ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51779

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O3' A 0, 0.014, 0.059, 0.104, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.059 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.010, 0.057, 0.104, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.008, 0.056, 0.104, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.056 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.076 std_dev=0.054
C4' A 0, -0.007, 0.068, 0.142, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.068 std_dev=0.074
N2 B 0, 0.031, 0.106, 0.180, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.106 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.032, 0.112, 0.192, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.112 std_dev=0.080
C2 B 0, 0.033, 0.115, 0.196, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.115 std_dev=0.082
N3 B 0, 0.034, 0.118, 0.203, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.118 std_dev=0.085
N1 B 0, 0.034, 0.131, 0.229, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.131 std_dev=0.098
C4 B 0, 0.033, 0.135, 0.237, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.135 std_dev=0.102
C5 B 0, 0.031, 0.141, 0.251, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.141 std_dev=0.110
C6 B 0, 0.032, 0.143, 0.254, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.143 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.009, 0.123, 0.237, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.123 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.033, 0.150, 0.267, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.150 std_dev=0.117
O6 B 0, 0.035, 0.163, 0.292, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.163 std_dev=0.129
N9 B 0, 0.029, 0.160, 0.291, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.131
N7 B 0, 0.028, 0.160, 0.292, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.160 std_dev=0.132
C8 B 0, 0.026, 0.169, 0.311, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.169 std_dev=0.142
OP2 A 0, 0.024, 0.173, 0.323, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.173 std_dev=0.149
P A 0, 0.035, 0.186, 0.338, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.151
O4' B 0, 0.022, 0.188, 0.354, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.188 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.024, 0.191, 0.359, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.191 std_dev=0.167
OP1 A 0, 0.055, 0.252, 0.449, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.252 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.016, 0.223, 0.429, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.223 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.012, 0.221, 0.430, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.221 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.017, 0.227, 0.436, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.227 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.009, 0.229, 0.448, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.229 std_dev=0.219
OP2 B 0, 0.028, 0.260, 0.491, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.260 std_dev=0.232
P B 0, 0.017, 0.254, 0.492, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.254 std_dev=0.238
C3' B 0, 0.025, 0.267, 0.510, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.267 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.003, 0.249, 0.495, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.249 std_dev=0.246
OP1 B 0, 0.025, 0.300, 0.576, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.300 std_dev=0.275
O3' B 0, 0.042, 0.348, 0.653, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.348 std_dev=0.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.07 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.06 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.09 0.09 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
O5' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.09 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03
C2' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02
C3' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01
C4 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02
C4' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
C5 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03
C5' 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
C6 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02
C8 0.07 0.01 0.09 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.08 0.05 0.04 0.01 0.03 0.07 0.05
N1 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.02
N3 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02
N6 0.02 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01
N7 0.06 0.02 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04
N9 0.05 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
O2' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04
O5' 0.06 0.03 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02
OP1 0.06 0.01 0.09 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04
OP2 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
P 0.05 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03
OP1 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00