ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51786

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O3' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O4' A 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C3' A 0, 0.000, 0.306, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O5' A 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N2 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C4' A 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
P A 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.000, 0.375, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.375 std_dev=0.375
O2' A 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
N7 B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
N9 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C5' A 0, 0.000, 0.573, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.573 std_dev=0.573
C8 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O4' B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
OP1 A 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.000, 0.716, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.716 std_dev=0.716
C4' B 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746
O5' B 0, 0.000, 0.760, 1.520, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.760 std_dev=0.760
C5' B 0, 0.000, 0.784, 1.567, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.784 std_dev=0.784
P B 0, 0.000, 0.810, 1.621, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.810 std_dev=0.810
OP1 B 0, 0.000, 0.811, 1.622, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.811 std_dev=0.811
O3' B 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C3' B 0, 0.000, 0.866, 1.733, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.866 std_dev=0.866
C2' B 0, 0.000, 0.976, 1.953, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.976 std_dev=0.976
OP2 B 0, 0.000, 1.011, 2.022, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.011 std_dev=1.011
O2' B 0, 0.000, 1.221, 2.442, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.221 std_dev=1.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.37 0.30 0.23
C2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.03 0.09 0.31 0.21 0.21
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.10 0.14 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.11 0.01
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.12 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.12 0.00
C4 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.39 0.23 0.24
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.24 0.15
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.38 0.18 0.22
C5' 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.14 0.06 0.10 0.03 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.33 0.15 0.20
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.46 0.21 0.24
N1 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.07 0.30 0.17 0.20
N3 0.02 0.00 0.14 0.12 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.03 0.09 0.34 0.24 0.23
N6 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.30 0.11 0.18
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.42 0.15 0.22
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.42 0.26 0.25
O2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.12 0.01
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.16 0.22 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.45 0.40 0.34
O5' 0.01 0.09 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.09 0.02 0.04 0.01 0.12 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.37 0.31 0.12 0.10 0.39 0.22 0.38 0.04 0.33 0.46 0.30 0.34 0.30 0.42 0.42 0.09 0.16 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.21 0.11 0.12 0.23 0.24 0.18 0.01 0.15 0.21 0.17 0.24 0.11 0.15 0.26 0.12 0.22 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.21 0.01 0.00 0.24 0.15 0.22 0.01 0.20 0.24 0.20 0.23 0.18 0.22 0.25 0.01 0.07 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.16 0.14 0.10 0.13 0.17 0.05 0.20 0.03 0.01 0.10 0.18 0.17 0.05 0.10 0.13 0.11 0.17 0.07 0.06 0.04 0.02 0.03
C2 0.05 0.13 0.04 0.01 0.10 0.08 0.11 0.13 0.16 0.05 0.16 0.13 0.11 0.07 0.07 0.10 0.02 0.10 0.05 0.18 0.04 0.01 0.02
C2' 0.11 0.22 0.16 0.12 0.18 0.15 0.16 0.19 0.17 0.07 0.21 0.24 0.21 0.09 0.13 0.13 0.13 0.13 0.10 0.14 0.05 0.13 0.08
C3' 0.06 0.16 0.12 0.09 0.11 0.11 0.08 0.15 0.09 0.01 0.13 0.18 0.15 0.00 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.05 0.00 0.10 0.04
C4 0.02 0.15 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.10 0.07 0.04 0.14 0.18 0.12 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
C4' 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.09 0.02 0.06 0.20 0.01 0.09 0.03 0.21 0.10 0.11 0.06 0.05 0.11 0.10 0.15 0.09 0.13
C5 0.07 0.15 0.11 0.12 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.13 0.14 0.20 0.07 0.11 0.07 0.06 0.07 0.00 0.08 0.02 0.07 0.15 0.11
C5' 0.30 0.03 0.27 0.27 0.17 0.25 0.19 0.19 0.11 0.37 0.03 0.03 0.08 0.31 0.28 0.38 0.27 0.28 0.30 0.12 0.32 0.23 0.28
C6 0.09 0.12 0.13 0.14 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.10 0.15 0.17 0.04 0.07 0.07 0.07 0.10 0.01 0.08 0.09 0.07 0.15 0.11
C8 0.08 0.15 0.10 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.03 0.23 0.10 0.22 0.11 0.23 0.11 0.09 0.05 0.00 0.11 0.08 0.10 0.17 0.13
N1 0.02 0.12 0.04 0.07 0.04 0.02 0.06 0.06 0.13 0.01 0.16 0.13 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.16 0.01 0.07 0.04
N3 0.08 0.14 0.08 0.04 0.12 0.12 0.11 0.16 0.13 0.06 0.15 0.14 0.13 0.06 0.09 0.13 0.06 0.13 0.07 0.11 0.05 0.02 0.03
N6 0.16 0.07 0.23 0.22 0.08 0.11 0.06 0.07 0.04 0.15 0.12 0.15 0.03 0.11 0.14 0.17 0.18 0.08 0.14 0.07 0.13 0.21 0.17
N7 0.15 0.14 0.19 0.17 0.07 0.07 0.11 0.04 0.02 0.23 0.11 0.23 0.06 0.21 0.16 0.16 0.12 0.06 0.15 0.05 0.13 0.21 0.17
N9 0.03 0.16 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.11 0.02 0.08 0.11 0.19 0.15 0.12 0.02 0.04 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04
O2' 0.28 0.32 0.35 0.30 0.33 0.30 0.33 0.34 0.32 0.29 0.31 0.31 0.33 0.31 0.30 0.35 0.30 0.28 0.27 0.29 0.22 0.32 0.25
O3' 0.20 0.15 0.27 0.24 0.17 0.25 0.11 0.30 0.07 0.14 0.10 0.15 0.18 0.10 0.18 0.23 0.22 0.22 0.21 0.00 0.15 0.26 0.19
O4' 0.07 0.03 0.06 0.08 0.06 0.00 0.15 0.04 0.13 0.27 0.03 0.08 0.03 0.30 0.12 0.09 0.06 0.00 0.12 0.18 0.13 0.16 0.15
O5' 0.22 0.08 0.20 0.18 0.08 0.14 0.11 0.09 0.03 0.30 0.06 0.15 0.02 0.25 0.19 0.29 0.16 0.17 0.20 0.05 0.22 0.16 0.19
OP1 0.22 0.59 0.22 0.25 0.41 0.28 0.36 0.29 0.43 0.16 0.55 0.66 0.52 0.21 0.27 0.10 0.28 0.27 0.20 0.38 0.16 0.21 0.19
OP2 0.05 0.33 0.05 0.11 0.20 0.14 0.16 0.19 0.21 0.00 0.30 0.39 0.29 0.05 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.18 0.07 0.14 0.11
P 0.05 0.37 0.05 0.09 0.21 0.12 0.16 0.15 0.23 0.03 0.33 0.45 0.32 0.01 0.08 0.07 0.12 0.10 0.04 0.18 0.00 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.14 0.06 0.09 0.01 0.09 0.26 0.15
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.08 0.15 0.13 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.03 0.09
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.13 0.00 0.16 0.19 0.15 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.14 0.04 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.07 0.01 0.05 0.17 0.11
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.08 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.17 0.13
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.04 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.12 0.01 0.11 0.01 0.12 0.23 0.17
C8 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.08 0.16 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.04 0.11 0.01 0.12 0.27 0.18
N2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.16 0.08 0.09 0.01 0.08 0.29 0.16
N3 0.02 0.00 0.13 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.07 0.07 0.01 0.05 0.22 0.12
N7 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.10
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.05
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.14 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.03 0.03 0.12 0.05 0.00 0.02 0.11 0.01 0.13 0.07 0.01 0.03
O3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.12 0.01 0.14 0.16 0.12 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.13 0.00
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03
O5' 0.01 0.09 0.09 0.07 0.07 0.00 0.08 0.00 0.11 0.03 0.11 0.09 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.13 0.00 0.16 0.24 0.20
OP1 0.05 0.09 0.15 0.14 0.05 0.04 0.08 0.02 0.12 0.02 0.12 0.08 0.05 0.07 0.01 0.07 0.10 0.01 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.26 0.03 0.04 0.17 0.08 0.17 0.06 0.23 0.02 0.27 0.29 0.22 0.08 0.09 0.01 0.13 0.08 0.02 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.15 0.09 0.06 0.11 0.00 0.13 0.00 0.17 0.04 0.18 0.16 0.12 0.10 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00