ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51815

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.023, 0.044, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.026, 0.050, 0.074, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.050 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.017, 0.043, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.012, 0.054, 0.095, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.054 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.196, 0.448, 0.699, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.448 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.118, 0.401, 0.684, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.401 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.222, 0.533, 0.845, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.533 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.227, 0.541, 0.855, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.541 std_dev=0.314
C5 B 0, 0.211, 0.531, 0.851, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.531 std_dev=0.320
N1 B 0, 0.196, 0.516, 0.836, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.516 std_dev=0.320
N4 B 0, 0.135, 0.518, 0.901, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.518 std_dev=0.383
O2 B 0, 0.290, 0.767, 1.244, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.767 std_dev=0.477
O2' A 0, 0.121, 0.615, 1.109, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.615 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.189, 0.686, 1.183, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.686 std_dev=0.497
C2' A 0, 0.001, 0.503, 1.005, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.503 std_dev=0.502
C3' B 0, 0.136, 0.648, 1.160, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.648 std_dev=0.512
O4' B 0, 0.148, 0.693, 1.237, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.693 std_dev=0.545
O4' A 0, -0.079, 0.473, 1.025, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.473 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.128, 0.717, 1.305, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.717 std_dev=0.589
O5' B 0, 0.183, 0.779, 1.374, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.779 std_dev=0.595
C2' B 0, 0.171, 0.855, 1.538, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.855 std_dev=0.683
C5' B 0, 0.198, 0.891, 1.584, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.891 std_dev=0.693
O3' B 0, 0.123, 0.816, 1.509, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.816 std_dev=0.693
C3' A 0, 0.001, 0.811, 1.621, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.811 std_dev=0.810
C4' A 0, -0.003, 0.818, 1.640, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.818 std_dev=0.821
O2' B 0, 0.178, 1.064, 1.951, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.064 std_dev=0.886
O3' A 0, 0.121, 1.104, 2.087, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.104 std_dev=0.983
OP2 B 0, 0.128, 1.115, 2.101, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.115 std_dev=0.986
P B 0, -0.070, 1.071, 2.212, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.071 std_dev=1.141
C5' A 0, -0.115, 1.380, 2.875, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.380 std_dev=1.495
OP1 B 0, -0.291, 1.648, 3.587, 5.122 max_d=5.122 avg_d=1.648 std_dev=1.939
O5' A 0, -0.819, 1.725, 4.269, 6.822 max_d=6.822 avg_d=1.725 std_dev=2.544
P A 0, -1.187, 2.257, 5.701, 9.097 max_d=9.097 avg_d=2.257 std_dev=3.444
OP2 A 0, -1.301, 2.696, 6.692, 10.421 max_d=10.421 avg_d=2.696 std_dev=3.996
OP1 A 0, -1.207, 2.816, 6.839, 10.699 max_d=10.699 avg_d=2.816 std_dev=4.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.46 0.09 0.17
C2 0.04 0.00 0.41 0.35 0.01 0.09 0.03 0.13 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.37 0.44 0.26 0.24 0.49 0.42 0.14
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.02 0.20 0.21 0.33 0.41 0.14 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.41 0.26 0.26
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.23 0.00 0.21 0.02 0.28 0.14 0.34 0.32 0.26 0.15 0.11 0.02 0.01 0.02 0.39 0.47 0.26 0.31
C4 0.02 0.01 0.22 0.23 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.24 0.12 0.47 0.59 0.48 0.38
C4' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.12 0.26 0.07 0.10 0.17 0.24 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.23 0.18 0.04
C5 0.02 0.03 0.11 0.21 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.22 0.03 0.78 0.91 0.84 0.76
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.15 0.01 0.30 0.00 0.27 0.49 0.16 0.13 0.36 0.49 0.21 0.04 0.03 0.03 0.01 0.38 0.32 0.02
C6 0.03 0.02 0.20 0.28 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.31 0.07 0.72 0.79 0.87 0.68
C8 0.03 0.03 0.21 0.14 0.02 0.26 0.02 0.49 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.20 0.15 0.23 1.06 1.33 0.91 1.09
N1 0.04 0.01 0.33 0.34 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.27 0.41 0.18 0.46 0.53 0.64 0.35
N3 0.04 0.00 0.41 0.32 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.36 0.39 0.26 0.18 0.47 0.30 0.12
N6 0.03 0.03 0.14 0.26 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.09 0.29 0.04 0.88 1.01 1.09 0.92
N7 0.02 0.03 0.11 0.15 0.02 0.24 0.01 0.49 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.14 0.15 0.15 1.10 1.37 1.10 1.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.58 0.75 0.46 0.51
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.15 0.03 0.07 0.04 0.14 0.20 0.27 0.36 0.09 0.14 0.04 0.00 0.04 0.06 0.09 0.21 0.14 0.06
O3' 0.01 0.44 0.01 0.01 0.24 0.03 0.22 0.03 0.31 0.15 0.41 0.39 0.29 0.15 0.09 0.04 0.00 0.02 0.29 0.47 0.30 0.31
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.12 0.01 0.03 0.03 0.07 0.23 0.18 0.26 0.04 0.15 0.03 0.06 0.02 0.00 0.11 0.41 0.26 0.21
O5' 0.21 0.24 0.32 0.39 0.47 0.02 0.78 0.01 0.72 1.06 0.46 0.18 0.88 1.10 0.58 0.09 0.29 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.46 0.49 0.41 0.47 0.59 0.23 0.91 0.38 0.79 1.33 0.53 0.47 1.01 1.37 0.75 0.21 0.47 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.42 0.26 0.26 0.48 0.18 0.84 0.32 0.87 0.91 0.64 0.30 1.09 1.10 0.46 0.14 0.30 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.26 0.31 0.38 0.04 0.76 0.02 0.68 1.09 0.35 0.12 0.92 1.18 0.51 0.06 0.31 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.41 0.32 0.20 0.18 0.13 0.22 0.54 0.20 0.20 0.35 0.21 0.65 0.57 0.62 0.20 0.67 1.52 0.78 1.02
C2 0.31 0.37 0.24 0.15 0.17 0.22 0.30 0.43 0.20 0.21 0.30 0.23 0.53 0.32 0.28 0.28 0.66 1.21 0.44 0.82
C2' 0.34 0.40 0.31 0.22 0.19 0.13 0.39 0.66 0.34 0.19 0.30 0.24 0.73 0.55 0.74 0.24 0.90 2.04 1.14 1.43
C3' 0.58 0.59 0.67 0.75 0.23 0.42 0.23 0.29 0.16 0.37 0.45 0.25 0.93 0.79 1.37 0.32 0.41 1.66 0.74 0.97
C4 0.30 0.40 0.27 0.15 0.21 0.20 0.28 0.54 0.22 0.15 0.35 0.26 0.64 0.46 0.44 0.18 0.68 1.26 0.56 0.88
C4' 0.76 0.73 0.88 1.06 0.46 0.74 0.38 0.35 0.42 0.60 0.62 0.43 0.94 0.89 1.59 0.57 0.24 1.09 0.49 0.46
C5 0.30 0.35 0.33 0.23 0.24 0.28 0.32 0.56 0.27 0.12 0.35 0.33 0.61 0.49 0.40 0.23 0.64 1.09 0.48 0.75
C5' 1.05 0.89 1.31 1.63 0.65 1.15 0.62 0.76 0.69 0.85 0.77 0.60 1.08 1.26 2.26 0.83 0.73 0.81 0.75 0.51
C6 0.28 0.32 0.28 0.26 0.25 0.27 0.35 0.52 0.27 0.13 0.30 0.36 0.56 0.38 0.30 0.21 0.61 1.04 0.38 0.68
C8 0.31 0.35 0.42 0.24 0.24 0.32 0.28 0.63 0.27 0.14 0.36 0.31 0.64 0.69 0.57 0.32 0.65 1.17 0.63 0.82
N1 0.25 0.33 0.22 0.21 0.20 0.22 0.35 0.46 0.23 0.15 0.28 0.30 0.51 0.31 0.23 0.19 0.62 1.11 0.34 0.70
N3 0.35 0.41 0.26 0.13 0.18 0.20 0.26 0.45 0.18 0.23 0.34 0.22 0.60 0.36 0.38 0.30 0.70 1.34 0.56 0.95
N6 0.30 0.27 0.33 0.31 0.29 0.31 0.35 0.52 0.28 0.19 0.26 0.42 0.53 0.38 0.28 0.26 0.57 0.98 0.34 0.59
N7 0.33 0.32 0.43 0.28 0.26 0.35 0.30 0.61 0.28 0.14 0.35 0.35 0.61 0.63 0.49 0.35 0.62 1.05 0.54 0.73
N9 0.30 0.40 0.33 0.18 0.21 0.21 0.26 0.58 0.23 0.16 0.36 0.26 0.66 0.58 0.56 0.19 0.68 1.33 0.66 0.92
O2' 0.34 0.35 0.29 0.20 0.30 0.30 0.52 0.86 0.49 0.29 0.28 0.32 0.60 0.56 0.42 0.37 1.17 2.37 1.46 1.74
O3' 0.57 0.57 0.67 0.77 0.20 0.42 0.27 0.30 0.18 0.34 0.42 0.24 0.92 0.80 1.39 0.32 0.47 1.85 0.88 1.11
O4' 0.66 0.70 0.70 0.77 0.50 0.54 0.42 0.28 0.42 0.57 0.63 0.49 0.86 0.74 1.20 0.50 0.20 0.99 0.48 0.46
O5' 1.10 0.69 1.55 2.07 0.48 1.59 0.58 1.30 0.71 0.79 0.52 0.43 0.83 1.46 2.70 0.99 1.26 0.96 1.30 1.01
OP1 1.54 1.07 2.23 2.80 0.95 2.10 1.16 2.03 1.33 1.28 0.92 0.84 1.08 2.12 3.16 1.37 2.29 1.34 2.41 2.02
OP2 1.53 1.00 2.23 2.73 0.76 1.92 0.89 1.63 1.06 1.16 0.79 0.70 1.14 2.35 3.55 1.27 1.76 1.00 1.71 1.41
P 1.45 0.90 2.10 2.70 0.72 1.98 0.90 1.75 1.08 1.11 0.70 0.62 0.96 2.03 3.38 1.28 1.88 1.17 1.87 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.28 0.00 0.27 0.58 0.27 0.28
C2 0.03 0.00 0.09 0.17 0.01 0.04 0.03 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.22 0.08 0.33 0.78 0.37 0.33
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.19 0.11 0.02 0.07 0.05 0.16 0.01 0.04 0.02 0.44 0.64 0.43 0.48
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.32 0.01 0.35 0.03 0.32 0.19 0.25 0.34 0.12 0.03 0.01 0.03 0.09 0.13 0.37 0.12
C4 0.03 0.01 0.04 0.32 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.17 0.05 0.40 0.90 0.53 0.37
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.06 0.10 0.08 0.28 0.04 0.01 0.03 0.20 0.26 0.04
C5 0.03 0.03 0.09 0.35 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.29 0.26 0.08 0.41 0.92 0.53 0.36
C5' 0.10 0.16 0.19 0.03 0.23 0.02 0.25 0.00 0.23 0.16 0.19 0.24 0.15 0.13 0.19 0.02 0.01 0.29 0.20 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.32 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.23 0.21 0.09 0.37 0.84 0.42 0.33
N1 0.01 0.02 0.02 0.19 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.18 0.11 0.02 0.32 0.74 0.34 0.31
N3 0.03 0.01 0.07 0.25 0.01 0.06 0.02 0.19 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.15 0.06 0.36 0.85 0.46 0.35
N4 0.03 0.02 0.05 0.34 0.01 0.10 0.01 0.24 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.32 0.21 0.06 0.42 0.94 0.59 0.39
O2 0.06 0.00 0.16 0.12 0.02 0.08 0.03 0.15 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.17 0.40 0.14 0.31 0.73 0.33 0.33
O2' 0.02 0.21 0.01 0.03 0.29 0.28 0.29 0.13 0.23 0.18 0.26 0.32 0.17 0.00 0.08 0.18 0.33 0.51 0.39 0.42
O3' 0.28 0.22 0.04 0.01 0.17 0.04 0.26 0.19 0.21 0.11 0.15 0.21 0.40 0.08 0.00 0.21 0.24 0.39 0.58 0.34
O4' 0.00 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.06 0.06 0.14 0.18 0.21 0.00 0.25 0.54 0.18 0.26
O5' 0.27 0.33 0.44 0.09 0.40 0.03 0.41 0.01 0.37 0.32 0.36 0.42 0.31 0.33 0.24 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.58 0.78 0.64 0.13 0.90 0.20 0.92 0.29 0.84 0.74 0.85 0.94 0.73 0.51 0.39 0.54 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.27 0.37 0.43 0.37 0.53 0.26 0.53 0.20 0.42 0.34 0.46 0.59 0.33 0.39 0.58 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.33 0.48 0.12 0.37 0.04 0.36 0.02 0.33 0.31 0.35 0.39 0.33 0.42 0.34 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00