ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51819

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.006, 0.039, 0.071, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.006, 0.042, 0.077, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.042 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.006, 0.050, 0.094, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.050 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.004, 0.058, 0.111, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.058 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.003, 0.067, 0.131, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.067 std_dev=0.064
C4 B 0, 0.178, 0.363, 0.548, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.363 std_dev=0.185
N3 B 0, 0.167, 0.446, 0.724, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.446 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.183, 0.472, 0.761, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.472 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.144, 0.448, 0.753, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.448 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.252, 0.562, 0.872, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.562 std_dev=0.310
O2' A 0, 0.288, 0.607, 0.926, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.607 std_dev=0.319
C6 B 0, 0.091, 0.426, 0.761, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.426 std_dev=0.335
N4 B 0, 0.314, 0.650, 0.986, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.650 std_dev=0.336
C2' A 0, 0.254, 0.670, 1.087, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.670 std_dev=0.417
O4' A 0, 0.209, 0.648, 1.088, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.648 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.321, 0.806, 1.290, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.806 std_dev=0.485
C3' B 0, 0.517, 1.019, 1.520, 1.678 max_d=1.678 avg_d=1.019 std_dev=0.501
O2 B 0, 0.377, 0.897, 1.418, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.897 std_dev=0.520
C2' B 0, 0.480, 1.016, 1.552, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.016 std_dev=0.536
O2' B 0, 0.479, 1.075, 1.671, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.075 std_dev=0.596
O4' B 0, 0.360, 0.998, 1.635, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.998 std_dev=0.637
C4' A 0, 0.315, 0.988, 1.661, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.988 std_dev=0.673
C3' A 0, 0.383, 1.069, 1.754, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.069 std_dev=0.685
C4' B 0, 0.580, 1.294, 2.007, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.294 std_dev=0.713
O3' B 0, 0.949, 1.728, 2.506, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.728 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.638, 1.583, 2.528, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.583 std_dev=0.945
O5' A 0, 1.126, 2.100, 3.074, 2.991 max_d=2.991 avg_d=2.100 std_dev=0.974
OP2 B 0, 1.063, 2.082, 3.101, 3.042 max_d=3.042 avg_d=2.082 std_dev=1.019
O3' A 0, 0.559, 1.585, 2.610, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.585 std_dev=1.025
C5' A 0, 0.495, 1.594, 2.693, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.594 std_dev=1.099
O5' B 0, 0.944, 2.125, 3.305, 3.685 max_d=3.685 avg_d=2.125 std_dev=1.180
P B 0, 1.195, 2.542, 3.889, 4.101 max_d=4.101 avg_d=2.542 std_dev=1.347
OP1 A 0, 1.552, 2.988, 4.424, 4.714 max_d=4.714 avg_d=2.988 std_dev=1.436
P A 0, 1.943, 3.537, 5.131, 4.541 max_d=4.541 avg_d=3.537 std_dev=1.594
OP1 B 0, 1.477, 3.313, 5.149, 5.610 max_d=5.610 avg_d=3.313 std_dev=1.836
OP2 A 0, 2.691, 4.902, 7.113, 6.304 max_d=6.304 avg_d=4.902 std_dev=2.211

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.27 0.72 0.31
C2 0.01 0.00 0.21 0.14 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.20 0.33 0.54 0.70 0.38
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.03 0.10 0.12 0.17 0.21 0.08 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.17 0.46 0.14
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.11 0.08 0.13 0.13 0.10 0.09 0.08 0.03 0.02 0.01 0.13 0.30 0.32 0.10
C4 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.12 0.27 0.55 0.73 0.41
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01 0.01 0.17 0.47 0.12
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.08 0.32 0.70 0.75 0.49
C5' 0.02 0.21 0.03 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.17 0.08 0.21 0.17 0.18 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.26 0.24 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.12 0.36 0.73 0.75 0.49
C8 0.02 0.01 0.12 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.10 0.27 0.67 0.75 0.52
N1 0.01 0.00 0.17 0.13 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.17 0.36 0.64 0.72 0.44
N3 0.01 0.00 0.21 0.13 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.19 0.27 0.46 0.70 0.34
N6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.11 0.39 0.81 0.78 0.54
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.03 0.31 0.80 0.75 0.54
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.22 0.49 0.74 0.41
O2' 0.02 0.21 0.00 0.03 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.12 0.16 0.20 0.10 0.11 0.04 0.00 0.18 0.08 0.04 0.17 0.54 0.15
O3' 0.10 0.16 0.06 0.02 0.09 0.05 0.08 0.03 0.11 0.08 0.14 0.14 0.10 0.09 0.04 0.18 0.00 0.08 0.07 0.54 0.27 0.20
O4' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.10 0.17 0.19 0.11 0.03 0.03 0.08 0.08 0.00 0.06 0.23 0.79 0.35
O5' 0.11 0.33 0.15 0.13 0.27 0.01 0.32 0.01 0.36 0.27 0.36 0.27 0.39 0.31 0.22 0.04 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.54 0.17 0.30 0.55 0.17 0.70 0.26 0.73 0.67 0.64 0.46 0.81 0.80 0.49 0.17 0.54 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.72 0.70 0.46 0.32 0.73 0.47 0.75 0.24 0.75 0.75 0.72 0.70 0.78 0.75 0.74 0.54 0.27 0.79 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.38 0.14 0.10 0.41 0.12 0.49 0.03 0.49 0.52 0.44 0.34 0.54 0.54 0.41 0.15 0.20 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.19 0.27 0.23 0.21 0.19 0.24 0.18 0.25 0.23 0.18 0.21 0.18 0.33 0.26 0.20 0.10 1.03 0.49 0.46
C2 0.22 0.27 0.31 0.17 0.14 0.08 0.08 0.12 0.06 0.18 0.24 0.18 0.36 0.46 0.29 0.06 0.32 0.81 0.55 0.38
C2' 0.29 0.22 0.31 0.24 0.20 0.23 0.26 0.18 0.27 0.26 0.17 0.22 0.25 0.44 0.31 0.24 0.09 0.99 0.50 0.46
C3' 0.22 0.18 0.25 0.25 0.31 0.20 0.33 0.24 0.29 0.23 0.22 0.40 0.14 0.29 0.24 0.22 0.13 0.93 0.42 0.41
C4 0.30 0.28 0.33 0.24 0.19 0.20 0.18 0.15 0.23 0.28 0.25 0.19 0.30 0.41 0.30 0.21 0.13 0.91 0.50 0.40
C4' 0.35 0.38 0.43 0.47 0.47 0.37 0.46 0.39 0.42 0.39 0.42 0.54 0.35 0.37 0.44 0.36 0.19 0.96 0.48 0.42
C5 0.35 0.27 0.33 0.25 0.14 0.24 0.14 0.18 0.23 0.29 0.20 0.19 0.31 0.42 0.31 0.28 0.10 0.83 0.47 0.39
C5' 0.52 0.57 0.65 0.71 0.65 0.55 0.62 0.57 0.58 0.56 0.62 0.72 0.56 0.56 0.69 0.51 0.32 0.86 0.49 0.38
C6 0.33 0.25 0.31 0.20 0.14 0.19 0.14 0.14 0.12 0.24 0.17 0.22 0.33 0.43 0.29 0.22 0.19 0.71 0.49 0.35
C8 0.36 0.26 0.34 0.30 0.20 0.30 0.26 0.27 0.32 0.32 0.21 0.16 0.27 0.39 0.33 0.34 0.10 0.96 0.46 0.47
N1 0.26 0.25 0.29 0.15 0.15 0.09 0.15 0.14 0.06 0.17 0.19 0.21 0.36 0.46 0.28 0.08 0.32 0.72 0.55 0.37
N3 0.24 0.28 0.31 0.21 0.19 0.13 0.13 0.09 0.16 0.23 0.27 0.19 0.32 0.42 0.29 0.11 0.23 0.89 0.53 0.39
N6 0.33 0.20 0.28 0.19 0.16 0.21 0.20 0.17 0.09 0.20 0.13 0.25 0.30 0.41 0.28 0.26 0.16 0.57 0.44 0.31
N7 0.38 0.27 0.35 0.30 0.15 0.31 0.20 0.27 0.29 0.32 0.19 0.17 0.29 0.41 0.33 0.36 0.10 0.87 0.44 0.44
N9 0.30 0.25 0.32 0.27 0.21 0.24 0.25 0.20 0.28 0.29 0.22 0.19 0.26 0.38 0.30 0.26 0.09 0.97 0.49 0.44
O2' 0.32 0.27 0.37 0.27 0.17 0.24 0.21 0.13 0.25 0.27 0.22 0.12 0.32 0.52 0.37 0.22 0.13 1.05 0.55 0.49
O3' 0.29 0.29 0.34 0.33 0.40 0.26 0.40 0.27 0.35 0.31 0.34 0.49 0.26 0.37 0.33 0.28 0.11 0.93 0.43 0.42
O4' 0.35 0.38 0.41 0.44 0.42 0.35 0.40 0.35 0.38 0.37 0.41 0.46 0.36 0.36 0.42 0.34 0.17 1.01 0.51 0.44
O5' 0.56 0.61 0.69 0.77 0.70 0.60 0.68 0.62 0.63 0.60 0.65 0.77 0.58 0.58 0.74 0.56 0.39 0.72 0.47 0.33
OP1 0.49 0.40 0.38 0.43 0.37 0.48 0.43 0.44 0.47 0.45 0.38 0.38 0.39 0.41 0.38 0.57 0.65 1.44 0.70 1.01
OP2 0.68 0.65 0.61 0.73 0.62 0.70 0.65 0.68 0.67 0.67 0.63 0.61 0.65 0.57 0.69 0.73 0.64 1.11 0.72 0.77
P 0.47 0.44 0.52 0.64 0.45 0.50 0.49 0.50 0.49 0.47 0.43 0.45 0.42 0.43 0.60 0.51 0.39 1.03 0.50 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.89 0.63 0.45
C2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.03 0.16 1.09 0.53 0.46
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07 0.10 0.04 0.08 0.08 0.17 0.00 0.02 0.01 0.04 0.76 0.48 0.33
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.08 0.14 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.54 0.32 0.20
C4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02 0.23 1.20 0.37 0.48
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.45 0.39 0.23
C5 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.03 0.24 1.21 0.34 0.50
C5' 0.03 0.07 0.07 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.14 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.18 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.04 0.21 1.18 0.45 0.52
N1 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.16 1.08 0.54 0.48
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.02 0.20 1.16 0.45 0.47
N4 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.02 0.25 1.20 0.31 0.47
O2 0.01 0.01 0.17 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.20 0.05 0.13 1.01 0.57 0.43
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.11 0.07 0.10 0.04 0.08 0.07 0.14 0.12 0.21 0.00 0.04 0.04 0.07 0.66 0.57 0.33
O3' 0.08 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.17 0.06 0.16 0.08 0.11 0.14 0.20 0.04 0.00 0.06 0.05 0.40 0.28 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.00 0.10 0.80 0.61 0.43
O5' 0.08 0.16 0.04 0.01 0.23 0.01 0.24 0.01 0.21 0.16 0.20 0.25 0.13 0.07 0.05 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.89 1.09 0.76 0.54 1.20 0.45 1.21 0.18 1.18 1.08 1.16 1.20 1.01 0.66 0.40 0.80 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 0.53 0.48 0.32 0.37 0.39 0.34 0.21 0.45 0.54 0.45 0.31 0.57 0.57 0.28 0.61 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.45 0.46 0.33 0.20 0.48 0.23 0.50 0.01 0.52 0.48 0.47 0.47 0.43 0.33 0.13 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00