ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51772

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.030, 0.131, 0.233, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.131 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.038, 0.162, 0.286, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.162 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.051, 0.185, 0.319, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.185 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.057, 0.193, 0.330, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.193 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.071, 0.249, 0.427, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.249 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.014, 0.207, 0.401, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.207 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.058, 0.306, 0.554, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.306 std_dev=0.248
C5' A 0, 0.099, 0.376, 0.653, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.376 std_dev=0.277
N2 B 0, 0.118, 0.436, 0.755, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.436 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.118, 0.437, 0.757, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.437 std_dev=0.319
N3 B 0, 0.126, 0.451, 0.775, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.451 std_dev=0.324
N1 B 0, 0.124, 0.457, 0.790, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.457 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.132, 0.483, 0.834, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.483 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.141, 0.495, 0.850, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.495 std_dev=0.354
O6 B 0, 0.136, 0.501, 0.865, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.501 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.143, 0.509, 0.876, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.509 std_dev=0.366
N9 B 0, 0.153, 0.526, 0.900, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.526 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.158, 0.540, 0.921, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.540 std_dev=0.382
N7 B 0, 0.156, 0.547, 0.939, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.547 std_dev=0.392
C8 B 0, 0.161, 0.555, 0.948, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.555 std_dev=0.394
P A 0, -0.026, 0.385, 0.796, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.385 std_dev=0.411
OP2 A 0, -0.028, 0.399, 0.826, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.399 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.190, 0.661, 1.132, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.661 std_dev=0.471
OP1 A 0, -0.038, 0.448, 0.934, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.448 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.152, 0.647, 1.142, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.647 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.156, 0.701, 1.246, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.701 std_dev=0.545
O3' B 0, 0.172, 0.763, 1.354, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.763 std_dev=0.591
C3' B 0, 0.143, 0.742, 1.341, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.742 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.230, 0.848, 1.466, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.848 std_dev=0.618
P B 0, 0.301, 1.066, 1.832, 1.759 max_d=1.759 avg_d=1.066 std_dev=0.765
C5' B 0, 0.293, 1.147, 2.001, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.147 std_dev=0.854
O5' B 0, 0.372, 1.296, 2.219, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.296 std_dev=0.923
OP2 B 0, 0.233, 1.180, 2.126, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.180 std_dev=0.946
OP1 B 0, 0.233, 1.332, 2.432, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.332 std_dev=1.099

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.05 0.06 0.05 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.08 0.08
C5' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.08 0.14 0.06 0.07 0.10 0.15 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07
C8 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.14 0.14 0.12 0.14
N1 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02
N3 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.11 0.11 0.12 0.12
N7 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.16 0.15 0.15 0.16
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.04
O5' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.08 0.14 0.03 0.05 0.11 0.16 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.08 0.02 0.07 0.14 0.04 0.06 0.11 0.15 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.01 0.08 0.12 0.05 0.08 0.12 0.15 0.05 0.03 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.14 0.02 0.05 0.12 0.16 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.15 0.13 0.30 0.14 0.34 0.22 0.41 0.25 0.16 0.22 0.12 0.09 0.22 0.11 0.06 0.44 0.25 0.57 0.28 0.13 0.49 0.01
C2 0.24 0.17 0.23 0.37 0.14 0.49 0.04 0.64 0.06 0.10 0.08 0.22 0.20 0.09 0.15 0.12 0.43 0.39 0.58 0.18 0.19 0.46 0.07
C2' 0.08 0.17 0.14 0.31 0.17 0.33 0.23 0.40 0.26 0.18 0.24 0.14 0.13 0.23 0.14 0.09 0.46 0.23 0.59 0.28 0.27 0.43 0.08
C3' 0.09 0.21 0.15 0.31 0.20 0.31 0.24 0.40 0.26 0.20 0.25 0.17 0.17 0.24 0.17 0.11 0.47 0.19 0.56 0.28 0.35 0.39 0.09
C4 0.14 0.04 0.15 0.30 0.08 0.39 0.17 0.50 0.22 0.13 0.17 0.10 0.03 0.19 0.09 0.08 0.38 0.31 0.55 0.28 0.07 0.54 0.06
C4' 0.09 0.22 0.15 0.31 0.21 0.31 0.24 0.37 0.26 0.19 0.25 0.18 0.19 0.23 0.17 0.10 0.46 0.23 0.48 0.27 0.25 0.48 0.05
C5 0.13 0.07 0.13 0.25 0.12 0.36 0.19 0.49 0.24 0.16 0.19 0.03 0.07 0.21 0.12 0.12 0.32 0.30 0.51 0.30 0.11 0.56 0.08
C5' 0.13 0.25 0.15 0.29 0.22 0.29 0.23 0.33 0.25 0.18 0.26 0.23 0.22 0.21 0.17 0.11 0.43 0.25 0.37 0.26 0.25 0.54 0.12
C6 0.16 0.04 0.15 0.27 0.10 0.39 0.14 0.54 0.18 0.14 0.10 0.08 0.09 0.17 0.12 0.13 0.31 0.33 0.52 0.25 0.18 0.54 0.09
C8 0.10 0.21 0.11 0.21 0.20 0.29 0.26 0.40 0.29 0.21 0.28 0.17 0.16 0.26 0.17 0.13 0.29 0.24 0.49 0.32 0.03 0.58 0.06
N1 0.21 0.12 0.19 0.32 0.12 0.45 0.09 0.61 0.08 0.12 0.02 0.17 0.15 0.13 0.14 0.11 0.36 0.37 0.54 0.18 0.23 0.49 0.09
N3 0.21 0.12 0.21 0.37 0.06 0.47 0.08 0.58 0.14 0.07 0.10 0.20 0.15 0.12 0.09 0.11 0.45 0.37 0.59 0.23 0.11 0.49 0.05
N6 0.14 0.05 0.14 0.23 0.11 0.36 0.16 0.53 0.18 0.15 0.11 0.04 0.08 0.19 0.12 0.16 0.26 0.31 0.49 0.25 0.21 0.55 0.11
N7 0.11 0.18 0.13 0.21 0.18 0.30 0.25 0.42 0.29 0.21 0.27 0.13 0.14 0.25 0.17 0.16 0.26 0.26 0.48 0.32 0.06 0.59 0.08
N9 0.09 0.14 0.12 0.27 0.14 0.34 0.22 0.43 0.26 0.17 0.23 0.10 0.08 0.23 0.12 0.07 0.37 0.27 0.53 0.29 0.03 0.55 0.04
O2' 0.08 0.15 0.16 0.34 0.14 0.34 0.21 0.42 0.24 0.16 0.21 0.11 0.10 0.21 0.12 0.10 0.49 0.22 0.69 0.27 0.38 0.31 0.21
O3' 0.12 0.22 0.15 0.30 0.24 0.29 0.29 0.42 0.30 0.25 0.27 0.17 0.20 0.29 0.22 0.11 0.46 0.15 0.60 0.32 0.42 0.31 0.16
O4' 0.09 0.18 0.14 0.30 0.18 0.33 0.23 0.40 0.26 0.18 0.24 0.14 0.13 0.23 0.14 0.07 0.43 0.27 0.48 0.27 0.12 0.57 0.10
O5' 0.11 0.25 0.13 0.27 0.20 0.28 0.23 0.33 0.26 0.16 0.27 0.26 0.21 0.21 0.15 0.07 0.40 0.25 0.39 0.26 0.21 0.58 0.10
OP1 0.15 0.22 0.18 0.30 0.19 0.31 0.20 0.39 0.22 0.16 0.24 0.24 0.20 0.19 0.16 0.15 0.42 0.26 0.38 0.23 0.39 0.49 0.13
OP2 0.12 0.17 0.13 0.26 0.13 0.28 0.16 0.33 0.19 0.11 0.20 0.19 0.13 0.14 0.10 0.07 0.38 0.27 0.40 0.20 0.24 0.57 0.08
P 0.13 0.22 0.14 0.26 0.17 0.28 0.19 0.33 0.22 0.14 0.23 0.23 0.18 0.17 0.13 0.09 0.38 0.25 0.35 0.22 0.27 0.57 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.31 0.02 0.43 0.77 0.54
C2 0.07 0.00 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.14 0.19 0.19 0.01 0.32 0.79 0.36
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.15 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.46 0.06 0.51 0.61 0.54
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.14 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.35 0.34 0.34
C4 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.11 0.19 0.01 0.49 0.88 0.52
C4' 0.01 0.16 0.03 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.13 0.08 0.16 0.19 0.14 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.14 0.27 0.14
C5 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.07 0.22 0.01 0.65 0.94 0.59
C5' 0.10 0.28 0.15 0.00 0.26 0.01 0.32 0.00 0.33 0.31 0.32 0.28 0.25 0.34 0.23 0.14 0.07 0.00 0.00 0.35 0.11 0.30 0.02
C6 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.05 0.11 0.18 0.00 0.62 0.90 0.53
C8 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.08 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.04 0.41 0.01 0.78 0.99 0.73
N1 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.17 0.17 0.01 0.46 0.84 0.42
N2 0.08 0.00 0.04 0.14 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.20 0.23 0.25 0.00 0.19 0.73 0.27
N3 0.07 0.00 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.14 0.19 0.16 0.01 0.31 0.79 0.38
N7 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.03 0.34 0.02 0.82 0.99 0.71
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.30 0.01 0.57 0.91 0.61
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.01 0.13 0.14 0.14 0.10 0.12 0.06 0.06 0.13 0.06 0.00 0.06 0.01 0.48 0.16 0.55 0.64 0.56
O3' 0.04 0.14 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.05 0.04 0.11 0.20 0.14 0.03 0.02 0.06 0.00 0.11 0.16 0.03 0.34 0.30 0.22
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.04 0.17 0.23 0.19 0.03 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.10 0.30 0.69 0.46
O5' 0.31 0.19 0.46 0.33 0.19 0.01 0.22 0.00 0.18 0.41 0.17 0.25 0.16 0.34 0.30 0.48 0.16 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.03 0.10 0.20 0.00 0.72 0.91 0.56
OP1 0.43 0.32 0.51 0.35 0.49 0.14 0.65 0.11 0.62 0.78 0.46 0.19 0.31 0.82 0.57 0.55 0.34 0.30 0.01 0.72 0.00 0.01 0.00
OP2 0.77 0.79 0.61 0.34 0.88 0.27 0.94 0.30 0.90 0.99 0.84 0.73 0.79 0.99 0.91 0.64 0.30 0.69 0.01 0.91 0.01 0.00 0.00
P 0.54 0.36 0.54 0.34 0.52 0.14 0.59 0.02 0.53 0.73 0.42 0.27 0.38 0.71 0.61 0.56 0.22 0.46 0.01 0.56 0.00 0.00 0.00