ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 6, 8, 5, 5, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.033, 0.094, 0.156, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.094 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.024, 0.088, 0.151, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.088 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.039, 0.109, 0.180, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.109 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.043, 0.139, 0.235, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.139 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.057, 0.156, 0.255, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.156 std_dev=0.099
N4 B 0, 0.073, 0.215, 0.357, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.215 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.091, 0.238, 0.384, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.238 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.095, 0.247, 0.400, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.247 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.100, 0.255, 0.410, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.255 std_dev=0.155
C5' A 0, 0.070, 0.232, 0.394, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.232 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.064, 0.234, 0.405, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.234 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.135, 0.310, 0.485, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.310 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.160, 0.345, 0.530, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.345 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.157, 0.361, 0.566, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.361 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.181, 0.397, 0.613, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.397 std_dev=0.216
P A 0, 0.131, 0.375, 0.620, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.375 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.159, 0.406, 0.653, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.406 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.180, 0.431, 0.682, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.431 std_dev=0.251
OP1 A 0, 0.188, 0.448, 0.709, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.448 std_dev=0.261
O5' B 0, 0.149, 0.411, 0.672, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.411 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.204, 0.472, 0.741, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.472 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.157, 0.427, 0.698, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.427 std_dev=0.271
O2 B 0, 0.231, 0.504, 0.776, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.504 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.175, 0.460, 0.745, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.460 std_dev=0.285
C4' B 0, 0.167, 0.455, 0.742, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.455 std_dev=0.288
OP2 B 0, 0.220, 0.510, 0.800, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.510 std_dev=0.290
P B 0, 0.182, 0.482, 0.783, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.482 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.253, 0.555, 0.858, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.555 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.198, 0.505, 0.812, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.505 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.220, 0.568, 0.917, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.568 std_dev=0.348
OP1 B 0, 0.192, 0.577, 0.962, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.577 std_dev=0.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.11 0.13 0.15 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.06 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.13 0.13 0.11
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.15 0.17 0.14
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.16 0.19 0.15
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.10 0.14 0.14 0.13
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.12 0.15 0.17 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.12 0.13 0.10
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.13 0.18 0.21 0.17
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.17 0.18 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.10 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.11 0.05 0.04
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.07 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.13 0.12 0.12 0.13 0.07 0.15 0.04 0.16 0.14 0.15 0.12 0.18 0.17 0.12 0.11 0.14 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.15 0.06 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.19 0.14 0.17 0.13 0.21 0.18 0.10 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.06 0.05 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.14 0.10 0.17 0.16 0.09 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.08 0.05 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.16 0.12
C2 0.16 0.15 0.15 0.15 0.11 0.15 0.14 0.14 0.16 0.15 0.13 0.10 0.17 0.15 0.15 0.16 0.12 0.12 0.16 0.13
C2' 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.16 0.11
C3' 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.13 0.17 0.12
C4 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.11 0.09 0.14 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.15 0.11
C4' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.08 0.09 0.11 0.12 0.14 0.17 0.13
C5 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.16 0.08 0.07 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.15 0.11
C5' 0.11 0.14 0.09 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.15 0.16 0.15 0.09 0.09 0.11 0.11 0.14 0.16 0.12
C6 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.14 0.10
C8 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.12 0.08 0.17 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.18 0.15
N1 0.14 0.13 0.14 0.14 0.10 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.11 0.10 0.15 0.14 0.14 0.15 0.11 0.11 0.16 0.12
N3 0.13 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.09 0.14 0.12 0.12 0.13 0.10 0.10 0.14 0.11
N6 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.16 0.18 0.15 0.12 0.12 0.13 0.14 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.15 0.10
N7 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.18 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.15 0.15 0.18 0.15
N9 0.08 0.08 0.09 0.10 0.05 0.11 0.06 0.15 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.16 0.12
O2' 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11
O3' 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.14 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.13 0.13 0.17 0.13
O4' 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.13 0.15 0.17 0.14
O5' 0.12 0.15 0.10 0.10 0.16 0.10 0.14 0.10 0.13 0.13 0.17 0.18 0.16 0.11 0.10 0.13 0.09 0.13 0.15 0.11
OP1 0.11 0.13 0.09 0.09 0.15 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.15 0.17 0.14 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.15 0.12
OP2 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11
P 0.10 0.13 0.09 0.09 0.14 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.07 0.09 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.10 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.12 0.16 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.12 0.14 0.18 0.14
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.11 0.14 0.16 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.08 0.09 0.13 0.09
N4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.14 0.12 0.10
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.11 0.07 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.07 0.04
O5' 0.05 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.06 0.14 0.03 0.14 0.10 0.09 0.12 0.08 0.14 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.11 0.10 0.06 0.16 0.03 0.18 0.01 0.16 0.12 0.13 0.17 0.10 0.12 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.09 0.07 0.11 0.03 0.14 0.01 0.13 0.09 0.09 0.12 0.07 0.10 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00