ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.016, 0.030, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.040 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.030, 0.051, 0.071, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.051 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.028, 0.052, 0.077, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.052 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.030, 0.055, 0.080, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.055 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.056, 0.109, 0.161, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.109 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.078, 0.140, 0.201, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.140 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.103, 0.187, 0.271, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.187 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.156, 0.256, 0.356, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.256 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.101, 0.226, 0.351, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.226 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.277, 0.449, 0.620, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.449 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.141, 0.315, 0.489, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.315 std_dev=0.174
N3 B 0, 0.379, 0.591, 0.803, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.591 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.286, 0.512, 0.739, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.512 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.425, 0.651, 0.878, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.651 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.463, 0.698, 0.932, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.698 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.529, 0.800, 1.071, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.800 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.416, 0.691, 0.966, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.691 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.500, 0.777, 1.054, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.777 std_dev=0.277
O2 B 0, 0.166, 0.463, 0.761, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.463 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.592, 0.893, 1.194, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.893 std_dev=0.301
N4 B 0, 0.545, 0.851, 1.158, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.851 std_dev=0.307
P A 0, 0.579, 0.913, 1.246, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.913 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.663, 1.016, 1.369, 1.373 max_d=1.373 avg_d=1.016 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.710, 1.099, 1.489, 1.504 max_d=1.504 avg_d=1.099 std_dev=0.390
OP2 A 0, 0.658, 1.121, 1.585, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.121 std_dev=0.464
C3' B 0, 0.837, 1.309, 1.781, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.309 std_dev=0.472
C4' B 0, 0.803, 1.293, 1.783, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.293 std_dev=0.490
O2' B 0, 0.711, 1.220, 1.729, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.220 std_dev=0.509
O3' B 0, 1.015, 1.594, 2.172, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.594 std_dev=0.579
O5' B 0, 1.117, 1.706, 2.296, 2.304 max_d=2.304 avg_d=1.706 std_dev=0.590
C5' B 0, 0.813, 1.448, 2.083, 2.361 max_d=2.361 avg_d=1.448 std_dev=0.635
OP1 A 0, 0.458, 1.123, 1.787, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.123 std_dev=0.664
P B 0, 1.186, 1.874, 2.562, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.874 std_dev=0.688
OP1 B 0, 0.995, 1.753, 2.512, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.753 std_dev=0.758
OP2 B 0, 1.322, 2.115, 2.909, 3.176 max_d=3.176 avg_d=2.115 std_dev=0.793

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.24 0.09 0.20
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.17 0.49 0.21 0.32
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.34 0.10 0.25
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.09 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.19 0.46 0.22 0.32
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.24 0.56 0.31 0.38
C5' 0.05 0.06 0.09 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.05 0.14 0.15 0.09 0.07 0.03 0.02 0.01 0.16 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.24 0.60 0.32 0.39
C8 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.25 0.48 0.31 0.35
N1 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.21 0.57 0.27 0.36
N3 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.03 0.15 0.43 0.17 0.29
N6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.04 0.27 0.66 0.38 0.43
N7 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.27 0.58 0.37 0.40
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.18 0.39 0.20 0.29
O2' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.15 0.45 0.13 0.30
O3' 0.07 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.04 0.00 0.07 0.08 0.12 0.17 0.08
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.09
O5' 0.11 0.17 0.13 0.08 0.19 0.02 0.24 0.01 0.24 0.25 0.21 0.15 0.27 0.27 0.18 0.15 0.08 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.24 0.49 0.34 0.14 0.46 0.08 0.56 0.16 0.60 0.48 0.57 0.43 0.66 0.58 0.39 0.45 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.21 0.10 0.09 0.22 0.04 0.31 0.04 0.32 0.31 0.27 0.17 0.38 0.37 0.20 0.13 0.17 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.25 0.11 0.32 0.05 0.38 0.02 0.39 0.35 0.36 0.29 0.43 0.40 0.29 0.30 0.08 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.11 0.13 0.15 0.13 0.13 0.15 0.13 0.09 0.15 0.20 0.10 0.14 0.13 0.13 0.21 0.23 0.44 0.24
C2 0.19 0.17 0.16 0.12 0.09 0.18 0.09 0.14 0.08 0.14 0.12 0.18 0.26 0.22 0.15 0.21 0.16 0.30 0.32 0.23
C2' 0.13 0.11 0.12 0.15 0.15 0.17 0.13 0.21 0.13 0.10 0.16 0.20 0.12 0.16 0.15 0.16 0.21 0.23 0.46 0.24
C3' 0.12 0.10 0.11 0.16 0.18 0.16 0.15 0.20 0.14 0.09 0.16 0.25 0.10 0.15 0.16 0.14 0.22 0.23 0.48 0.24
C4 0.16 0.14 0.14 0.15 0.06 0.20 0.08 0.20 0.12 0.13 0.13 0.07 0.16 0.15 0.16 0.22 0.17 0.26 0.35 0.22
C4' 0.12 0.08 0.11 0.16 0.18 0.15 0.16 0.20 0.13 0.08 0.14 0.25 0.07 0.16 0.16 0.14 0.22 0.22 0.48 0.23
C5 0.21 0.13 0.17 0.19 0.05 0.29 0.08 0.30 0.14 0.16 0.10 0.08 0.15 0.19 0.21 0.31 0.19 0.28 0.34 0.24
C5' 0.12 0.11 0.13 0.21 0.20 0.20 0.19 0.29 0.15 0.11 0.16 0.26 0.10 0.18 0.21 0.16 0.18 0.24 0.45 0.14
C6 0.25 0.13 0.19 0.20 0.08 0.31 0.06 0.29 0.12 0.16 0.12 0.15 0.19 0.24 0.23 0.33 0.21 0.30 0.33 0.26
C8 0.17 0.10 0.16 0.20 0.10 0.27 0.14 0.34 0.17 0.14 0.10 0.10 0.12 0.21 0.20 0.25 0.19 0.25 0.39 0.22
N1 0.24 0.15 0.19 0.16 0.11 0.25 0.07 0.21 0.09 0.15 0.11 0.21 0.25 0.26 0.20 0.28 0.18 0.30 0.31 0.24
N3 0.15 0.16 0.14 0.11 0.06 0.15 0.08 0.13 0.10 0.12 0.15 0.10 0.21 0.16 0.13 0.18 0.16 0.28 0.35 0.23
N6 0.29 0.11 0.22 0.24 0.10 0.38 0.05 0.37 0.13 0.17 0.14 0.17 0.18 0.29 0.29 0.40 0.26 0.33 0.35 0.30
N7 0.21 0.11 0.18 0.23 0.07 0.34 0.12 0.40 0.17 0.15 0.10 0.06 0.14 0.22 0.24 0.34 0.21 0.29 0.37 0.25
N9 0.13 0.11 0.13 0.15 0.11 0.18 0.12 0.22 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.15 0.15 0.18 0.18 0.23 0.39 0.22
O2' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.17 0.16 0.13 0.18 0.13 0.11 0.19 0.23 0.16 0.16 0.14 0.16 0.19 0.21 0.44 0.22
O3' 0.16 0.18 0.16 0.19 0.23 0.17 0.20 0.18 0.18 0.16 0.22 0.30 0.18 0.17 0.20 0.17 0.25 0.28 0.50 0.29
O4' 0.13 0.08 0.11 0.14 0.20 0.13 0.18 0.16 0.14 0.09 0.15 0.26 0.07 0.16 0.14 0.14 0.23 0.22 0.46 0.24
O5' 0.23 0.24 0.25 0.35 0.30 0.37 0.31 0.49 0.29 0.25 0.26 0.32 0.22 0.20 0.35 0.31 0.17 0.32 0.43 0.18
OP1 0.23 0.31 0.22 0.31 0.31 0.35 0.29 0.47 0.26 0.27 0.33 0.33 0.33 0.13 0.33 0.31 0.32 0.56 0.60 0.41
OP2 0.28 0.26 0.31 0.43 0.28 0.46 0.29 0.60 0.28 0.27 0.26 0.30 0.25 0.26 0.45 0.37 0.15 0.35 0.46 0.15
P 0.22 0.27 0.23 0.33 0.31 0.35 0.30 0.49 0.27 0.25 0.30 0.34 0.26 0.15 0.33 0.30 0.11 0.33 0.41 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.11 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.16 0.31 0.22 0.20
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.13 0.00 0.03 0.01 0.18 0.24 0.11 0.17
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.11 0.09 0.16 0.02 0.01 0.03 0.27 0.30 0.21 0.23
C4 0.03 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.04 0.23 0.49 0.38 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.13 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.24 0.48 0.41 0.32
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.12 0.16 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.20 0.08 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.20 0.33 0.32 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.14 0.25 0.21 0.17
N3 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.11 0.03 0.19 0.41 0.29 0.26
N4 0.04 0.03 0.04 0.09 0.01 0.08 0.03 0.16 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.11 0.05 0.26 0.58 0.44 0.37
O2 0.04 0.01 0.13 0.16 0.03 0.08 0.03 0.10 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.15 0.04 0.15 0.27 0.17 0.18
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.09 0.06 0.09 0.12 0.11 0.08
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.11 0.11 0.15 0.09 0.00 0.02 0.27 0.27 0.27 0.23
O4' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.00 0.16 0.09 0.16 0.11
O5' 0.06 0.16 0.18 0.27 0.23 0.02 0.24 0.01 0.20 0.14 0.19 0.26 0.15 0.09 0.27 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.31 0.24 0.30 0.49 0.13 0.48 0.20 0.33 0.25 0.41 0.58 0.27 0.12 0.27 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.22 0.11 0.21 0.38 0.04 0.41 0.08 0.32 0.21 0.29 0.44 0.17 0.11 0.27 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.20 0.17 0.23 0.32 0.03 0.32 0.02 0.24 0.17 0.26 0.37 0.18 0.08 0.23 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00