ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.011, 0.043, 0.074, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.042 std_dev=0.032
C6 B 0, 0.017, 0.062, 0.106, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.062 std_dev=0.044
C1' B 0, 0.020, 0.075, 0.130, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.075 std_dev=0.055
C5 B 0, 0.018, 0.074, 0.129, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.074 std_dev=0.056
N1 B 0, 0.023, 0.079, 0.136, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C3' B 0, 0.022, 0.080, 0.138, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.080 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.021, 0.080, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.080 std_dev=0.058
C5' A 0, 0.025, 0.085, 0.144, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.085 std_dev=0.060
C2' B 0, 0.011, 0.080, 0.148, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.080 std_dev=0.069
C4 B 0, 0.015, 0.087, 0.159, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.087 std_dev=0.072
O4' B 0, 0.010, 0.084, 0.158, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.084 std_dev=0.074
O3' B 0, 0.013, 0.088, 0.162, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.088 std_dev=0.075
N3 B 0, 0.033, 0.113, 0.193, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.113 std_dev=0.080
C2 B 0, 0.032, 0.117, 0.203, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.117 std_dev=0.086
C4' B 0, 0.008, 0.095, 0.181, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.095 std_dev=0.086
P A 0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.135 std_dev=0.096
OP2 A 0, 0.041, 0.140, 0.239, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.140 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.032, 0.131, 0.231, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.131 std_dev=0.099
O2' B 0, 0.039, 0.141, 0.243, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.141 std_dev=0.102
O5' B 0, 0.015, 0.125, 0.236, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.125 std_dev=0.110
N4 B 0, 0.004, 0.116, 0.228, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.116 std_dev=0.112
OP1 A 0, 0.046, 0.159, 0.271, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.159 std_dev=0.113
C5' B 0, 0.001, 0.117, 0.233, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.117 std_dev=0.116
P B 0, 0.029, 0.150, 0.270, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.150 std_dev=0.120
O2 B 0, 0.037, 0.164, 0.290, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.164 std_dev=0.127
OP2 B 0, 0.031, 0.175, 0.320, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.175 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.028, 0.186, 0.343, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.186 std_dev=0.158

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.10 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.11 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.09 0.07
O5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09 0.03 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09 0.07 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.13 0.15 0.08 0.12
C2 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.16 0.03 0.09
C2' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.01 0.07 0.12 0.14 0.08 0.11
C3' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.13 0.14 0.10 0.12
C4 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.12 0.15 0.04 0.11
C4' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.07 0.13 0.14 0.11 0.13
C5 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.10 0.14 0.02 0.09
C5' 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.11 0.02 0.14 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.08 0.12 0.13 0.12 0.13
C6 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.14 0.01 0.07
C8 0.06 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.06 0.05 0.02 0.10 0.06 0.03 0.07 0.11 0.13 0.05 0.10
N1 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.14 0.02 0.06
N3 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.12 0.16 0.05 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.11 0.03 0.04
N7 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.09 0.07 0.04 0.04 0.09 0.12 0.03 0.09
N9 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.04 0.02 0.05 0.12 0.14 0.06 0.11
O2' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.12 0.14 0.06 0.10
O3' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.11 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.14 0.09 0.12
O4' 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.13 0.14 0.11 0.13
O5' 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06
OP2 0.03 0.05 0.03 0.04 0.09 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.11 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
P 0.03 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00