ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, -0.022, 0.112, 0.245, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.112 std_dev=0.133
C4' A 0, -0.024, 0.135, 0.294, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.135 std_dev=0.159
C2' A 0, -0.015, 0.166, 0.347, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.166 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.017, 0.204, 0.391, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.204 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.063, 0.252, 0.440, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.252 std_dev=0.189
O2' A 0, -0.041, 0.254, 0.550, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.254 std_dev=0.296
C5' A 0, -0.011, 0.318, 0.647, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.318 std_dev=0.329
N7 B 0, -0.031, 0.312, 0.654, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.312 std_dev=0.343
O5' A 0, -0.020, 0.326, 0.671, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.326 std_dev=0.346
C8 B 0, -0.011, 0.337, 0.686, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.337 std_dev=0.349
N9 B 0, 0.071, 0.424, 0.777, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.424 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.142, 0.514, 0.885, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.514 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.021, 0.420, 0.820, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.420 std_dev=0.400
C4 B 0, 0.073, 0.477, 0.880, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.477 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.159, 0.566, 0.974, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.566 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.151, 0.565, 0.978, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.565 std_dev=0.414
OP1 A 0, 0.008, 0.477, 0.946, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.477 std_dev=0.469
C3' B 0, 0.191, 0.661, 1.130, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.661 std_dev=0.469
P A 0, 0.000, 0.470, 0.940, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O3' B 0, 0.191, 0.683, 1.175, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.683 std_dev=0.492
N3 B 0, 0.156, 0.650, 1.144, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.650 std_dev=0.494
C6 B 0, 0.115, 0.609, 1.103, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.609 std_dev=0.494
O6 B 0, 0.166, 0.683, 1.200, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.683 std_dev=0.517
OP2 A 0, -0.006, 0.533, 1.072, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.533 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.209, 0.761, 1.312, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.761 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.227, 0.805, 1.384, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.805 std_dev=0.579
C2 B 0, 0.185, 0.789, 1.393, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.789 std_dev=0.604
N1 B 0, 0.167, 0.776, 1.385, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.776 std_dev=0.609
C5' B 0, 0.222, 0.913, 1.605, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.913 std_dev=0.692
N2 B 0, 0.262, 1.002, 1.743, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.002 std_dev=0.741
O5' B 0, 0.199, 0.985, 1.771, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.985 std_dev=0.786
P B 0, 0.118, 1.152, 2.186, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.152 std_dev=1.034
OP1 B 0, 0.161, 1.232, 2.304, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.232 std_dev=1.072
OP2 B 0, -0.009, 1.236, 2.480, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.236 std_dev=1.245

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.06 0.06
C5' 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.09 0.04 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02
N6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.07 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.03 0.05 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.06 0.07 0.11 0.15 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.04 0.05
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.04 0.10 0.09 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.10 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.02 0.09 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.04 0.05 0.02 0.08 0.05 0.15 0.14 0.08 0.13 0.10 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.09 0.10 0.20 0.11 0.17 0.07
C2 0.12 0.37 0.09 0.11 0.27 0.15 0.32 0.26 0.41 0.17 0.44 0.35 0.30 0.24 0.18 0.10 0.10 0.15 0.11 0.42 0.39 0.17 0.23
C2' 0.13 0.06 0.08 0.08 0.03 0.11 0.05 0.17 0.13 0.08 0.12 0.07 0.03 0.03 0.09 0.09 0.04 0.12 0.08 0.21 0.12 0.16 0.07
C3' 0.15 0.10 0.10 0.09 0.02 0.13 0.06 0.19 0.17 0.11 0.17 0.13 0.03 0.03 0.09 0.11 0.05 0.14 0.08 0.26 0.10 0.17 0.07
C4 0.08 0.14 0.02 0.05 0.13 0.08 0.14 0.18 0.15 0.09 0.15 0.13 0.14 0.11 0.11 0.02 0.02 0.08 0.03 0.13 0.22 0.05 0.06
C4' 0.17 0.13 0.12 0.12 0.02 0.16 0.08 0.21 0.21 0.13 0.21 0.16 0.04 0.03 0.10 0.14 0.08 0.17 0.07 0.32 0.09 0.18 0.07
C5 0.07 0.19 0.03 0.05 0.13 0.07 0.10 0.16 0.13 0.02 0.17 0.20 0.17 0.04 0.08 0.03 0.01 0.06 0.05 0.10 0.23 0.09 0.07
C5' 0.24 0.10 0.21 0.21 0.06 0.23 0.09 0.27 0.21 0.15 0.19 0.11 0.05 0.06 0.15 0.24 0.18 0.24 0.02 0.33 0.09 0.18 0.05
C6 0.07 0.34 0.03 0.06 0.22 0.08 0.20 0.19 0.26 0.06 0.32 0.36 0.29 0.09 0.11 0.09 0.03 0.07 0.02 0.23 0.32 0.04 0.14
C8 0.10 0.01 0.08 0.08 0.03 0.09 0.08 0.14 0.10 0.07 0.05 0.02 0.04 0.13 0.06 0.08 0.06 0.09 0.16 0.15 0.15 0.26 0.14
N1 0.11 0.44 0.09 0.10 0.29 0.13 0.30 0.24 0.39 0.13 0.46 0.44 0.35 0.19 0.17 0.12 0.10 0.13 0.10 0.37 0.41 0.15 0.23
N3 0.11 0.23 0.06 0.08 0.20 0.12 0.25 0.22 0.29 0.16 0.27 0.21 0.20 0.21 0.15 0.06 0.07 0.12 0.06 0.31 0.29 0.07 0.14
N6 0.04 0.37 0.01 0.06 0.21 0.06 0.17 0.17 0.24 0.03 0.33 0.42 0.32 0.05 0.08 0.11 0.01 0.04 0.04 0.21 0.34 0.05 0.15
N7 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.03 0.14 0.02 0.09 0.04 0.12 0.10 0.11 0.06 0.07 0.06 0.09 0.14 0.06 0.18 0.22 0.12
N9 0.09 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.15 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.02 0.08 0.10 0.12 0.14 0.16 0.07
O2' 0.10 0.06 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.14 0.11 0.06 0.11 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.09 0.11 0.17 0.12 0.17 0.07
O3' 0.15 0.10 0.10 0.09 0.03 0.13 0.02 0.20 0.13 0.15 0.16 0.14 0.01 0.08 0.11 0.11 0.05 0.15 0.08 0.21 0.13 0.14 0.07
O4' 0.12 0.12 0.07 0.08 0.02 0.12 0.08 0.18 0.19 0.11 0.18 0.13 0.04 0.03 0.08 0.08 0.04 0.12 0.09 0.28 0.10 0.18 0.08
O5' 0.26 0.04 0.24 0.24 0.07 0.25 0.07 0.28 0.16 0.12 0.12 0.04 0.08 0.06 0.16 0.27 0.21 0.26 0.04 0.27 0.13 0.18 0.06
OP1 0.24 0.03 0.27 0.27 0.04 0.26 0.11 0.26 0.17 0.04 0.09 0.06 0.09 0.17 0.10 0.32 0.24 0.26 0.05 0.27 0.13 0.21 0.06
OP2 0.27 0.06 0.28 0.28 0.04 0.29 0.11 0.29 0.21 0.07 0.16 0.05 0.05 0.11 0.14 0.33 0.26 0.29 0.05 0.32 0.09 0.24 0.08
P 0.26 0.03 0.27 0.27 0.05 0.27 0.09 0.28 0.18 0.06 0.12 0.03 0.08 0.12 0.14 0.31 0.24 0.27 0.05 0.29 0.11 0.22 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.15 0.01 0.04 0.22 0.13
C2 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.15 0.06 0.13 0.01 0.17 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.04
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.02 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.15 0.00 0.13 0.16 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.13 0.00 0.16 0.16 0.09
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.13 0.00 0.16 0.00 0.18 0.13 0.16 0.10 0.10 0.16 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.19 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.13 0.00 0.11 0.21 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.05 0.12 0.01 0.20 0.10 0.09
N2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.21 0.07 0.11 0.00 0.17 0.05 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.07 0.15 0.01 0.12 0.13 0.07
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.13 0.00 0.14 0.19 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.15 0.00 0.09 0.20 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.09 0.02 0.09 0.05 0.08 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.16 0.06
O3' 0.03 0.15 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.12 0.21 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.08 0.07 0.23 0.07 0.14
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.02 0.07 0.23 0.16
O5' 0.15 0.13 0.08 0.01 0.15 0.02 0.13 0.00 0.12 0.13 0.12 0.11 0.15 0.13 0.15 0.07 0.08 0.17 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.00 0.21 0.12 0.10
OP1 0.04 0.17 0.09 0.15 0.13 0.07 0.16 0.08 0.19 0.11 0.20 0.17 0.12 0.14 0.09 0.06 0.23 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.09 0.13 0.02 0.16 0.06 0.16 0.02 0.12 0.21 0.10 0.05 0.13 0.19 0.20 0.16 0.07 0.23 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.07 0.04 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.09 0.07 0.07 0.10 0.11 0.06 0.14 0.16 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00