ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51808

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 8, 5, 4, 3, 5, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.012
O4' A 0, -0.051, 0.080, 0.211, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.080 std_dev=0.131
C2' A 0, -0.049, 0.086, 0.220, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.086 std_dev=0.135
O2' A 0, -0.027, 0.118, 0.263, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.118 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.117, 0.310, 0.502, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.310 std_dev=0.193
C4' A 0, -0.039, 0.156, 0.350, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.156 std_dev=0.194
O4' B 0, 0.048, 0.257, 0.466, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.257 std_dev=0.209
C3' A 0, -0.058, 0.155, 0.367, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.155 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.074, 0.294, 0.513, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.294 std_dev=0.220
C6 B 0, 0.113, 0.340, 0.567, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.340 std_dev=0.227
C4' B 0, 0.008, 0.243, 0.478, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.243 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.083, 0.323, 0.563, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.323 std_dev=0.240
P B 0, 0.019, 0.259, 0.500, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.259 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.051, 0.307, 0.562, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.307 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.119, 0.379, 0.639, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.379 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.093, 0.356, 0.618, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.356 std_dev=0.262
C3' B 0, -0.007, 0.269, 0.546, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.269 std_dev=0.277
O5' B 0, -0.030, 0.258, 0.547, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.258 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.088, 0.380, 0.672, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.380 std_dev=0.292
O3' A 0, -0.067, 0.229, 0.525, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.229 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.105, 0.407, 0.710, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.407 std_dev=0.303
OP2 B 0, -0.011, 0.300, 0.611, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.300 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.097, 0.418, 0.739, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.418 std_dev=0.321
O2 B 0, 0.098, 0.423, 0.748, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.423 std_dev=0.325
O3' B 0, -0.020, 0.322, 0.664, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.322 std_dev=0.342
C5' A 0, -0.060, 0.283, 0.626, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.283 std_dev=0.343
N4 B 0, 0.115, 0.460, 0.804, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.460 std_dev=0.344
C5' B 0, -0.101, 0.257, 0.615, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.257 std_dev=0.358
O5' A 0, -0.172, 0.359, 0.889, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.359 std_dev=0.531
P A 0, -0.249, 0.485, 1.220, 4.481 max_d=4.481 avg_d=0.485 std_dev=0.735
OP2 A 0, -0.234, 0.647, 1.528, 5.163 max_d=5.163 avg_d=0.647 std_dev=0.881
OP1 A 0, -0.460, 0.578, 1.617, 6.348 max_d=6.348 avg_d=0.578 std_dev=1.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.57 0.13 0.22
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.05 0.20 0.16 0.51 0.19
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.48 0.11 0.18
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.10 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.32 0.08 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.20 0.37 0.27 0.12
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.09 0.13
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.24 0.40 0.27 0.14
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.11 0.05 0.13 0.12 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.25 0.30 0.38 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.21 0.60 0.13 0.25
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.23 0.18 0.49 0.16
N3 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.06 0.18 0.22 0.41 0.14
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.26 0.31 0.37 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.24 0.53 0.17 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.52 0.15 0.19
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.53 0.18 0.21
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.05 0.14 0.15 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.24 0.06 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.52 0.12 0.21
O5' 0.11 0.20 0.05 0.03 0.20 0.01 0.24 0.01 0.25 0.21 0.23 0.18 0.26 0.24 0.18 0.04 0.09 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.57 0.16 0.48 0.32 0.37 0.35 0.40 0.10 0.30 0.60 0.18 0.22 0.31 0.53 0.52 0.53 0.24 0.52 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.51 0.11 0.08 0.27 0.09 0.27 0.10 0.38 0.13 0.49 0.41 0.37 0.17 0.15 0.18 0.06 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.19 0.18 0.09 0.12 0.13 0.14 0.01 0.12 0.25 0.16 0.14 0.13 0.21 0.19 0.21 0.07 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.13 0.18 0.12 0.21 0.14 0.26 0.12 0.09 0.11 0.15 0.11 0.16 0.19 0.18 0.23 0.04 0.06 0.05
C2 0.21 0.20 0.20 0.19 0.20 0.18 0.21 0.16 0.21 0.20 0.20 0.21 0.20 0.19 0.19 0.21 0.31 0.14 0.21 0.19
C2' 0.10 0.13 0.08 0.15 0.14 0.19 0.15 0.28 0.13 0.09 0.14 0.16 0.16 0.13 0.18 0.13 0.25 0.08 0.04 0.09
C3' 0.17 0.17 0.10 0.05 0.16 0.08 0.15 0.11 0.13 0.15 0.16 0.17 0.19 0.18 0.07 0.15 0.10 0.05 0.06 0.01
C4 0.18 0.13 0.17 0.17 0.10 0.19 0.12 0.18 0.14 0.15 0.10 0.13 0.15 0.18 0.17 0.21 0.28 0.08 0.13 0.11
C4' 0.13 0.13 0.08 0.06 0.14 0.09 0.14 0.13 0.11 0.11 0.14 0.16 0.15 0.15 0.08 0.11 0.06 0.16 0.11 0.07
C5 0.20 0.16 0.17 0.14 0.06 0.17 0.08 0.14 0.14 0.17 0.11 0.10 0.18 0.20 0.14 0.21 0.26 0.08 0.15 0.11
C5' 0.17 0.16 0.12 0.06 0.17 0.10 0.16 0.06 0.14 0.15 0.16 0.19 0.17 0.18 0.06 0.15 0.05 0.27 0.18 0.15
C6 0.21 0.20 0.19 0.15 0.14 0.17 0.14 0.12 0.17 0.20 0.18 0.12 0.22 0.21 0.13 0.21 0.27 0.12 0.18 0.14
C8 0.17 0.10 0.15 0.14 0.13 0.19 0.11 0.18 0.09 0.10 0.11 0.18 0.14 0.20 0.15 0.19 0.23 0.05 0.12 0.06
N1 0.22 0.22 0.20 0.17 0.20 0.17 0.19 0.13 0.20 0.21 0.21 0.20 0.22 0.21 0.16 0.21 0.29 0.14 0.20 0.17
N3 0.19 0.16 0.18 0.20 0.16 0.20 0.18 0.19 0.19 0.17 0.15 0.17 0.16 0.18 0.20 0.21 0.31 0.11 0.17 0.16
N6 0.22 0.22 0.19 0.13 0.15 0.16 0.14 0.11 0.17 0.20 0.20 0.12 0.24 0.23 0.12 0.20 0.26 0.12 0.18 0.13
N7 0.19 0.13 0.17 0.13 0.10 0.17 0.09 0.14 0.11 0.14 0.10 0.17 0.18 0.22 0.14 0.20 0.24 0.06 0.14 0.08
N9 0.16 0.09 0.14 0.16 0.10 0.20 0.11 0.21 0.10 0.10 0.09 0.15 0.12 0.17 0.17 0.20 0.25 0.04 0.09 0.06
O2' 0.09 0.12 0.11 0.23 0.14 0.28 0.16 0.42 0.15 0.10 0.13 0.15 0.14 0.13 0.26 0.17 0.25 0.14 0.05 0.11
O3' 0.22 0.20 0.15 0.06 0.17 0.12 0.17 0.08 0.15 0.18 0.18 0.18 0.23 0.24 0.05 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.11 0.09 0.10 0.12 0.12 0.15 0.12 0.19 0.09 0.08 0.11 0.15 0.12 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.10 0.03
O5' 0.14 0.13 0.11 0.07 0.16 0.11 0.15 0.07 0.12 0.12 0.14 0.19 0.14 0.18 0.07 0.13 0.13 0.45 0.23 0.24
OP1 0.43 0.42 0.41 0.35 0.31 0.37 0.29 0.30 0.33 0.40 0.38 0.28 0.47 0.43 0.34 0.41 0.20 0.38 0.22 0.19
OP2 0.24 0.27 0.21 0.15 0.36 0.18 0.36 0.13 0.29 0.26 0.31 0.42 0.25 0.26 0.14 0.22 0.14 0.35 0.34 0.23
P 0.18 0.14 0.16 0.11 0.13 0.15 0.14 0.10 0.13 0.14 0.13 0.15 0.17 0.21 0.11 0.17 0.09 0.40 0.25 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.21 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.14 0.08 0.21 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.10 0.11 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.14 0.19 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.22 0.16 0.23 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.24 0.17 0.22 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.08 0.13 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.20 0.12 0.20 0.13
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.07 0.20 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.18 0.12 0.22 0.13
N4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.24 0.19 0.24 0.19
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.03 0.10 0.06 0.21 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.17 0.11
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.07 0.10 0.06 0.04 0.00 0.01 0.13 0.27 0.13 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.25 0.15
O5' 0.05 0.14 0.09 0.14 0.22 0.01 0.24 0.01 0.20 0.14 0.18 0.24 0.10 0.04 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.10 0.19 0.16 0.07 0.17 0.13 0.12 0.07 0.12 0.19 0.06 0.08 0.27 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.21 0.11 0.09 0.23 0.18 0.22 0.17 0.20 0.20 0.22 0.24 0.21 0.17 0.13 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.11 0.03 0.07 0.16 0.06 0.17 0.01 0.13 0.10 0.13 0.19 0.11 0.11 0.13 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00