ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51814

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.006, 0.035, 0.065, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N9 A 0, -0.001, 0.034, 0.069, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.034 std_dev=0.035
N7 A 0, -0.004, 0.031, 0.066, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.031 std_dev=0.035
C8 A 0, -0.002, 0.044, 0.090, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.044 std_dev=0.046
N3 B 0, 0.192, 0.416, 0.640, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.416 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.190, 0.419, 0.649, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.419 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.199, 0.433, 0.666, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.433 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.229, 0.463, 0.698, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.463 std_dev=0.235
N4 B 0, 0.235, 0.484, 0.733, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.484 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.186, 0.436, 0.687, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.436 std_dev=0.250
O4' A 0, 0.018, 0.272, 0.527, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.272 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.191, 0.451, 0.711, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.451 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.170, 0.444, 0.717, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.444 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.246, 0.521, 0.795, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.521 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.228, 0.545, 0.862, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.545 std_dev=0.317
C4' A 0, 0.066, 0.410, 0.754, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.410 std_dev=0.344
C3' A 0, 0.069, 0.438, 0.808, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.438 std_dev=0.370
C3' B 0, 0.339, 0.710, 1.081, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.710 std_dev=0.371
O3' A 0, 0.147, 0.528, 0.909, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.528 std_dev=0.381
C2' A 0, -0.090, 0.348, 0.786, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.348 std_dev=0.438
P B 0, 0.360, 0.807, 1.255, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.807 std_dev=0.448
C4' B 0, 0.241, 0.706, 1.171, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.706 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.343, 0.841, 1.338, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.841 std_dev=0.498
OP1 B 0, 0.344, 0.843, 1.341, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.843 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.252, 0.775, 1.298, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.775 std_dev=0.523
OP2 B 0, 0.510, 1.144, 1.778, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.144 std_dev=0.634
O3' B 0, 0.277, 0.911, 1.546, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.911 std_dev=0.634
C5' A 0, 0.070, 0.715, 1.361, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.715 std_dev=0.645
O2' A 0, -0.184, 0.513, 1.209, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.513 std_dev=0.697
C5' B 0, 0.153, 0.896, 1.639, 2.763 max_d=2.763 avg_d=0.896 std_dev=0.743
O2' B 0, 0.334, 1.177, 2.020, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.177 std_dev=0.843
O5' A 0, 0.136, 1.158, 2.180, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.158 std_dev=1.022
P A 0, 0.436, 1.480, 2.523, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.480 std_dev=1.044
OP1 A 0, 0.378, 1.645, 2.913, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.645 std_dev=1.267
OP2 A 0, 0.741, 2.118, 3.495, 4.122 max_d=4.122 avg_d=2.118 std_dev=1.377

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.23 0.51 0.54 0.33
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.00 0.06 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.12 0.14 0.51 0.96 0.79 0.67
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.13 0.12 0.32 0.10 0.16 0.16 0.28 0.14 0.00 0.03 0.01 0.55 0.49 0.60 0.51
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.12 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.07 0.07 0.01 0.03 0.43 0.37 0.45 0.35
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.07 0.56 0.95 0.82 0.68
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.05 0.11 0.13 0.08 0.13 0.10 0.01 0.03 0.17 0.39 0.09
C5 0.01 0.00 0.16 0.11 0.00 0.10 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.04 0.72 1.18 1.03 0.88
C5' 0.09 0.28 0.13 0.03 0.28 0.01 0.33 0.00 0.35 0.31 0.33 0.25 0.37 0.35 0.25 0.06 0.23 0.03 0.01 0.27 0.36 0.05
C6 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.10 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.06 0.71 1.24 1.06 0.91
C8 0.01 0.00 0.32 0.15 0.00 0.13 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.18 0.11 0.78 1.10 1.05 0.87
N1 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.08 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.12 0.11 0.62 1.13 0.94 0.80
N3 0.03 0.00 0.16 0.14 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.10 0.14 0.45 0.84 0.70 0.57
N6 0.02 0.01 0.16 0.12 0.01 0.11 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.15 0.06 0.78 1.37 1.19 1.01
N7 0.01 0.00 0.28 0.14 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.08 0.83 1.29 1.19 0.99
N9 0.00 0.00 0.14 0.07 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.10 0.01 0.54 0.85 0.77 0.63
O2' 0.04 0.20 0.00 0.07 0.12 0.13 0.20 0.06 0.18 0.32 0.15 0.20 0.22 0.32 0.15 0.00 0.16 0.08 0.30 0.30 0.42 0.30
O3' 0.08 0.12 0.03 0.01 0.09 0.10 0.13 0.23 0.13 0.18 0.12 0.10 0.15 0.18 0.10 0.16 0.00 0.03 0.21 0.29 0.32 0.12
O4' 0.00 0.14 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.11 0.11 0.14 0.06 0.08 0.01 0.08 0.03 0.00 0.14 0.45 0.61 0.30
O5' 0.23 0.51 0.55 0.43 0.56 0.03 0.72 0.01 0.71 0.78 0.62 0.45 0.78 0.83 0.54 0.30 0.21 0.14 0.00 0.02 0.07 0.00
OP1 0.51 0.96 0.49 0.37 0.95 0.17 1.18 0.27 1.24 1.10 1.13 0.84 1.37 1.29 0.85 0.30 0.29 0.45 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.79 0.60 0.45 0.82 0.39 1.03 0.36 1.06 1.05 0.94 0.70 1.19 1.19 0.77 0.42 0.32 0.61 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.67 0.51 0.35 0.68 0.09 0.88 0.05 0.91 0.87 0.80 0.57 1.01 0.99 0.63 0.30 0.12 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.20 0.20 0.20 0.18 0.23 0.27 0.21 0.18 0.16 0.26 0.18 0.25 0.38 0.18 0.45 0.19 0.62 0.21
C2 0.27 0.20 0.31 0.29 0.25 0.31 0.26 0.31 0.27 0.26 0.23 0.27 0.15 0.37 0.51 0.32 0.38 0.28 0.88 0.33
C2' 0.22 0.19 0.25 0.23 0.20 0.23 0.26 0.30 0.27 0.22 0.18 0.21 0.20 0.29 0.41 0.25 0.42 0.34 0.78 0.28
C3' 0.21 0.20 0.23 0.21 0.25 0.18 0.28 0.27 0.27 0.23 0.21 0.28 0.19 0.28 0.38 0.20 0.46 0.29 0.62 0.19
C4 0.20 0.12 0.20 0.21 0.17 0.21 0.22 0.24 0.23 0.20 0.10 0.22 0.12 0.23 0.42 0.23 0.39 0.21 0.78 0.24
C4' 0.31 0.35 0.36 0.32 0.35 0.27 0.35 0.36 0.34 0.34 0.36 0.36 0.35 0.48 0.48 0.28 0.53 0.36 0.56 0.24
C5 0.18 0.08 0.18 0.19 0.15 0.20 0.21 0.24 0.22 0.17 0.10 0.21 0.10 0.21 0.37 0.22 0.38 0.20 0.80 0.24
C5' 0.62 0.67 0.71 0.62 0.71 0.56 0.70 0.61 0.68 0.67 0.69 0.73 0.64 0.86 0.78 0.56 0.72 0.69 0.74 0.51
C6 0.19 0.09 0.20 0.22 0.18 0.24 0.22 0.29 0.23 0.17 0.14 0.22 0.09 0.23 0.38 0.25 0.34 0.23 0.88 0.29
C8 0.18 0.15 0.20 0.18 0.15 0.19 0.21 0.25 0.22 0.18 0.13 0.18 0.16 0.25 0.34 0.19 0.44 0.21 0.68 0.23
N1 0.25 0.16 0.26 0.27 0.22 0.31 0.25 0.34 0.26 0.23 0.19 0.24 0.12 0.35 0.46 0.32 0.36 0.27 0.92 0.35
N3 0.24 0.18 0.27 0.26 0.23 0.26 0.25 0.27 0.25 0.24 0.19 0.26 0.15 0.30 0.49 0.27 0.39 0.25 0.82 0.28
N6 0.18 0.13 0.22 0.23 0.20 0.27 0.23 0.36 0.23 0.16 0.17 0.23 0.14 0.22 0.35 0.25 0.31 0.26 0.90 0.32
N7 0.18 0.12 0.20 0.18 0.15 0.20 0.21 0.24 0.22 0.17 0.12 0.20 0.14 0.23 0.33 0.20 0.41 0.20 0.73 0.24
N9 0.19 0.15 0.19 0.19 0.15 0.19 0.21 0.25 0.22 0.19 0.11 0.19 0.16 0.24 0.39 0.20 0.43 0.20 0.70 0.22
O2' 0.26 0.32 0.35 0.25 0.33 0.22 0.27 0.29 0.26 0.26 0.38 0.38 0.35 0.42 0.35 0.23 0.40 0.28 0.74 0.27
O3' 0.21 0.20 0.23 0.23 0.24 0.21 0.27 0.28 0.27 0.23 0.21 0.27 0.18 0.27 0.41 0.23 0.45 0.29 0.62 0.20
O4' 0.28 0.34 0.33 0.29 0.27 0.24 0.24 0.34 0.25 0.29 0.34 0.27 0.40 0.48 0.48 0.23 0.51 0.23 0.50 0.21
O5' 0.68 0.65 0.77 0.69 0.66 0.67 0.71 0.75 0.72 0.69 0.64 0.64 0.63 0.89 0.81 0.66 0.80 0.78 0.75 0.61
OP1 1.22 1.10 1.33 1.27 1.15 1.27 1.27 1.37 1.28 1.21 1.06 1.10 1.04 1.40 1.31 1.23 1.43 1.33 1.06 1.28
OP2 1.00 0.91 1.13 1.01 0.86 1.03 0.96 1.14 1.02 0.98 0.85 0.78 0.90 1.25 1.10 0.99 1.22 1.03 0.90 0.93
P 0.92 0.84 1.05 0.93 0.86 0.93 0.96 1.04 0.98 0.92 0.80 0.80 0.80 1.18 1.03 0.89 1.10 0.98 0.80 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.17 0.17 0.77 0.23
C2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.24 0.05 0.25 0.21 0.71 0.19
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.02 0.13 0.19 0.14 0.05 0.08 0.10 0.18 0.00 0.07 0.03 0.39 0.44 0.83 0.46
C3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.11 0.05 0.06 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.25 0.09 0.57 0.23
C4 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.14 0.09 0.38 0.25 0.61 0.20
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.07 0.12 0.03 0.13 0.08 0.01 0.03 0.30 0.49 0.09
C5 0.01 0.01 0.13 0.10 0.00 0.15 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.07 0.12 0.41 0.25 0.62 0.20
C5' 0.09 0.19 0.19 0.04 0.28 0.01 0.30 0.00 0.26 0.19 0.24 0.31 0.14 0.07 0.15 0.02 0.01 0.35 0.31 0.03
C6 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.07 0.12 0.36 0.21 0.71 0.19
N1 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.06 0.25 0.19 0.74 0.20
N3 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.07 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.22 0.07 0.31 0.23 0.66 0.19
N4 0.02 0.01 0.10 0.08 0.01 0.12 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.14 0.10 0.41 0.27 0.56 0.21
O2 0.01 0.00 0.18 0.09 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.34 0.06 0.19 0.20 0.73 0.21
O2' 0.04 0.20 0.00 0.04 0.33 0.13 0.35 0.07 0.30 0.20 0.26 0.35 0.18 0.00 0.15 0.05 0.37 0.50 0.88 0.48
O3' 0.17 0.24 0.07 0.01 0.14 0.08 0.07 0.15 0.07 0.15 0.22 0.14 0.34 0.15 0.00 0.13 0.27 0.30 0.52 0.20
O4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.13 0.00 0.15 0.16 0.70 0.19
O5' 0.17 0.25 0.39 0.25 0.38 0.03 0.41 0.01 0.36 0.25 0.31 0.41 0.19 0.37 0.27 0.15 0.00 0.06 0.11 0.00
OP1 0.17 0.21 0.44 0.09 0.25 0.30 0.25 0.35 0.21 0.19 0.23 0.27 0.20 0.50 0.30 0.16 0.06 0.00 0.03 0.01
OP2 0.77 0.71 0.83 0.57 0.61 0.49 0.62 0.31 0.71 0.74 0.66 0.56 0.73 0.88 0.52 0.70 0.11 0.03 0.00 0.01
P 0.23 0.19 0.46 0.23 0.20 0.09 0.20 0.03 0.19 0.20 0.19 0.21 0.21 0.48 0.20 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00