ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51803

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 15, 12, 11, 2, 2, 2, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.029, 0.048, 0.068, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.048 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.051 std_dev=0.029
C6 B 0, 0.109, 0.284, 0.460, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.284 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.089, 0.265, 0.442, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.265 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.135, 0.351, 0.567, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.351 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.067, 0.306, 0.545, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.306 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.080, 0.322, 0.565, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.322 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.101, 0.364, 0.627, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.364 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.038, 0.329, 0.621, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.329 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.021, 0.314, 0.607, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.314 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.079, 0.373, 0.667, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.373 std_dev=0.294
O2 B 0, 0.122, 0.443, 0.764, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.443 std_dev=0.321
N4 B 0, 0.161, 0.511, 0.861, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.511 std_dev=0.350
C4' B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C3' B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.411 std_dev=0.412
O2' B 0, 0.047, 0.504, 0.961, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.504 std_dev=0.457
O4' A 0, -0.297, 0.214, 0.725, 2.529 max_d=2.529 avg_d=0.214 std_dev=0.511
C5' B 0, -0.051, 0.460, 0.972, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.460 std_dev=0.511
O5' B 0, -0.048, 0.496, 1.040, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.496 std_dev=0.544
C2' A 0, -0.328, 0.233, 0.793, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.233 std_dev=0.561
O3' B 0, -0.124, 0.541, 1.207, 4.019 max_d=4.019 avg_d=0.541 std_dev=0.666
O2' A 0, -0.384, 0.290, 0.964, 3.402 max_d=3.402 avg_d=0.290 std_dev=0.674
C4' A 0, -0.414, 0.329, 1.073, 3.618 max_d=3.618 avg_d=0.329 std_dev=0.744
P B 0, -0.173, 0.605, 1.383, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.605 std_dev=0.778
C3' A 0, -0.484, 0.374, 1.232, 4.267 max_d=4.267 avg_d=0.374 std_dev=0.858
OP2 B 0, -0.106, 0.781, 1.669, 4.360 max_d=4.360 avg_d=0.781 std_dev=0.887
OP1 B 0, -0.233, 0.823, 1.878, 3.954 max_d=3.954 avg_d=0.823 std_dev=1.056
O3' A 0, -0.666, 0.538, 1.742, 6.100 max_d=6.100 avg_d=0.538 std_dev=1.204
C5' A 0, -0.723, 0.586, 1.895, 6.428 max_d=6.428 avg_d=0.586 std_dev=1.309
O5' A 0, -0.679, 0.793, 2.265, 7.357 max_d=7.357 avg_d=0.793 std_dev=1.472
P A 0, -1.055, 0.998, 3.051, 10.019 max_d=10.019 avg_d=0.998 std_dev=2.053
OP2 A 0, -1.140, 1.209, 3.558, 11.513 max_d=11.513 avg_d=1.209 std_dev=2.349
OP1 A 0, -1.075, 1.370, 3.816, 11.528 max_d=11.528 avg_d=1.370 std_dev=2.446

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.27 0.12 0.13
C2 0.03 0.00 0.12 0.29 0.01 0.37 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.28 0.62 0.73 0.91 0.64
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.24 0.15 0.15
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.02 0.11 0.19 0.21 0.30 0.09 0.16 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.23 0.17 0.19
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.14 0.36 0.63 0.39 0.32
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.22 0.27 0.36 0.08 0.15 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.27 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.06 0.43 0.93 0.39 0.45
C5' 0.02 0.62 0.02 0.02 0.25 0.00 0.12 0.00 0.23 0.36 0.46 0.58 0.15 0.27 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.28 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.11 0.43 0.96 0.48 0.44
C8 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.22 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.17 0.67 1.01 0.61 0.71
N1 0.02 0.00 0.09 0.21 0.01 0.27 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.21 0.51 0.83 0.73 0.51
N3 0.03 0.00 0.12 0.30 0.00 0.36 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.25 0.28 0.56 0.61 0.76 0.56
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.07 0.47 1.16 0.48 0.53
N7 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.16 0.09 0.64 1.20 0.60 0.73
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.35 0.58 0.26 0.32
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.09 0.04 0.04 0.03 0.09 0.11 0.17 0.21 0.06 0.07 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.25 0.18 0.08
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.12 0.17 0.20 0.25 0.12 0.16 0.05 0.05 0.00 0.02 0.16 0.22 0.29 0.17
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.17 0.21 0.28 0.07 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.24 0.13 0.12
O5' 0.18 0.62 0.19 0.22 0.36 0.02 0.43 0.01 0.43 0.67 0.51 0.56 0.47 0.64 0.35 0.07 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.73 0.24 0.23 0.63 0.27 0.93 0.28 0.96 1.01 0.83 0.61 1.16 1.20 0.58 0.25 0.22 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.91 0.15 0.17 0.39 0.17 0.39 0.23 0.48 0.61 0.73 0.76 0.48 0.60 0.26 0.18 0.29 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.64 0.15 0.19 0.32 0.08 0.45 0.02 0.44 0.71 0.51 0.56 0.53 0.73 0.32 0.08 0.17 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.26 0.24 0.20 0.17 0.23 0.18 0.32 0.17 0.20 0.22 0.18 0.34 0.32 0.29 0.22 0.36 0.79 0.46 0.46
C2 0.19 0.13 0.20 0.29 0.13 0.29 0.16 0.37 0.17 0.15 0.11 0.18 0.15 0.20 0.30 0.24 0.44 0.81 0.37 0.51
C2' 0.42 0.38 0.43 0.38 0.31 0.37 0.33 0.38 0.35 0.37 0.34 0.29 0.43 0.49 0.43 0.38 0.48 0.82 0.64 0.61
C3' 0.35 0.36 0.37 0.41 0.41 0.40 0.49 0.53 0.47 0.37 0.37 0.42 0.38 0.38 0.50 0.37 0.69 0.88 0.99 0.88
C4 0.19 0.19 0.19 0.21 0.15 0.23 0.16 0.29 0.16 0.17 0.18 0.17 0.24 0.21 0.26 0.22 0.34 0.75 0.29 0.38
C4' 0.26 0.29 0.28 0.23 0.28 0.19 0.33 0.30 0.26 0.22 0.27 0.32 0.41 0.43 0.41 0.15 0.44 0.74 0.83 0.68
C5 0.16 0.18 0.15 0.18 0.18 0.19 0.17 0.24 0.16 0.15 0.20 0.21 0.22 0.18 0.26 0.19 0.29 0.65 0.24 0.31
C5' 0.34 0.37 0.41 0.33 0.34 0.27 0.40 0.33 0.30 0.27 0.33 0.41 0.56 0.60 0.54 0.21 0.50 0.77 1.01 0.79
C6 0.15 0.13 0.15 0.19 0.14 0.19 0.17 0.25 0.16 0.13 0.13 0.18 0.16 0.19 0.24 0.18 0.30 0.64 0.28 0.33
C8 0.18 0.29 0.19 0.19 0.23 0.21 0.18 0.26 0.16 0.20 0.29 0.24 0.37 0.21 0.35 0.20 0.28 0.64 0.30 0.32
N1 0.17 0.13 0.17 0.25 0.11 0.24 0.17 0.31 0.18 0.15 0.11 0.15 0.15 0.19 0.26 0.21 0.38 0.71 0.34 0.44
N3 0.21 0.15 0.21 0.28 0.14 0.29 0.16 0.37 0.16 0.16 0.13 0.18 0.19 0.23 0.29 0.26 0.42 0.85 0.36 0.49
N6 0.16 0.13 0.15 0.17 0.18 0.17 0.19 0.21 0.15 0.13 0.13 0.24 0.17 0.23 0.23 0.18 0.26 0.57 0.30 0.29
N7 0.15 0.25 0.16 0.17 0.24 0.19 0.18 0.23 0.16 0.16 0.29 0.26 0.30 0.19 0.33 0.19 0.25 0.60 0.25 0.27
N9 0.22 0.26 0.21 0.19 0.18 0.21 0.17 0.28 0.16 0.20 0.23 0.19 0.32 0.24 0.30 0.21 0.32 0.72 0.34 0.38
O2' 0.46 0.38 0.50 0.41 0.25 0.38 0.24 0.34 0.28 0.36 0.32 0.22 0.47 0.62 0.46 0.39 0.42 0.90 0.62 0.60
O3' 0.51 0.45 0.57 0.67 0.49 0.67 0.58 0.81 0.60 0.50 0.44 0.48 0.44 0.57 0.76 0.56 0.94 1.11 1.22 1.17
O4' 0.41 0.33 0.44 0.41 0.22 0.41 0.23 0.40 0.22 0.29 0.26 0.24 0.45 0.56 0.53 0.37 0.40 0.69 0.60 0.49
O5' 0.45 0.51 0.53 0.49 0.45 0.39 0.46 0.35 0.36 0.38 0.48 0.51 0.69 0.71 0.74 0.33 0.51 0.72 1.00 0.73
OP1 0.62 0.93 0.70 0.61 0.86 0.49 0.68 0.43 0.53 0.66 0.99 0.96 1.12 0.92 0.90 0.40 0.50 0.74 1.07 0.75
OP2 0.54 0.59 0.68 0.66 0.59 0.46 0.64 0.41 0.49 0.46 0.55 0.70 0.81 0.87 0.95 0.36 0.59 0.72 1.17 0.84
P 0.54 0.58 0.69 0.65 0.47 0.50 0.46 0.42 0.36 0.43 0.54 0.54 0.80 0.91 0.94 0.38 0.53 0.69 1.08 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.08 0.20 0.18 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.10 0.25 0.31 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.24 0.19
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.16 0.09 0.10 0.15 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.17 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.02 0.10 0.26 0.43 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.10 0.03 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.03 0.11 0.25 0.42 0.14
C5' 0.03 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.09 0.24 0.31 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.08 0.23 0.25 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.02 0.11 0.26 0.38 0.14
N4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.14 0.03 0.11 0.27 0.48 0.14
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.14 0.03 0.12 0.24 0.30 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.12 0.10 0.08 0.04 0.05 0.07 0.14 0.13 0.17 0.00 0.04 0.06 0.10 0.13 0.23 0.17
O3' 0.10 0.08 0.02 0.01 0.12 0.03 0.16 0.07 0.13 0.05 0.08 0.14 0.14 0.04 0.00 0.08 0.14 0.24 0.28 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.08 0.00 0.06 0.22 0.12 0.10
O5' 0.08 0.10 0.13 0.07 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.08 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.20 0.25 0.15 0.11 0.26 0.10 0.25 0.10 0.24 0.23 0.26 0.27 0.24 0.13 0.24 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.31 0.24 0.17 0.43 0.11 0.42 0.15 0.31 0.25 0.38 0.48 0.30 0.23 0.28 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.19 0.07 0.13 0.03 0.14 0.02 0.11 0.11 0.14 0.14 0.17 0.17 0.14 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00