ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51841

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.002, 0.016, 0.033, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.003, 0.021, 0.045, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.021 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.023 std_dev=0.026
N1 A 0, -0.009, 0.019, 0.047, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.019 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.033 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.006, 0.064, 0.122, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.064 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.011, 0.074, 0.136, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.074 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.046, 0.118, 0.190, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.118 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.009, 0.082, 0.155, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.082 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.034, 0.126, 0.217, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.126 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.029, 0.129, 0.229, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.129 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.044, 0.208, 0.372, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.208 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.037, 0.209, 0.380, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.209 std_dev=0.171
P B 0, 0.133, 0.308, 0.484, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.308 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.128, 0.305, 0.481, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.305 std_dev=0.177
OP1 B 0, 0.145, 0.327, 0.509, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.327 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.166, 0.400, 0.633, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.400 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.187, 0.423, 0.659, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.423 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.082, 0.319, 0.556, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.319 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.123, 0.389, 0.655, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.389 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.108, 0.386, 0.665, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.386 std_dev=0.279
O5' A 0, -0.014, 0.280, 0.574, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.280 std_dev=0.294
N2 B 0, 0.145, 0.442, 0.740, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.442 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.140, 0.450, 0.759, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.450 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.170, 0.489, 0.808, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.489 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.166, 0.486, 0.806, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.486 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.103, 0.432, 0.761, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.432 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.112, 0.458, 0.804, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.458 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.186, 0.536, 0.886, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.536 std_dev=0.350
N9 B 0, 0.195, 0.547, 0.898, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.547 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.121, 0.491, 0.861, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.491 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.217, 0.593, 0.970, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.593 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.243, 0.644, 1.045, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.644 std_dev=0.401
C8 B 0, 0.251, 0.663, 1.075, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.663 std_dev=0.412
C6 B 0, 0.255, 0.676, 1.096, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.676 std_dev=0.420
N7 B 0, 0.279, 0.717, 1.156, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.717 std_dev=0.439
O6 B 0, 0.286, 0.767, 1.248, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.767 std_dev=0.481
P A 0, -0.142, 0.402, 0.946, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.402 std_dev=0.544
OP1 A 0, -0.132, 0.489, 1.110, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.489 std_dev=0.621
OP2 A 0, -0.174, 0.532, 1.237, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.532 std_dev=0.705

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.12 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.12 0.04
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.10 0.09 0.09
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.09 0.09 0.01 0.01 0.10 0.02 0.04 0.13 0.11 0.13
C4 0.05 0.02 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.06 0.07 0.17 0.11 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.08 0.00 0.01 0.06 0.07 0.07
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.08 0.17 0.11 0.09
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.07 0.14 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.11 0.04
N3 0.04 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.05 0.07 0.12 0.12 0.04
O2 0.05 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.04 0.04 0.06 0.08 0.13 0.06
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.05 0.04 0.04 0.13 0.13 0.13
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.11 0.03 0.08 0.01 0.06 0.05 0.10 0.08 0.07 0.00 0.12 0.02 0.07 0.21 0.20 0.20
O4 0.06 0.04 0.07 0.10 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.12 0.00 0.06 0.08 0.18 0.12 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.09 0.04 0.13 0.07
O5' 0.07 0.06 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.09 0.10 0.13 0.17 0.06 0.17 0.04 0.14 0.09 0.12 0.08 0.13 0.21 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.09 0.11 0.11 0.07 0.11 0.02 0.09 0.11 0.12 0.13 0.13 0.20 0.12 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.13 0.20 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.11 0.12 0.08 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.13 0.13 0.08 0.09 0.07 0.16 0.15 0.07 0.08 0.14 0.07 0.09 0.08
C2 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.09 0.14 0.11 0.08 0.11 0.08 0.15 0.13 0.06 0.06 0.17 0.05 0.09 0.05
C2' 0.05 0.15 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.16 0.08 0.17 0.17 0.11 0.11 0.07 0.13 0.12 0.06 0.06 0.18 0.09 0.11 0.08
C3' 0.06 0.15 0.08 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.16 0.09 0.17 0.17 0.11 0.11 0.08 0.13 0.11 0.09 0.08 0.18 0.11 0.11 0.09
C4 0.10 0.12 0.12 0.14 0.09 0.13 0.12 0.12 0.16 0.09 0.16 0.13 0.09 0.11 0.08 0.13 0.14 0.10 0.08 0.19 0.07 0.12 0.06
C4' 0.11 0.13 0.13 0.15 0.10 0.14 0.11 0.14 0.13 0.10 0.14 0.15 0.11 0.10 0.10 0.16 0.16 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.12
C5 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.15 0.08 0.15 0.13 0.09 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.16 0.08 0.12 0.06
C5' 0.15 0.15 0.17 0.18 0.14 0.17 0.14 0.17 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.13 0.15 0.20 0.19 0.16 0.16 0.14 0.19 0.13 0.16
C6 0.06 0.12 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.13 0.09 0.13 0.12 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.05 0.15 0.06 0.10 0.06
N1 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.14 0.09 0.14 0.12 0.09 0.10 0.07 0.14 0.11 0.06 0.06 0.16 0.06 0.10 0.06
N3 0.10 0.11 0.11 0.13 0.09 0.12 0.12 0.10 0.15 0.09 0.14 0.11 0.08 0.11 0.09 0.15 0.14 0.09 0.07 0.18 0.06 0.10 0.05
O2 0.10 0.11 0.12 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.14 0.10 0.14 0.11 0.08 0.11 0.08 0.17 0.16 0.08 0.07 0.17 0.06 0.09 0.07
O2' 0.06 0.15 0.08 0.12 0.09 0.10 0.12 0.10 0.16 0.07 0.18 0.17 0.10 0.10 0.06 0.13 0.15 0.07 0.08 0.19 0.12 0.10 0.09
O3' 0.07 0.15 0.09 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.17 0.10 0.18 0.17 0.11 0.12 0.09 0.13 0.12 0.10 0.09 0.20 0.13 0.12 0.11
O4 0.16 0.15 0.18 0.22 0.11 0.20 0.13 0.18 0.18 0.10 0.18 0.16 0.11 0.12 0.12 0.18 0.23 0.16 0.13 0.21 0.10 0.13 0.08
O4' 0.10 0.11 0.13 0.15 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.13 0.09 0.09 0.09 0.17 0.16 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09
O5' 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09
OP1 0.17 0.23 0.17 0.14 0.19 0.13 0.19 0.12 0.22 0.17 0.23 0.25 0.20 0.17 0.18 0.19 0.13 0.18 0.15 0.24 0.12 0.22 0.17
OP2 0.06 0.11 0.09 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.05 0.11 0.15 0.08 0.05 0.06 0.11 0.10 0.06 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08
P 0.09 0.15 0.11 0.10 0.11 0.07 0.11 0.07 0.14 0.09 0.15 0.18 0.13 0.09 0.10 0.14 0.08 0.09 0.08 0.15 0.09 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.06 0.08 0.02 0.08 0.09 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08
N2 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.06 0.07 0.08 0.02 0.09 0.11 0.10
N3 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.05 0.08 0.03 0.07 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.03 0.11 0.07 0.11 0.13 0.10 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.03 0.08 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.11 0.06 0.04 0.06 0.00 0.07 0.07 0.07
OP1 0.03 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.08 0.06 0.08 0.11 0.08 0.07 0.06 0.13 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.07 0.05 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00