ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.007, 0.013, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.003, 0.018, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.007, 0.020, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.020 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.047, 0.201, 0.355, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.201 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.083, 0.238, 0.394, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.238 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.006, 0.224, 0.441, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.224 std_dev=0.218
O5' A 0, 0.115, 0.338, 0.560, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.338 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.110, 0.337, 0.564, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.337 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.180, 0.413, 0.647, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.413 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.221, 0.455, 0.689, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.455 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.189, 0.431, 0.672, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.431 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.164, 0.432, 0.700, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.432 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.218, 0.489, 0.760, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.489 std_dev=0.271
C2' A 0, -0.034, 0.257, 0.548, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.257 std_dev=0.291
N4 B 0, 0.183, 0.479, 0.775, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.479 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.126, 0.439, 0.752, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.439 std_dev=0.313
O2 B 0, 0.302, 0.630, 0.959, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.630 std_dev=0.329
P A 0, 0.143, 0.474, 0.805, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.474 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.127, 0.461, 0.794, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.461 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.099, 0.468, 0.836, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.468 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.033, 0.405, 0.776, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.405 std_dev=0.372
OP2 A 0, 0.268, 0.683, 1.098, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.683 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.319, 0.762, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.762 std_dev=0.443
C1' B 0, 0.064, 0.512, 0.960, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.512 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.081, 0.563, 1.045, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.563 std_dev=0.482
OP2 B 0, 0.113, 0.670, 1.227, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.670 std_dev=0.557
O3' A 0, -0.233, 0.343, 0.918, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.343 std_dev=0.576
O3' B 0, 0.088, 0.673, 1.257, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.673 std_dev=0.584
P B 0, 0.090, 0.708, 1.326, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.708 std_dev=0.618
C2' B 0, 0.009, 0.642, 1.275, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.642 std_dev=0.633
OP1 B 0, 0.061, 0.742, 1.423, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.742 std_dev=0.681
O2' A 0, -0.159, 0.541, 1.241, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.541 std_dev=0.700
O5' B 0, 0.007, 0.830, 1.653, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.830 std_dev=0.823
O2' B 0, -0.069, 0.777, 1.622, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.777 std_dev=0.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.00 0.17 0.22 0.05 0.16
C2 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.30 0.10 0.24 0.30 0.17 0.24
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.19 0.04 0.08 0.02 0.03 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.41 0.53 0.33 0.45
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.16 0.03 0.03 0.09 0.14 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C4 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.24 0.05 0.22 0.30 0.14 0.23
C4' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.10 0.03 0.04 0.01 0.23 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.18 0.01 0.21 0.33 0.16 0.24
C5' 0.07 0.22 0.19 0.01 0.17 0.00 0.15 0.00 0.18 0.08 0.21 0.21 0.18 0.11 0.11 0.05 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.20 0.03 0.22 0.34 0.18 0.25
C8 0.02 0.00 0.08 0.16 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.41 0.07 0.06 0.17 0.31 0.14 0.22
N1 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.26 0.07 0.24 0.32 0.18 0.25
N3 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.31 0.12 0.24 0.28 0.15 0.22
N6 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.22 0.35 0.20 0.26
N7 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.38 0.09 0.05 0.18 0.33 0.17 0.24
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.18 0.01 0.19 0.28 0.11 0.21
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.03 0.23 0.19 0.05 0.12 0.41 0.03 0.17 0.21 0.38 0.15 0.00 0.02 0.14 0.32 0.61 0.19 0.41
O3' 0.27 0.30 0.02 0.00 0.24 0.03 0.18 0.25 0.20 0.07 0.26 0.31 0.17 0.09 0.18 0.02 0.00 0.17 0.23 0.25 0.26 0.27
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.14 0.17 0.00 0.03 0.05 0.12 0.06
O5' 0.17 0.24 0.41 0.01 0.22 0.01 0.21 0.00 0.22 0.17 0.24 0.24 0.22 0.18 0.19 0.32 0.23 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.22 0.30 0.53 0.02 0.30 0.02 0.33 0.01 0.34 0.31 0.32 0.28 0.35 0.33 0.28 0.61 0.25 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.17 0.33 0.02 0.14 0.03 0.16 0.02 0.18 0.14 0.18 0.15 0.20 0.17 0.11 0.19 0.26 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.24 0.45 0.02 0.23 0.01 0.24 0.01 0.25 0.22 0.25 0.22 0.26 0.24 0.21 0.41 0.27 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.12 0.13 0.16 0.12 0.21 0.11 0.31 0.13 0.14 0.11 0.15 0.13 0.15 0.15 0.18 0.39 0.32 0.35 0.35
C2 0.16 0.09 0.20 0.19 0.15 0.14 0.07 0.20 0.05 0.09 0.14 0.24 0.13 0.17 0.18 0.15 0.27 0.10 0.30 0.21
C2' 0.35 0.26 0.31 0.35 0.25 0.41 0.33 0.55 0.36 0.32 0.23 0.20 0.25 0.33 0.35 0.36 0.62 0.63 0.66 0.64
C3' 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.21 0.09 0.09 0.11 0.13 0.11 0.09 0.14 0.14 0.27 0.13 0.11 0.16
C4 0.22 0.14 0.22 0.21 0.09 0.21 0.09 0.28 0.15 0.17 0.10 0.14 0.15 0.23 0.20 0.20 0.39 0.23 0.37 0.32
C4' 0.10 0.14 0.09 0.11 0.12 0.15 0.09 0.25 0.09 0.10 0.15 0.14 0.16 0.08 0.11 0.13 0.26 0.12 0.11 0.15
C5 0.29 0.17 0.31 0.27 0.09 0.26 0.13 0.29 0.22 0.23 0.11 0.10 0.17 0.33 0.27 0.26 0.47 0.26 0.44 0.38
C5' 0.16 0.26 0.10 0.14 0.28 0.19 0.15 0.34 0.13 0.18 0.31 0.35 0.29 0.10 0.12 0.14 0.22 0.12 0.12 0.14
C6 0.31 0.15 0.36 0.30 0.08 0.23 0.09 0.24 0.17 0.22 0.10 0.12 0.18 0.37 0.30 0.24 0.43 0.19 0.42 0.33
C8 0.28 0.18 0.26 0.25 0.14 0.29 0.21 0.35 0.26 0.24 0.14 0.12 0.17 0.31 0.25 0.27 0.55 0.40 0.48 0.48
N1 0.21 0.10 0.29 0.25 0.11 0.17 0.04 0.19 0.08 0.13 0.12 0.18 0.15 0.27 0.25 0.17 0.31 0.11 0.35 0.24
N3 0.16 0.11 0.17 0.17 0.13 0.16 0.07 0.24 0.07 0.11 0.11 0.22 0.14 0.16 0.16 0.16 0.30 0.15 0.30 0.24
N6 0.39 0.17 0.47 0.38 0.09 0.28 0.12 0.24 0.21 0.26 0.11 0.10 0.19 0.52 0.39 0.30 0.51 0.20 0.47 0.38
N7 0.33 0.19 0.33 0.30 0.14 0.31 0.21 0.35 0.29 0.27 0.14 0.11 0.18 0.38 0.30 0.31 0.60 0.38 0.52 0.50
N9 0.22 0.15 0.20 0.20 0.11 0.23 0.14 0.32 0.18 0.18 0.12 0.12 0.16 0.23 0.20 0.22 0.43 0.31 0.39 0.37
O2' 0.50 0.23 0.43 0.51 0.15 0.64 0.35 0.82 0.47 0.40 0.12 0.14 0.21 0.47 0.51 0.59 0.96 1.11 1.01 1.04
O3' 0.14 0.18 0.09 0.12 0.13 0.15 0.10 0.22 0.09 0.13 0.19 0.13 0.23 0.13 0.12 0.13 0.27 0.13 0.11 0.16
O4' 0.11 0.12 0.11 0.14 0.14 0.16 0.18 0.21 0.14 0.12 0.12 0.15 0.13 0.10 0.14 0.17 0.28 0.12 0.10 0.15
O5' 0.16 0.28 0.09 0.11 0.33 0.18 0.21 0.33 0.15 0.20 0.33 0.41 0.29 0.10 0.10 0.12 0.21 0.12 0.11 0.13
OP1 0.25 0.41 0.18 0.19 0.48 0.28 0.39 0.44 0.30 0.32 0.47 0.52 0.41 0.19 0.19 0.22 0.17 0.12 0.10 0.10
OP2 0.06 0.23 0.07 0.07 0.29 0.17 0.13 0.39 0.07 0.11 0.32 0.41 0.26 0.09 0.08 0.07 0.22 0.15 0.14 0.14
P 0.16 0.31 0.09 0.12 0.38 0.21 0.26 0.40 0.17 0.21 0.38 0.47 0.32 0.09 0.11 0.14 0.17 0.12 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.18 0.20 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.01 0.02 0.13 0.31 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.15 0.00 0.02 0.00 0.20 0.31 0.03 0.17
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.02 0.07 0.08 0.18 0.13 0.25 0.01 0.01 0.03 0.37 0.45 0.06 0.28
C4 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.03 0.08 0.12 0.35 0.18
C4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.12 0.14 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.27 0.24 0.05
C5 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.11 0.12 0.33 0.18
C5' 0.04 0.23 0.02 0.02 0.33 0.00 0.32 0.00 0.26 0.19 0.29 0.36 0.19 0.02 0.01 0.02 0.00 0.41 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.04 0.11 0.10 0.28 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.05 0.13 0.27 0.13
N3 0.00 0.00 0.04 0.18 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.16 0.02 0.04 0.11 0.35 0.17
N4 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.14 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.04 0.09 0.14 0.38 0.20
O2 0.01 0.00 0.15 0.25 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.24 0.01 0.02 0.16 0.30 0.14
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.11 0.03 0.08 0.02 0.06 0.06 0.12 0.13 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.18 0.12 0.08
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.16 0.11 0.24 0.02 0.00 0.01 0.41 0.48 0.13 0.32
O4' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.18 0.25 0.13
O5' 0.02 0.02 0.20 0.37 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.05 0.04 0.09 0.02 0.04 0.41 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.13 0.31 0.45 0.12 0.27 0.12 0.41 0.10 0.13 0.11 0.14 0.16 0.18 0.48 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.31 0.03 0.06 0.35 0.24 0.33 0.37 0.28 0.27 0.35 0.38 0.30 0.12 0.13 0.25 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.17 0.28 0.18 0.05 0.18 0.01 0.14 0.13 0.17 0.20 0.14 0.08 0.32 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00