ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51817

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.006, 0.037, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.037 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.004, 0.042, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.042 std_dev=0.038
C5 A 0, 0.002, 0.052, 0.103, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.052 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N3 A 0, 0.003, 0.061, 0.120, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.061 std_dev=0.059
C4 A 0, -0.001, 0.062, 0.124, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.062 std_dev=0.062
N7 A 0, 0.001, 0.089, 0.176, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.089 std_dev=0.087
C8 A 0, 0.003, 0.099, 0.195, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.099 std_dev=0.096
N6 A 0, -0.026, 0.156, 0.338, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.156 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.104, 0.406, 0.709, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.406 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.098, 0.401, 0.705, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.401 std_dev=0.304
O4' A 0, 0.152, 0.463, 0.773, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.463 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.175, 0.493, 0.812, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.493 std_dev=0.318
C2' A 0, 0.140, 0.466, 0.792, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.466 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.102, 0.460, 0.819, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.460 std_dev=0.358
O2 B 0, 0.191, 0.560, 0.929, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.560 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.178, 0.571, 0.964, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.571 std_dev=0.393
N3 B 0, 0.093, 0.511, 0.929, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.511 std_dev=0.418
C4 B 0, 0.105, 0.543, 0.981, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.543 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.273, 0.776, 1.280, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.776 std_dev=0.503
N4 B 0, 0.100, 0.644, 1.188, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.644 std_dev=0.544
C4' A 0, 0.071, 0.633, 1.195, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.633 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.157, 0.795, 1.434, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.795 std_dev=0.638
C3' B 0, 0.038, 0.683, 1.328, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.683 std_dev=0.645
O2' A 0, 0.206, 0.854, 1.502, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.854 std_dev=0.648
C2' B 0, -0.071, 0.584, 1.239, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.584 std_dev=0.655
C5' A 0, 0.190, 0.848, 1.507, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.848 std_dev=0.658
C3' A 0, -0.119, 0.553, 1.224, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.553 std_dev=0.671
O3' B 0, -0.082, 0.619, 1.320, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.619 std_dev=0.701
O2' B 0, -0.081, 0.874, 1.828, 3.090 max_d=3.090 avg_d=0.874 std_dev=0.955
C5' B 0, 0.234, 1.220, 2.206, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.220 std_dev=0.986
O3' A 0, 0.146, 1.159, 2.173, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.159 std_dev=1.014
O5' A 0, 0.578, 1.827, 3.076, 3.805 max_d=3.805 avg_d=1.827 std_dev=1.249
O5' B 0, 0.723, 2.026, 3.328, 3.523 max_d=3.523 avg_d=2.026 std_dev=1.302
OP2 B 0, 0.794, 2.224, 3.654, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.224 std_dev=1.430
P A 0, 0.719, 2.242, 3.766, 4.213 max_d=4.213 avg_d=2.242 std_dev=1.524
P B 0, 0.886, 2.445, 4.004, 4.042 max_d=4.042 avg_d=2.445 std_dev=1.559
OP2 A 0, 0.702, 2.371, 4.039, 5.135 max_d=5.135 avg_d=2.371 std_dev=1.668
OP1 A 0, 0.544, 2.227, 3.909, 4.796 max_d=4.796 avg_d=2.227 std_dev=1.682
OP1 B 0, 1.008, 2.821, 4.634, 4.919 max_d=4.919 avg_d=2.821 std_dev=1.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.13 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.31 0.01 0.22 0.29 0.44 0.28
C2 0.04 0.00 0.28 0.21 0.06 0.06 0.02 0.14 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.12 0.27 0.16 0.42 0.48 0.68 0.61
C2' 0.01 0.28 0.00 0.02 0.10 0.03 0.04 0.26 0.07 0.25 0.18 0.29 0.09 0.16 0.07 0.00 0.07 0.03 0.43 0.50 0.50 0.35
C3' 0.01 0.21 0.02 0.00 0.19 0.01 0.29 0.02 0.28 0.27 0.24 0.18 0.29 0.32 0.19 0.07 0.01 0.02 0.44 0.29 0.57 0.32
C4 0.03 0.06 0.10 0.19 0.00 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.20 0.11 0.39 0.44 0.70 0.60
C4' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.08 0.23 0.03 0.07 0.11 0.23 0.09 0.22 0.07 0.01 0.04 0.29 0.31 0.03
C5 0.00 0.02 0.04 0.29 0.01 0.12 0.00 0.13 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.35 0.10 0.04 0.52 0.59 0.94 0.83
C5' 0.13 0.14 0.26 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.12 0.20 0.12 0.16 0.15 0.23 0.09 0.08 0.27 0.08 0.01 0.32 0.33 0.04
C6 0.02 0.03 0.07 0.28 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.33 0.13 0.05 0.53 0.62 0.96 0.86
C8 0.02 0.07 0.25 0.27 0.01 0.23 0.06 0.20 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.49 0.11 0.19 0.48 0.53 0.94 0.80
N1 0.02 0.02 0.18 0.24 0.03 0.03 0.03 0.12 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02 0.17 0.21 0.12 0.47 0.55 0.82 0.74
N3 0.05 0.01 0.29 0.18 0.01 0.07 0.06 0.16 0.07 0.03 0.06 0.00 0.08 0.04 0.03 0.16 0.29 0.17 0.37 0.42 0.60 0.52
N6 0.05 0.03 0.09 0.29 0.02 0.11 0.03 0.15 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.48 0.16 0.05 0.58 0.71 1.10 0.98
N7 0.01 0.02 0.16 0.32 0.02 0.23 0.01 0.23 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.50 0.13 0.15 0.58 0.67 1.10 0.96
N9 0.01 0.06 0.07 0.19 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.26 0.13 0.04 0.35 0.40 0.68 0.56
O2' 0.05 0.12 0.00 0.07 0.19 0.22 0.35 0.08 0.33 0.49 0.17 0.16 0.48 0.50 0.26 0.00 0.21 0.17 0.37 0.43 0.47 0.33
O3' 0.31 0.27 0.07 0.01 0.20 0.07 0.10 0.27 0.13 0.11 0.21 0.29 0.16 0.13 0.13 0.21 0.00 0.19 0.43 0.27 0.63 0.33
O4' 0.01 0.16 0.03 0.02 0.11 0.01 0.04 0.08 0.05 0.19 0.12 0.17 0.05 0.15 0.04 0.17 0.19 0.00 0.38 0.42 0.30 0.35
O5' 0.22 0.42 0.43 0.44 0.39 0.04 0.52 0.01 0.53 0.48 0.47 0.37 0.58 0.58 0.35 0.37 0.43 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.48 0.50 0.29 0.44 0.29 0.59 0.32 0.62 0.53 0.55 0.42 0.71 0.67 0.40 0.43 0.27 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.68 0.50 0.57 0.70 0.31 0.94 0.33 0.96 0.94 0.82 0.60 1.10 1.10 0.68 0.47 0.63 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.61 0.35 0.32 0.60 0.03 0.83 0.04 0.86 0.80 0.74 0.52 0.98 0.96 0.56 0.33 0.33 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.07 0.09 0.11 0.25 0.22 0.42 0.18 0.09 0.12 0.13 0.21 0.19 0.25 0.25 0.58 0.43 0.51 0.49
C2 0.12 0.16 0.23 0.14 0.24 0.26 0.26 0.42 0.22 0.16 0.21 0.25 0.22 0.25 0.30 0.30 0.59 0.54 0.57 0.55
C2' 0.05 0.16 0.05 0.04 0.08 0.26 0.24 0.46 0.17 0.04 0.14 0.14 0.32 0.17 0.24 0.24 0.67 0.43 0.61 0.62
C3' 0.13 0.14 0.10 0.12 0.11 0.16 0.16 0.32 0.13 0.12 0.11 0.17 0.22 0.15 0.19 0.14 0.41 0.41 0.39 0.36
C4 0.05 0.07 0.05 0.10 0.09 0.28 0.21 0.45 0.17 0.06 0.08 0.12 0.17 0.11 0.31 0.27 0.61 0.48 0.55 0.54
C4' 0.14 0.14 0.20 0.15 0.24 0.26 0.30 0.41 0.24 0.17 0.17 0.30 0.14 0.32 0.32 0.25 0.50 0.39 0.40 0.38
C5 0.09 0.14 0.12 0.17 0.03 0.34 0.15 0.51 0.15 0.07 0.15 0.05 0.19 0.13 0.39 0.30 0.65 0.52 0.61 0.58
C5' 0.23 0.24 0.35 0.26 0.32 0.29 0.35 0.41 0.29 0.25 0.28 0.38 0.23 0.45 0.39 0.28 0.52 0.34 0.38 0.37
C6 0.04 0.11 0.09 0.18 0.07 0.35 0.17 0.53 0.16 0.04 0.13 0.09 0.18 0.08 0.40 0.30 0.67 0.60 0.67 0.62
C8 0.12 0.16 0.18 0.16 0.15 0.33 0.19 0.50 0.18 0.12 0.21 0.18 0.21 0.21 0.34 0.29 0.62 0.45 0.56 0.54
N1 0.11 0.15 0.19 0.14 0.18 0.31 0.22 0.47 0.21 0.14 0.18 0.18 0.21 0.22 0.36 0.32 0.63 0.58 0.61 0.58
N3 0.07 0.09 0.15 0.10 0.21 0.25 0.26 0.41 0.19 0.10 0.14 0.25 0.18 0.18 0.30 0.28 0.59 0.47 0.51 0.51
N6 0.06 0.10 0.18 0.27 0.16 0.41 0.25 0.62 0.24 0.11 0.13 0.17 0.16 0.11 0.43 0.29 0.79 0.75 0.83 0.75
N7 0.16 0.19 0.24 0.23 0.16 0.38 0.16 0.55 0.17 0.15 0.22 0.19 0.22 0.22 0.42 0.33 0.66 0.50 0.61 0.58
N9 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.28 0.20 0.45 0.17 0.08 0.12 0.08 0.19 0.16 0.30 0.27 0.60 0.44 0.54 0.52
O2' 0.14 0.12 0.05 0.17 0.08 0.49 0.30 0.69 0.29 0.12 0.15 0.09 0.30 0.18 0.37 0.48 0.93 0.60 0.85 0.89
O3' 0.25 0.29 0.26 0.26 0.40 0.40 0.40 0.50 0.34 0.30 0.34 0.47 0.24 0.28 0.48 0.39 0.60 0.38 0.45 0.47
O4' 0.20 0.17 0.23 0.17 0.24 0.31 0.32 0.44 0.28 0.21 0.18 0.27 0.17 0.37 0.35 0.32 0.56 0.41 0.44 0.42
O5' 0.80 0.80 0.92 0.83 0.92 0.87 0.97 1.01 0.92 0.85 0.82 0.96 0.73 1.01 0.88 0.81 0.91 0.83 0.84 0.81
OP1 0.90 0.89 1.04 0.91 0.99 0.96 1.04 1.06 1.00 0.93 0.91 1.02 0.83 1.14 0.98 0.90 1.03 0.93 0.97 0.93
OP2 0.85 0.72 0.93 0.85 0.71 0.97 0.82 1.09 0.87 0.82 0.67 0.63 0.69 1.03 0.89 0.91 0.94 0.90 0.93 0.88
P 1.03 0.96 1.12 1.04 1.03 1.10 1.12 1.22 1.11 1.04 0.95 1.02 0.90 1.21 1.07 1.04 1.10 1.09 1.08 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.28 0.00 0.27 0.23 0.24 0.17
C2 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.03 0.10 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.23 0.19 0.07 0.28 0.42 0.21 0.18
C2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.09 0.01 0.18 0.15 0.21 0.07 0.09 0.11 0.24 0.01 0.08 0.04 0.52 0.30 0.33 0.37
C3' 0.03 0.18 0.02 0.00 0.21 0.01 0.16 0.04 0.12 0.12 0.21 0.23 0.17 0.04 0.01 0.02 0.32 0.14 0.18 0.20
C4 0.03 0.01 0.09 0.21 0.00 0.10 0.03 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.12 0.04 0.27 0.58 0.23 0.25
C4' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.06 0.07 0.11 0.05 0.17 0.01 0.02 0.03 0.19 0.18 0.06
C5 0.03 0.03 0.18 0.16 0.03 0.11 0.00 0.22 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.36 0.10 0.05 0.27 0.59 0.27 0.29
C5' 0.04 0.10 0.15 0.04 0.20 0.01 0.22 0.00 0.17 0.12 0.14 0.21 0.08 0.05 0.15 0.05 0.01 0.25 0.16 0.05
C6 0.05 0.04 0.21 0.12 0.02 0.09 0.02 0.17 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.32 0.12 0.07 0.30 0.48 0.29 0.27
N1 0.02 0.03 0.07 0.12 0.02 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.22 0.17 0.02 0.27 0.39 0.25 0.20
N3 0.04 0.01 0.09 0.21 0.01 0.07 0.04 0.14 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.29 0.16 0.06 0.28 0.51 0.21 0.21
N4 0.05 0.02 0.11 0.23 0.01 0.11 0.03 0.21 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.37 0.14 0.05 0.28 0.63 0.22 0.27
O2 0.01 0.00 0.24 0.17 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.24 0.10 0.25 0.36 0.20 0.13
O2' 0.05 0.23 0.01 0.04 0.34 0.17 0.36 0.05 0.32 0.22 0.29 0.37 0.18 0.00 0.16 0.12 0.43 0.30 0.31 0.32
O3' 0.28 0.19 0.08 0.01 0.12 0.01 0.10 0.15 0.12 0.17 0.16 0.14 0.24 0.16 0.00 0.16 0.16 0.20 0.16 0.13
O4' 0.00 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.05 0.10 0.12 0.16 0.00 0.15 0.23 0.27 0.15
O5' 0.27 0.28 0.52 0.32 0.27 0.03 0.27 0.01 0.30 0.27 0.28 0.28 0.25 0.43 0.16 0.15 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.23 0.42 0.30 0.14 0.58 0.19 0.59 0.25 0.48 0.39 0.51 0.63 0.36 0.30 0.20 0.23 0.02 0.00 0.04 0.00
OP2 0.24 0.21 0.33 0.18 0.23 0.18 0.27 0.16 0.29 0.25 0.21 0.22 0.20 0.31 0.16 0.27 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.17 0.18 0.37 0.20 0.25 0.06 0.29 0.05 0.27 0.20 0.21 0.27 0.13 0.32 0.13 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00