ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51832

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O4' A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C3' A 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
P B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
N1 B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O2 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
N3 B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C6 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.000, 0.421, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.421 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
C5 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
N4 B 0, 0.000, 0.434, 0.867, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
O2' B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O3' B 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
O5' A 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
P A 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.553
OP2 A 0, 0.000, 0.625, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.625 std_dev=0.625
OP1 A 0, 0.000, 0.635, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C5' A 0, 0.000, 0.657, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.657 std_dev=0.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.16 0.07 0.06
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.14 0.27 0.08 0.04 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.20 0.12 0.12
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.24 0.16 0.16
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.27 0.18 0.11 0.13
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.12 0.15 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.32 0.24 0.16 0.20
C5' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.04 0.25 0.27 0.13 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.34 0.21 0.16 0.19
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.26 0.29 0.19 0.21
N1 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.31 0.14 0.10 0.13
N3 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.14 0.24 0.09 0.04 0.06
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.36 0.24 0.19 0.23
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.31 0.30 0.21 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.22 0.13 0.15
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.14 0.06 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.21 0.15 0.13
O4' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.04 0.12 0.14 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.02
O5' 0.11 0.27 0.18 0.24 0.27 0.00 0.32 0.00 0.34 0.26 0.31 0.24 0.36 0.31 0.24 0.06 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.16 0.08 0.20 0.24 0.18 0.14 0.24 0.19 0.21 0.29 0.14 0.09 0.24 0.30 0.22 0.14 0.21 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.04 0.12 0.16 0.11 0.01 0.16 0.01 0.16 0.19 0.10 0.04 0.19 0.21 0.13 0.06 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.12 0.16 0.13 0.00 0.20 0.00 0.19 0.21 0.13 0.06 0.23 0.24 0.15 0.05 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.11 0.02 0.01 0.03 0.15 0.05 0.07
C2 0.03 0.07 0.04 0.02 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.12 0.01 0.06
C2' 0.08 0.08 0.04 0.02 0.09 0.05 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.14 0.05 0.07
C3' 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.14 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.08 0.18 0.29 0.21 0.22
C4 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.10 0.02 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.07 0.16 0.05 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06 0.17 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.16 0.30 0.21 0.22
C5 0.10 0.06 0.08 0.12 0.04 0.15 0.05 0.16 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.11 0.15 0.10 0.17 0.06 0.11
C5' 0.11 0.15 0.07 0.14 0.21 0.18 0.21 0.27 0.18 0.15 0.18 0.22 0.13 0.02 0.11 0.17 0.28 0.43 0.36 0.37
C6 0.12 0.10 0.09 0.13 0.07 0.16 0.07 0.16 0.09 0.11 0.07 0.05 0.10 0.09 0.12 0.16 0.10 0.16 0.06 0.11
C8 0.08 0.04 0.06 0.11 0.03 0.15 0.03 0.16 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.11 0.13 0.10 0.18 0.08 0.12
N1 0.06 0.02 0.04 0.08 0.00 0.11 0.02 0.13 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.11 0.07 0.14 0.03 0.08
N3 0.07 0.09 0.07 0.01 0.09 0.04 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.06
N6 0.17 0.18 0.15 0.17 0.14 0.18 0.14 0.18 0.15 0.17 0.16 0.12 0.19 0.14 0.16 0.19 0.12 0.17 0.07 0.12
N7 0.13 0.09 0.12 0.14 0.07 0.18 0.07 0.18 0.08 0.10 0.07 0.05 0.11 0.12 0.14 0.17 0.12 0.18 0.08 0.13
N9 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.07 0.17 0.06 0.10
O2' 0.16 0.14 0.14 0.10 0.16 0.09 0.17 0.03 0.17 0.16 0.15 0.16 0.12 0.14 0.07 0.14 0.06 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.03 0.18 0.30 0.23 0.22
O4' 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.14 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.06 0.11 0.24 0.15 0.17
O5' 0.29 0.32 0.26 0.19 0.34 0.14 0.34 0.07 0.32 0.32 0.33 0.34 0.30 0.26 0.15 0.22 0.13 0.05 0.10 0.07
OP1 0.19 0.17 0.21 0.14 0.15 0.10 0.16 0.02 0.17 0.18 0.16 0.14 0.18 0.25 0.15 0.13 0.05 0.12 0.01 0.03
OP2 0.12 0.12 0.12 0.05 0.11 0.02 0.12 0.06 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.16 0.04 0.06 0.04 0.21 0.10 0.11
P 0.14 0.15 0.14 0.07 0.15 0.03 0.15 0.05 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.17 0.06 0.07 0.01 0.18 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.13 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.18 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.16 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.17 0.10
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.21 0.14
O2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.02 0.12 0.06
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03
O5' 0.04 0.08 0.03 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.07 0.04 0.07 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.13 0.04 0.02 0.18 0.01 0.16 0.00 0.11 0.10 0.17 0.21 0.12 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.07 0.10 0.14 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00