ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 13, 9, 6, 1, 4, 1, 2, 4, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C2 B 0, 0.121, 0.344, 0.567, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.344 std_dev=0.223
O4' A 0, -0.022, 0.212, 0.445, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.212 std_dev=0.233
C2' A 0, -0.037, 0.203, 0.444, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.203 std_dev=0.241
O5' A 0, 0.072, 0.331, 0.590, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.331 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.122, 0.382, 0.643, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.382 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.063, 0.342, 0.620, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.342 std_dev=0.278
C5' A 0, 0.032, 0.352, 0.671, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.352 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.101, 0.427, 0.754, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.427 std_dev=0.326
P A 0, 0.067, 0.457, 0.847, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.457 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.094, 0.490, 0.886, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.490 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.103, 0.501, 0.899, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.501 std_dev=0.398
O2 B 0, 0.046, 0.456, 0.866, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.456 std_dev=0.410
C4' A 0, -0.044, 0.381, 0.806, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.381 std_dev=0.425
O4' B 0, 0.042, 0.469, 0.895, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.469 std_dev=0.426
C5 B 0, 0.109, 0.538, 0.967, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.538 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.030, 0.515, 1.001, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.515 std_dev=0.485
N4 B 0, 0.040, 0.531, 1.022, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.531 std_dev=0.491
O2' A 0, -0.116, 0.387, 0.889, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.387 std_dev=0.503
O5' B 0, 0.029, 0.594, 1.159, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.594 std_dev=0.565
C3' B 0, 0.059, 0.633, 1.207, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.633 std_dev=0.574
C5' B 0, -0.011, 0.572, 1.156, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.572 std_dev=0.583
C3' A 0, -0.122, 0.525, 1.173, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.525 std_dev=0.648
C2' B 0, 0.092, 0.763, 1.434, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.763 std_dev=0.671
O3' B 0, 0.074, 0.837, 1.601, 3.016 max_d=3.016 avg_d=0.837 std_dev=0.764
P B 0, 0.014, 0.867, 1.721, 3.044 max_d=3.044 avg_d=0.867 std_dev=0.854
O2' B 0, 0.120, 0.979, 1.837, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.979 std_dev=0.859
OP1 A 0, -0.104, 0.852, 1.807, 3.422 max_d=3.422 avg_d=0.852 std_dev=0.955
O3' A 0, -0.270, 0.937, 2.144, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.937 std_dev=1.207
OP2 A 0, -0.257, 1.158, 2.573, 3.756 max_d=3.756 avg_d=1.158 std_dev=1.415
OP2 B 0, -0.137, 1.434, 3.006, 4.833 max_d=4.833 avg_d=1.434 std_dev=1.572
OP1 B 0, -0.292, 1.471, 3.233, 5.049 max_d=5.049 avg_d=1.471 std_dev=1.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.19 0.28 0.09 0.21
C2 0.03 0.00 0.19 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.14 0.05 0.14 0.31 0.35 0.20
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.22 0.10 0.07 0.15 0.18 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.45 0.25 0.56 0.49
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.26 0.00 0.34 0.01 0.35 0.31 0.30 0.19 0.39 0.36 0.23 0.02 0.01 0.02 0.05 0.37 0.27 0.07
C4 0.02 0.01 0.10 0.26 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.08 0.03 0.13 0.35 0.36 0.19
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.28 0.03 0.00 0.02 0.12 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.34 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.13 0.03 0.10 0.42 0.59 0.16
C5' 0.10 0.06 0.22 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.22 0.01 0.01 0.16 0.32 0.01
C6 0.02 0.00 0.10 0.35 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.13 0.04 0.10 0.41 0.64 0.16
C8 0.01 0.02 0.07 0.31 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.16 0.05 0.09 0.47 0.54 0.15
N1 0.02 0.00 0.15 0.30 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.08 0.05 0.12 0.36 0.52 0.18
N3 0.03 0.00 0.18 0.19 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.19 0.05 0.15 0.30 0.25 0.21
N6 0.02 0.01 0.08 0.39 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.33 0.21 0.04 0.10 0.44 0.79 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.36 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.21 0.04 0.09 0.50 0.74 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.07 0.02 0.13 0.36 0.28 0.18
O2' 0.03 0.27 0.00 0.02 0.25 0.28 0.29 0.07 0.32 0.22 0.31 0.24 0.33 0.28 0.18 0.00 0.05 0.19 0.32 0.16 0.59 0.41
O3' 0.28 0.14 0.02 0.01 0.08 0.03 0.13 0.22 0.13 0.16 0.08 0.19 0.21 0.21 0.07 0.05 0.00 0.23 0.21 0.79 0.14 0.33
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.19 0.23 0.00 0.07 0.24 0.21 0.08
O5' 0.19 0.14 0.45 0.05 0.13 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.12 0.15 0.10 0.09 0.13 0.32 0.21 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.28 0.31 0.25 0.37 0.35 0.12 0.42 0.16 0.41 0.47 0.36 0.30 0.44 0.50 0.36 0.16 0.79 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.35 0.56 0.27 0.36 0.22 0.59 0.32 0.64 0.54 0.52 0.25 0.79 0.74 0.28 0.59 0.14 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.20 0.49 0.07 0.19 0.02 0.16 0.01 0.16 0.15 0.18 0.21 0.15 0.15 0.18 0.41 0.33 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.21 0.31 0.28 0.28 0.43 0.45 0.41 0.32 0.12 0.18 0.36 0.38 0.15 0.46 0.34 0.30 0.66 0.81 0.16
C2 0.16 0.17 0.16 0.19 0.20 0.23 0.31 0.26 0.23 0.14 0.15 0.28 0.27 0.21 0.26 0.26 0.42 0.33 1.36 0.52
C2' 0.16 0.23 0.25 0.25 0.21 0.37 0.36 0.38 0.28 0.12 0.19 0.27 0.39 0.13 0.43 0.27 0.28 0.87 0.76 0.16
C3' 0.21 0.30 0.27 0.29 0.26 0.38 0.50 0.31 0.39 0.14 0.22 0.33 0.56 0.12 0.50 0.26 0.32 0.75 0.85 0.30
C4 0.11 0.18 0.12 0.11 0.22 0.26 0.40 0.26 0.32 0.09 0.14 0.27 0.35 0.12 0.37 0.24 0.36 0.25 1.08 0.38
C4' 0.17 0.19 0.23 0.28 0.39 0.34 0.61 0.32 0.52 0.21 0.20 0.46 0.35 0.24 0.42 0.20 0.29 0.83 0.61 0.24
C5 0.15 0.16 0.16 0.12 0.22 0.19 0.38 0.22 0.36 0.15 0.18 0.25 0.35 0.19 0.39 0.16 0.37 0.21 1.01 0.42
C5' 0.21 0.19 0.23 0.36 0.40 0.35 0.61 0.32 0.55 0.25 0.21 0.46 0.34 0.36 0.56 0.21 0.23 0.95 0.32 0.26
C6 0.20 0.13 0.25 0.21 0.25 0.17 0.33 0.23 0.31 0.18 0.21 0.29 0.26 0.23 0.33 0.17 0.41 0.32 1.14 0.51
C8 0.12 0.22 0.11 0.18 0.24 0.28 0.43 0.24 0.43 0.17 0.19 0.26 0.44 0.22 0.56 0.14 0.28 0.26 0.68 0.23
N1 0.18 0.14 0.21 0.24 0.24 0.19 0.31 0.24 0.26 0.16 0.17 0.30 0.23 0.21 0.27 0.21 0.43 0.37 1.30 0.55
N3 0.16 0.18 0.18 0.13 0.21 0.27 0.35 0.28 0.24 0.12 0.15 0.30 0.30 0.20 0.29 0.30 0.39 0.31 1.27 0.44
N6 0.28 0.16 0.38 0.28 0.29 0.18 0.31 0.24 0.31 0.23 0.27 0.34 0.21 0.34 0.34 0.19 0.42 0.40 1.08 0.53
N7 0.18 0.21 0.20 0.11 0.23 0.18 0.39 0.19 0.42 0.20 0.22 0.24 0.43 0.30 0.51 0.14 0.33 0.15 0.77 0.34
N9 0.12 0.20 0.16 0.17 0.24 0.34 0.44 0.30 0.37 0.10 0.16 0.29 0.39 0.10 0.46 0.26 0.31 0.36 0.87 0.25
O2' 0.21 0.15 0.39 0.40 0.32 0.56 0.39 0.66 0.23 0.12 0.18 0.44 0.25 0.20 0.54 0.39 0.46 1.30 0.61 0.43
O3' 0.20 0.20 0.21 0.28 0.66 0.27 0.94 0.35 0.78 0.36 0.32 0.77 0.29 0.29 0.34 0.20 0.68 0.52 1.37 0.74
O4' 0.17 0.18 0.26 0.28 0.41 0.40 0.61 0.37 0.51 0.19 0.22 0.48 0.31 0.16 0.44 0.24 0.27 0.65 0.65 0.17
O5' 0.25 0.27 0.32 0.56 0.31 0.54 0.52 0.46 0.47 0.22 0.21 0.36 0.50 0.29 0.91 0.26 0.29 0.90 0.26 0.29
OP1 0.94 0.64 0.95 0.61 0.82 0.67 1.06 0.61 1.11 0.90 0.64 0.79 0.45 1.42 0.39 0.94 0.78 0.55 0.59 0.59
OP2 0.85 0.98 0.96 1.26 0.52 1.07 0.43 0.87 0.48 0.71 0.83 0.45 1.35 0.74 1.76 0.74 0.80 1.25 0.70 0.81
P 0.24 0.22 0.28 0.57 0.35 0.49 0.57 0.46 0.54 0.26 0.19 0.38 0.43 0.43 0.99 0.28 0.42 0.94 0.37 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.26 0.01 0.14 0.37 0.28 0.14
C2 0.02 0.00 0.20 0.30 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.12 0.09 0.31 0.69 0.91 0.53
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.05 0.02 0.14 0.12 0.19 0.03 0.15 0.05 0.35 0.00 0.03 0.03 0.32 0.47 0.38 0.22
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.41 0.01 0.38 0.02 0.31 0.25 0.38 0.44 0.24 0.02 0.02 0.02 0.09 0.67 0.31 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.21 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.22 0.04 0.52 0.90 1.47 0.83
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.25 0.13 0.13 0.23 0.05 0.30 0.03 0.00 0.02 0.25 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.27 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.26 0.08 0.55 0.83 1.46 0.81
C5' 0.06 0.22 0.12 0.02 0.41 0.01 0.48 0.00 0.42 0.24 0.31 0.45 0.13 0.17 0.17 0.03 0.01 0.18 0.25 0.04
C6 0.01 0.01 0.19 0.31 0.01 0.25 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.18 0.10 0.44 0.65 1.07 0.60
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.08 0.02 0.29 0.58 0.76 0.44
N3 0.02 0.00 0.15 0.38 0.00 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.15 0.07 0.43 0.83 1.23 0.71
N4 0.02 0.01 0.05 0.44 0.01 0.23 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.27 0.04 0.57 0.99 1.67 0.94
O2 0.03 0.00 0.35 0.24 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.23 0.15 0.23 0.63 0.71 0.42
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.39 0.30 0.44 0.17 0.38 0.23 0.28 0.43 0.14 0.00 0.07 0.21 0.20 0.55 0.45 0.18
O3' 0.26 0.12 0.03 0.02 0.22 0.03 0.26 0.17 0.18 0.08 0.15 0.27 0.23 0.07 0.00 0.15 0.23 1.01 0.37 0.43
O4' 0.01 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.03 0.10 0.02 0.07 0.04 0.15 0.21 0.15 0.00 0.15 0.21 0.24 0.12
O5' 0.14 0.31 0.32 0.09 0.52 0.02 0.55 0.01 0.44 0.29 0.43 0.57 0.23 0.20 0.23 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.37 0.69 0.47 0.67 0.90 0.25 0.83 0.18 0.65 0.58 0.83 0.99 0.63 0.55 1.01 0.21 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.91 0.38 0.31 1.47 0.24 1.46 0.25 1.07 0.76 1.23 1.67 0.71 0.45 0.37 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.53 0.22 0.18 0.83 0.06 0.81 0.04 0.60 0.44 0.71 0.94 0.42 0.18 0.43 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00