ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51809

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 4, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4' A 0, 0.146, 0.287, 0.428, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.287 std_dev=0.141
O4' A 0, 0.087, 0.243, 0.399, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.243 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.076, 0.246, 0.416, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.246 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.084, 0.261, 0.438, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.261 std_dev=0.177
O3' A 0, -0.006, 0.187, 0.379, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.187 std_dev=0.193
N4 B 0, 0.466, 0.715, 0.965, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.715 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.309, 0.564, 0.819, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.564 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.323, 0.588, 0.852, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.588 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.323, 0.588, 0.853, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.588 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.374, 0.662, 0.949, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.662 std_dev=0.287
O2' A 0, 0.124, 0.430, 0.736, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.430 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.228, 0.541, 0.853, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.541 std_dev=0.312
O2 B 0, 0.192, 0.518, 0.843, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.518 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.483, 0.809, 1.135, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.809 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.160, 0.489, 0.818, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.489 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.225, 0.556, 0.886, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.556 std_dev=0.330
N1 B 0, 0.171, 0.514, 0.857, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.514 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.270, 0.627, 0.985, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.627 std_dev=0.358
C4' B 0, 0.637, 1.007, 1.377, 1.567 max_d=1.567 avg_d=1.007 std_dev=0.370
C5' B 0, 0.791, 1.193, 1.594, 1.720 max_d=1.720 avg_d=1.193 std_dev=0.402
O5' B 0, 0.831, 1.250, 1.669, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.250 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.549, 0.969, 1.389, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.969 std_dev=0.420
P B 0, 0.819, 1.246, 1.673, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.246 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.310, 0.747, 1.184, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.747 std_dev=0.437
P A 0, 0.567, 1.019, 1.471, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.019 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.285, 0.762, 1.239, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.762 std_dev=0.477
OP2 B 0, 0.880, 1.360, 1.839, 2.097 max_d=2.097 avg_d=1.360 std_dev=0.479
OP1 B 0, 0.826, 1.308, 1.791, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.308 std_dev=0.483
O3' B 0, 0.656, 1.142, 1.628, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.142 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.640, 1.144, 1.648, 1.853 max_d=1.853 avg_d=1.144 std_dev=0.504
OP1 A 0, 0.618, 1.182, 1.746, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.182 std_dev=0.564

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.08 0.11 0.08 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.13 0.09 0.21 0.41 0.30 0.30
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.15 0.15 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.17 0.32 0.21 0.23
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.19 0.38 0.23 0.27
C5' 0.03 0.17 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.16 0.07 0.18 0.15 0.17 0.10 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.22 0.45 0.29 0.32
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.04 0.13 0.23 0.14 0.17
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.07 0.23 0.47 0.32 0.34
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.09 0.18 0.34 0.25 0.25
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.23 0.49 0.31 0.35
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.16 0.33 0.19 0.23
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.22 0.14 0.16
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.22 0.17 0.19
O3' 0.09 0.13 0.02 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.10 0.06 0.12 0.13 0.10 0.07 0.08 0.02 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.08 0.21 0.15 0.04 0.17 0.01 0.19 0.00 0.22 0.13 0.23 0.18 0.23 0.16 0.12 0.17 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.11 0.41 0.15 0.07 0.32 0.02 0.38 0.01 0.45 0.23 0.47 0.34 0.49 0.33 0.22 0.22 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.30 0.15 0.06 0.21 0.04 0.23 0.05 0.29 0.14 0.32 0.25 0.31 0.19 0.14 0.17 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.30 0.15 0.05 0.23 0.01 0.27 0.01 0.32 0.17 0.34 0.25 0.35 0.23 0.16 0.19 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.19 0.15 0.18 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.14 0.13 0.19 0.15 0.17 0.16
C2 0.35 0.26 0.36 0.36 0.22 0.35 0.29 0.35 0.34 0.33 0.22 0.17 0.25 0.36 0.36 0.34 0.38 0.30 0.32 0.32
C2' 0.13 0.13 0.14 0.16 0.19 0.15 0.24 0.18 0.20 0.14 0.14 0.21 0.12 0.12 0.16 0.14 0.22 0.17 0.20 0.19
C3' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.16 0.11 0.16 0.12 0.13 0.11 0.14 0.19 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.12 0.16 0.13
C4 0.25 0.18 0.25 0.26 0.20 0.26 0.30 0.28 0.32 0.25 0.16 0.16 0.16 0.23 0.26 0.26 0.32 0.26 0.28 0.28
C4' 0.10 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.16 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.17 0.13
C5 0.32 0.20 0.30 0.33 0.23 0.34 0.37 0.37 0.41 0.32 0.17 0.17 0.18 0.27 0.32 0.34 0.41 0.34 0.37 0.37
C5' 0.09 0.14 0.10 0.09 0.16 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.18 0.23 0.16 0.09 0.09 0.10 0.12 0.13 0.19 0.14
C6 0.45 0.29 0.42 0.44 0.25 0.45 0.38 0.46 0.46 0.42 0.22 0.17 0.25 0.39 0.43 0.45 0.49 0.40 0.44 0.43
C8 0.17 0.12 0.17 0.20 0.17 0.21 0.30 0.25 0.29 0.17 0.12 0.15 0.14 0.14 0.20 0.20 0.30 0.25 0.28 0.27
N1 0.44 0.31 0.44 0.44 0.24 0.44 0.34 0.44 0.41 0.40 0.24 0.17 0.29 0.43 0.44 0.43 0.46 0.37 0.40 0.40
N3 0.27 0.20 0.28 0.28 0.20 0.27 0.27 0.27 0.29 0.26 0.18 0.17 0.19 0.27 0.28 0.26 0.31 0.25 0.26 0.26
N6 0.55 0.31 0.52 0.54 0.26 0.56 0.40 0.57 0.51 0.48 0.22 0.18 0.28 0.48 0.53 0.57 0.59 0.49 0.53 0.52
N7 0.25 0.15 0.24 0.29 0.20 0.31 0.36 0.36 0.39 0.26 0.14 0.17 0.16 0.20 0.28 0.30 0.40 0.34 0.37 0.37
N9 0.17 0.13 0.17 0.19 0.16 0.19 0.26 0.22 0.25 0.17 0.13 0.15 0.13 0.16 0.19 0.18 0.26 0.21 0.23 0.22
O2' 0.18 0.13 0.18 0.22 0.19 0.23 0.29 0.28 0.27 0.18 0.13 0.19 0.12 0.16 0.22 0.21 0.33 0.32 0.32 0.33
O3' 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.16 0.13 0.15 0.12 0.13 0.16 0.12 0.12 0.12 0.11 0.17 0.14 0.16 0.14
O4' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.18 0.13
O5' 0.06 0.15 0.09 0.08 0.21 0.07 0.11 0.09 0.07 0.09 0.21 0.30 0.16 0.07 0.09 0.07 0.11 0.14 0.19 0.13
OP1 0.23 0.41 0.29 0.28 0.48 0.17 0.36 0.14 0.25 0.30 0.49 0.54 0.42 0.26 0.29 0.15 0.12 0.18 0.20 0.15
OP2 0.10 0.19 0.09 0.10 0.21 0.16 0.11 0.21 0.14 0.10 0.28 0.34 0.24 0.09 0.10 0.17 0.22 0.28 0.32 0.27
P 0.11 0.26 0.15 0.13 0.32 0.08 0.16 0.10 0.09 0.15 0.33 0.42 0.28 0.13 0.15 0.07 0.11 0.17 0.21 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.10 0.09 0.15 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.10 0.06 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.15 0.16 0.14
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.09 0.08 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.11 0.14 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.08 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.11 0.12 0.17 0.13
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.13 0.16 0.18 0.15
O2 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.02 0.09 0.08 0.15 0.10
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.04 0.05
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.11 0.08 0.17 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.09 0.05 0.02 0.14 0.04 0.15 0.01 0.11 0.08 0.12 0.16 0.08 0.08 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.15 0.08 0.07 0.17 0.04 0.16 0.04 0.14 0.12 0.17 0.18 0.15 0.04 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.04 0.03 0.14 0.03 0.14 0.01 0.11 0.09 0.13 0.15 0.10 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00