ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.001, 0.003, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.005
C6 A 0, -0.003, 0.009, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.004, 0.014, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C5 A 0, -0.004, 0.015, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.004, 0.015, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.007, 0.022, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.029
N9 A 0, -0.009, 0.024, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.033
N6 A 0, -0.009, 0.027, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.035
N7 A 0, -0.011, 0.031, 0.073, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.031 std_dev=0.042
C8 A 0, -0.015, 0.040, 0.095, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.040 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.099, 0.348, 0.598, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.348 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.081, 0.340, 0.599, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.340 std_dev=0.259
N9 B 0, 0.148, 0.507, 0.865, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.507 std_dev=0.359
C2 B 0, 0.102, 0.503, 0.903, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.503 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.069, 0.517, 0.964, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.517 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.187, 0.650, 1.114, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.650 std_dev=0.464
C8 B 0, 0.146, 0.707, 1.268, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.707 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.230, 0.803, 1.377, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.803 std_dev=0.574
N1 B 0, -0.009, 0.570, 1.149, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.570 std_dev=0.579
N2 B 0, 0.123, 0.716, 1.308, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.716 std_dev=0.592
N7 B 0, 0.091, 0.712, 1.333, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.712 std_dev=0.621
C6 B 0, -0.037, 0.589, 1.214, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.589 std_dev=0.626
C2' A 0, 0.091, 0.812, 1.534, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.812 std_dev=0.722
O4' A 0, 0.053, 0.873, 1.693, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.873 std_dev=0.820
O6 B 0, -0.091, 0.783, 1.658, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.783 std_dev=0.875
C3' B 0, 0.255, 1.136, 2.016, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.136 std_dev=0.881
C2' B 0, 0.285, 1.185, 2.085, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.185 std_dev=0.900
C3' A 0, 0.010, 1.022, 2.034, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.022 std_dev=1.012
C4' A 0, 0.074, 1.090, 2.105, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.090 std_dev=1.015
O2' A 0, 0.178, 1.265, 2.352, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.265 std_dev=1.087
O4' B 0, -0.014, 1.081, 2.175, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.081 std_dev=1.094
O3' A 0, -0.198, 0.989, 2.176, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.989 std_dev=1.187
C4' B 0, 0.039, 1.236, 2.434, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.236 std_dev=1.198
O2' B 0, 0.295, 1.882, 3.468, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.882 std_dev=1.586
C5' A 0, 0.073, 2.156, 4.238, 4.971 max_d=4.971 avg_d=2.156 std_dev=2.083
C5' B 0, -0.183, 2.109, 4.400, 5.294 max_d=5.294 avg_d=2.109 std_dev=2.291
O5' B 0, 0.375, 2.900, 5.425, 6.154 max_d=6.154 avg_d=2.900 std_dev=2.525
O5' A 0, -0.033, 2.910, 5.852, 6.940 max_d=6.940 avg_d=2.910 std_dev=2.942
OP1 B 0, 0.765, 4.257, 7.749, 8.553 max_d=8.553 avg_d=4.257 std_dev=3.492
P B 0, 0.551, 4.062, 7.573, 8.566 max_d=8.566 avg_d=4.062 std_dev=3.511
OP2 B 0, 0.465, 4.629, 8.793, 10.097 max_d=10.097 avg_d=4.629 std_dev=4.164
P A 0, -0.462, 3.853, 8.169, 9.878 max_d=9.878 avg_d=3.853 std_dev=4.315
OP1 A 0, -0.265, 4.204, 8.674, 10.394 max_d=10.394 avg_d=4.204 std_dev=4.469
OP2 A 0, -0.927, 4.213, 9.354, 11.450 max_d=11.450 avg_d=4.213 std_dev=5.140

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.26 0.00 0.32 0.14 0.47 0.31
C2 0.00 0.00 0.09 0.41 0.00 0.64 0.00 1.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.57 0.11 0.57 1.07 2.05 1.21 1.42
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.19 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.69 0.61 0.91 0.72
C3' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.24 0.00 0.18 0.01 0.25 0.05 0.35 0.38 0.21 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.35 0.33 0.43 0.33
C4 0.00 0.00 0.06 0.24 0.00 0.29 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.13 0.28 0.14 0.76 0.12 0.21
C4' 0.01 0.64 0.00 0.00 0.29 0.00 0.11 0.00 0.25 0.31 0.48 0.62 0.15 0.19 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.18 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.11 0.10 0.31 0.34 0.72 0.29
C5' 0.07 1.05 0.19 0.01 0.37 0.00 0.07 0.00 0.33 0.66 0.76 0.97 0.15 0.48 0.12 0.04 0.22 0.00 0.00 0.19 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.25 0.00 0.25 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.10 0.22 0.09 0.85 0.26 0.16
C8 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.31 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.29 1.23 0.85 1.83 1.38
N1 0.00 0.00 0.09 0.35 0.00 0.48 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.54 0.10 0.42 0.66 1.64 0.66 0.94
N3 0.00 0.00 0.08 0.38 0.00 0.62 0.00 0.97 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.51 0.13 0.59 0.95 1.71 0.96 1.19
N6 0.00 0.00 0.08 0.21 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.09 0.13 0.20 0.57 0.64 0.16
N7 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.19 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.11 0.17 1.02 0.58 1.73 1.19
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.16 0.01 0.49 0.08 0.81 0.49
O2' 0.02 0.57 0.00 0.01 0.37 0.22 0.33 0.04 0.44 0.09 0.54 0.51 0.41 0.16 0.15 0.00 0.01 0.14 0.44 0.62 0.74 0.55
O3' 0.26 0.11 0.02 0.00 0.13 0.01 0.11 0.22 0.10 0.13 0.10 0.13 0.09 0.11 0.16 0.01 0.00 0.18 0.06 0.23 0.12 0.08
O4' 0.00 0.57 0.02 0.02 0.28 0.00 0.10 0.00 0.22 0.29 0.42 0.59 0.13 0.17 0.01 0.14 0.18 0.00 0.03 0.32 0.09 0.04
O5' 0.32 1.07 0.69 0.35 0.14 0.01 0.31 0.00 0.09 1.23 0.66 0.95 0.20 1.02 0.49 0.44 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 2.05 0.61 0.33 0.76 0.18 0.34 0.19 0.85 0.85 1.64 1.71 0.57 0.58 0.08 0.62 0.23 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.47 1.21 0.91 0.43 0.12 0.04 0.72 0.06 0.26 1.83 0.66 0.96 0.64 1.73 0.81 0.74 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.31 1.42 0.72 0.33 0.21 0.03 0.29 0.00 0.16 1.38 0.94 1.19 0.16 1.19 0.49 0.55 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 0.18 0.64 0.46 0.09 0.44 0.23 0.33 0.39 0.11 0.38 0.17 0.08 0.20 0.17 0.57 0.25 0.85 0.32 0.50 0.35 0.67 0.52
C2 0.11 0.09 0.86 0.37 0.09 0.48 0.06 0.82 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.11 1.18 0.23 0.76 0.40 0.05 0.27 0.59 0.33
C2' 0.17 0.70 1.05 0.98 0.44 0.17 0.57 0.28 0.75 0.33 0.83 0.80 0.47 0.48 0.28 0.90 0.74 0.43 0.95 0.82 0.82 1.44 1.19
C3' 0.45 0.92 1.46 1.43 0.75 0.60 0.82 0.82 0.92 0.65 0.97 0.99 0.78 0.75 0.62 1.29 1.21 0.12 1.42 0.95 1.14 1.90 1.58
C4 0.14 0.07 0.77 0.52 0.11 0.32 0.23 0.38 0.28 0.18 0.21 0.07 0.02 0.26 0.10 0.76 0.26 0.69 0.26 0.34 0.25 0.40 0.49
C4' 0.15 0.23 1.17 1.07 0.28 0.33 0.36 0.51 0.37 0.34 0.32 0.15 0.19 0.39 0.26 1.05 0.85 0.16 1.00 0.41 0.65 1.33 1.08
C5 0.08 0.12 0.72 0.57 0.12 0.16 0.29 0.24 0.27 0.32 0.07 0.29 0.10 0.40 0.17 0.62 0.27 0.48 0.48 0.34 0.50 0.60 0.77
C5' 0.73 0.17 1.79 1.81 0.49 1.15 0.44 1.32 0.28 0.68 0.16 0.22 0.35 0.57 0.65 1.69 1.71 0.56 1.74 0.24 1.24 1.93 1.72
C6 0.19 0.21 0.71 0.51 0.11 0.14 0.20 0.36 0.07 0.40 0.17 0.32 0.09 0.39 0.25 0.72 0.26 0.38 0.37 0.09 0.40 0.44 0.62
C8 0.21 0.05 0.65 0.61 0.13 0.15 0.36 0.06 0.48 0.26 0.32 0.26 0.15 0.41 0.13 0.42 0.29 0.53 0.75 0.64 0.71 1.09 1.08
N1 0.25 0.13 0.78 0.42 0.10 0.29 0.08 0.66 0.10 0.28 0.16 0.18 0.06 0.18 0.23 1.00 0.24 0.50 0.33 0.12 0.10 0.58 0.37
N3 0.11 0.14 0.84 0.42 0.08 0.50 0.13 0.68 0.17 0.08 0.18 0.15 0.08 0.11 0.06 1.05 0.23 0.86 0.18 0.19 0.23 0.23 0.13
N6 0.28 0.34 0.62 0.52 0.10 0.03 0.19 0.25 0.12 0.53 0.35 0.48 0.14 0.51 0.32 0.58 0.26 0.18 0.51 0.11 0.63 0.56 0.81
N7 0.11 0.17 0.65 0.62 0.14 0.08 0.38 0.03 0.42 0.36 0.14 0.45 0.17 0.49 0.17 0.42 0.29 0.40 0.77 0.58 0.79 1.02 1.12
N9 0.26 0.10 0.70 0.54 0.11 0.30 0.28 0.23 0.40 0.17 0.33 0.03 0.09 0.29 0.11 0.58 0.27 0.70 0.45 0.50 0.41 0.74 0.71
O2' 0.43 0.54 0.73 0.62 0.18 0.50 0.29 0.38 0.55 0.19 0.69 0.74 0.25 0.18 0.22 0.70 0.49 0.93 0.46 0.65 0.49 0.93 0.68
O3' 0.20 0.79 1.00 0.95 0.42 0.18 0.52 0.36 0.73 0.24 0.86 0.99 0.53 0.39 0.23 0.90 0.80 0.45 0.95 0.79 0.74 1.52 1.10
O4' 0.20 0.13 0.79 0.60 0.03 0.14 0.12 0.05 0.15 0.10 0.06 0.28 0.18 0.17 0.05 0.71 0.33 0.57 0.50 0.23 0.33 0.75 0.60
O5' 0.80 0.46 1.89 1.84 0.27 1.19 0.21 1.24 0.30 0.60 0.52 0.82 0.17 0.38 0.57 1.99 1.81 0.58 1.61 0.38 1.17 1.67 1.58
OP1 2.50 0.53 3.60 3.62 1.49 3.08 1.24 3.10 0.67 2.01 0.33 0.12 1.20 1.59 2.04 3.83 3.64 2.39 3.33 0.46 2.93 3.24 3.25
OP2 1.07 1.14 2.10 2.08 0.11 1.58 0.35 1.52 0.98 0.56 1.38 1.68 0.42 0.09 0.56 2.43 2.14 0.93 1.76 1.20 1.39 1.57 1.67
P 1.40 0.46 2.48 2.50 0.46 1.96 0.24 1.98 0.31 0.97 0.63 0.95 0.18 0.58 0.97 2.69 2.55 1.28 2.25 0.48 1.81 2.17 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.29 0.00 0.30 0.01 0.21 0.17 0.23
C2 0.02 0.00 0.54 1.01 0.00 0.60 0.00 0.86 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.65 0.13 1.74 0.00 1.44 1.94 1.99
C2' 0.00 0.54 0.00 0.00 0.25 0.00 0.09 0.20 0.19 0.29 0.39 0.67 0.55 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.12 0.77 0.44 0.28
C3' 0.01 1.01 0.00 0.00 0.56 0.00 0.40 0.01 0.59 0.14 0.85 1.19 0.94 0.05 0.16 0.00 0.01 0.01 0.10 0.51 0.78 0.21 0.25
C4 0.01 0.00 0.25 0.56 0.00 0.31 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.21 0.07 1.07 0.00 0.89 0.94 1.24
C4' 0.00 0.60 0.00 0.00 0.31 0.00 0.19 0.00 0.31 0.19 0.49 0.73 0.55 0.07 0.05 0.25 0.03 0.00 0.01 0.25 0.26 0.21 0.09
C5 0.01 0.00 0.09 0.40 0.00 0.19 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.12 0.03 0.95 0.00 0.91 0.85 1.21
C5' 0.08 0.86 0.20 0.01 0.36 0.00 0.18 0.00 0.39 0.43 0.69 1.08 0.74 0.24 0.05 0.05 0.17 0.01 0.01 0.31 0.18 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.19 0.59 0.00 0.31 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.30 0.06 1.26 0.00 1.24 1.33 1.61
C8 0.01 0.00 0.29 0.14 0.00 0.19 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.30 0.08 0.41 0.00 0.14 0.56 0.36
N1 0.01 0.00 0.39 0.85 0.00 0.49 0.00 0.69 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.53 0.10 1.61 0.00 1.47 1.84 1.97
N2 0.02 0.00 0.67 1.19 0.00 0.73 0.00 1.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.87 0.16 2.00 0.00 1.62 2.38 2.24
N3 0.02 0.00 0.55 0.94 0.00 0.55 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.53 0.13 1.50 0.00 1.16 1.51 1.64
N7 0.00 0.00 0.17 0.05 0.00 0.07 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.14 0.04 0.53 0.00 0.49 0.45 0.68
N9 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.00 0.54 0.00 0.38 0.31 0.60
O2' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.17 0.25 0.28 0.05 0.27 0.32 0.18 0.09 0.07 0.35 0.19 0.00 0.02 0.18 0.25 0.32 0.87 0.46 0.31
O3' 0.29 0.65 0.02 0.01 0.21 0.03 0.12 0.17 0.30 0.30 0.53 0.87 0.53 0.14 0.12 0.02 0.00 0.21 0.18 0.26 0.81 0.23 0.28
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.10 0.16 0.13 0.04 0.00 0.18 0.21 0.00 0.25 0.04 0.41 0.08 0.34
O5' 0.30 1.74 0.28 0.10 1.07 0.01 0.95 0.01 1.26 0.41 1.61 2.00 1.50 0.53 0.54 0.25 0.18 0.25 0.00 1.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.12 0.51 0.00 0.25 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.26 0.04 1.19 0.00 1.27 1.29 1.59
OP1 0.21 1.44 0.77 0.78 0.89 0.26 0.91 0.18 1.24 0.14 1.47 1.62 1.16 0.49 0.38 0.87 0.81 0.41 0.01 1.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 1.94 0.44 0.21 0.94 0.21 0.85 0.27 1.33 0.56 1.84 2.38 1.51 0.45 0.31 0.46 0.23 0.08 0.01 1.29 0.00 0.00 0.00
P 0.23 1.99 0.28 0.25 1.24 0.09 1.21 0.01 1.61 0.36 1.97 2.24 1.64 0.68 0.60 0.31 0.28 0.34 0.00 1.59 0.00 0.00 0.00