ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51823

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.010, 0.044, 0.079, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.012, 0.047, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.159, 0.435, 0.711, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.435 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.294, 0.579, 0.863, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.579 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.359, 0.679, 0.999, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.679 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.250, 0.574, 0.898, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.574 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.369, 0.737, 1.105, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.737 std_dev=0.368
C2' A 0, 0.207, 0.633, 1.059, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.633 std_dev=0.426
N1 B 0, 0.313, 0.749, 1.184, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.749 std_dev=0.436
C2 B 0, 0.479, 0.951, 1.424, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.951 std_dev=0.472
C3' A 0, 0.431, 0.925, 1.419, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.925 std_dev=0.494
N4 B 0, 0.273, 0.822, 1.371, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.822 std_dev=0.549
C4' A 0, 0.267, 0.859, 1.451, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.859 std_dev=0.592
O3' A 0, 0.641, 1.262, 1.884, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.262 std_dev=0.622
O2' A 0, 0.425, 1.053, 1.680, 1.900 max_d=1.900 avg_d=1.053 std_dev=0.627
O2 B 0, 0.740, 1.465, 2.190, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.465 std_dev=0.725
C1' B 0, 0.345, 1.107, 1.868, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.107 std_dev=0.761
O4' B 0, 0.531, 1.404, 2.278, 3.006 max_d=3.006 avg_d=1.404 std_dev=0.874
C5' A 0, 0.534, 1.476, 2.419, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.476 std_dev=0.942
OP2 B 0, 1.093, 2.112, 3.130, 2.980 max_d=2.980 avg_d=2.112 std_dev=1.018
C2' B 0, 0.532, 1.566, 2.601, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.566 std_dev=1.035
O5' B 0, 0.835, 1.909, 2.983, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.909 std_dev=1.074
C3' B 0, 0.659, 1.842, 3.025, 3.754 max_d=3.754 avg_d=1.842 std_dev=1.183
C4' B 0, 0.845, 2.045, 3.245, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.045 std_dev=1.200
P B 0, 1.290, 2.535, 3.779, 3.997 max_d=3.997 avg_d=2.535 std_dev=1.245
O3' B 0, 0.567, 1.910, 3.254, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.910 std_dev=1.344
O2' B 0, 0.638, 1.985, 3.331, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.985 std_dev=1.346
C5' B 0, 1.468, 2.888, 4.308, 4.737 max_d=4.737 avg_d=2.888 std_dev=1.420
OP1 B 0, 1.759, 3.297, 4.835, 4.896 max_d=4.896 avg_d=3.297 std_dev=1.538
O5' A 0, 0.843, 2.530, 4.218, 4.589 max_d=4.589 avg_d=2.530 std_dev=1.687
P A 0, 1.351, 3.228, 5.106, 5.178 max_d=5.178 avg_d=3.228 std_dev=1.877
OP1 A 0, 2.038, 4.030, 6.022, 5.945 max_d=5.945 avg_d=4.030 std_dev=1.992
OP2 A 0, 0.383, 2.448, 4.514, 5.296 max_d=5.296 avg_d=2.448 std_dev=2.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.12 0.77 0.51 0.27
C2 0.02 0.00 0.27 0.26 0.00 0.03 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.09 0.24 0.54 0.92 0.27
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.00 0.21 0.10 0.18 0.37 0.20 0.29 0.22 0.34 0.17 0.00 0.01 0.03 0.39 0.68 0.59 0.29
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.24 0.33 0.24 0.25 0.27 0.33 0.16 0.14 0.01 0.02 0.37 0.55 0.42 0.26
C4 0.01 0.00 0.15 0.18 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.05 0.33 0.54 0.86 0.31
C4' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.12 0.26 0.04 0.06 0.17 0.25 0.11 0.13 0.03 0.00 0.04 0.69 0.32 0.23
C5 0.01 0.01 0.21 0.24 0.00 0.15 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.18 0.03 0.55 0.53 1.07 0.54
C5' 0.06 0.18 0.10 0.01 0.25 0.01 0.40 0.00 0.39 0.48 0.28 0.12 0.46 0.52 0.27 0.13 0.12 0.02 0.01 0.17 0.26 0.06
C6 0.01 0.00 0.18 0.24 0.00 0.12 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.15 0.04 0.53 0.53 1.16 0.57
C8 0.01 0.01 0.37 0.33 0.00 0.26 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.32 0.07 0.70 0.58 0.90 0.59
N1 0.02 0.00 0.20 0.24 0.00 0.04 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.10 0.07 0.38 0.49 1.07 0.42
N3 0.02 0.00 0.29 0.25 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.13 0.09 0.18 0.60 0.81 0.20
N6 0.01 0.00 0.22 0.27 0.00 0.17 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.21 0.03 0.66 0.62 1.31 0.73
N7 0.01 0.01 0.34 0.33 0.00 0.25 0.00 0.52 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.31 0.04 0.76 0.64 1.15 0.73
N9 0.00 0.01 0.17 0.16 0.00 0.11 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.01 0.37 0.57 0.72 0.30
O2' 0.04 0.20 0.00 0.14 0.08 0.13 0.18 0.13 0.14 0.32 0.13 0.21 0.19 0.30 0.15 0.00 0.21 0.11 0.36 1.04 0.33 0.43
O3' 0.10 0.14 0.01 0.01 0.08 0.03 0.18 0.12 0.15 0.32 0.10 0.13 0.21 0.31 0.14 0.21 0.00 0.06 0.28 0.74 0.20 0.27
O4' 0.00 0.09 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.11 0.06 0.00 0.28 0.77 0.63 0.42
O5' 0.12 0.24 0.39 0.37 0.33 0.04 0.55 0.01 0.53 0.70 0.38 0.18 0.66 0.76 0.37 0.36 0.28 0.28 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.77 0.54 0.68 0.55 0.54 0.69 0.53 0.17 0.53 0.58 0.49 0.60 0.62 0.64 0.57 1.04 0.74 0.77 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.92 0.59 0.42 0.86 0.32 1.07 0.26 1.16 0.90 1.07 0.81 1.31 1.15 0.72 0.33 0.20 0.63 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.27 0.29 0.26 0.31 0.23 0.54 0.06 0.57 0.59 0.42 0.20 0.73 0.73 0.30 0.43 0.27 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.43 0.26 0.20 0.11 0.16 0.20 0.25 0.11 0.27 0.34 0.23 0.61 0.54 0.56 0.18 0.52 1.38 0.69 0.84
C2 0.59 0.31 0.67 0.65 0.25 0.53 0.21 0.50 0.22 0.37 0.12 0.47 0.54 1.05 1.04 0.52 0.60 1.20 1.08 0.92
C2' 0.54 0.57 0.43 0.35 0.24 0.35 0.28 0.38 0.30 0.45 0.46 0.21 0.76 0.74 0.69 0.39 0.63 1.54 0.81 0.96
C3' 0.46 0.50 0.33 0.28 0.35 0.30 0.38 0.34 0.33 0.40 0.43 0.40 0.65 0.56 0.59 0.34 0.61 1.47 0.66 0.86
C4 0.46 0.44 0.40 0.33 0.14 0.28 0.20 0.32 0.19 0.35 0.26 0.31 0.59 0.71 0.66 0.29 0.57 1.38 0.93 0.93
C4' 0.35 0.47 0.38 0.35 0.45 0.26 0.46 0.37 0.38 0.38 0.48 0.53 0.55 0.45 0.56 0.26 0.63 1.37 0.54 0.78
C5 0.47 0.43 0.37 0.24 0.14 0.21 0.19 0.30 0.24 0.39 0.28 0.16 0.52 0.67 0.51 0.25 0.60 1.45 1.01 1.00
C5' 0.62 0.75 0.72 0.63 0.81 0.50 0.78 0.58 0.70 0.68 0.81 0.90 0.78 0.74 0.79 0.50 0.80 1.36 0.62 0.81
C6 0.57 0.36 0.54 0.40 0.09 0.35 0.18 0.39 0.30 0.42 0.15 0.18 0.47 0.89 0.67 0.38 0.61 1.34 1.18 1.02
C8 0.33 0.45 0.16 0.09 0.27 0.05 0.17 0.24 0.16 0.31 0.44 0.23 0.54 0.40 0.30 0.12 0.60 1.55 0.72 0.94
N1 0.63 0.30 0.70 0.63 0.17 0.53 0.17 0.52 0.26 0.40 0.11 0.34 0.47 1.10 0.96 0.54 0.62 1.21 1.18 0.96
N3 0.52 0.38 0.54 0.51 0.24 0.42 0.24 0.42 0.19 0.35 0.13 0.49 0.61 0.88 0.90 0.42 0.57 1.27 0.98 0.90
N6 0.59 0.32 0.53 0.35 0.10 0.31 0.23 0.38 0.36 0.42 0.16 0.09 0.40 0.89 0.54 0.35 0.62 1.35 1.33 1.09
N7 0.37 0.43 0.18 0.09 0.27 0.07 0.22 0.25 0.23 0.35 0.39 0.22 0.48 0.44 0.25 0.15 0.64 1.59 0.85 1.01
N9 0.39 0.46 0.28 0.20 0.16 0.17 0.19 0.26 0.15 0.32 0.38 0.20 0.61 0.55 0.52 0.19 0.56 1.44 0.78 0.90
O2' 0.45 0.49 0.45 0.29 0.14 0.23 0.09 0.32 0.12 0.34 0.39 0.20 0.68 0.81 0.64 0.24 0.57 1.52 0.91 1.01
O3' 0.39 0.40 0.28 0.28 0.31 0.29 0.38 0.37 0.30 0.33 0.33 0.41 0.55 0.50 0.59 0.31 0.63 1.47 0.72 0.89
O4' 0.27 0.44 0.33 0.31 0.34 0.19 0.38 0.33 0.29 0.29 0.45 0.41 0.58 0.44 0.53 0.16 0.61 1.40 0.59 0.83
O5' 0.50 0.59 0.65 0.54 0.60 0.40 0.57 0.42 0.53 0.54 0.60 0.65 0.61 0.66 0.66 0.43 0.51 0.88 0.38 0.39
OP1 0.40 0.50 0.60 0.57 0.44 0.34 0.46 0.45 0.46 0.42 0.54 0.48 0.58 0.59 0.62 0.33 0.64 1.13 0.53 0.61
OP2 1.40 1.23 1.76 1.68 1.25 1.41 1.47 1.45 1.49 1.39 1.15 1.10 1.17 1.74 1.75 1.29 1.63 1.91 1.19 1.46
P 0.69 0.65 0.96 0.88 0.67 0.64 0.77 0.69 0.77 0.70 0.62 0.62 0.62 0.97 0.96 0.59 0.84 1.15 0.62 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.20 0.29 0.08 0.12
C2 0.02 0.00 0.19 0.12 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.28 0.13 0.18 0.45 0.24 0.23
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.06 0.02 0.21 0.19 0.25 0.02 0.12 0.07 0.37 0.00 0.01 0.02 0.40 0.48 0.26 0.34
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.03 0.16 0.04 0.08 0.06 0.23 0.07 0.00 0.01 0.16 0.14 0.15 0.09
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.14 0.09 0.14 0.49 0.09 0.18
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.06 0.07 0.09 0.09 0.01 0.00 0.02 0.15 0.20 0.06
C5 0.01 0.00 0.21 0.15 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.13 0.15 0.13 0.41 0.37 0.18
C5' 0.09 0.12 0.19 0.03 0.10 0.01 0.14 0.00 0.16 0.09 0.12 0.10 0.17 0.09 0.14 0.01 0.01 0.15 0.17 0.03
C6 0.01 0.01 0.25 0.16 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.14 0.17 0.16 0.35 0.38 0.19
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.06 0.17 0.37 0.05 0.13
N3 0.02 0.00 0.12 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.25 0.11 0.17 0.51 0.19 0.24
N4 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.15 0.10 0.14 0.52 0.11 0.19
O2 0.03 0.00 0.37 0.23 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.53 0.44 0.21 0.21 0.46 0.42 0.30
O2' 0.01 0.26 0.00 0.07 0.18 0.09 0.28 0.09 0.28 0.08 0.23 0.20 0.53 0.00 0.07 0.05 0.37 0.51 0.24 0.32
O3' 0.17 0.28 0.01 0.00 0.14 0.01 0.13 0.14 0.14 0.14 0.25 0.15 0.44 0.07 0.00 0.13 0.14 0.06 0.15 0.11
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.17 0.06 0.11 0.10 0.21 0.05 0.13 0.00 0.05 0.27 0.27 0.16
O5' 0.20 0.18 0.40 0.16 0.14 0.02 0.13 0.01 0.16 0.17 0.17 0.14 0.21 0.37 0.14 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.29 0.45 0.48 0.14 0.49 0.15 0.41 0.15 0.35 0.37 0.51 0.52 0.46 0.51 0.06 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.24 0.26 0.15 0.09 0.20 0.37 0.17 0.38 0.05 0.19 0.11 0.42 0.24 0.15 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.34 0.09 0.18 0.06 0.18 0.03 0.19 0.13 0.24 0.19 0.30 0.32 0.11 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00