ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51785

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 B 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C8 B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N9 B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O4' A 0, 0.000, 0.197, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.197 std_dev=0.197
OP2 A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C5 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2' A 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
P A 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O2' A 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C3' A 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C4' A 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
O4' B 0, 0.000, 0.376, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.376 std_dev=0.376
P B 0, 0.000, 0.434, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C5' B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C2' B 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
C6 B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O5' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C4' B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
O5' A 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
O3' A 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
OP1 A 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
N1 B 0, 0.000, 0.547, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O2' B 0, 0.000, 0.568, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.568 std_dev=0.568
O6 B 0, 0.000, 0.577, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.577 std_dev=0.577
N2 B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
C5' A 0, 0.000, 0.602, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.602 std_dev=0.602
O3' B 0, 0.000, 0.629, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.629 std_dev=0.629
OP1 B 0, 0.000, 0.968, 1.936, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.968 std_dev=0.968

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.26 0.10 0.11
C2 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.16 0.03 0.35 0.26 0.03 0.15
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.11 0.13 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.20 0.00
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.09 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.26 0.06
C4 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.35 0.25 0.05 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.01 0.02 0.05 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.22 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.37 0.21 0.02 0.14
C5' 0.05 0.10 0.02 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.17 0.21 0.14 0.08 0.20 0.22 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.30 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.09 0.03 0.37 0.20 0.00 0.14
C8 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.36 0.20 0.05 0.13
N1 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.14 0.03 0.36 0.23 0.01 0.15
N3 0.01 0.00 0.13 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.13 0.02 0.33 0.27 0.05 0.15
N6 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.37 0.17 0.02 0.13
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.37 0.18 0.01 0.13
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.33 0.25 0.07 0.14
O2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.14 0.15 0.09 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.15 0.22 0.03
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.09 0.07 0.14 0.13 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.24 0.06 0.32 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.32 0.05 0.16
O5' 0.25 0.35 0.08 0.02 0.35 0.00 0.37 0.00 0.37 0.36 0.36 0.33 0.37 0.37 0.33 0.00 0.24 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.26 0.26 0.18 0.16 0.25 0.22 0.21 0.30 0.20 0.20 0.23 0.27 0.17 0.18 0.25 0.15 0.06 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.03 0.20 0.26 0.05 0.22 0.02 0.24 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.22 0.32 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.00 0.06 0.14 0.02 0.14 0.01 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.13 0.14 0.03 0.17 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.12 0.16 0.13 0.00 0.15 0.10 0.15 0.26 0.08 0.24 0.13 0.01 0.04 0.10 0.20 0.14 0.17 0.20 0.38 0.07 0.06 0.05
C2 0.18 0.21 0.18 0.19 0.09 0.21 0.14 0.22 0.23 0.09 0.25 0.23 0.13 0.04 0.07 0.21 0.20 0.21 0.28 0.25 0.10 0.04 0.02
C2' 0.09 0.24 0.08 0.06 0.10 0.07 0.17 0.07 0.31 0.00 0.33 0.26 0.13 0.09 0.00 0.12 0.07 0.08 0.14 0.39 0.03 0.10 0.12
C3' 0.13 0.14 0.12 0.10 0.02 0.11 0.07 0.11 0.19 0.07 0.21 0.16 0.05 0.01 0.07 0.15 0.11 0.12 0.19 0.26 0.00 0.04 0.08
C4 0.16 0.15 0.14 0.12 0.04 0.15 0.12 0.15 0.24 0.08 0.23 0.16 0.06 0.04 0.08 0.18 0.13 0.16 0.22 0.30 0.03 0.03 0.05
C4' 0.22 0.00 0.20 0.19 0.10 0.20 0.05 0.20 0.07 0.16 0.08 0.03 0.08 0.09 0.17 0.22 0.19 0.20 0.27 0.16 0.14 0.05 0.03
C5 0.11 0.11 0.09 0.08 0.03 0.11 0.09 0.12 0.16 0.07 0.16 0.12 0.05 0.03 0.05 0.13 0.08 0.12 0.20 0.20 0.06 0.04 0.09
C5' 0.34 0.15 0.32 0.32 0.25 0.33 0.22 0.34 0.13 0.31 0.10 0.12 0.22 0.27 0.31 0.33 0.32 0.33 0.42 0.05 0.28 0.22 0.19
C6 0.08 0.12 0.07 0.08 0.06 0.10 0.08 0.13 0.14 0.06 0.15 0.14 0.08 0.02 0.02 0.10 0.08 0.10 0.22 0.16 0.08 0.00 0.08
C8 0.13 0.07 0.10 0.07 0.00 0.10 0.06 0.10 0.16 0.06 0.14 0.07 0.00 0.03 0.07 0.14 0.07 0.12 0.16 0.24 0.07 0.09 0.12
N1 0.11 0.17 0.11 0.14 0.08 0.17 0.11 0.19 0.17 0.08 0.19 0.18 0.11 0.02 0.03 0.14 0.14 0.16 0.28 0.18 0.01 0.05 0.01
N3 0.20 0.21 0.18 0.18 0.07 0.20 0.15 0.20 0.28 0.09 0.29 0.22 0.10 0.05 0.09 0.22 0.19 0.21 0.26 0.32 0.10 0.01 0.00
N6 0.02 0.10 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.02 0.11 0.11 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.17 0.10 0.20 0.02 0.14
N7 0.10 0.06 0.07 0.05 0.01 0.08 0.05 0.08 0.12 0.05 0.11 0.07 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04 0.09 0.16 0.17 0.12 0.08 0.14
N9 0.16 0.11 0.14 0.11 0.01 0.14 0.10 0.13 0.23 0.07 0.21 0.12 0.02 0.04 0.09 0.18 0.12 0.15 0.20 0.33 0.01 0.06 0.07
O2' 0.05 0.31 0.05 0.03 0.15 0.04 0.22 0.04 0.37 0.04 0.41 0.35 0.19 0.14 0.04 0.09 0.05 0.05 0.10 0.44 0.01 0.12 0.14
O3' 0.09 0.16 0.09 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.19 0.04 0.22 0.19 0.08 0.02 0.04 0.12 0.09 0.08 0.16 0.25 0.03 0.05 0.11
O4' 0.25 0.06 0.24 0.20 0.13 0.21 0.05 0.20 0.07 0.16 0.05 0.05 0.13 0.08 0.19 0.26 0.21 0.22 0.26 0.21 0.14 0.01 0.01
O5' 0.17 0.25 0.19 0.24 0.25 0.24 0.31 0.26 0.35 0.26 0.31 0.22 0.23 0.32 0.23 0.14 0.24 0.21 0.19 0.42 0.41 0.43 0.47
OP1 0.07 0.22 0.10 0.12 0.16 0.10 0.19 0.09 0.25 0.11 0.26 0.23 0.17 0.16 0.11 0.07 0.12 0.09 0.01 0.30 0.25 0.20 0.27
OP2 0.15 0.06 0.12 0.06 0.08 0.08 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.09 0.03 0.11 0.17 0.05 0.11 0.12 0.07 0.22 0.14 0.20
P 0.01 0.09 0.02 0.06 0.07 0.04 0.11 0.05 0.16 0.05 0.14 0.09 0.06 0.10 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.21 0.24 0.21 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.44 0.09 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.07 0.01
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.11 0.13 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.26 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.32 0.04 0.08
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.17 0.00 0.31 0.05 0.08
C5' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.04 0.11 0.10 0.09 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.19 0.00 0.38 0.09 0.12
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.44 0.11 0.15
N2 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.17 0.00 0.48 0.10 0.16
N3 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.39 0.06 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.20 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.23 0.06 0.02
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.04 0.10 0.02 0.13 0.18 0.14 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.11 0.09 0.28 0.08 0.04
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.06 0.07
O5' 0.06 0.17 0.01 0.05 0.16 0.00 0.17 0.00 0.19 0.12 0.19 0.17 0.15 0.15 0.12 0.00 0.11 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.20 0.00 0.38 0.11 0.13
OP1 0.14 0.44 0.24 0.26 0.32 0.10 0.31 0.00 0.38 0.12 0.44 0.48 0.39 0.19 0.20 0.23 0.28 0.03 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10 0.06 0.01 0.02 0.06 0.08 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.12 0.04 0.15 0.16 0.11 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00