ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51826

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.004, 0.013, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.024, 0.110, 0.196, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.110 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.048, 0.181, 0.314, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.181 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.072, 0.248, 0.425, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.248 std_dev=0.177
N4 B 0, 0.085, 0.304, 0.523, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.304 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.094, 0.337, 0.580, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.337 std_dev=0.243
C3' A 0, 0.124, 0.433, 0.743, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.433 std_dev=0.309
C4' A 0, 0.132, 0.458, 0.785, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.458 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.148, 0.511, 0.873, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.511 std_dev=0.362
N3 B 0, 0.155, 0.540, 0.925, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.540 std_dev=0.385
O3' A 0, 0.176, 0.609, 1.042, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.609 std_dev=0.433
C2 B 0, 0.201, 0.692, 1.183, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.692 std_dev=0.491
C6 B 0, 0.205, 0.700, 1.196, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.700 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.212, 0.727, 1.241, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.727 std_dev=0.515
C5' A 0, 0.208, 0.728, 1.249, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.728 std_dev=0.521
P A 0, 0.219, 0.770, 1.321, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.770 std_dev=0.551
O5' A 0, 0.239, 0.836, 1.433, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.836 std_dev=0.597
O2 B 0, 0.280, 0.961, 1.642, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.961 std_dev=0.681
C1' B 0, 0.283, 0.967, 1.652, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.967 std_dev=0.684
OP1 A 0, 0.358, 1.230, 2.101, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.230 std_dev=0.872
O4' B 0, 0.370, 1.265, 2.159, 1.900 max_d=1.900 avg_d=1.265 std_dev=0.894
C2' B 0, 0.453, 1.549, 2.645, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.549 std_dev=1.096
O2' B 0, 0.484, 1.665, 2.847, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.665 std_dev=1.181
C4' B 0, 0.544, 1.856, 3.168, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.856 std_dev=1.312
C3' B 0, 0.583, 1.993, 3.402, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.993 std_dev=1.409
OP2 A 0, 0.670, 2.298, 3.925, 3.562 max_d=3.562 avg_d=2.298 std_dev=1.628
C5' B 0, 0.684, 2.335, 3.986, 3.516 max_d=3.516 avg_d=2.335 std_dev=1.651
O5' B 0, 0.736, 2.525, 4.313, 3.913 max_d=3.913 avg_d=2.525 std_dev=1.788
O3' B 0, 0.749, 2.560, 4.371, 3.909 max_d=3.909 avg_d=2.560 std_dev=1.811
P B 0, 0.992, 3.391, 5.789, 5.176 max_d=5.176 avg_d=3.391 std_dev=2.399
OP2 B 0, 1.223, 4.183, 7.142, 6.401 max_d=6.401 avg_d=4.183 std_dev=2.959
OP1 B 0, 1.343, 4.587, 7.830, 6.914 max_d=6.914 avg_d=4.587 std_dev=3.243

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.24 0.28 0.06
C2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.13 0.04 0.14 0.37 0.16 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.13 0.05 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.25 0.06 0.12 0.16
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.13 0.37 0.16 0.03
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.16 0.43 0.08 0.04
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.11 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00
C6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.12 0.03 0.17 0.45 0.07 0.06
C8 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.14 0.40 0.11 0.03
N1 0.04 0.00 0.07 0.12 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.14 0.04 0.16 0.42 0.11 0.06
N3 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.04 0.12 0.34 0.19 0.04
N6 0.04 0.01 0.06 0.11 0.02 0.08 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.13 0.04 0.19 0.49 0.05 0.07
N7 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.16 0.46 0.03 0.04
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.33 0.19 0.03
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.19 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.12 0.04 0.14 0.11 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.27 0.05 0.22 0.21
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.23 0.40 0.14
O5' 0.03 0.14 0.15 0.25 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.14 0.16 0.12 0.19 0.16 0.11 0.03 0.27 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.37 0.13 0.06 0.37 0.12 0.43 0.08 0.45 0.40 0.42 0.34 0.49 0.46 0.33 0.12 0.05 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.16 0.05 0.12 0.16 0.17 0.08 0.09 0.07 0.11 0.11 0.19 0.05 0.03 0.19 0.19 0.22 0.40 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.07 0.16 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.21 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.25 0.17 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03 0.12 0.09 0.08 0.25 0.31 0.22 0.06 0.10 0.58 0.05 0.21
C2 0.21 0.16 0.20 0.30 0.13 0.34 0.18 0.42 0.21 0.20 0.13 0.11 0.15 0.13 0.29 0.32 0.54 0.93 0.66 0.64
C2' 0.19 0.17 0.32 0.24 0.02 0.14 0.04 0.03 0.04 0.14 0.08 0.08 0.27 0.40 0.30 0.08 0.10 0.53 0.12 0.21
C3' 0.18 0.16 0.30 0.22 0.04 0.13 0.04 0.03 0.04 0.13 0.09 0.11 0.26 0.39 0.29 0.07 0.11 0.62 0.11 0.24
C4 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.16 0.14 0.25 0.12 0.08 0.05 0.08 0.10 0.09 0.09 0.15 0.38 0.93 0.39 0.51
C4' 0.15 0.14 0.27 0.20 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.11 0.08 0.14 0.24 0.34 0.27 0.06 0.09 0.60 0.03 0.21
C5 0.11 0.06 0.10 0.20 0.07 0.26 0.17 0.38 0.17 0.11 0.04 0.05 0.09 0.06 0.20 0.22 0.52 1.19 0.55 0.70
C5' 0.15 0.15 0.25 0.18 0.07 0.10 0.07 0.04 0.05 0.11 0.10 0.13 0.24 0.32 0.24 0.06 0.11 0.69 0.03 0.24
C6 0.19 0.10 0.21 0.35 0.10 0.40 0.20 0.54 0.24 0.18 0.06 0.06 0.09 0.14 0.35 0.33 0.69 1.35 0.81 0.88
C8 0.07 0.13 0.11 0.02 0.03 0.10 0.10 0.21 0.07 0.07 0.11 0.03 0.20 0.17 0.03 0.10 0.32 1.00 0.26 0.49
N1 0.25 0.15 0.27 0.40 0.13 0.45 0.21 0.58 0.26 0.22 0.11 0.09 0.14 0.20 0.41 0.39 0.72 1.22 0.89 0.87
N3 0.10 0.10 0.07 0.13 0.12 0.17 0.14 0.24 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.07 0.12 0.18 0.35 0.78 0.42 0.46
N6 0.22 0.09 0.26 0.42 0.08 0.47 0.21 0.63 0.25 0.19 0.04 0.04 0.08 0.18 0.44 0.36 0.79 1.57 0.98 1.05
N7 0.07 0.08 0.06 0.14 0.04 0.21 0.14 0.33 0.13 0.08 0.08 0.02 0.14 0.08 0.13 0.17 0.47 1.21 0.45 0.66
N9 0.09 0.12 0.14 0.04 0.04 0.06 0.09 0.14 0.05 0.07 0.08 0.07 0.19 0.20 0.07 0.07 0.25 0.82 0.21 0.39
O2' 0.20 0.15 0.36 0.30 0.03 0.18 0.05 0.10 0.06 0.13 0.05 0.08 0.26 0.45 0.39 0.10 0.09 0.35 0.05 0.11
O3' 0.20 0.15 0.33 0.26 0.05 0.16 0.04 0.05 0.04 0.13 0.07 0.12 0.25 0.44 0.34 0.09 0.09 0.55 0.12 0.21
O4' 0.14 0.15 0.24 0.17 0.07 0.09 0.08 0.04 0.05 0.10 0.09 0.13 0.25 0.30 0.22 0.06 0.10 0.61 0.05 0.21
O5' 0.23 0.32 0.40 0.32 0.13 0.16 0.02 0.04 0.08 0.20 0.29 0.09 0.45 0.45 0.40 0.08 0.08 0.65 0.07 0.20
OP1 0.42 0.45 0.49 0.44 0.36 0.36 0.31 0.27 0.34 0.41 0.43 0.33 0.50 0.53 0.47 0.34 0.19 0.50 0.39 0.05
OP2 0.64 0.80 0.81 0.75 0.71 0.56 0.54 0.44 0.55 0.67 0.84 0.73 0.88 0.82 0.81 0.49 0.38 0.33 0.51 0.20
P 0.30 0.40 0.44 0.37 0.26 0.23 0.14 0.11 0.18 0.29 0.39 0.23 0.50 0.48 0.43 0.17 0.05 0.64 0.20 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.29 0.22 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.11 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.57 0.30 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.65 0.23 0.17
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.13 0.51 0.13 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.30 0.13 0.07
N3 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.41 0.29 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.09 0.65 0.35 0.13
O2 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.09 0.06 0.03 0.17 0.21 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.02 0.16 0.03 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.09 0.05 0.00 0.01 0.08 0.42 0.09 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.13 0.05
O5' 0.02 0.02 0.04 0.06 0.07 0.01 0.12 0.00 0.13 0.05 0.03 0.09 0.03 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.29 0.08 0.21 0.57 0.15 0.65 0.20 0.51 0.30 0.41 0.65 0.17 0.16 0.42 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.22 0.11 0.11 0.30 0.14 0.23 0.21 0.13 0.13 0.29 0.35 0.21 0.03 0.09 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.05 0.08 0.11 0.01 0.17 0.01 0.15 0.07 0.06 0.13 0.05 0.04 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00