ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51829

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N6 A 0, -0.005, 0.021, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.034 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.015, 0.051, 0.087, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.051 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.003, 0.049, 0.094, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.049 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.021, 0.080, 0.140, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.080 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.015, 0.076, 0.138, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.076 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.023, 0.115, 0.207, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.115 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.032, 0.129, 0.227, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.129 std_dev=0.097
O5' A 0, 0.036, 0.163, 0.289, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.163 std_dev=0.126
O4' B 0, 0.019, 0.168, 0.318, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.168 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.039, 0.193, 0.346, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.193 std_dev=0.154
P B 0, 0.044, 0.203, 0.362, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.203 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.057, 0.217, 0.378, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.217 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.010, 0.174, 0.337, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.174 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.036, 0.205, 0.373, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.205 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.057, 0.228, 0.398, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.228 std_dev=0.171
C6 B 0, -0.005, 0.165, 0.336, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.165 std_dev=0.171
P A 0, 0.045, 0.218, 0.390, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.218 std_dev=0.172
O2' B 0, 0.072, 0.246, 0.421, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.246 std_dev=0.174
C2 B 0, 0.032, 0.210, 0.387, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.210 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.050, 0.229, 0.407, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.229 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.010, 0.198, 0.386, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.198 std_dev=0.188
N4 B 0, 0.079, 0.273, 0.467, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.273 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.042, 0.236, 0.430, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.236 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.040, 0.237, 0.434, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.237 std_dev=0.197
OP1 A 0, 0.063, 0.262, 0.461, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.262 std_dev=0.199
O2 B 0, 0.042, 0.243, 0.444, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.243 std_dev=0.201
C5' B 0, 0.001, 0.207, 0.414, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.207 std_dev=0.207
OP2 B 0, 0.076, 0.290, 0.504, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.290 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.027, 0.250, 0.474, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.250 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.052, 0.284, 0.516, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.232
OP1 B 0, 0.072, 0.340, 0.609, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.340 std_dev=0.269

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C4 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
N3 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
N7 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.03
C2 0.07 0.04 0.07 0.06 0.10 0.05 0.15 0.03 0.13 0.08 0.04 0.12 0.03 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.11 0.06
C2' 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.10 0.05 0.05 0.05
C3' 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02
C4 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.10 0.03 0.09 0.04 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03
C4' 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02
C5 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.10 0.04 0.07 0.03 0.03 0.09 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03 0.09 0.04
C5' 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.09 0.07 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.07 0.11 0.06
C6 0.06 0.02 0.06 0.05 0.09 0.04 0.12 0.03 0.09 0.05 0.02 0.11 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.04 0.09 0.04
C8 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.06
N1 0.07 0.04 0.07 0.06 0.10 0.04 0.15 0.03 0.12 0.07 0.04 0.13 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.10 0.05
N3 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.13 0.01 0.12 0.06 0.03 0.09 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.05
N6 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.01 0.12 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.10 0.05
N7 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.10 0.06
N9 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.03
O2' 0.05 0.05 0.07 0.11 0.05 0.11 0.03 0.14 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.05 0.07
O3' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.08 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02
O5' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.03 0.09 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.01 0.08 0.11 0.06
OP1 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.09 0.09 0.06 0.11 0.11 0.08
OP2 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.06 0.03 0.11 0.11 0.07
P 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.03 0.10 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.10 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.03 0.06 0.09 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.03 0.04 0.11 0.02 0.10 0.01 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00