ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51827

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.012, 0.044, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.014, 0.051, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.051 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.021, 0.072, 0.124, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.072 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.024, 0.230, 0.436, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.230 std_dev=0.206
O2 B 0, 0.084, 0.336, 0.588, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.336 std_dev=0.252
C4' A 0, -0.021, 0.239, 0.498, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.239 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.107, 0.381, 0.654, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.381 std_dev=0.273
C2' A 0, 0.008, 0.292, 0.576, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.292 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.128, 0.438, 0.747, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.438 std_dev=0.310
N4 B 0, 0.132, 0.458, 0.784, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.458 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.161, 0.552, 0.942, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.552 std_dev=0.390
O2' A 0, 0.070, 0.476, 0.882, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.476 std_dev=0.406
C3' A 0, -0.035, 0.385, 0.804, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.385 std_dev=0.419
OP2 A 0, 0.142, 0.588, 1.034, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.588 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.203, 0.727, 1.251, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.727 std_dev=0.524
C5' A 0, -0.057, 0.494, 1.046, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.494 std_dev=0.551
C1' B 0, 0.226, 0.820, 1.414, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.820 std_dev=0.594
P A 0, 0.005, 0.599, 1.193, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.599 std_dev=0.594
O2' B 0, 0.230, 0.827, 1.425, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.827 std_dev=0.598
OP1 A 0, 0.058, 0.672, 1.285, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.672 std_dev=0.614
C5 B 0, 0.249, 0.887, 1.524, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.887 std_dev=0.637
O3' A 0, -0.060, 0.608, 1.275, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.608 std_dev=0.668
C2' B 0, 0.272, 0.961, 1.651, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.961 std_dev=0.690
C6 B 0, 0.264, 0.965, 1.665, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.965 std_dev=0.701
O5' A 0, -0.161, 0.679, 1.519, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.679 std_dev=0.840
O4' B 0, 0.319, 1.166, 2.013, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.166 std_dev=0.847
C3' B 0, 0.384, 1.354, 2.323, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.354 std_dev=0.969
C4' B 0, 0.404, 1.440, 2.476, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.440 std_dev=1.036
O3' B 0, 0.456, 1.607, 2.757, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.607 std_dev=1.151
C5' B 0, 0.504, 1.762, 3.020, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.762 std_dev=1.258
O5' B 0, 0.469, 2.150, 3.831, 4.103 max_d=4.103 avg_d=2.150 std_dev=1.681
P B 0, 0.563, 2.280, 3.996, 4.142 max_d=4.142 avg_d=2.280 std_dev=1.717
OP2 B 0, 0.598, 2.332, 4.065, 4.153 max_d=4.153 avg_d=2.332 std_dev=1.733
OP1 B 0, 0.571, 2.884, 5.196, 5.660 max_d=5.660 avg_d=2.884 std_dev=2.312

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.24 0.16 0.07
C2 0.01 0.00 0.13 0.08 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.12 0.02 0.03 0.17 0.18 0.10
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.09 0.14 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.34 0.31 0.16
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06 0.19 0.04 0.09 0.09 0.17 0.08 0.03 0.01 0.02 0.06 0.39 0.40 0.22
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.05 0.19 0.19 0.11
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05 0.01 0.01 0.29 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.08 0.19 0.20 0.14
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.20 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.04 0.07 0.17 0.20 0.14
C8 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.22 0.06 0.12 0.23 0.21 0.16
N1 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.05 0.03 0.05 0.16 0.19 0.12
N3 0.01 0.00 0.14 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02 0.02 0.18 0.18 0.09
N6 0.04 0.02 0.02 0.09 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.14 0.06 0.09 0.16 0.20 0.16
N7 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.23 0.05 0.12 0.21 0.22 0.17
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.06 0.22 0.18 0.11
O2' 0.03 0.21 0.01 0.03 0.10 0.09 0.05 0.08 0.09 0.06 0.16 0.20 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.41 0.33 0.19
O3' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.04 0.05 0.11 0.05 0.08 0.22 0.05 0.13 0.14 0.23 0.08 0.06 0.00 0.05 0.08 0.51 0.53 0.30
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.07 0.05 0.00 0.07 0.19 0.04 0.02
O5' 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.12 0.05 0.02 0.09 0.12 0.06 0.03 0.08 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.17 0.34 0.39 0.19 0.29 0.19 0.20 0.17 0.23 0.16 0.18 0.16 0.21 0.22 0.41 0.51 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.18 0.31 0.40 0.19 0.17 0.20 0.04 0.20 0.21 0.19 0.18 0.20 0.22 0.18 0.33 0.53 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.16 0.22 0.11 0.08 0.14 0.01 0.14 0.16 0.12 0.09 0.16 0.17 0.11 0.19 0.30 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.14 0.05 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13 0.13 0.11 0.13 0.08 0.11 0.07 0.04 0.31 0.12
C2 0.19 0.13 0.16 0.21 0.18 0.23 0.26 0.32 0.27 0.21 0.12 0.15 0.04 0.21 0.16 0.23 0.10 0.12 0.34 0.11
C2' 0.30 0.25 0.27 0.26 0.21 0.17 0.27 0.26 0.31 0.29 0.21 0.16 0.24 0.08 0.18 0.30 0.21 0.32 0.16 0.15
C3' 0.20 0.12 0.17 0.18 0.07 0.11 0.15 0.22 0.20 0.18 0.07 0.01 0.13 0.04 0.12 0.23 0.13 0.27 0.22 0.08
C4 0.10 0.06 0.05 0.10 0.11 0.13 0.16 0.23 0.17 0.12 0.07 0.10 0.01 0.19 0.03 0.15 0.10 0.02 0.40 0.14
C4' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.04 0.10 0.09 0.12 0.09 0.06 0.04 0.08 0.16 0.14 0.11 0.07 0.07 0.31 0.11
C5 0.10 0.04 0.05 0.11 0.08 0.13 0.14 0.27 0.14 0.10 0.01 0.06 0.06 0.21 0.04 0.15 0.15 0.03 0.50 0.19
C5' 0.05 0.08 0.12 0.09 0.06 0.13 0.05 0.09 0.06 0.04 0.10 0.09 0.13 0.30 0.22 0.08 0.16 0.04 0.41 0.19
C6 0.13 0.08 0.10 0.15 0.11 0.18 0.19 0.34 0.18 0.13 0.05 0.09 0.08 0.21 0.11 0.18 0.15 0.03 0.53 0.18
C8 0.04 0.01 0.02 0.07 0.05 0.07 0.09 0.19 0.09 0.05 0.04 0.04 0.06 0.20 0.07 0.09 0.18 0.07 0.49 0.21
N1 0.17 0.10 0.15 0.21 0.17 0.24 0.26 0.37 0.25 0.19 0.08 0.14 0.06 0.22 0.17 0.23 0.12 0.08 0.46 0.14
N3 0.15 0.12 0.10 0.14 0.16 0.17 0.21 0.24 0.22 0.18 0.12 0.14 0.04 0.18 0.08 0.19 0.07 0.09 0.31 0.10
N6 0.14 0.11 0.10 0.15 0.11 0.19 0.18 0.37 0.17 0.14 0.09 0.08 0.12 0.22 0.13 0.18 0.19 0.04 0.62 0.21
N7 0.07 0.04 0.02 0.07 0.03 0.09 0.09 0.24 0.09 0.06 0.03 0.02 0.08 0.22 0.04 0.11 0.20 0.08 0.55 0.23
N9 0.07 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.13 0.18 0.13 0.09 0.07 0.09 0.04 0.18 0.04 0.11 0.11 0.02 0.40 0.16
O2' 0.48 0.41 0.45 0.42 0.35 0.31 0.42 0.35 0.47 0.47 0.36 0.29 0.42 0.28 0.32 0.47 0.41 0.50 0.21 0.32
O3' 0.34 0.21 0.32 0.31 0.11 0.23 0.21 0.31 0.28 0.28 0.13 0.03 0.24 0.18 0.25 0.36 0.30 0.45 0.14 0.22
O4' 0.03 0.02 0.07 0.06 0.05 0.14 0.06 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.27 0.18 0.08 0.18 0.10 0.40 0.21
O5' 0.18 0.24 0.25 0.19 0.22 0.23 0.17 0.15 0.16 0.18 0.27 0.25 0.30 0.44 0.31 0.17 0.25 0.11 0.54 0.26
OP1 0.23 0.27 0.28 0.22 0.24 0.29 0.21 0.20 0.21 0.22 0.28 0.25 0.31 0.48 0.34 0.24 0.31 0.17 0.61 0.32
OP2 0.24 0.24 0.21 0.15 0.24 0.27 0.24 0.24 0.24 0.23 0.25 0.25 0.25 0.40 0.20 0.27 0.33 0.20 0.66 0.35
P 0.18 0.22 0.20 0.14 0.22 0.22 0.19 0.16 0.18 0.18 0.24 0.25 0.24 0.38 0.24 0.19 0.29 0.15 0.60 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.26 0.27 0.24 0.26
C2 0.01 0.00 0.05 0.14 0.01 0.06 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.01 0.35 0.33 0.45 0.33
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.30 0.39 0.07 0.24
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.22 0.01 0.21 0.03 0.17 0.12 0.19 0.25 0.09 0.04 0.01 0.03 0.33 0.48 0.09 0.21
C4 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.17 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.38 0.34 0.64 0.38
C4' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.17 0.00 0.21 0.00 0.18 0.09 0.12 0.20 0.02 0.11 0.03 0.01 0.01 0.20 0.24 0.01
C5 0.00 0.01 0.06 0.21 0.01 0.21 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.02 0.37 0.33 0.67 0.38
C5' 0.04 0.22 0.02 0.03 0.41 0.00 0.46 0.00 0.38 0.23 0.32 0.47 0.12 0.10 0.02 0.00 0.01 0.36 0.36 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.17 0.00 0.18 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.02 0.36 0.32 0.56 0.36
N1 0.00 0.01 0.04 0.12 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.00 0.34 0.31 0.43 0.32
N3 0.00 0.00 0.06 0.19 0.01 0.12 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.19 0.00 0.37 0.34 0.55 0.36
N4 0.00 0.00 0.08 0.25 0.01 0.20 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.29 0.02 0.38 0.35 0.69 0.38
O2 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.03 0.32 0.32 0.36 0.31
O2' 0.04 0.08 0.01 0.04 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.04 0.07 0.04 0.12 0.00 0.08 0.06 0.15 0.27 0.12 0.12
O3' 0.03 0.12 0.04 0.01 0.24 0.03 0.24 0.02 0.18 0.11 0.19 0.29 0.06 0.08 0.00 0.04 0.18 0.44 0.41 0.06
O4' 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.16 0.20 0.19 0.21
O5' 0.26 0.35 0.30 0.33 0.38 0.01 0.37 0.01 0.36 0.34 0.37 0.38 0.32 0.15 0.18 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.33 0.39 0.48 0.34 0.20 0.33 0.36 0.32 0.31 0.34 0.35 0.32 0.27 0.44 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.45 0.07 0.09 0.64 0.24 0.67 0.36 0.56 0.43 0.55 0.69 0.36 0.12 0.41 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.33 0.24 0.21 0.38 0.01 0.38 0.00 0.36 0.32 0.36 0.38 0.31 0.12 0.06 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00