ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51811

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.016, 0.039, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.025, 0.050, 0.075, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.025, 0.058, 0.090, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.058 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.027, 0.066, 0.105, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.066 std_dev=0.039
N3 B 0, 0.087, 0.289, 0.492, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.289 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.087, 0.334, 0.580, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.334 std_dev=0.247
N4 B 0, 0.151, 0.399, 0.647, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.399 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.005, 0.280, 0.555, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.280 std_dev=0.275
O2 B 0, 0.047, 0.326, 0.605, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.326 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.031, 0.371, 0.712, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.371 std_dev=0.341
N1 B 0, -0.043, 0.308, 0.658, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.308 std_dev=0.350
C6 B 0, -0.013, 0.357, 0.727, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.357 std_dev=0.370
C1' B 0, -0.046, 0.363, 0.772, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.363 std_dev=0.409
C2' B 0, -0.025, 0.483, 0.991, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.483 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.012, 0.550, 1.089, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.550 std_dev=0.538
O4' B 0, -0.117, 0.421, 0.959, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.421 std_dev=0.538
C3' B 0, -0.188, 0.497, 1.181, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.497 std_dev=0.684
C2' A 0, -0.266, 0.432, 1.131, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.432 std_dev=0.698
O4' A 0, -0.307, 0.404, 1.114, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.404 std_dev=0.710
C4' B 0, -0.240, 0.492, 1.224, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.492 std_dev=0.732
O2' A 0, -0.167, 0.629, 1.424, 3.240 max_d=3.240 avg_d=0.629 std_dev=0.795
C5' B 0, -0.234, 0.596, 1.426, 3.166 max_d=3.166 avg_d=0.596 std_dev=0.830
C4' A 0, -0.432, 0.541, 1.513, 3.618 max_d=3.618 avg_d=0.541 std_dev=0.972
O3' B 0, -0.289, 0.730, 1.750, 3.587 max_d=3.587 avg_d=0.730 std_dev=1.019
C3' A 0, -0.522, 0.588, 1.697, 4.140 max_d=4.140 avg_d=0.588 std_dev=1.110
O5' B 0, -0.581, 0.746, 2.073, 5.090 max_d=5.090 avg_d=0.746 std_dev=1.327
O3' A 0, -0.636, 0.814, 2.264, 5.433 max_d=5.433 avg_d=0.814 std_dev=1.450
P B 0, -0.796, 0.931, 2.658, 6.744 max_d=6.744 avg_d=0.931 std_dev=1.727
C5' A 0, -0.850, 0.926, 2.702, 6.545 max_d=6.545 avg_d=0.926 std_dev=1.776
OP2 B 0, -0.841, 1.100, 3.041, 7.766 max_d=7.766 avg_d=1.100 std_dev=1.941
OP1 B 0, -0.844, 1.109, 3.062, 7.694 max_d=7.694 avg_d=1.109 std_dev=1.953
O5' A 0, -0.863, 1.130, 3.123, 7.301 max_d=7.301 avg_d=1.130 std_dev=1.993
OP1 A 0, -1.120, 1.417, 3.953, 9.688 max_d=9.688 avg_d=1.417 std_dev=2.537
P A 0, -1.258, 1.526, 4.311, 10.003 max_d=10.003 avg_d=1.526 std_dev=2.784
OP2 A 0, -1.481, 1.855, 5.190, 11.704 max_d=11.704 avg_d=1.855 std_dev=3.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.25 0.27 0.08
C2 0.02 0.00 0.30 0.55 0.01 0.42 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.57 0.26 0.38 0.50 0.55 0.29
C2' 0.01 0.30 0.00 0.02 0.16 0.01 0.08 0.04 0.13 0.16 0.23 0.31 0.10 0.11 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.14 0.13 0.12
C3' 0.01 0.55 0.02 0.00 0.23 0.01 0.07 0.03 0.20 0.34 0.41 0.54 0.11 0.23 0.06 0.03 0.01 0.01 0.21 0.16 0.14 0.13
C4 0.01 0.01 0.16 0.23 0.00 0.18 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.22 0.14 0.09 0.36 0.58 0.14
C4' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.18 0.00 0.07 0.01 0.16 0.25 0.32 0.41 0.10 0.16 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02 0.21 0.21 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.07 0.25 0.51 0.90 0.40
C5' 0.02 0.64 0.04 0.03 0.24 0.01 0.10 0.00 0.24 0.39 0.49 0.58 0.16 0.29 0.07 0.09 0.04 0.01 0.00 0.08 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.20 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.13 0.14 0.50 0.84 0.29
C8 0.02 0.01 0.16 0.34 0.00 0.25 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.31 0.15 0.64 0.67 1.16 0.75
N1 0.02 0.00 0.23 0.41 0.01 0.32 0.01 0.49 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.42 0.21 0.22 0.45 0.63 0.13
N3 0.02 0.00 0.31 0.54 0.00 0.41 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.53 0.26 0.33 0.48 0.48 0.27
N6 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.09 0.24 0.63 1.04 0.46
N7 0.01 0.01 0.11 0.23 0.00 0.16 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.22 0.09 0.57 0.76 1.27 0.76
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.27 0.33 0.65 0.32
O2' 0.01 0.18 0.01 0.03 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.14 0.17 0.12 0.11 0.05 0.00 0.06 0.09 0.11 0.26 0.07 0.05
O3' 0.03 0.57 0.02 0.01 0.22 0.02 0.07 0.04 0.20 0.31 0.42 0.53 0.11 0.22 0.03 0.06 0.00 0.02 0.19 0.32 0.39 0.10
O4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.15 0.21 0.26 0.09 0.09 0.03 0.09 0.02 0.00 0.08 0.28 0.16 0.08
O5' 0.11 0.38 0.18 0.21 0.09 0.02 0.25 0.00 0.14 0.64 0.22 0.33 0.24 0.57 0.27 0.11 0.19 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.50 0.14 0.16 0.36 0.21 0.51 0.08 0.50 0.67 0.45 0.48 0.63 0.76 0.33 0.26 0.32 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.55 0.13 0.14 0.58 0.21 0.90 0.32 0.84 1.16 0.63 0.48 1.04 1.27 0.65 0.07 0.39 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.29 0.12 0.13 0.14 0.09 0.40 0.01 0.29 0.75 0.13 0.27 0.46 0.76 0.32 0.05 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.08 0.23 0.48 0.23 0.60 0.30 0.58 0.23 0.10 0.11 0.27 0.20 0.19 0.76 0.40 0.86 1.03 0.71 0.81
C2 0.38 0.27 0.34 0.17 0.08 0.40 0.09 0.36 0.17 0.28 0.16 0.21 0.34 0.40 0.27 0.46 0.30 0.72 0.23 0.25
C2' 0.50 0.38 0.47 0.30 0.50 0.27 0.63 0.14 0.61 0.49 0.37 0.52 0.38 0.62 0.52 0.34 0.37 0.79 0.36 0.44
C3' 0.38 0.24 0.41 0.48 0.41 0.39 0.59 0.19 0.56 0.36 0.23 0.45 0.39 0.47 0.89 0.34 0.30 0.47 0.10 0.20
C4 0.27 0.17 0.25 0.24 0.17 0.43 0.21 0.36 0.11 0.13 0.05 0.25 0.31 0.31 0.47 0.40 0.48 0.73 0.26 0.35
C4' 0.40 0.30 0.60 0.90 0.11 0.75 0.19 0.48 0.12 0.20 0.16 0.17 0.54 0.53 1.40 0.41 0.72 0.85 0.53 0.65
C5 0.22 0.16 0.19 0.15 0.15 0.34 0.18 0.27 0.10 0.11 0.05 0.24 0.29 0.31 0.42 0.33 0.32 0.66 0.17 0.23
C5' 0.63 0.53 0.89 1.17 0.12 0.86 0.17 0.47 0.16 0.39 0.34 0.12 0.85 0.94 1.79 0.51 0.62 0.62 0.34 0.47
C6 0.26 0.22 0.22 0.12 0.09 0.31 0.14 0.25 0.14 0.19 0.13 0.19 0.31 0.35 0.30 0.35 0.20 0.65 0.31 0.23
C8 0.12 0.07 0.14 0.26 0.23 0.40 0.26 0.36 0.20 0.10 0.12 0.27 0.20 0.24 0.63 0.31 0.51 0.77 0.29 0.45
N1 0.34 0.28 0.28 0.14 0.07 0.35 0.13 0.31 0.20 0.27 0.19 0.16 0.33 0.40 0.24 0.41 0.19 0.70 0.35 0.29
N3 0.36 0.22 0.34 0.25 0.13 0.46 0.17 0.41 0.09 0.22 0.10 0.24 0.33 0.36 0.39 0.48 0.50 0.76 0.29 0.34
N6 0.23 0.21 0.20 0.14 0.14 0.27 0.18 0.22 0.17 0.18 0.16 0.20 0.27 0.35 0.28 0.30 0.15 0.64 0.45 0.29
N7 0.13 0.08 0.15 0.16 0.20 0.33 0.22 0.27 0.15 0.07 0.09 0.26 0.22 0.26 0.51 0.27 0.36 0.66 0.16 0.28
N9 0.19 0.09 0.20 0.33 0.21 0.48 0.27 0.43 0.19 0.07 0.08 0.27 0.25 0.25 0.63 0.37 0.62 0.83 0.42 0.54
O2' 0.63 0.49 0.62 0.35 0.54 0.27 0.65 0.32 0.64 0.57 0.46 0.55 0.52 0.91 0.40 0.41 0.55 1.09 0.74 0.81
O3' 0.54 0.35 0.55 0.54 0.53 0.49 0.74 0.45 0.74 0.52 0.34 0.55 0.40 0.65 0.85 0.55 0.26 0.37 0.13 0.17
O4' 0.62 0.42 0.75 1.04 0.19 1.01 0.20 0.81 0.27 0.41 0.28 0.16 0.58 0.63 1.41 0.74 0.99 1.05 0.75 0.86
O5' 0.90 0.90 1.11 1.28 0.43 1.00 0.27 0.60 0.39 0.71 0.71 0.32 1.25 1.20 1.88 0.74 0.74 0.71 0.43 0.53
OP1 0.55 0.74 0.74 0.98 0.51 0.62 0.36 0.31 0.31 0.50 0.69 0.53 1.01 0.86 1.65 0.41 0.49 0.57 0.30 0.37
OP2 1.29 1.68 1.47 1.44 1.26 0.99 0.96 0.50 0.96 1.29 1.62 1.23 2.09 1.66 1.98 0.89 0.65 0.28 0.27 0.32
P 1.05 1.16 1.30 1.44 0.69 1.04 0.48 0.60 0.57 0.91 1.00 0.60 1.54 1.49 2.09 0.79 0.72 0.59 0.39 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.01 0.14 0.19 0.21 0.18
C2 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.12 0.09 0.27 0.45 0.50 0.42
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.03 0.10 0.18 0.11 0.06 0.12 0.09 0.19 0.01 0.05 0.01 0.19 0.19 0.20 0.17
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.35 0.01 0.41 0.03 0.37 0.21 0.25 0.38 0.13 0.02 0.01 0.02 0.33 0.22 0.32 0.23
C4 0.02 0.01 0.08 0.35 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.03 0.54 0.92 0.88 0.85
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.07 0.16 0.11 0.24 0.03 0.01 0.03 0.28 0.12 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.41 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.36 0.10 0.66 1.05 0.96 1.01
C5' 0.11 0.13 0.18 0.03 0.23 0.01 0.29 0.00 0.25 0.14 0.16 0.25 0.14 0.12 0.16 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.22 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.31 0.13 0.60 0.83 0.74 0.83
N1 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.07 0.02 0.34 0.49 0.48 0.48
N3 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.11 0.06 0.38 0.67 0.69 0.61
N4 0.02 0.02 0.09 0.38 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.28 0.03 0.58 1.06 1.00 0.95
O2 0.03 0.01 0.19 0.13 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.31 0.16 0.14 0.27 0.35 0.20
O2' 0.03 0.19 0.01 0.02 0.24 0.24 0.25 0.12 0.22 0.16 0.22 0.26 0.21 0.00 0.10 0.15 0.28 0.15 0.28 0.22
O3' 0.15 0.12 0.05 0.01 0.23 0.03 0.36 0.16 0.31 0.07 0.11 0.28 0.31 0.10 0.00 0.09 0.38 0.34 0.50 0.23
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.06 0.03 0.16 0.15 0.09 0.00 0.08 0.20 0.14 0.06
O5' 0.14 0.27 0.19 0.33 0.54 0.03 0.66 0.01 0.60 0.34 0.38 0.58 0.14 0.28 0.38 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.45 0.19 0.22 0.92 0.28 1.05 0.11 0.83 0.49 0.67 1.06 0.27 0.15 0.34 0.20 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.50 0.20 0.32 0.88 0.12 0.96 0.18 0.74 0.48 0.69 1.00 0.35 0.28 0.50 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.18 0.42 0.17 0.23 0.85 0.09 1.01 0.01 0.83 0.48 0.61 0.95 0.20 0.22 0.23 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00