ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4' A 0, 0.013, 0.056, 0.100, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.056 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.002, 0.056, 0.110, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.056 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.002, 0.059, 0.117, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.059 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.007, 0.070, 0.132, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.070 std_dev=0.062
N3 B 0, -0.013, 0.102, 0.216, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.102 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.007, 0.128, 0.249, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.128 std_dev=0.121
C2 B 0, -0.024, 0.101, 0.225, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.101 std_dev=0.125
N1 B 0, -0.029, 0.096, 0.222, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.096 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.004, 0.136, 0.268, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.136 std_dev=0.132
C6 B 0, -0.038, 0.106, 0.250, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.106 std_dev=0.144
O3' A 0, -0.027, 0.131, 0.288, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.131 std_dev=0.157
O2' A 0, -0.015, 0.159, 0.333, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.159 std_dev=0.174
C4 B 0, -0.031, 0.150, 0.331, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.150 std_dev=0.181
C1' B 0, -0.044, 0.155, 0.353, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.155 std_dev=0.198
O2 B 0, -0.043, 0.160, 0.364, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.160 std_dev=0.204
OP1 A 0, -0.003, 0.201, 0.405, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.201 std_dev=0.204
C5 B 0, -0.046, 0.165, 0.375, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.165 std_dev=0.210
P A 0, -0.013, 0.207, 0.426, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.207 std_dev=0.220
O4' B 0, -0.055, 0.168, 0.391, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.168 std_dev=0.223
N4 B 0, -0.046, 0.212, 0.469, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.212 std_dev=0.258
OP2 A 0, -0.030, 0.248, 0.527, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.248 std_dev=0.279
C2' B 0, -0.087, 0.246, 0.579, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.246 std_dev=0.333
O2' B 0, -0.065, 0.344, 0.753, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.344 std_dev=0.409
C4' B 0, -0.123, 0.330, 0.784, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.330 std_dev=0.453
C3' B 0, -0.121, 0.369, 0.858, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.369 std_dev=0.489
C5' B 0, -0.108, 0.397, 0.903, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.397 std_dev=0.505
O5' B 0, -0.127, 0.396, 0.919, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.396 std_dev=0.523
P B 0, -0.152, 0.407, 0.966, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.407 std_dev=0.559
OP2 B 0, -0.136, 0.452, 1.039, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.452 std_dev=0.588
O3' B 0, -0.152, 0.462, 1.076, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.462 std_dev=0.614
OP1 B 0, -0.160, 0.501, 1.163, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.501 std_dev=0.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03
C5' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.05 0.04 0.05 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.09 0.11 0.07 0.07 0.10 0.14 0.05 0.08 0.05 0.03 0.11 0.17 0.18 0.08 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08
C2 0.08 0.08 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.11 0.06 0.01 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07
C2' 0.11 0.11 0.13 0.09 0.07 0.12 0.13 0.06 0.07 0.06 0.05 0.12 0.20 0.22 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08
C3' 0.11 0.11 0.14 0.11 0.07 0.14 0.12 0.08 0.07 0.06 0.04 0.12 0.22 0.25 0.14 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11
C4 0.08 0.09 0.06 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.13 0.10 0.00 0.09 0.08 0.04 0.03 0.03
C4' 0.14 0.11 0.16 0.13 0.09 0.15 0.12 0.09 0.05 0.07 0.01 0.14 0.22 0.27 0.15 0.12 0.14 0.14 0.14 0.12
C5 0.04 0.06 0.01 0.08 0.03 0.04 0.11 0.12 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.05 0.08 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
C5' 0.17 0.18 0.20 0.14 0.05 0.16 0.07 0.10 0.01 0.12 0.07 0.13 0.30 0.31 0.16 0.15 0.13 0.14 0.15 0.13
C6 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.06 0.06 0.15 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.04 0.08 0.12 0.09
C8 0.04 0.05 0.01 0.07 0.10 0.02 0.18 0.10 0.11 0.00 0.02 0.14 0.12 0.08 0.07 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05
N1 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.10 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03
N3 0.11 0.10 0.09 0.06 0.02 0.09 0.05 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.13 0.11 0.06 0.12 0.16 0.11 0.10 0.11
N6 0.02 0.04 0.05 0.15 0.01 0.11 0.06 0.20 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.17 0.02 0.11 0.16 0.21 0.17
N7 0.02 0.04 0.02 0.11 0.08 0.07 0.16 0.15 0.10 0.01 0.03 0.10 0.10 0.05 0.12 0.02 0.07 0.10 0.13 0.11
N9 0.08 0.08 0.06 0.01 0.07 0.04 0.14 0.03 0.08 0.04 0.04 0.10 0.14 0.12 0.01 0.08 0.06 0.04 0.03 0.03
O2' 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.09 0.14 0.04 0.09 0.03 0.04 0.10 0.18 0.18 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06
O3' 0.04 0.04 0.10 0.08 0.13 0.09 0.18 0.04 0.14 0.02 0.02 0.16 0.15 0.21 0.12 0.02 0.09 0.08 0.08 0.06
O4' 0.12 0.09 0.12 0.08 0.09 0.11 0.13 0.06 0.07 0.05 0.01 0.12 0.17 0.20 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10
O5' 0.14 0.17 0.15 0.07 0.05 0.10 0.10 0.03 0.02 0.10 0.09 0.13 0.28 0.25 0.08 0.12 0.07 0.07 0.07 0.05
OP1 0.15 0.16 0.17 0.09 0.04 0.12 0.08 0.05 0.00 0.10 0.09 0.13 0.28 0.30 0.11 0.12 0.07 0.07 0.07 0.06
OP2 0.16 0.21 0.15 0.06 0.03 0.09 0.04 0.03 0.02 0.13 0.16 0.05 0.30 0.26 0.07 0.13 0.05 0.04 0.03 0.03
P 0.16 0.19 0.16 0.07 0.01 0.10 0.06 0.03 0.01 0.12 0.13 0.11 0.30 0.28 0.09 0.13 0.06 0.06 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.14 0.05
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.06 0.08 0.12 0.12 0.13 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.12 0.05
C5' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.06 0.16 0.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.13 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.03 0.05 0.01
N4 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02
O2 0.03 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.03 0.04 0.10 0.01
O3' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.12 0.02 0.08 0.01 0.07 0.09 0.13 0.12 0.14 0.05 0.00 0.03 0.09 0.03 0.04 0.03
O4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.00 0.14 0.10 0.19 0.13
O5' 0.06 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.06 0.03 0.09 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.07 0.14 0.07 0.06 0.07 0.12 0.03 0.16 0.13 0.05 0.04 0.05 0.10 0.04 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00