ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51833

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C2 B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C4 B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
N3 B 0, 0.000, 0.525, 1.051, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.525 std_dev=0.525
C2' B 0, 0.000, 0.531, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.531 std_dev=0.531
O5' B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
O2 B 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559
N4 B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
C3' B 0, 0.000, 0.600, 1.199, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.600 std_dev=0.600
OP2 B 0, 0.000, 0.719, 1.439, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.719 std_dev=0.719
O2' B 0, 0.000, 0.774, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C5' B 0, 0.000, 0.831, 1.662, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.831 std_dev=0.831
O3' B 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
P B 0, 0.000, 0.925, 1.850, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.925 std_dev=0.925
O4' A 0, 0.000, 1.073, 2.146, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.073 std_dev=1.073
C2' A 0, 0.000, 1.185, 2.370, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.185 std_dev=1.185
C4' A 0, 0.000, 1.446, 2.892, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.446 std_dev=1.446
C3' A 0, 0.000, 1.631, 3.263, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.631 std_dev=1.631
O2' A 0, 0.000, 1.773, 3.547, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.773 std_dev=1.773
OP1 B 0, 0.000, 1.827, 3.654, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.827 std_dev=1.827
O3' A 0, 0.000, 2.043, 4.085, 4.085 max_d=4.085 avg_d=2.043 std_dev=2.043
C5' A 0, 0.000, 2.844, 5.687, 5.687 max_d=5.687 avg_d=2.844 std_dev=2.844
O5' A 0, 0.000, 3.644, 7.287, 7.287 max_d=7.287 avg_d=3.644 std_dev=3.644
P A 0, 0.000, 5.199, 10.399, 10.399 max_d=10.399 avg_d=5.199 std_dev=5.199
OP1 A 0, 0.000, 5.584, 11.169, 11.169 max_d=11.169 avg_d=5.584 std_dev=5.584
OP2 A 0, 0.000, 5.811, 11.622, 11.622 max_d=11.622 avg_d=5.811 std_dev=5.811

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.35 0.38 0.16 0.35
C2 0.02 0.00 0.32 0.09 0.00 0.43 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.82 0.23 0.49 0.50 0.36 1.04 0.60
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.02 0.07 0.15 0.14 0.18 0.25 0.31 0.10 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.58 0.41 0.56 0.60
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.20 0.22 0.15 0.06 0.23 0.24 0.14 0.00 0.01 0.01 0.29 0.05 0.29 0.25
C4 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.22 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.47 0.07 0.25 0.10 0.30 0.32 0.11
C4' 0.00 0.43 0.02 0.00 0.22 0.00 0.13 0.01 0.23 0.15 0.36 0.40 0.18 0.06 0.03 0.20 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.06 0.11 0.37 0.69 0.11 0.44
C5' 0.08 0.68 0.15 0.00 0.27 0.01 0.11 0.00 0.29 0.40 0.54 0.60 0.20 0.25 0.07 0.05 0.20 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02
C6 0.01 0.00 0.14 0.20 0.00 0.23 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.51 0.01 0.21 0.13 0.45 0.42 0.17
C8 0.00 0.00 0.18 0.22 0.00 0.15 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.22 0.25 0.99 1.31 0.61 1.12
N1 0.02 0.00 0.25 0.15 0.00 0.36 0.00 0.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.71 0.12 0.38 0.25 0.04 0.86 0.31
N3 0.02 0.00 0.31 0.06 0.00 0.40 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.76 0.24 0.49 0.42 0.28 0.83 0.47
N6 0.01 0.00 0.10 0.23 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.44 0.09 0.15 0.28 0.69 0.29 0.37
N7 0.00 0.00 0.09 0.24 0.00 0.06 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.21 0.13 0.84 1.27 0.43 1.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.00 0.50 0.67 0.15 0.54
O2' 0.02 0.82 0.00 0.00 0.47 0.20 0.35 0.05 0.51 0.11 0.71 0.76 0.44 0.06 0.14 0.00 0.04 0.12 0.31 0.08 0.45 0.36
O3' 0.13 0.23 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.20 0.01 0.22 0.12 0.24 0.09 0.21 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.41 0.07 0.08
O4' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.25 0.00 0.11 0.00 0.21 0.25 0.38 0.49 0.15 0.13 0.00 0.12 0.09 0.00 0.01 0.16 0.17 0.01
O5' 0.35 0.50 0.58 0.29 0.10 0.02 0.37 0.01 0.13 0.99 0.25 0.42 0.28 0.84 0.50 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.38 0.36 0.41 0.05 0.30 0.04 0.69 0.04 0.45 1.31 0.04 0.28 0.69 1.27 0.67 0.08 0.41 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 1.04 0.56 0.29 0.32 0.03 0.11 0.08 0.42 0.61 0.86 0.83 0.29 0.43 0.15 0.45 0.07 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.35 0.60 0.60 0.25 0.11 0.03 0.44 0.02 0.17 1.12 0.31 0.47 0.37 1.01 0.54 0.36 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.00 0.22 0.19 0.21 0.10 0.58 0.01 0.01 0.19 0.25 0.11 0.13 0.21 0.02 0.02 0.29 0.17 0.21
C2 0.02 0.26 0.06 0.24 0.27 0.24 0.03 0.53 0.03 0.09 0.35 0.35 0.31 0.08 0.23 0.09 0.12 0.24 0.41 0.11
C2' 0.68 0.28 0.65 0.53 0.06 0.57 0.20 0.25 0.44 0.46 0.11 0.10 0.31 0.77 0.57 0.69 0.90 1.21 0.59 1.07
C3' 0.91 0.71 0.86 0.75 0.59 0.74 0.68 0.50 0.84 0.82 0.62 0.47 0.70 0.86 0.71 0.90 1.06 1.48 1.09 1.39
C4 0.03 0.20 0.01 0.21 0.21 0.24 0.03 0.55 0.05 0.05 0.27 0.25 0.23 0.13 0.19 0.09 0.06 0.08 0.32 0.00
C4' 0.19 0.28 0.05 0.12 0.44 0.19 0.51 0.41 0.43 0.30 0.35 0.48 0.21 0.01 0.23 0.08 0.10 0.74 0.56 0.62
C5 0.01 0.21 0.03 0.15 0.15 0.22 0.03 0.50 0.08 0.05 0.25 0.17 0.26 0.17 0.11 0.14 0.04 0.17 0.31 0.02
C5' 0.12 0.48 0.02 0.08 0.90 0.27 0.96 0.31 0.70 0.44 0.69 1.04 0.32 0.21 0.25 0.05 0.12 0.89 1.07 0.83
C6 0.03 0.26 0.01 0.15 0.16 0.21 0.05 0.47 0.07 0.07 0.31 0.18 0.34 0.15 0.11 0.15 0.07 0.29 0.36 0.09
C8 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.20 0.01 0.51 0.08 0.02 0.13 0.12 0.12 0.23 0.07 0.11 0.05 0.06 0.17 0.13
N1 0.04 0.28 0.03 0.20 0.22 0.23 0.02 0.49 0.05 0.09 0.35 0.28 0.34 0.10 0.17 0.13 0.11 0.31 0.40 0.13
N3 0.00 0.23 0.06 0.26 0.26 0.25 0.07 0.56 0.02 0.08 0.31 0.34 0.26 0.08 0.24 0.07 0.10 0.12 0.38 0.05
N6 0.05 0.25 0.04 0.09 0.08 0.18 0.09 0.41 0.09 0.06 0.26 0.09 0.37 0.17 0.04 0.18 0.06 0.35 0.34 0.11
N7 0.05 0.13 0.10 0.08 0.07 0.19 0.05 0.46 0.10 0.00 0.15 0.09 0.19 0.24 0.03 0.17 0.02 0.10 0.22 0.04
N9 0.07 0.14 0.02 0.19 0.16 0.23 0.04 0.57 0.05 0.02 0.19 0.20 0.15 0.15 0.17 0.06 0.00 0.08 0.22 0.11
O2' 0.54 0.03 0.55 0.47 0.39 0.58 0.20 0.28 0.14 0.20 0.29 0.62 0.03 0.76 0.58 0.63 0.99 1.40 0.49 1.14
O3' 1.01 0.69 1.01 0.97 0.41 1.02 0.48 0.85 0.72 0.81 0.52 0.23 0.75 1.06 0.99 1.08 1.43 2.03 1.31 1.82
O4' 0.22 0.12 0.38 0.63 0.08 0.69 0.13 1.02 0.00 0.12 0.03 0.15 0.18 0.36 0.71 0.37 0.47 0.00 0.22 0.07
O5' 0.40 0.01 0.44 0.46 0.61 0.67 0.70 0.62 0.33 0.03 0.30 0.86 0.22 0.70 0.60 0.57 0.09 0.78 0.88 0.68
OP1 0.89 0.29 0.94 0.79 0.55 1.04 0.60 0.66 0.10 0.35 0.14 0.91 0.60 1.42 0.99 1.01 0.19 0.94 1.21 0.79
OP2 0.25 0.94 0.26 0.28 1.74 0.09 1.70 0.03 1.17 0.80 1.37 2.11 0.66 0.17 0.07 0.01 0.35 1.16 1.53 1.10
P 0.48 0.09 0.50 0.42 0.90 0.70 0.94 0.49 0.45 0.02 0.50 1.25 0.20 0.90 0.60 0.66 0.03 0.93 1.18 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.36 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.02 0.03 0.57 0.24 0.19
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.08 0.02 0.27 0.00 0.02 0.01 0.14 0.73 0.26 0.33
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.01 0.27 0.03 0.29 0.07 0.04 0.12 0.28 0.01 0.01 0.01 0.29 0.84 0.33 0.48
C4 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.20 0.70 0.46 0.37
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.23 0.07 0.02 0.12 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.04 0.07
C5 0.00 0.00 0.11 0.27 0.00 0.21 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.28 0.00 0.27 0.68 0.52 0.40
C5' 0.06 0.07 0.01 0.03 0.27 0.00 0.40 0.00 0.40 0.18 0.14 0.29 0.06 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.29 0.00 0.23 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.29 0.00 0.21 0.59 0.40 0.30
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.52 0.24 0.18
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02 0.10 0.65 0.34 0.28
N4 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.01 0.24 0.74 0.51 0.42
O2 0.02 0.00 0.27 0.28 0.01 0.12 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.33 0.03 0.06 0.50 0.15 0.12
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.11 0.04 0.22 0.00 0.04 0.04 0.09 0.64 0.20 0.25
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.11 0.03 0.28 0.10 0.29 0.06 0.06 0.12 0.33 0.04 0.00 0.01 0.37 0.98 0.35 0.58
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.24 0.00 0.15 0.22
O5' 0.07 0.03 0.14 0.29 0.20 0.01 0.27 0.01 0.21 0.06 0.10 0.24 0.06 0.09 0.37 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.36 0.57 0.73 0.84 0.70 0.25 0.68 0.01 0.59 0.52 0.65 0.74 0.50 0.64 0.98 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.24 0.26 0.33 0.46 0.04 0.52 0.00 0.40 0.24 0.34 0.51 0.15 0.20 0.35 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.19 0.33 0.48 0.37 0.07 0.40 0.01 0.30 0.18 0.28 0.42 0.12 0.25 0.58 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00