ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, -0.001, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N3 A 0, -0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.018, 0.164, 0.310, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.164 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.016, 0.180, 0.343, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.180 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.025, 0.261, 0.497, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.261 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.097, 0.637, 1.177, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.637 std_dev=0.540
C1' B 0, 0.087, 0.628, 1.169, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.628 std_dev=0.541
C2 B 0, 0.079, 0.636, 1.193, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.636 std_dev=0.557
N2 B 0, 0.156, 0.713, 1.270, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.713 std_dev=0.557
C4 B 0, 0.004, 0.568, 1.132, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.568 std_dev=0.564
N9 B 0, -0.002, 0.563, 1.129, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.563 std_dev=0.565
C8 B 0, -0.063, 0.531, 1.126, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.531 std_dev=0.594
N7 B 0, -0.041, 0.555, 1.152, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.555 std_dev=0.597
C5 B 0, -0.080, 0.529, 1.137, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.529 std_dev=0.609
N1 B 0, -0.038, 0.581, 1.201, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.581 std_dev=0.620
C5' A 0, -0.021, 0.619, 1.259, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.619 std_dev=0.640
C6 B 0, -0.098, 0.548, 1.194, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.548 std_dev=0.646
O5' A 0, -0.018, 0.653, 1.324, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.653 std_dev=0.671
O6 B 0, -0.049, 0.625, 1.299, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.625 std_dev=0.674
O2' A 0, -0.134, 0.551, 1.236, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.551 std_dev=0.685
OP2 A 0, 0.041, 0.735, 1.430, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.735 std_dev=0.694
C3' A 0, -0.100, 0.609, 1.319, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.609 std_dev=0.709
O2' B 0, 0.101, 0.915, 1.729, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.915 std_dev=0.814
P A 0, -0.014, 0.813, 1.640, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.813 std_dev=0.827
C2' B 0, 0.033, 1.022, 2.011, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.022 std_dev=0.989
OP1 A 0, -0.057, 0.985, 2.026, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.985 std_dev=1.041
O3' A 0, -0.261, 1.144, 2.549, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.144 std_dev=1.405
O4' B 0, -0.075, 1.446, 2.967, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.446 std_dev=1.521
C3' B 0, -0.106, 1.755, 3.615, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.755 std_dev=1.861
C4' B 0, -0.094, 1.830, 3.754, 4.489 max_d=4.489 avg_d=1.830 std_dev=1.924
O3' B 0, -0.128, 2.148, 4.423, 5.297 max_d=5.297 avg_d=2.148 std_dev=2.276
C5' B 0, -0.342, 2.735, 5.812, 7.034 max_d=7.034 avg_d=2.735 std_dev=3.077
O5' B 0, -0.629, 3.283, 7.195, 8.781 max_d=8.781 avg_d=3.283 std_dev=3.912
P B 0, -1.046, 4.223, 9.492, 11.651 max_d=11.651 avg_d=4.223 std_dev=5.269
OP2 B 0, -1.216, 4.374, 9.965, 12.265 max_d=12.265 avg_d=4.374 std_dev=5.590
OP1 B 0, -1.206, 4.866, 10.937, 13.425 max_d=13.425 avg_d=4.866 std_dev=6.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.00 0.18 0.13 0.05 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.57 0.04 0.02 0.41 0.24 0.26 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.18 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.24 0.02 0.02
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.21 0.00 0.31 0.00 0.30 0.33 0.22 0.10 0.35 0.37 0.22 0.00 0.00 0.02 0.37 0.12 0.32 0.29
C4 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.02 0.01 0.43 0.12 0.23 0.27
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.14 0.06 0.02 0.11 0.14 0.08 0.29 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.31 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.11 0.01 0.53 0.02 0.36 0.39
C5' 0.06 0.16 0.18 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.16 0.10 0.16 0.03 0.14 0.01 0.10 0.20 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.30 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.15 0.01 0.55 0.06 0.42 0.39
C8 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.01 0.52 0.12 0.25 0.42
N1 0.01 0.00 0.04 0.22 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.54 0.10 0.01 0.49 0.17 0.36 0.31
N3 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.54 0.08 0.02 0.35 0.24 0.18 0.18
N6 0.00 0.00 0.02 0.35 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.20 0.01 0.60 0.02 0.51 0.47
N7 0.00 0.00 0.01 0.37 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.15 0.00 0.58 0.13 0.40 0.49
N9 0.00 0.00 0.00 0.22 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.04 0.00 0.39 0.05 0.14 0.26
O2' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.40 0.29 0.37 0.10 0.46 0.14 0.54 0.54 0.44 0.25 0.20 0.00 0.04 0.20 0.31 0.05 0.05 0.18
O3' 0.27 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.20 0.15 0.08 0.10 0.08 0.20 0.15 0.04 0.04 0.00 0.19 0.39 0.47 0.41 0.42
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.19 0.00 0.03 0.11 0.21 0.00
O5' 0.18 0.41 0.17 0.37 0.43 0.01 0.53 0.01 0.55 0.52 0.49 0.35 0.60 0.58 0.39 0.31 0.39 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.24 0.24 0.12 0.12 0.05 0.02 0.07 0.06 0.12 0.17 0.24 0.02 0.13 0.05 0.05 0.47 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.26 0.02 0.32 0.23 0.10 0.36 0.11 0.42 0.25 0.36 0.18 0.51 0.40 0.14 0.05 0.41 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.02 0.29 0.27 0.01 0.39 0.01 0.39 0.42 0.31 0.18 0.47 0.49 0.26 0.18 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 0.36 0.40 1.07 0.50 1.51 0.41 2.19 0.27 0.51 0.23 0.30 0.49 0.43 0.54 0.04 0.95 1.37 2.46 0.18 3.16 3.02 3.12
C2 0.34 0.23 0.64 0.91 0.13 0.80 0.01 1.01 0.26 0.34 0.33 0.30 0.13 0.19 0.29 0.43 0.93 0.58 0.63 0.38 0.80 0.92 0.83
C2' 0.69 0.34 0.73 1.50 0.53 1.81 0.40 2.60 0.22 0.57 0.18 0.29 0.53 0.45 0.62 0.23 1.44 1.50 2.83 0.14 3.51 3.68 3.56
C3' 0.99 0.53 1.02 1.88 0.70 2.29 0.46 3.19 0.23 0.68 0.25 0.53 0.77 0.49 0.82 0.53 1.87 1.89 3.58 0.10 4.62 4.56 4.54
C4 0.45 0.13 0.46 0.89 0.35 1.10 0.30 1.52 0.09 0.47 0.07 0.19 0.27 0.39 0.44 0.17 0.82 0.98 1.41 0.08 1.83 1.79 1.82
C4' 0.70 0.46 0.57 1.40 0.56 1.91 0.43 2.81 0.28 0.56 0.28 0.46 0.60 0.45 0.62 0.06 1.32 1.63 3.27 0.17 4.46 4.18 4.25
C5 0.38 0.10 0.37 0.70 0.29 0.91 0.28 1.26 0.09 0.43 0.08 0.17 0.20 0.39 0.38 0.15 0.63 0.84 1.07 0.07 1.48 1.34 1.44
C5' 0.73 0.38 0.62 1.48 0.56 1.98 0.44 2.92 0.27 0.62 0.23 0.34 0.55 0.50 0.65 0.08 1.41 1.67 3.32 0.16 4.64 4.41 4.38
C6 0.30 0.15 0.40 0.61 0.16 0.68 0.13 0.90 0.11 0.35 0.23 0.24 0.10 0.28 0.28 0.26 0.58 0.59 0.55 0.25 0.82 0.70 0.79
C8 0.46 0.30 0.27 0.75 0.44 1.17 0.43 1.69 0.34 0.50 0.26 0.20 0.39 0.47 0.48 0.04 0.62 1.13 1.76 0.27 2.42 2.15 2.32
N1 0.27 0.24 0.52 0.70 0.09 0.61 0.02 0.76 0.28 0.29 0.35 0.30 0.11 0.17 0.23 0.40 0.72 0.46 0.32 0.44 0.47 0.46 0.47
N3 0.44 0.15 0.62 1.04 0.27 1.09 0.17 1.46 0.08 0.43 0.20 0.24 0.20 0.31 0.41 0.32 1.01 0.88 1.25 0.21 1.53 1.66 1.57
N6 0.25 0.15 0.33 0.46 0.12 0.54 0.10 0.69 0.11 0.30 0.23 0.24 0.07 0.24 0.23 0.25 0.43 0.49 0.30 0.23 0.52 0.32 0.48
N7 0.40 0.17 0.27 0.64 0.36 0.98 0.37 1.40 0.26 0.46 0.13 0.12 0.28 0.44 0.42 0.03 0.53 0.95 1.33 0.21 1.87 1.60 1.78
N9 0.50 0.28 0.38 0.91 0.46 1.28 0.40 1.83 0.26 0.50 0.18 0.21 0.40 0.45 0.50 0.03 0.80 1.18 1.91 0.17 2.50 2.36 2.46
O2' 1.00 0.47 1.07 1.86 0.85 2.09 0.77 2.86 0.55 0.99 0.41 0.27 0.71 0.88 0.99 0.47 1.76 1.78 3.03 0.47 3.39 3.77 3.56
O3' 1.54 1.10 1.57 2.43 1.21 2.87 0.91 3.75 0.68 1.10 0.76 1.13 1.37 0.88 1.31 1.10 2.45 2.42 4.32 0.44 5.34 4.99 5.23
O4' 0.52 0.37 0.29 1.01 0.47 1.55 0.40 2.33 0.29 0.48 0.27 0.34 0.47 0.42 0.50 0.18 0.88 1.40 2.71 0.21 3.68 3.39 3.53
O5' 0.45 0.23 0.31 1.10 0.27 1.63 0.10 2.50 0.06 0.24 0.04 0.31 0.35 0.12 0.33 0.14 1.04 1.36 2.88 0.23 4.23 3.78 3.87
OP1 0.79 0.39 0.71 1.57 0.58 2.03 0.46 2.97 0.28 0.67 0.24 0.35 0.56 0.53 0.70 0.19 1.53 1.69 3.27 0.15 4.66 4.43 4.32
OP2 0.49 0.31 0.33 1.03 0.35 1.53 0.20 2.31 0.07 0.32 0.13 0.38 0.42 0.20 0.40 0.06 0.95 1.32 2.55 0.11 3.78 3.33 3.44
P 0.47 0.19 0.32 1.12 0.29 1.64 0.14 2.52 0.03 0.30 0.04 0.23 0.33 0.18 0.37 0.14 1.05 1.37 2.85 0.18 4.22 3.80 3.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.08 0.11
C2 0.00 0.00 0.49 0.19 0.00 0.43 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.58 0.34 0.63 0.84 0.00 1.23 0.76 1.14
C2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.26 0.02 0.13 0.02 0.22 0.23 0.38 0.59 0.48 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.17 0.41 0.14 0.25
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.02 0.23 0.18 0.22 0.18 0.16 0.22 0.14 0.03 0.01 0.00 0.40 0.25 0.56 0.12 0.34
C4 0.00 0.00 0.26 0.18 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.23 0.32 0.06 0.00 0.20 0.04 0.18
C4' 0.01 0.43 0.02 0.00 0.15 0.00 0.02 0.00 0.08 0.36 0.28 0.58 0.42 0.27 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.01
C5 0.00 0.00 0.13 0.22 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.25 0.12 0.38 0.00 0.27 0.59 0.32
C5' 0.02 0.74 0.02 0.02 0.23 0.00 0.05 0.00 0.13 0.63 0.49 1.02 0.68 0.50 0.14 0.12 0.04 0.00 0.01 0.00 0.33 0.42 0.02
C6 0.00 0.00 0.22 0.23 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.31 0.25 0.12 0.00 0.08 0.36 0.01
C8 0.00 0.00 0.23 0.18 0.00 0.36 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.11 0.35 1.16 0.00 1.17 1.28 1.20
N1 0.00 0.00 0.38 0.22 0.00 0.28 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.35 0.47 0.44 0.00 0.78 0.29 0.68
N2 0.01 0.00 0.59 0.18 0.00 0.58 0.00 1.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.78 0.37 0.76 1.30 0.00 1.87 1.28 1.72
N3 0.00 0.00 0.48 0.16 0.00 0.42 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.56 0.28 0.64 0.76 0.00 1.02 0.68 0.98
N7 0.00 0.00 0.11 0.22 0.00 0.27 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.18 0.19 1.04 0.00 1.06 1.33 1.11
N9 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.00 0.43 0.00 0.38 0.45 0.37
O2' 0.00 0.58 0.00 0.03 0.21 0.13 0.02 0.12 0.14 0.41 0.39 0.78 0.56 0.30 0.07 0.00 0.01 0.11 0.22 0.05 0.37 0.09 0.21
O3' 0.01 0.34 0.01 0.01 0.23 0.02 0.25 0.04 0.31 0.11 0.35 0.37 0.28 0.18 0.12 0.01 0.00 0.01 0.36 0.32 0.66 0.11 0.37
O4' 0.00 0.63 0.01 0.00 0.32 0.00 0.12 0.00 0.25 0.35 0.47 0.76 0.64 0.19 0.00 0.11 0.01 0.00 0.05 0.17 0.04 0.19 0.08
O5' 0.15 0.84 0.30 0.40 0.06 0.01 0.38 0.01 0.12 1.16 0.44 1.30 0.76 1.04 0.43 0.22 0.36 0.05 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.17 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.32 0.17 0.34 0.00 0.18 0.67 0.27
OP1 0.17 1.23 0.41 0.56 0.20 0.22 0.27 0.33 0.08 1.17 0.78 1.87 1.02 1.06 0.38 0.37 0.66 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.76 0.14 0.12 0.04 0.23 0.59 0.42 0.36 1.28 0.29 1.28 0.68 1.33 0.45 0.09 0.11 0.19 0.01 0.67 0.00 0.00 0.00
P 0.11 1.14 0.25 0.34 0.18 0.01 0.32 0.02 0.01 1.20 0.68 1.72 0.98 1.11 0.37 0.21 0.37 0.08 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00