ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.000, 0.361, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C4 B 0, 0.000, 0.377, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C2' A 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O4' A 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
C6 B 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C4' A 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
P A 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
O2' A 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
N1 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
N7 B 0, 0.000, 0.558, 1.116, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.558 std_dev=0.558
C3' A 0, 0.000, 0.573, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.573 std_dev=0.573
N2 B 0, 0.000, 0.611, 1.222, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.611 std_dev=0.611
O3' A 0, 0.000, 0.648, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.648 std_dev=0.648
N9 B 0, 0.000, 0.781, 1.563, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.781 std_dev=0.781
O6 B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
C8 B 0, 0.000, 0.822, 1.644, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.822 std_dev=0.822
OP1 A 0, 0.000, 0.853, 1.707, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.853 std_dev=0.853
O5' A 0, 0.000, 0.861, 1.723, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.861 std_dev=0.861
C5' A 0, 0.000, 0.949, 1.898, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.949 std_dev=0.949
C1' B 0, 0.000, 1.156, 2.312, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.156 std_dev=1.156
OP2 B 0, 0.000, 1.229, 2.459, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.229 std_dev=1.229
P B 0, 0.000, 1.375, 2.750, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.375 std_dev=1.375
OP2 A 0, 0.000, 1.408, 2.817, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.408 std_dev=1.408
O4' B 0, 0.000, 1.424, 2.848, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.424 std_dev=1.424
O2' B 0, 0.000, 1.554, 3.109, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.554 std_dev=1.554
O5' B 0, 0.000, 1.620, 3.239, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.620 std_dev=1.620
C2' B 0, 0.000, 1.621, 3.243, 3.243 max_d=3.243 avg_d=1.621 std_dev=1.621
C3' B 0, 0.000, 1.727, 3.454, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.727 std_dev=1.727
C4' B 0, 0.000, 1.776, 3.552, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.776 std_dev=1.776
C5' B 0, 0.000, 1.824, 3.648, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.824 std_dev=1.824
O3' B 0, 0.000, 2.170, 4.339, 4.339 max_d=4.339 avg_d=2.170 std_dev=2.170
OP1 B 0, 0.000, 2.512, 5.024, 5.024 max_d=5.024 avg_d=2.512 std_dev=2.512

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.13 0.13 0.11
C2 0.00 0.00 0.18 0.11 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.13 0.31 0.25 0.44 0.02
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.08 0.14 0.17 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.21 0.23 0.20 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.48 0.14 0.16
C4 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.07 0.32 0.20 0.42 0.00
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.08
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.40 0.18 0.54 0.05
C5' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.11 0.10 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.31 0.24 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.07 0.41 0.21 0.59 0.07
C8 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.07 0.38 0.10 0.46 0.02
N1 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.11 0.37 0.25 0.54 0.05
N3 0.00 0.00 0.17 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.10 0.13 0.27 0.23 0.36 0.01
N6 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.05 0.45 0.20 0.67 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.43 0.12 0.58 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.15 0.34 0.03
O2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.10 0.07 0.17 0.21 0.08 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.13 0.07 0.04
O3' 0.03 0.12 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.06 0.06 0.10 0.10 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.58 0.02 0.13
O4' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.11 0.13 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.03 0.21
O5' 0.14 0.31 0.21 0.23 0.32 0.00 0.40 0.00 0.41 0.38 0.37 0.27 0.45 0.43 0.30 0.04 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.25 0.23 0.48 0.20 0.12 0.18 0.31 0.21 0.10 0.25 0.23 0.20 0.12 0.15 0.13 0.58 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.44 0.20 0.14 0.42 0.11 0.54 0.24 0.59 0.46 0.54 0.36 0.67 0.58 0.34 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.02 0.07 0.16 0.00 0.08 0.05 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.11 0.07 0.03 0.04 0.13 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.15 0.44 0.10 0.25 0.19 0.02 0.20 0.18 0.13 0.07 0.01 0.22 0.09 0.09 1.12 0.00 0.44 0.24 1.12 0.49 0.75
C2 0.35 0.21 0.32 0.43 0.08 0.58 0.04 0.48 0.27 0.20 0.37 0.29 0.02 0.07 0.23 0.32 0.91 0.55 0.25 0.36 0.49 0.11 0.33
C2' 0.24 0.03 0.36 0.73 0.04 0.54 0.05 0.30 0.10 0.01 0.06 0.06 0.10 0.06 0.09 0.16 1.34 0.23 0.34 0.15 1.19 0.31 0.65
C3' 0.12 0.09 0.02 0.46 0.18 0.16 0.24 0.02 0.23 0.26 0.16 0.01 0.09 0.28 0.19 0.21 1.12 0.18 0.64 0.26 1.29 0.46 0.78
C4 0.15 0.17 0.15 0.38 0.04 0.41 0.12 0.26 0.21 0.00 0.24 0.18 0.04 0.08 0.04 0.12 0.98 0.28 0.09 0.25 0.83 0.30 0.55
C4' 0.45 0.16 0.30 0.12 0.38 0.27 0.43 0.43 0.36 0.54 0.25 0.01 0.22 0.52 0.47 0.42 0.85 0.60 0.86 0.39 1.27 0.69 0.92
C5 0.07 0.20 0.04 0.31 0.06 0.35 0.09 0.24 0.16 0.00 0.22 0.28 0.10 0.04 0.01 0.00 0.91 0.24 0.08 0.18 0.81 0.29 0.54
C5' 0.80 0.32 0.75 0.27 0.60 0.62 0.61 0.68 0.51 0.78 0.37 0.13 0.44 0.72 0.74 0.95 0.40 0.87 1.01 0.51 1.27 0.78 0.97
C6 0.14 0.25 0.08 0.31 0.02 0.42 0.05 0.34 0.16 0.09 0.28 0.38 0.09 0.03 0.08 0.06 0.87 0.34 0.07 0.19 0.64 0.19 0.43
C8 0.09 0.11 0.09 0.27 0.13 0.18 0.15 0.04 0.14 0.14 0.13 0.07 0.11 0.15 0.13 0.17 0.94 0.01 0.36 0.15 1.05 0.43 0.70
N1 0.26 0.25 0.21 0.36 0.04 0.52 0.02 0.45 0.21 0.18 0.35 0.37 0.04 0.09 0.18 0.21 0.87 0.48 0.23 0.27 0.49 0.11 0.33
N3 0.33 0.17 0.32 0.46 0.04 0.55 0.10 0.40 0.27 0.11 0.31 0.18 0.04 0.03 0.18 0.31 0.98 0.48 0.10 0.34 0.67 0.21 0.45
N6 0.09 0.25 0.01 0.26 0.03 0.39 0.03 0.33 0.12 0.09 0.25 0.41 0.12 0.05 0.05 0.01 0.83 0.31 0.07 0.13 0.62 0.18 0.42
N7 0.05 0.16 0.09 0.25 0.11 0.23 0.11 0.12 0.13 0.08 0.15 0.19 0.13 0.09 0.08 0.16 0.89 0.08 0.24 0.13 0.94 0.37 0.63
N9 0.03 0.10 0.06 0.36 0.10 0.28 0.16 0.11 0.19 0.11 0.16 0.04 0.05 0.16 0.06 0.00 1.01 0.09 0.30 0.21 1.01 0.41 0.67
O2' 0.59 0.17 0.76 1.07 0.26 0.91 0.12 0.58 0.02 0.24 0.06 0.18 0.30 0.12 0.36 0.54 1.57 0.58 0.17 0.06 1.18 0.21 0.56
O3' 0.03 0.07 0.16 0.60 0.14 0.23 0.22 0.02 0.23 0.23 0.15 0.01 0.04 0.27 0.14 0.11 1.18 0.15 0.70 0.27 1.39 0.46 0.79
O4' 0.47 0.21 0.33 0.04 0.45 0.24 0.48 0.40 0.41 0.57 0.29 0.01 0.29 0.55 0.52 0.34 0.78 0.53 0.76 0.42 1.20 0.71 0.92
O5' 0.55 0.31 0.45 0.04 0.46 0.35 0.45 0.41 0.39 0.52 0.33 0.21 0.39 0.49 0.52 0.55 0.71 0.62 0.68 0.38 0.92 0.48 0.63
OP1 0.29 0.55 0.35 0.10 0.18 0.51 0.25 0.58 0.44 0.07 0.58 0.73 0.33 0.09 0.06 0.47 0.35 0.53 0.72 0.49 0.80 0.58 0.60
OP2 0.63 0.48 0.60 0.07 0.57 0.37 0.55 0.41 0.50 0.60 0.47 0.41 0.54 0.58 0.61 0.73 0.56 0.63 0.68 0.49 0.94 0.46 0.64
P 0.52 0.01 0.57 0.14 0.26 0.45 0.22 0.49 0.10 0.41 0.00 0.14 0.15 0.32 0.40 0.73 0.43 0.59 0.69 0.07 0.86 0.52 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.00 0.22 0.00 0.21 0.09 0.12
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.51 0.05 0.04 0.00 0.19 0.25 0.28
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.15 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.52 0.03 0.74 0.47 0.62
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.25 0.02 0.22 0.39 0.10 0.10 0.03 0.38 0.19 0.00 0.00 0.00 0.23 0.27 0.36 0.20 0.32
C4 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.26 0.02 0.12 0.00 0.05 0.18 0.15
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.09 0.21 0.01 0.10 0.06 0.20 0.09 0.22 0.02 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.25 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.29 0.21
C5' 0.04 0.03 0.15 0.02 0.08 0.00 0.16 0.00 0.16 0.21 0.10 0.02 0.00 0.24 0.09 0.05 0.16 0.00 0.00 0.20 0.00 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.22 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.15 0.01 0.07 0.00 0.01 0.38 0.30
C8 0.01 0.00 0.00 0.39 0.00 0.21 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.20 0.05 0.26 0.00 0.47 0.14 0.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.35 0.04 0.04 0.00 0.15 0.34 0.33
N2 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.66 0.07 0.01 0.00 0.30 0.24 0.30
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.52 0.05 0.07 0.00 0.11 0.17 0.19
N7 0.00 0.00 0.01 0.38 0.00 0.20 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.17 0.03 0.19 0.00 0.36 0.28 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.01 0.20 0.00 0.24 0.07 0.00
O2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.21 0.22 0.26 0.05 0.28 0.23 0.24 0.15 0.16 0.27 0.17 0.00 0.00 0.16 0.29 0.30 0.65 0.37 0.52
O3' 0.29 0.51 0.02 0.00 0.26 0.02 0.07 0.16 0.15 0.20 0.35 0.66 0.52 0.17 0.10 0.00 0.00 0.21 0.04 0.06 0.19 0.04 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.16 0.21 0.00 0.03 0.01 0.15 0.07 0.15
O5' 0.22 0.04 0.52 0.23 0.12 0.00 0.12 0.00 0.07 0.26 0.04 0.01 0.07 0.19 0.20 0.29 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.27 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.45 0.34
OP1 0.21 0.19 0.74 0.36 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.47 0.15 0.30 0.11 0.36 0.24 0.65 0.19 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.25 0.47 0.20 0.18 0.05 0.29 0.03 0.38 0.14 0.34 0.24 0.17 0.28 0.07 0.37 0.04 0.07 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.28 0.62 0.32 0.15 0.02 0.21 0.00 0.30 0.03 0.33 0.30 0.19 0.11 0.00 0.52 0.13 0.15 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00