ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O5' B 0, 0.000, 0.114, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.000, 0.139, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.139
P A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C1' B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
P B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N2 B 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
OP2 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N9 B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C4' B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C8 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N7 B 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O6 B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.08 0.07 0.14 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.09 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.05 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.14 0.09
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.13 0.09
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.14 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.06 0.14 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.08 0.07 0.14 0.10
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.12 0.07
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.14 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.13 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.09 0.08
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.04
O5' 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.07 0.08 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.14 0.09 0.04 0.14 0.03 0.14 0.01 0.13 0.14 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.09 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.07 0.04 0.09 0.02 0.09 0.02 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.07 0.11 0.01 0.11 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.12 0.04 0.02 0.00
C2 0.09 0.03 0.10 0.05 0.06 0.00 0.07 0.08 0.02 0.12 0.04 0.07 0.01 0.11 0.10 0.16 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.07 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.00 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.03 0.07 0.10 0.09 0.02 0.09 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04
C4 0.06 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06 0.10 0.10 0.05 0.02 0.04 0.09 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03 0.01 0.00
C4' 0.04 0.12 0.05 0.06 0.10 0.05 0.11 0.11 0.12 0.07 0.12 0.12 0.10 0.09 0.07 0.05 0.06 0.01 0.04 0.13 0.11 0.02 0.06
C5 0.04 0.08 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.12 0.06 0.03 0.08 0.10 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03
C5' 0.04 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.08 0.09 0.01 0.05 0.10 0.15 0.06 0.10
C6 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.06 0.04 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C8 0.00 0.11 0.02 0.05 0.08 0.05 0.09 0.12 0.11 0.03 0.12 0.12 0.09 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.07 0.03 0.03
N1 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
N3 0.08 0.07 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.11 0.08 0.09 0.02 0.09 0.08 0.14 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02
N6 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.14 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.00 0.06 0.08 0.05
N7 0.00 0.10 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07 0.15 0.09 0.02 0.10 0.11 0.08 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.09 0.07 0.06 0.05
N9 0.04 0.10 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.01 0.11 0.11 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.11 0.04 0.00 0.00
O2' 0.07 0.02 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.11 0.05 0.07 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00
O3' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.00 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03
O4' 0.03 0.13 0.03 0.03 0.11 0.04 0.12 0.09 0.14 0.07 0.14 0.13 0.11 0.10 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.14 0.07 0.01 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.14 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.12 0.07 0.08
OP1 0.00 0.03 0.06 0.12 0.02 0.12 0.02 0.21 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.06 0.02 0.15 0.15 0.13
OP2 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.11 0.03 0.01 0.09 0.05 0.05
P 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.12 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.09 0.00 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.08 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.09 0.00 0.10 0.10 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.04 0.09 0.01 0.11 0.10 0.10
C5' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.06 0.13 0.14 0.11 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.03 0.05 0.09 0.00 0.12 0.11 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.08 0.09 0.00 0.11 0.11 0.10
N2 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.13 0.10 0.01 0.11 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.00 0.10 0.11 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.08 0.09
N9 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.06 0.13 0.10 0.10 0.08 0.06 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.04 0.10 0.09
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.13 0.10 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04
O5' 0.04 0.09 0.08 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.04 0.08 0.00 0.12 0.10 0.10
OP1 0.02 0.11 0.02 0.02 0.10 0.02 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.08 0.08 0.10 0.05 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.13 0.11 0.08 0.07 0.10 0.08 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.06 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.03 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00