ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O4' A 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N4 B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C2 B 0, 0.000, 0.478, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O4' B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
P B 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
C1' B 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
OP2 B 0, 0.000, 0.604, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.604 std_dev=0.604
C2' B 0, 0.000, 0.622, 1.245, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C3' B 0, 0.000, 0.623, 1.245, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.623 std_dev=0.623
O2 B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
OP1 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C4' A 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
O2' A 0, 0.000, 0.742, 1.484, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.742 std_dev=0.742
C5' A 0, 0.000, 0.794, 1.588, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.794 std_dev=0.794
C3' A 0, 0.000, 0.846, 1.693, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.846 std_dev=0.846
O3' B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850
O2' B 0, 0.000, 0.855, 1.709, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.855 std_dev=0.855
O5' A 0, 0.000, 1.325, 2.650, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.325 std_dev=1.325
O3' A 0, 0.000, 1.511, 3.022, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.511 std_dev=1.511
OP2 A 0, 0.000, 1.643, 3.287, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.643 std_dev=1.643
P A 0, 0.000, 1.718, 3.436, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.718 std_dev=1.718
OP1 A 0, 0.000, 1.999, 3.998, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.999 std_dev=1.999

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.02 0.04 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.10 0.18 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.16 0.06 0.17 0.23 0.02 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.14 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.12 0.16 0.11
C3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.22 0.00 0.31 0.01 0.31 0.31 0.25 0.14 0.35 0.35 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.22 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.05 0.03 0.20 0.22 0.07 0.16
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.15 0.22 0.10 0.03 0.19 0.22 0.12 0.20 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.31 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.09 0.00 0.33 0.37 0.22 0.30
C5' 0.02 0.13 0.14 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.26 0.28 0.20 0.09 0.31 0.32 0.14 0.04 0.12 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.31 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.07 0.02 0.34 0.42 0.23 0.32
C8 0.00 0.00 0.05 0.31 0.00 0.22 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.05 0.33 0.31 0.25 0.30
N1 0.01 0.00 0.08 0.25 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.04 0.04 0.27 0.34 0.13 0.23
N3 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.20 0.06 0.11 0.15 0.03 0.06
N6 0.00 0.00 0.03 0.35 0.00 0.19 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.15 0.00 0.42 0.52 0.32 0.41
N7 0.00 0.00 0.03 0.35 0.00 0.22 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.21 0.03 0.41 0.44 0.33 0.39
N9 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.01 0.00 0.17 0.16 0.06 0.13
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.24 0.20 0.27 0.04 0.31 0.17 0.31 0.23 0.32 0.24 0.16 0.00 0.05 0.19 0.08 0.05 0.07 0.10
O3' 0.22 0.16 0.02 0.00 0.05 0.01 0.09 0.12 0.07 0.18 0.04 0.20 0.15 0.21 0.01 0.05 0.00 0.15 0.25 0.37 0.05 0.21
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.19 0.15 0.00 0.01 0.07 0.12 0.06
O5' 0.02 0.17 0.10 0.00 0.20 0.02 0.33 0.01 0.34 0.33 0.27 0.11 0.42 0.41 0.17 0.08 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.23 0.12 0.04 0.22 0.04 0.37 0.06 0.42 0.31 0.34 0.15 0.52 0.44 0.16 0.05 0.37 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.02 0.16 0.07 0.07 0.12 0.22 0.00 0.23 0.25 0.13 0.03 0.32 0.33 0.06 0.07 0.05 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.11 0.02 0.16 0.06 0.30 0.01 0.32 0.30 0.23 0.06 0.41 0.39 0.13 0.10 0.21 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.00 0.04 0.06 0.11 0.07 0.17 0.08 0.13 0.06 0.01 0.13 0.06 0.00 0.05 0.08 0.01 0.17 0.09 0.02
C2 0.03 0.11 0.10 0.04 0.03 0.07 0.11 0.09 0.09 0.01 0.09 0.04 0.22 0.22 0.04 0.09 0.10 0.16 0.26 0.09
C2' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.11 0.03 0.08 0.03 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.21 0.02 0.07
C3' 0.18 0.06 0.16 0.21 0.12 0.27 0.25 0.30 0.26 0.17 0.02 0.07 0.01 0.08 0.20 0.27 0.25 0.07 0.36 0.24
C4 0.03 0.11 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.07 0.09 0.01 0.10 0.04 0.19 0.14 0.03 0.05 0.04 0.15 0.19 0.05
C4' 0.07 0.04 0.06 0.10 0.02 0.14 0.15 0.16 0.15 0.06 0.07 0.02 0.10 0.00 0.09 0.14 0.09 0.07 0.19 0.08
C5 0.10 0.20 0.11 0.06 0.05 0.01 0.07 0.06 0.04 0.08 0.19 0.03 0.28 0.20 0.09 0.01 0.05 0.11 0.24 0.08
C5' 0.19 0.06 0.20 0.23 0.09 0.27 0.23 0.30 0.25 0.17 0.01 0.01 0.01 0.14 0.22 0.25 0.21 0.10 0.29 0.21
C6 0.14 0.24 0.17 0.11 0.06 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.21 0.04 0.36 0.29 0.14 0.01 0.10 0.09 0.30 0.13
C8 0.05 0.13 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.05 0.06 0.04 0.13 0.01 0.18 0.08 0.04 0.00 0.02 0.11 0.12 0.02
N1 0.09 0.19 0.16 0.09 0.02 0.04 0.07 0.08 0.05 0.07 0.15 0.01 0.32 0.30 0.11 0.05 0.12 0.12 0.30 0.13
N3 0.00 0.07 0.05 0.00 0.06 0.07 0.13 0.09 0.11 0.02 0.06 0.07 0.16 0.14 0.00 0.09 0.06 0.17 0.21 0.05
N6 0.22 0.30 0.24 0.17 0.10 0.04 0.00 0.05 0.03 0.19 0.24 0.07 0.41 0.37 0.22 0.05 0.12 0.03 0.36 0.19
N7 0.11 0.21 0.10 0.06 0.08 0.02 0.05 0.04 0.02 0.11 0.20 0.06 0.26 0.16 0.09 0.03 0.01 0.08 0.20 0.07
N9 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.05 0.13 0.07 0.10 0.01 0.07 0.06 0.14 0.07 0.00 0.05 0.00 0.15 0.13 0.01
O2' 0.11 0.07 0.07 0.09 0.12 0.11 0.13 0.07 0.04 0.05 0.01 0.23 0.15 0.10 0.13 0.11 0.17 0.23 0.05 0.14
O3' 0.09 0.26 0.13 0.05 0.14 0.06 0.05 0.13 0.04 0.10 0.29 0.17 0.36 0.27 0.08 0.06 0.13 0.05 0.32 0.16
O4' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.13 0.04 0.01 0.03 0.05 0.21 0.04 0.07
O5' 0.21 0.04 0.20 0.26 0.05 0.32 0.22 0.35 0.25 0.17 0.02 0.05 0.01 0.13 0.25 0.30 0.30 0.18 0.38 0.31
OP1 0.20 0.00 0.20 0.27 0.05 0.34 0.12 0.38 0.20 0.14 0.09 0.18 0.03 0.12 0.27 0.31 0.34 0.24 0.40 0.35
OP2 0.13 0.08 0.13 0.20 0.10 0.26 0.10 0.31 0.16 0.07 0.17 0.24 0.13 0.05 0.19 0.24 0.26 0.17 0.34 0.27
P 0.17 0.02 0.17 0.24 0.03 0.30 0.15 0.34 0.20 0.12 0.10 0.15 0.07 0.09 0.23 0.28 0.30 0.19 0.38 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.25 0.02 0.12
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.15 0.40 0.07 0.22
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.24 0.02 0.11
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.21 0.46 0.16 0.30
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.22 0.45 0.17 0.30
C5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.40 0.10 0.26
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.36 0.05 0.20
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.18 0.45 0.12 0.26
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.22 0.48 0.20 0.32
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.37 0.04 0.18
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.25 0.01 0.12
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.06 0.05
O5' 0.09 0.15 0.07 0.02 0.21 0.01 0.22 0.01 0.20 0.15 0.18 0.22 0.11 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.25 0.40 0.24 0.12 0.46 0.07 0.45 0.01 0.40 0.36 0.45 0.48 0.37 0.25 0.10 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.02 0.05 0.16 0.07 0.17 0.06 0.10 0.05 0.12 0.20 0.04 0.01 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.22 0.11 0.05 0.30 0.01 0.30 0.00 0.26 0.20 0.26 0.32 0.18 0.12 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00