 0.18 0.13 0.06 0.08 0.16 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00