ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51780

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N6 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
OP1 A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
P A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
OP2 A 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C4' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N9 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
P B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C8 B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C4 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
N2 B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.000, 0.375, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.000, 0.396, 0.791, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.396 std_dev=0.396
N7 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.000, 0.423, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C6 B 0, 0.000, 0.469, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.469 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
O6 B 0, 0.000, 0.579, 1.159, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.579 std_dev=0.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
C4 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04
C8 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07
N7 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04
N9 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.12 0.02 0.00 0.07 0.06 0.03 0.13 0.05 0.02 0.09 0.13 0.13 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.07 0.24 0.07
C2 0.14 0.07 0.13 0.13 0.12 0.17 0.11 0.23 0.08 0.13 0.07 0.04 0.11 0.12 0.13 0.10 0.06 0.18 0.25 0.06 0.01 0.13 0.05
C2' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.17 0.03 0.10 0.02 0.09 0.07 0.11 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.20 0.03
C3' 0.06 0.11 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.10 0.01 0.06 0.05 0.13 0.12 0.08 0.03 0.07 0.11 0.01 0.05 0.04 0.06 0.21 0.07
C4 0.05 0.08 0.05 0.06 0.00 0.11 0.01 0.18 0.02 0.07 0.06 0.10 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.14 0.15 0.02 0.04 0.19 0.01
C4' 0.11 0.15 0.10 0.09 0.10 0.04 0.05 0.03 0.06 0.00 0.10 0.16 0.16 0.01 0.08 0.11 0.15 0.04 0.11 0.03 0.09 0.24 0.11
C5 0.06 0.08 0.05 0.05 0.01 0.11 0.01 0.17 0.03 0.06 0.06 0.12 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.15 0.16 0.03 0.03 0.17 0.00
C5' 0.14 0.19 0.14 0.14 0.13 0.07 0.08 0.01 0.09 0.02 0.14 0.21 0.20 0.02 0.10 0.16 0.20 0.05 0.14 0.07 0.10 0.24 0.11
C6 0.10 0.01 0.08 0.07 0.05 0.13 0.04 0.18 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.01 0.15 0.02
C8 0.01 0.14 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.11 0.06 0.03 0.10 0.17 0.12 0.01 0.02 0.06 0.09 0.10 0.07 0.06 0.06 0.21 0.04
N1 0.12 0.07 0.12 0.10 0.11 0.15 0.09 0.21 0.07 0.11 0.06 0.04 0.10 0.10 0.11 0.08 0.03 0.18 0.23 0.04 0.00 0.13 0.04
N3 0.10 0.01 0.10 0.11 0.06 0.15 0.06 0.22 0.03 0.10 0.00 0.03 0.03 0.09 0.08 0.07 0.04 0.16 0.21 0.02 0.02 0.17 0.02
N6 0.08 0.01 0.06 0.05 0.05 0.11 0.03 0.16 0.00 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.15 0.17 0.02 0.02 0.16 0.01
N7 0.03 0.12 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.06 0.04 0.10 0.16 0.09 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.11 0.06 0.04 0.19 0.02
N9 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.13 0.05 0.04 0.08 0.14 0.11 0.03 0.01 0.04 0.06 0.10 0.08 0.04 0.06 0.22 0.04
O2' 0.02 0.03 0.07 0.09 0.02 0.11 0.08 0.22 0.06 0.13 0.01 0.05 0.04 0.14 0.05 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.00 0.19 0.01
O3' 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.05 0.11 0.01 0.11 0.09 0.13 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.10 0.02 0.16 0.03
O4' 0.12 0.17 0.11 0.09 0.13 0.03 0.09 0.03 0.10 0.04 0.13 0.17 0.19 0.04 0.11 0.13 0.14 0.03 0.07 0.09 0.12 0.27 0.12
O5' 0.08 0.17 0.09 0.09 0.10 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.12 0.19 0.16 0.01 0.06 0.12 0.15 0.01 0.09 0.05 0.08 0.23 0.09
OP1 0.06 0.20 0.08 0.07 0.12 0.02 0.10 0.05 0.13 0.02 0.17 0.23 0.18 0.04 0.07 0.12 0.13 0.05 0.02 0.13 0.05 0.21 0.05
OP2 0.07 0.19 0.08 0.08 0.10 0.01 0.07 0.03 0.10 0.01 0.15 0.22 0.17 0.01 0.06 0.11 0.13 0.03 0.07 0.09 0.04 0.20 0.06
P 0.07 0.19 0.08 0.08 0.11 0.00 0.07 0.04 0.10 0.00 0.15 0.22 0.17 0.01 0.06 0.12 0.14 0.04 0.05 0.09 0.06 0.22 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.07 0.14 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.04 0.20 0.01 0.04 0.09 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.02 0.02 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.22 0.00 0.05 0.07 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04 0.03 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.29 0.00 0.03 0.01 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.13 0.14 0.11 0.08 0.05 0.16 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.00 0.02
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.29 0.00 0.02 0.02 0.09
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.32 0.01 0.02 0.04 0.10
N1 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.05 0.25 0.02 0.02 0.03 0.06
N2 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.10 0.07 0.19 0.03 0.02 0.10 0.02
N3 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.17 0.01 0.06 0.12 0.01
N7 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.34 0.01 0.00 0.10 0.13
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.06 0.09 0.01
O2' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.07 0.05 0.00 0.07
O3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.10 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.24 0.13
O5' 0.12 0.20 0.14 0.08 0.22 0.00 0.29 0.00 0.29 0.32 0.25 0.19 0.17 0.34 0.21 0.15 0.04 0.02 0.00 0.32 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.32 0.00 0.01 0.09 0.13
OP1 0.07 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.15 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.09 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.12 0.10 0.09 0.00 0.07 0.24 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.08 0.02 0.09 0.10 0.06 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.04 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00