ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 4, 7, 7, 13, 3, 2, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.008, 0.035, 0.061, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.005, 0.034, 0.062, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.008, 0.044, 0.081, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.044 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.001, 0.043, 0.084, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.043 std_dev=0.041
N1 B 0, 0.214, 0.384, 0.554, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.384 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.249, 0.482, 0.715, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.482 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.190, 0.453, 0.716, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.453 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.317, 0.637, 0.956, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.637 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.201, 0.571, 0.940, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.571 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.271, 0.659, 1.048, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.659 std_dev=0.389
C4 B 0, 0.264, 0.689, 1.115, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.689 std_dev=0.425
O2 B 0, 0.248, 0.675, 1.102, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.675 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.383, 0.835, 1.288, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.835 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.464, 1.015, 1.566, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.015 std_dev=0.551
C2' B 0, 0.441, 0.994, 1.547, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.994 std_dev=0.553
N4 B 0, 0.414, 1.017, 1.620, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.017 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.614, 1.236, 1.859, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.236 std_dev=0.622
O4' A 0, 0.045, 0.673, 1.300, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.673 std_dev=0.628
C5' B 0, 0.470, 1.125, 1.781, 2.162 max_d=2.162 avg_d=1.125 std_dev=0.656
C2' A 0, 0.055, 0.721, 1.387, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.721 std_dev=0.666
C4' A 0, 0.241, 1.135, 2.029, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.135 std_dev=0.894
C3' A 0, 0.282, 1.181, 2.080, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.181 std_dev=0.899
O2' A 0, 0.034, 0.962, 1.890, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.962 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.599, 1.555, 2.511, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.555 std_dev=0.956
O2' B 0, 0.398, 1.401, 2.404, 3.962 max_d=3.962 avg_d=1.401 std_dev=1.003
O3' A 0, 0.511, 1.685, 2.859, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.685 std_dev=1.174
O5' B 0, 0.232, 1.477, 2.722, 4.089 max_d=4.089 avg_d=1.477 std_dev=1.245
P A 0, 0.631, 1.914, 3.197, 4.221 max_d=4.221 avg_d=1.914 std_dev=1.283
OP1 A 0, 0.984, 2.316, 3.649, 5.505 max_d=5.505 avg_d=2.316 std_dev=1.332
C5' A 0, 0.360, 1.701, 3.042, 4.001 max_d=4.001 avg_d=1.701 std_dev=1.341
O5' A 0, 0.636, 1.987, 3.339, 4.251 max_d=4.251 avg_d=1.987 std_dev=1.351
OP2 A 0, 0.973, 2.339, 3.704, 5.320 max_d=5.320 avg_d=2.339 std_dev=1.365
P B 0, 0.582, 2.562, 4.542, 5.848 max_d=5.848 avg_d=2.562 std_dev=1.980
OP1 B 0, 0.745, 2.859, 4.973, 5.908 max_d=5.908 avg_d=2.859 std_dev=2.114
OP2 B 0, 0.715, 3.176, 5.638, 7.708 max_d=7.708 avg_d=3.176 std_dev=2.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.35 0.56 0.62 0.35
C2 0.05 0.00 0.42 0.30 0.02 0.16 0.02 0.39 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.47 0.35 0.33 0.73 0.86 1.00 0.69
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.22 0.02 0.12 0.19 0.21 0.23 0.34 0.42 0.16 0.14 0.05 0.01 0.04 0.02 0.49 0.71 0.58 0.53
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.26 0.01 0.33 0.04 0.35 0.35 0.33 0.26 0.38 0.37 0.23 0.03 0.01 0.03 0.32 0.53 0.42 0.32
C4 0.02 0.02 0.22 0.26 0.00 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.20 0.18 0.71 0.85 0.91 0.64
C4' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.23 0.15 0.15 0.17 0.22 0.11 0.30 0.05 0.01 0.03 0.29 0.53 0.16
C5 0.02 0.02 0.12 0.33 0.01 0.15 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.21 0.10 0.84 1.00 1.13 0.80
C5' 0.09 0.39 0.19 0.04 0.31 0.01 0.36 0.00 0.40 0.32 0.41 0.34 0.43 0.37 0.23 0.14 0.21 0.03 0.01 0.37 0.42 0.02
C6 0.03 0.02 0.21 0.35 0.01 0.15 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.24 0.17 0.88 1.04 1.23 0.85
C8 0.02 0.02 0.23 0.35 0.01 0.23 0.01 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.45 0.29 0.18 0.79 0.94 0.95 0.73
N1 0.04 0.01 0.34 0.33 0.02 0.15 0.01 0.41 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.29 0.27 0.83 0.97 1.15 0.79
N3 0.05 0.01 0.42 0.26 0.01 0.15 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.46 0.34 0.32 0.65 0.78 0.87 0.59
N6 0.03 0.02 0.16 0.38 0.02 0.17 0.02 0.43 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.32 0.28 0.12 0.94 1.12 1.38 0.94
N7 0.02 0.02 0.14 0.37 0.01 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.30 0.10 0.89 1.07 1.19 0.86
N9 0.01 0.02 0.05 0.23 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.15 0.03 0.62 0.77 0.76 0.55
O2' 0.03 0.47 0.01 0.03 0.24 0.30 0.28 0.14 0.29 0.45 0.37 0.46 0.32 0.42 0.19 0.00 0.08 0.23 0.30 0.65 0.57 0.40
O3' 0.27 0.35 0.04 0.01 0.20 0.05 0.21 0.21 0.24 0.29 0.29 0.34 0.28 0.30 0.15 0.08 0.00 0.19 0.35 0.73 0.52 0.41
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.18 0.01 0.10 0.03 0.17 0.18 0.27 0.32 0.12 0.10 0.03 0.23 0.19 0.00 0.28 0.57 0.72 0.41
O5' 0.35 0.73 0.49 0.32 0.71 0.03 0.84 0.01 0.88 0.79 0.83 0.65 0.94 0.89 0.62 0.30 0.35 0.28 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.56 0.86 0.71 0.53 0.85 0.29 1.00 0.37 1.04 0.94 0.97 0.78 1.12 1.07 0.77 0.65 0.73 0.57 0.03 0.00 0.05 0.02
OP2 0.62 1.00 0.58 0.42 0.91 0.53 1.13 0.42 1.23 0.95 1.15 0.87 1.38 1.19 0.76 0.57 0.52 0.72 0.04 0.05 0.00 0.02
P 0.35 0.69 0.53 0.32 0.64 0.16 0.80 0.02 0.85 0.73 0.79 0.59 0.94 0.86 0.55 0.40 0.41 0.41 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.35 0.24 0.24 0.22 0.27 0.36 0.37 0.28 0.23 0.32 0.28 0.51 0.34 0.28 0.27 0.51 0.67 0.61 0.44
C2 0.31 0.24 0.31 0.31 0.32 0.34 0.40 0.49 0.28 0.20 0.18 0.42 0.44 0.54 0.45 0.35 0.62 0.57 0.66 0.54
C2' 0.37 0.44 0.26 0.31 0.22 0.37 0.38 0.44 0.27 0.27 0.37 0.34 0.67 0.38 0.38 0.40 0.61 0.69 0.73 0.51
C3' 0.33 0.33 0.36 0.35 0.38 0.41 0.51 0.48 0.40 0.29 0.32 0.51 0.47 0.43 0.39 0.41 0.64 0.73 0.70 0.51
C4 0.27 0.31 0.23 0.25 0.19 0.29 0.37 0.42 0.27 0.21 0.27 0.26 0.47 0.33 0.30 0.29 0.59 0.60 0.68 0.47
C4' 0.43 0.46 0.60 0.51 0.60 0.40 0.69 0.47 0.60 0.48 0.51 0.71 0.46 0.69 0.53 0.38 0.52 0.83 0.60 0.47
C5 0.26 0.30 0.25 0.28 0.15 0.31 0.29 0.46 0.25 0.20 0.28 0.20 0.41 0.30 0.26 0.31 0.67 0.64 0.80 0.55
C5' 0.81 0.79 1.05 0.92 0.94 0.73 1.02 0.73 0.96 0.85 0.83 1.00 0.74 1.19 0.96 0.69 0.68 1.09 0.74 0.67
C6 0.28 0.25 0.27 0.31 0.15 0.35 0.27 0.51 0.24 0.18 0.20 0.19 0.36 0.35 0.31 0.34 0.75 0.65 0.89 0.66
C8 0.24 0.33 0.26 0.28 0.23 0.30 0.25 0.44 0.24 0.21 0.37 0.29 0.44 0.31 0.23 0.29 0.61 0.73 0.76 0.53
N1 0.30 0.21 0.29 0.31 0.22 0.37 0.33 0.54 0.26 0.18 0.16 0.28 0.38 0.48 0.41 0.36 0.71 0.63 0.79 0.66
N3 0.29 0.29 0.28 0.27 0.31 0.30 0.42 0.43 0.29 0.21 0.20 0.44 0.48 0.46 0.39 0.31 0.56 0.55 0.62 0.46
N6 0.28 0.23 0.36 0.38 0.19 0.40 0.24 0.58 0.22 0.18 0.22 0.22 0.31 0.39 0.32 0.36 0.90 0.75 1.12 0.82
N7 0.25 0.31 0.30 0.31 0.25 0.33 0.23 0.47 0.22 0.20 0.36 0.32 0.39 0.34 0.25 0.31 0.67 0.72 0.86 0.57
N9 0.26 0.34 0.23 0.24 0.19 0.28 0.33 0.40 0.26 0.22 0.33 0.22 0.48 0.30 0.25 0.28 0.56 0.66 0.67 0.46
O2' 0.48 0.59 0.38 0.39 0.29 0.40 0.38 0.47 0.31 0.38 0.54 0.34 0.86 0.56 0.45 0.43 0.66 0.77 0.87 0.66
O3' 0.36 0.40 0.42 0.39 0.52 0.42 0.60 0.51 0.47 0.36 0.44 0.67 0.52 0.46 0.40 0.42 0.67 0.74 0.75 0.56
O4' 0.42 0.46 0.54 0.47 0.52 0.38 0.60 0.43 0.53 0.45 0.49 0.59 0.49 0.62 0.51 0.37 0.49 0.80 0.62 0.50
O5' 1.11 0.98 1.34 1.25 1.06 1.07 1.25 1.06 1.23 1.11 0.94 1.02 0.90 1.45 1.26 1.02 1.03 0.96 0.92 0.80
OP1 1.24 1.15 1.33 1.33 1.16 1.27 1.25 1.33 1.26 1.22 1.12 1.12 1.12 1.41 1.29 1.23 1.31 1.05 1.05 1.00
OP2 1.42 1.13 1.71 1.69 1.09 1.45 1.39 1.40 1.49 1.35 1.02 0.96 1.06 1.80 1.69 1.35 1.52 1.60 1.76 1.60
P 1.12 0.94 1.37 1.31 0.94 1.08 1.14 1.04 1.19 1.08 0.87 0.86 0.88 1.51 1.31 1.01 1.06 0.94 1.01 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.23 0.01 0.23 0.37 0.59 0.30
C2 0.04 0.00 0.14 0.07 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.24 0.16 0.30 0.54 0.71 0.41
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.03 0.14 0.18 0.17 0.05 0.12 0.09 0.26 0.01 0.06 0.04 0.54 0.61 0.89 0.58
C3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.15 0.07 0.08 0.13 0.11 0.03 0.01 0.01 0.37 0.49 0.66 0.39
C4 0.03 0.02 0.08 0.12 0.00 0.08 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.04 0.41 0.82 0.85 0.63
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.18 0.04 0.08 0.08 0.23 0.13 0.04 0.01 0.03 0.21 0.30 0.14
C5 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.16 0.00 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.16 0.12 0.46 0.91 0.90 0.72
C5' 0.08 0.15 0.18 0.03 0.26 0.01 0.37 0.00 0.36 0.17 0.18 0.28 0.23 0.08 0.15 0.02 0.01 0.15 0.19 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.15 0.02 0.18 0.01 0.36 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.16 0.16 0.43 0.76 0.84 0.63
N1 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.18 0.02 0.31 0.55 0.72 0.44
N3 0.03 0.01 0.12 0.08 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.21 0.12 0.35 0.67 0.77 0.50
N4 0.03 0.02 0.09 0.13 0.01 0.08 0.01 0.28 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.22 0.17 0.05 0.43 0.91 0.87 0.68
O2 0.06 0.01 0.26 0.11 0.02 0.23 0.02 0.23 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.44 0.31 0.28 0.29 0.44 0.64 0.33
O2' 0.04 0.21 0.01 0.03 0.20 0.13 0.32 0.08 0.33 0.11 0.19 0.22 0.44 0.00 0.08 0.08 0.53 0.68 1.00 0.62
O3' 0.23 0.24 0.06 0.01 0.17 0.04 0.16 0.15 0.16 0.18 0.21 0.17 0.31 0.08 0.00 0.15 0.24 0.55 0.53 0.33
O4' 0.01 0.16 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.12 0.05 0.28 0.08 0.15 0.00 0.14 0.28 0.50 0.25
O5' 0.23 0.30 0.54 0.37 0.41 0.03 0.46 0.01 0.43 0.31 0.35 0.43 0.29 0.53 0.24 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.37 0.54 0.61 0.49 0.82 0.21 0.91 0.15 0.76 0.55 0.67 0.91 0.44 0.68 0.55 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.71 0.89 0.66 0.85 0.30 0.90 0.19 0.84 0.72 0.77 0.87 0.64 1.00 0.53 0.50 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.41 0.58 0.39 0.63 0.14 0.72 0.03 0.63 0.44 0.50 0.68 0.33 0.62 0.33 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00