ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51776

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N7 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, -0.001, 0.023, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.001, 0.026, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.027
C8 A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, -0.002, 0.027, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.043, 0.161, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.161 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.025, 0.185, 0.346, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.185 std_dev=0.161
N7 B 0, 0.068, 0.233, 0.398, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.233 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.066, 0.252, 0.437, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.252 std_dev=0.186
C8 B 0, 0.078, 0.275, 0.472, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.275 std_dev=0.197
C4 B 0, 0.051, 0.285, 0.518, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.285 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.059, 0.297, 0.535, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.297 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.065, 0.306, 0.547, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.306 std_dev=0.241
O6 B 0, 0.067, 0.330, 0.594, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.330 std_dev=0.264
O4' A 0, -0.033, 0.265, 0.563, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.265 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.015, 0.325, 0.636, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.325 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.035, 0.346, 0.658, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.346 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.047, 0.367, 0.687, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.367 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.049, 0.388, 0.726, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.388 std_dev=0.338
C2 B 0, 0.013, 0.353, 0.693, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.353 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.029, 0.443, 0.858, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.443 std_dev=0.415
C4' B 0, 0.011, 0.429, 0.848, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.429 std_dev=0.418
N2 B 0, -0.009, 0.421, 0.850, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.421 std_dev=0.430
C3' B 0, -0.014, 0.424, 0.863, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.424 std_dev=0.438
C3' A 0, -0.032, 0.450, 0.932, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.450 std_dev=0.482
O2' B 0, 0.014, 0.515, 1.017, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.515 std_dev=0.501
C4' A 0, -0.052, 0.457, 0.966, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.457 std_dev=0.509
O3' B 0, -0.063, 0.472, 1.008, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.472 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.004, 0.543, 1.083, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.543 std_dev=0.539
OP2 A 0, -0.031, 0.557, 1.145, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.557 std_dev=0.588
P A 0, -0.020, 0.594, 1.207, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.594 std_dev=0.613
OP1 A 0, 0.012, 0.661, 1.310, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.661 std_dev=0.649
O5' A 0, -0.071, 0.597, 1.264, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.597 std_dev=0.668
C5' A 0, -0.063, 0.651, 1.365, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.651 std_dev=0.714
O5' B 0, -0.019, 0.816, 1.651, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.816 std_dev=0.835
O3' A 0, -0.092, 0.745, 1.583, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.745 std_dev=0.838
P B 0, -0.168, 1.152, 2.471, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.152 std_dev=1.320
OP2 B 0, -0.172, 1.376, 2.924, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.376 std_dev=1.548
OP1 B 0, -0.287, 1.360, 3.007, 3.677 max_d=3.677 avg_d=1.360 std_dev=1.647

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.20 0.11
C2 0.03 0.00 0.16 0.33 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.46 0.09 0.02 0.00 0.00 0.04
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.11 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.13 0.17 0.08 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.15 0.25 0.27 0.18
C3' 0.04 0.33 0.01 0.00 0.29 0.00 0.31 0.03 0.34 0.18 0.35 0.29 0.35 0.26 0.20 0.00 0.01 0.02 0.06 0.26 0.14 0.13
C4 0.02 0.01 0.11 0.29 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.37 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.15 0.11 0.05 0.17 0.17 0.08 0.12 0.05 0.01 0.04 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.31 0.00 0.14 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.42 0.01 0.07 0.05 0.01 0.08
C5' 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.08 0.01 0.16 0.15 0.02 0.10 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.10 0.34 0.00 0.14 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.49 0.02 0.11 0.09 0.07 0.12
C8 0.02 0.01 0.02 0.18 0.00 0.15 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.09 0.01 0.01 0.13 0.01
N1 0.03 0.00 0.13 0.35 0.01 0.11 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.50 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09
N3 0.04 0.00 0.17 0.29 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.38 0.10 0.03 0.05 0.07 0.01
N6 0.01 0.00 0.08 0.35 0.01 0.17 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.52 0.02 0.16 0.16 0.14 0.18
N7 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.17 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.35 0.07 0.10 0.08 0.01 0.10
N9 0.00 0.00 0.05 0.20 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.01 0.07 0.08 0.15 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.10 0.06 0.02 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.09 0.03 0.10 0.16 0.05
O3' 0.01 0.46 0.03 0.01 0.37 0.05 0.42 0.03 0.49 0.23 0.50 0.38 0.52 0.35 0.23 0.05 0.00 0.03 0.04 0.27 0.02 0.07
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.07 0.10 0.02 0.07 0.01 0.09 0.03 0.00 0.12 0.04 0.11 0.03
O5' 0.15 0.02 0.15 0.06 0.01 0.04 0.07 0.01 0.11 0.01 0.07 0.03 0.16 0.10 0.07 0.03 0.04 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.14 0.00 0.25 0.26 0.03 0.08 0.05 0.02 0.09 0.01 0.06 0.05 0.16 0.08 0.08 0.10 0.27 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.00 0.27 0.14 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.13 0.05 0.07 0.14 0.01 0.15 0.16 0.02 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.04 0.18 0.13 0.01 0.03 0.08 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.18 0.10 0.05 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.08 0.03 0.04 0.04 0.11 0.08 0.17 0.15 0.03 0.15 0.08 0.04 0.07 0.06 0.03 0.02 0.21 0.18 0.20 0.12 0.29 0.03
C2 0.05 0.14 0.06 0.02 0.07 0.07 0.11 0.19 0.17 0.04 0.19 0.14 0.07 0.08 0.01 0.09 0.05 0.16 0.16 0.19 0.09 0.24 0.03
C2' 0.28 0.08 0.16 0.18 0.15 0.27 0.08 0.34 0.06 0.16 0.06 0.07 0.15 0.10 0.20 0.14 0.15 0.38 0.30 0.09 0.05 0.35 0.11
C3' 0.35 0.16 0.18 0.21 0.25 0.31 0.22 0.41 0.15 0.29 0.13 0.12 0.23 0.24 0.30 0.13 0.14 0.45 0.42 0.12 0.08 0.53 0.26
C4 0.14 0.04 0.04 0.06 0.03 0.13 0.06 0.22 0.13 0.02 0.12 0.03 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.21 0.23 0.19 0.02 0.36 0.11
C4' 0.08 0.11 0.09 0.08 0.03 0.04 0.07 0.11 0.12 0.02 0.15 0.14 0.05 0.04 0.03 0.13 0.15 0.17 0.15 0.16 0.16 0.31 0.03
C5 0.15 0.09 0.08 0.09 0.08 0.15 0.04 0.25 0.08 0.03 0.05 0.14 0.13 0.04 0.09 0.06 0.07 0.20 0.28 0.16 0.09 0.46 0.20
C5' 0.03 0.15 0.15 0.14 0.07 0.04 0.10 0.06 0.16 0.04 0.18 0.18 0.08 0.08 0.03 0.18 0.22 0.12 0.14 0.20 0.13 0.34 0.04
C6 0.11 0.09 0.05 0.07 0.06 0.13 0.03 0.25 0.08 0.02 0.02 0.13 0.11 0.05 0.06 0.03 0.05 0.17 0.27 0.14 0.11 0.46 0.21
C8 0.19 0.11 0.11 0.12 0.10 0.17 0.04 0.25 0.08 0.05 0.05 0.16 0.15 0.04 0.12 0.10 0.10 0.24 0.30 0.15 0.08 0.48 0.20
N1 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.10 0.08 0.22 0.13 0.03 0.11 0.02 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.15 0.22 0.17 0.03 0.35 0.13
N3 0.10 0.14 0.03 0.02 0.04 0.09 0.10 0.19 0.17 0.02 0.19 0.15 0.04 0.07 0.02 0.05 0.03 0.19 0.17 0.21 0.11 0.25 0.02
N6 0.11 0.16 0.07 0.09 0.09 0.13 0.03 0.27 0.03 0.03 0.09 0.21 0.15 0.05 0.07 0.04 0.07 0.14 0.30 0.09 0.21 0.54 0.29
N7 0.18 0.15 0.12 0.13 0.11 0.17 0.04 0.27 0.06 0.05 0.06 0.22 0.17 0.04 0.12 0.11 0.11 0.22 0.32 0.13 0.14 0.52 0.25
N9 0.17 0.04 0.07 0.08 0.06 0.15 0.05 0.23 0.12 0.04 0.10 0.06 0.09 0.04 0.09 0.06 0.06 0.23 0.25 0.18 0.01 0.38 0.12
O2' 0.07 0.14 0.07 0.05 0.09 0.09 0.14 0.13 0.19 0.07 0.20 0.15 0.09 0.12 0.05 0.09 0.06 0.16 0.05 0.23 0.38 0.08 0.22
O3' 0.40 0.20 0.19 0.24 0.32 0.36 0.32 0.47 0.25 0.39 0.20 0.12 0.27 0.37 0.38 0.10 0.14 0.53 0.48 0.24 0.10 0.58 0.30
O4' 0.01 0.19 0.14 0.13 0.12 0.07 0.18 0.03 0.24 0.11 0.25 0.20 0.12 0.16 0.08 0.15 0.18 0.07 0.07 0.28 0.21 0.23 0.06
O5' 0.05 0.10 0.11 0.09 0.04 0.03 0.08 0.11 0.13 0.03 0.14 0.12 0.05 0.06 0.02 0.14 0.17 0.13 0.19 0.16 0.05 0.42 0.11
OP1 0.08 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.13 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.12 0.15 0.23 0.09 0.01 0.49 0.15
OP2 0.10 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.20 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.17 0.30 0.07 0.12 0.58 0.25
P 0.11 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.02 0.17 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.18 0.28 0.09 0.08 0.55 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.29 0.00 0.21 0.61 0.30
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.08 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.17 0.02 0.06 0.31 0.11
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.12 0.04 0.08 0.06 0.11 0.04 0.01 0.01 0.03 0.24 0.06 0.20 0.35 0.22
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.29 0.00 0.23 0.55 0.29
C4' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.14 0.03 0.03 0.01 0.13 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.08
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.39 0.00 0.42 0.75 0.47
C5' 0.04 0.10 0.01 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.22 0.29 0.16 0.05 0.07 0.30 0.16 0.07 0.09 0.03 0.01 0.26 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.41 0.00 0.47 0.84 0.52
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.38 0.00 0.39 0.59 0.43
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.36 0.00 0.36 0.76 0.43
N2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.13 0.04 0.25 0.00 0.14 0.57 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.23 0.00 0.12 0.49 0.21
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.13 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.45 0.00 0.53 0.80 0.57
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.25 0.01 0.17 0.41 0.22
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02 0.16 0.14 0.07
O3' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.09 0.04 0.11 0.06 0.13 0.09 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02 0.22 0.06 0.24 0.35 0.24
O4' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.12 0.03 0.25 0.14 0.22
O5' 0.06 0.29 0.17 0.24 0.29 0.00 0.39 0.01 0.41 0.38 0.36 0.25 0.23 0.45 0.25 0.07 0.22 0.12 0.00 0.46 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.46 0.00 0.59 0.95 0.63
OP1 0.11 0.21 0.06 0.20 0.23 0.12 0.42 0.06 0.47 0.39 0.36 0.14 0.12 0.53 0.17 0.16 0.24 0.25 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.61 0.31 0.35 0.55 0.01 0.75 0.03 0.84 0.59 0.76 0.57 0.49 0.80 0.41 0.14 0.35 0.14 0.00 0.95 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.30 0.11 0.22 0.29 0.08 0.47 0.01 0.52 0.43 0.43 0.24 0.21 0.57 0.22 0.07 0.24 0.22 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00