ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.000, 0.154, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.000, 0.219, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O3' A 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C4' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
N3 B 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
N4 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C4 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C2 B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O4' B 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C1' B 0, 0.000, 0.580, 1.159, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.580 std_dev=0.580
O2 B 0, 0.000, 0.586, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.000, 0.604, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.604 std_dev=0.604
C6 B 0, 0.000, 0.607, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C5 B 0, 0.000, 0.625, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.625 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.000, 0.673, 1.345, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.673 std_dev=0.673
C2' B 0, 0.000, 0.787, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.787 std_dev=0.787
P A 0, 0.000, 0.914, 1.828, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.914 std_dev=0.914
O5' B 0, 0.000, 1.108, 2.216, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.108 std_dev=1.108
OP2 A 0, 0.000, 1.160, 2.320, 2.320 max_d=2.320 avg_d=1.160 std_dev=1.160
O2' B 0, 0.000, 1.372, 2.745, 2.745 max_d=2.745 avg_d=1.372 std_dev=1.372
OP1 A 0, 0.000, 1.481, 2.961, 2.961 max_d=2.961 avg_d=1.481 std_dev=1.481
OP2 B 0, 0.000, 1.651, 3.301, 3.301 max_d=3.301 avg_d=1.651 std_dev=1.651
P B 0, 0.000, 1.690, 3.380, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.690 std_dev=1.690
OP1 B 0, 0.000, 2.142, 4.284, 4.284 max_d=4.284 avg_d=2.142 std_dev=2.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.50 0.32 0.22
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.19 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.73 0.52 0.38
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.79 0.53 0.43
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.28 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.46 0.22 0.17
C5 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.30 0.25 0.14
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.19 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.25 0.17 0.09
C8 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.37 0.42 0.25
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.16 0.09
N3 0.04 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.24 0.16
N6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.16 0.11 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.27 0.32 0.18
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.36 0.23
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.77 0.48 0.37
O3' 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.03 0.03 0.97 0.60 0.52
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.33 0.13 0.08
O5' 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.50 0.36 0.73 0.79 0.39 0.46 0.30 0.19 0.25 0.37 0.29 0.42 0.16 0.27 0.44 0.77 0.97 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.19 0.52 0.53 0.28 0.22 0.25 0.02 0.17 0.42 0.16 0.24 0.11 0.32 0.36 0.48 0.60 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.12 0.38 0.43 0.17 0.17 0.14 0.01 0.09 0.25 0.09 0.16 0.05 0.18 0.23 0.37 0.52 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.23 0.29 0.00 0.26 0.00 0.31 0.20 0.30 0.27 0.22 0.20 0.20 0.46 0.21 0.12 0.21 0.29 0.30 0.23
C2 0.08 0.02 0.08 0.07 0.07 0.12 0.00 0.34 0.07 0.08 0.05 0.12 0.04 0.12 0.22 0.05 0.05 0.08 0.07 0.12
C2' 0.20 0.19 0.26 0.00 0.24 0.00 0.32 0.20 0.31 0.25 0.18 0.20 0.14 0.40 0.23 0.11 0.18 0.23 0.24 0.18
C3' 0.24 0.23 0.31 0.01 0.29 0.03 0.36 0.15 0.35 0.29 0.23 0.27 0.19 0.49 0.21 0.15 0.25 0.36 0.36 0.29
C4 0.22 0.19 0.24 0.02 0.17 0.02 0.28 0.24 0.31 0.26 0.15 0.07 0.16 0.32 0.17 0.12 0.10 0.10 0.11 0.07
C4' 0.23 0.25 0.32 0.02 0.28 0.01 0.29 0.17 0.28 0.26 0.25 0.26 0.22 0.56 0.17 0.13 0.28 0.44 0.44 0.36
C5 0.25 0.20 0.26 0.03 0.17 0.01 0.30 0.23 0.35 0.28 0.15 0.08 0.18 0.27 0.10 0.18 0.04 0.00 0.01 0.01
C5' 0.26 0.29 0.36 0.02 0.31 0.02 0.31 0.15 0.29 0.29 0.30 0.32 0.28 0.62 0.11 0.16 0.32 0.52 0.50 0.43
C6 0.22 0.13 0.19 0.05 0.05 0.02 0.14 0.30 0.24 0.21 0.06 0.02 0.13 0.13 0.08 0.16 0.10 0.19 0.23 0.20
C8 0.29 0.28 0.34 0.00 0.32 0.05 0.44 0.16 0.42 0.34 0.26 0.26 0.24 0.41 0.11 0.21 0.17 0.20 0.20 0.18
N1 0.12 0.04 0.08 0.08 0.05 0.11 0.00 0.37 0.09 0.10 0.03 0.10 0.06 0.04 0.15 0.02 0.15 0.22 0.23 0.25
N3 0.13 0.10 0.15 0.05 0.04 0.07 0.12 0.29 0.18 0.16 0.04 0.05 0.09 0.25 0.23 0.01 0.06 0.07 0.08 0.02
N6 0.23 0.13 0.19 0.05 0.04 0.01 0.11 0.27 0.21 0.20 0.06 0.03 0.14 0.07 0.00 0.22 0.22 0.37 0.48 0.38
N7 0.30 0.26 0.32 0.01 0.26 0.05 0.40 0.16 0.42 0.33 0.22 0.19 0.22 0.34 0.07 0.23 0.10 0.08 0.06 0.07
N9 0.25 0.24 0.29 0.01 0.27 0.01 0.36 0.20 0.36 0.30 0.22 0.20 0.20 0.40 0.16 0.15 0.17 0.21 0.22 0.17
O2' 0.12 0.10 0.17 0.04 0.15 0.06 0.23 0.26 0.22 0.16 0.09 0.12 0.06 0.33 0.25 0.02 0.13 0.19 0.20 0.12
O3' 0.13 0.10 0.21 0.06 0.18 0.03 0.28 0.20 0.26 0.18 0.10 0.17 0.04 0.38 0.16 0.06 0.21 0.33 0.35 0.26
O4' 0.24 0.27 0.32 0.02 0.29 0.01 0.29 0.18 0.28 0.27 0.27 0.28 0.25 0.56 0.16 0.14 0.28 0.43 0.42 0.35
O5' 0.34 0.38 0.45 0.04 0.43 0.08 0.42 0.09 0.40 0.38 0.40 0.45 0.36 0.67 0.12 0.24 0.36 0.56 0.54 0.48
OP1 0.39 0.42 0.39 0.05 0.39 0.10 0.37 0.11 0.38 0.41 0.41 0.37 0.42 0.60 0.02 0.34 0.20 0.26 0.27 0.26
OP2 0.24 0.22 0.23 0.19 0.20 0.01 0.23 0.17 0.25 0.24 0.20 0.16 0.22 0.39 0.17 0.24 0.11 0.20 0.24 0.22
P 0.24 0.23 0.27 0.15 0.22 0.00 0.25 0.16 0.25 0.24 0.22 0.20 0.22 0.46 0.10 0.21 0.20 0.35 0.37 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.31 0.34 0.39 0.32
C2 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.19 0.05 0.37 0.53 0.56 0.45
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.12 0.01 0.03 0.11 0.09 0.13 0.00 0.02 0.00 0.42 0.50 0.52 0.46
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.23 0.00 0.33 0.01 0.33 0.16 0.12 0.23 0.08 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.07
C4 0.00 0.00 0.08 0.23 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.06 0.04 0.30 0.52 0.59 0.46
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.17 0.09 0.10 0.15 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.20 0.23 0.00 0.22 0.41 0.54 0.40
C5' 0.01 0.10 0.12 0.01 0.21 0.00 0.24 0.00 0.20 0.11 0.15 0.23 0.03 0.06 0.15 0.01 0.00 0.04 0.15 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.33 0.01 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.21 0.03 0.23 0.36 0.49 0.37
N1 0.00 0.00 0.03 0.16 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.01 0.32 0.42 0.49 0.39
N3 0.00 0.00 0.11 0.12 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.41 0.11 0.05 0.36 0.57 0.61 0.48
N4 0.00 0.00 0.09 0.23 0.00 0.15 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.08 0.04 0.29 0.55 0.61 0.47
O2 0.01 0.00 0.13 0.08 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.44 0.40 0.05 0.41 0.56 0.56 0.46
O2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.34 0.21 0.20 0.06 0.11 0.18 0.41 0.37 0.44 0.00 0.02 0.19 0.23 0.33 0.41 0.26
O3' 0.20 0.19 0.02 0.00 0.06 0.02 0.23 0.15 0.21 0.04 0.11 0.08 0.40 0.02 0.00 0.12 0.36 0.45 0.35 0.39
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.19 0.12 0.00 0.18 0.15 0.20 0.15
O5' 0.31 0.37 0.42 0.06 0.30 0.02 0.22 0.00 0.23 0.32 0.36 0.29 0.41 0.23 0.36 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.34 0.53 0.50 0.11 0.52 0.02 0.41 0.04 0.36 0.42 0.57 0.55 0.56 0.33 0.45 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.56 0.52 0.02 0.59 0.05 0.54 0.15 0.49 0.49 0.61 0.61 0.56 0.41 0.35 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.45 0.46 0.07 0.46 0.04 0.40 0.01 0.37 0.39 0.48 0.47 0.46 0.26 0.39 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00