ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51820

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.018, 0.034, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.002, 0.023, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.001, 0.032, 0.064, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.032 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.005, 0.038, 0.072, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.038 std_dev=0.034
N3 B 0, 0.277, 0.595, 0.912, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.595 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.425, 0.779, 1.134, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.779 std_dev=0.355
N4 B 0, 0.449, 0.826, 1.203, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.826 std_dev=0.377
C2 B 0, 0.358, 0.748, 1.139, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.748 std_dev=0.391
O2 B 0, 0.400, 0.824, 1.249, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.824 std_dev=0.425
N1 B 0, 0.538, 1.008, 1.479, 1.341 max_d=1.341 avg_d=1.008 std_dev=0.470
C5 B 0, 0.588, 1.065, 1.543, 1.311 max_d=1.311 avg_d=1.065 std_dev=0.478
C6 B 0, 0.631, 1.147, 1.663, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.147 std_dev=0.516
C1' B 0, 0.655, 1.222, 1.788, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.222 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.286, 0.879, 1.471, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.879 std_dev=0.592
C4' B 0, 0.685, 1.298, 1.911, 1.887 max_d=1.887 avg_d=1.298 std_dev=0.613
O4' B 0, 0.735, 1.368, 2.002, 1.903 max_d=1.903 avg_d=1.368 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.800, 1.468, 2.135, 1.853 max_d=1.853 avg_d=1.468 std_dev=0.667
C2' B 0, 0.777, 1.474, 2.172, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.474 std_dev=0.697
O3' B 0, 0.864, 1.625, 2.385, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.625 std_dev=0.761
O5' B 0, 0.829, 1.672, 2.516, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.672 std_dev=0.843
O2' B 0, 1.030, 1.892, 2.754, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.892 std_dev=0.862
O2' A 0, 1.078, 2.065, 3.053, 2.813 max_d=2.813 avg_d=2.065 std_dev=0.987
P B 0, 0.656, 1.659, 2.662, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.659 std_dev=1.003
C2' A 0, 0.659, 1.732, 2.805, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.732 std_dev=1.073
O4' A 0, 0.489, 1.614, 2.739, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.614 std_dev=1.125
OP1 B 0, 1.453, 2.681, 3.909, 3.704 max_d=3.704 avg_d=2.681 std_dev=1.228
OP2 B 0, 1.587, 2.937, 4.286, 4.046 max_d=4.046 avg_d=2.937 std_dev=1.350
C4' A 0, 1.162, 2.655, 4.147, 3.778 max_d=3.778 avg_d=2.655 std_dev=1.493
C3' A 0, 1.510, 3.031, 4.552, 4.151 max_d=4.151 avg_d=3.031 std_dev=1.521
O3' A 0, 2.307, 4.354, 6.401, 5.636 max_d=5.636 avg_d=4.354 std_dev=2.047
C5' A 0, 1.811, 4.406, 7.001, 6.420 max_d=6.420 avg_d=4.406 std_dev=2.595
O5' A 0, 1.782, 5.139, 8.497, 7.820 max_d=7.820 avg_d=5.139 std_dev=3.357
P A 0, 2.628, 7.103, 11.579, 10.264 max_d=10.264 avg_d=7.103 std_dev=4.475
OP1 A 0, 2.938, 7.874, 12.809, 11.675 max_d=11.675 avg_d=7.874 std_dev=4.936
OP2 A 0, 3.123, 8.256, 13.389, 12.012 max_d=12.012 avg_d=8.256 std_dev=5.133

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.21 0.49 0.13 0.13
C2 0.07 0.00 0.49 0.43 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.23 0.39 0.22 0.45 0.27 0.26
C2' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.25 0.02 0.10 0.06 0.21 0.26 0.37 0.50 0.13 0.14 0.02 0.00 0.05 0.01 0.27 0.46 0.23 0.21
C3' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.31 0.01 0.32 0.02 0.39 0.20 0.43 0.38 0.39 0.26 0.18 0.02 0.01 0.01 0.37 0.45 0.39 0.36
C4 0.04 0.00 0.25 0.31 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.19 0.43 0.68 0.29 0.38
C4' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.10 0.27 0.06 0.15 0.15 0.26 0.10 0.20 0.03 0.00 0.01 0.28 0.13 0.03
C5 0.02 0.00 0.10 0.32 0.01 0.13 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.05 0.06 0.70 1.03 0.47 0.66
C5' 0.01 0.12 0.06 0.02 0.15 0.01 0.31 0.00 0.28 0.44 0.17 0.12 0.37 0.47 0.20 0.12 0.14 0.02 0.01 0.22 0.04 0.03
C6 0.04 0.01 0.21 0.39 0.01 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.15 0.64 0.94 0.50 0.65
C8 0.02 0.01 0.26 0.20 0.01 0.27 0.00 0.44 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.18 0.26 0.90 1.28 0.45 0.76
N1 0.06 0.01 0.37 0.43 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.19 0.29 0.41 0.62 0.39 0.44
N3 0.07 0.00 0.50 0.38 0.01 0.15 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.32 0.21 0.40 0.16 0.45 0.21 0.20
N6 0.03 0.02 0.13 0.39 0.02 0.15 0.01 0.37 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.12 0.08 0.78 1.17 0.62 0.82
N7 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.26 0.00 0.47 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.13 0.16 0.96 1.42 0.58 0.90
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.09 0.02 0.52 0.78 0.25 0.41
O2' 0.01 0.30 0.00 0.02 0.10 0.20 0.21 0.12 0.16 0.45 0.17 0.32 0.24 0.42 0.18 0.00 0.08 0.17 0.32 0.48 0.27 0.24
O3' 0.24 0.23 0.05 0.01 0.08 0.03 0.05 0.14 0.11 0.18 0.19 0.21 0.12 0.13 0.09 0.08 0.00 0.12 0.34 0.38 0.65 0.44
O4' 0.01 0.39 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.02 0.15 0.26 0.29 0.40 0.08 0.16 0.02 0.17 0.12 0.00 0.11 0.39 0.12 0.14
O5' 0.21 0.22 0.27 0.37 0.43 0.01 0.70 0.01 0.64 0.90 0.41 0.16 0.78 0.96 0.52 0.32 0.34 0.11 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.49 0.45 0.46 0.45 0.68 0.28 1.03 0.22 0.94 1.28 0.62 0.45 1.17 1.42 0.78 0.48 0.38 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.27 0.23 0.39 0.29 0.13 0.47 0.04 0.50 0.45 0.39 0.21 0.62 0.58 0.25 0.27 0.65 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.26 0.21 0.36 0.38 0.03 0.66 0.03 0.65 0.76 0.44 0.20 0.82 0.90 0.41 0.24 0.44 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.12 0.36 0.12 0.29 0.20 0.23 0.20 0.12 0.06 0.12 0.15 0.22 0.87 0.15 0.10 1.00 0.25 0.38
C2 0.18 0.16 0.20 0.19 0.22 0.31 0.28 0.24 0.23 0.18 0.16 0.24 0.19 0.18 0.34 0.26 0.25 0.92 0.30 0.55
C2' 0.09 0.14 0.17 0.36 0.16 0.22 0.36 0.46 0.34 0.11 0.08 0.18 0.38 0.13 0.97 0.21 0.46 1.61 0.44 0.89
C3' 0.32 0.25 0.54 0.90 0.16 0.64 0.22 0.30 0.12 0.14 0.16 0.22 0.46 0.44 1.60 0.23 0.13 1.13 0.39 0.35
C4 0.09 0.07 0.11 0.20 0.12 0.29 0.20 0.21 0.18 0.09 0.04 0.14 0.15 0.11 0.58 0.18 0.12 0.88 0.21 0.42
C4' 0.58 0.34 0.86 1.37 0.17 1.13 0.20 0.88 0.30 0.38 0.23 0.13 0.44 0.61 2.00 0.61 0.77 0.45 1.08 0.51
C5 0.06 0.03 0.06 0.12 0.11 0.24 0.17 0.17 0.14 0.05 0.03 0.14 0.12 0.07 0.52 0.18 0.10 0.69 0.20 0.33
C5' 0.93 0.51 1.36 1.98 0.27 1.60 0.34 1.34 0.52 0.63 0.33 0.18 0.61 1.19 2.75 0.94 1.25 0.52 1.52 1.00
C6 0.11 0.08 0.09 0.10 0.13 0.23 0.16 0.19 0.10 0.07 0.07 0.16 0.14 0.14 0.34 0.23 0.14 0.63 0.24 0.33
C8 0.10 0.12 0.10 0.25 0.14 0.24 0.18 0.18 0.18 0.12 0.13 0.15 0.18 0.10 0.80 0.14 0.08 0.72 0.19 0.29
N1 0.17 0.16 0.16 0.15 0.20 0.26 0.22 0.21 0.15 0.15 0.16 0.23 0.19 0.18 0.27 0.27 0.18 0.70 0.29 0.42
N3 0.14 0.12 0.17 0.22 0.18 0.33 0.26 0.25 0.23 0.15 0.11 0.19 0.17 0.16 0.48 0.21 0.24 1.06 0.26 0.55
N6 0.12 0.08 0.09 0.12 0.15 0.21 0.18 0.20 0.13 0.09 0.08 0.19 0.12 0.18 0.29 0.24 0.18 0.58 0.26 0.26
N7 0.09 0.12 0.08 0.16 0.16 0.22 0.19 0.16 0.17 0.12 0.14 0.18 0.15 0.07 0.65 0.15 0.12 0.63 0.19 0.26
N9 0.08 0.07 0.10 0.27 0.11 0.28 0.19 0.21 0.19 0.10 0.06 0.12 0.16 0.13 0.77 0.14 0.09 0.88 0.20 0.37
O2' 0.23 0.15 0.25 0.19 0.19 0.39 0.38 0.87 0.44 0.22 0.18 0.21 0.33 0.41 0.45 0.44 0.86 2.02 0.84 1.29
O3' 0.38 0.33 0.57 0.91 0.07 0.69 0.09 0.39 0.05 0.22 0.23 0.08 0.54 0.43 1.54 0.31 0.19 1.16 0.52 0.35
O4' 0.47 0.28 0.64 1.11 0.24 1.01 0.29 0.81 0.35 0.35 0.23 0.22 0.29 0.33 1.62 0.59 0.74 0.36 1.03 0.51
O5' 1.03 0.40 1.61 2.32 0.10 1.94 0.23 1.75 0.50 0.60 0.20 0.14 0.51 1.45 3.08 1.10 1.61 0.84 1.89 1.38
OP1 1.21 0.39 2.03 2.90 0.42 2.33 0.56 2.41 0.81 0.75 0.39 0.51 0.28 1.90 3.50 1.34 2.41 1.91 2.80 2.39
OP2 1.65 0.97 2.42 3.03 0.55 2.32 0.70 2.06 1.00 1.18 0.65 0.35 1.10 2.52 4.00 1.51 2.04 1.18 2.16 1.78
P 1.48 0.65 2.26 3.00 0.32 2.38 0.55 2.19 0.87 0.97 0.34 0.20 0.70 2.22 3.88 1.47 2.13 1.38 2.32 1.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.25 0.00 0.20 0.27 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.19 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.06 0.11 0.43 0.16 0.09
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06 0.17 0.04 0.04 0.10 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.36 0.48 0.34 0.42
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.37 0.00 0.41 0.04 0.35 0.22 0.28 0.40 0.07 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.09 0.37 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.20 0.07 0.10 0.54 0.29 0.16
C4' 0.00 0.04 0.03 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.10 0.04 0.28 0.02 0.01 0.02 0.23 0.19 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.41 0.01 0.13 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.31 0.05 0.13 0.51 0.28 0.20
C5' 0.07 0.04 0.17 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.11 0.17 0.01 0.01 0.34 0.31 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.35 0.01 0.12 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.23 0.04 0.09 0.44 0.17 0.13
N1 0.02 0.00 0.04 0.22 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.03 0.04 0.11 0.39 0.15 0.09
N3 0.02 0.00 0.10 0.28 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.03 0.07 0.09 0.50 0.22 0.11
N4 0.03 0.01 0.10 0.40 0.01 0.10 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.26 0.08 0.13 0.58 0.36 0.20
O2 0.04 0.01 0.11 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.34 0.07 0.15 0.39 0.17 0.12
O2' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.25 0.28 0.22 0.11 0.17 0.16 0.25 0.27 0.18 0.00 0.07 0.18 0.25 0.38 0.22 0.35
O3' 0.25 0.12 0.04 0.01 0.20 0.02 0.31 0.17 0.23 0.03 0.03 0.26 0.34 0.07 0.00 0.17 0.32 0.32 0.42 0.28
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.07 0.18 0.17 0.00 0.11 0.24 0.24 0.05
O5' 0.20 0.11 0.36 0.13 0.10 0.02 0.13 0.01 0.09 0.11 0.09 0.13 0.15 0.25 0.32 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.27 0.43 0.48 0.02 0.54 0.23 0.51 0.34 0.44 0.39 0.50 0.58 0.39 0.38 0.32 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.16 0.34 0.19 0.29 0.19 0.28 0.31 0.17 0.15 0.22 0.36 0.17 0.22 0.42 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.09 0.42 0.13 0.16 0.01 0.20 0.02 0.13 0.09 0.11 0.20 0.12 0.35 0.28 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00