ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51842

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.016, 0.051, 0.086, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.051 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.035, 0.081, 0.127, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.081 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.023, 0.086, 0.149, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.086 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.045, 0.111, 0.177, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.111 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.054, 0.129, 0.204, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.129 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.075, 0.173, 0.270, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.173 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.019, 0.150, 0.281, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.150 std_dev=0.131
P A 0, 0.025, 0.219, 0.413, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.219 std_dev=0.194
OP1 B 0, 0.115, 0.312, 0.510, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.312 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.115, 0.321, 0.526, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.321 std_dev=0.206
P B 0, 0.108, 0.314, 0.520, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.314 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.131, 0.364, 0.598, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.364 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.135, 0.377, 0.619, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.377 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.177, 0.438, 0.699, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.438 std_dev=0.261
O4' B 0, 0.203, 0.469, 0.735, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.469 std_dev=0.266
O3' B 0, 0.156, 0.438, 0.720, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.438 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.213, 0.500, 0.787, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.500 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.026, 0.337, 0.647, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.337 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.234, 0.549, 0.865, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.549 std_dev=0.315
C1' B 0, 0.252, 0.569, 0.886, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.569 std_dev=0.317
OP1 A 0, 0.121, 0.472, 0.824, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.472 std_dev=0.351
N9 B 0, 0.261, 0.613, 0.965, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.613 std_dev=0.352
N7 B 0, 0.249, 0.613, 0.977, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.613 std_dev=0.364
OP2 B 0, 0.141, 0.517, 0.893, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.517 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.190, 0.577, 0.964, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.577 std_dev=0.387
C4 B 0, 0.322, 0.804, 1.285, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.804 std_dev=0.482
C5 B 0, 0.318, 0.806, 1.294, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.806 std_dev=0.488
OP2 A 0, -0.037, 0.475, 0.986, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.475 std_dev=0.511
N3 B 0, 0.380, 0.965, 1.551, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.965 std_dev=0.585
C6 B 0, 0.385, 1.005, 1.625, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.005 std_dev=0.620
O6 B 0, 0.405, 1.056, 1.706, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.056 std_dev=0.651
C2 B 0, 0.433, 1.136, 1.840, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.136 std_dev=0.703
N1 B 0, 0.438, 1.163, 1.887, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.163 std_dev=0.724
N2 B 0, 0.488, 1.303, 2.119, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.303 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.25 0.20 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.19 0.26 0.22 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.23 0.27 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.25 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.24 0.33 0.29 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.13 0.21 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.25 0.36 0.34 0.11
C5' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.07 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.11 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.23 0.35 0.30 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.23 0.05
N3 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.22 0.29 0.25 0.11
O2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.07 0.17 0.22 0.22 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.23 0.29 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.11 0.23 0.01
O4 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.25 0.32 0.31 0.15
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.09 0.23 0.16 0.02
O5' 0.11 0.19 0.09 0.01 0.24 0.01 0.25 0.00 0.23 0.18 0.22 0.17 0.08 0.04 0.25 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.26 0.23 0.14 0.33 0.13 0.36 0.11 0.35 0.30 0.29 0.22 0.23 0.11 0.32 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.22 0.27 0.25 0.29 0.21 0.34 0.22 0.30 0.23 0.25 0.22 0.29 0.23 0.31 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.07 0.05 0.11 0.09 0.02 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.12 0.14 0.09 0.09 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.11 0.12 0.05 0.10 0.20 0.22 0.18 0.21 0.09 0.18 0.23 0.14
C2 0.17 0.10 0.14 0.16 0.10 0.12 0.08 0.14 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.07 0.12 0.23 0.23 0.18 0.22 0.12 0.16 0.31 0.16
C2' 0.15 0.10 0.12 0.16 0.09 0.09 0.06 0.14 0.06 0.06 0.07 0.11 0.12 0.07 0.09 0.21 0.24 0.17 0.19 0.10 0.25 0.23 0.18
C3' 0.13 0.10 0.09 0.13 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.12 0.11 0.06 0.07 0.18 0.22 0.16 0.15 0.08 0.27 0.16 0.16
C4 0.15 0.10 0.13 0.19 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.20 0.26 0.18 0.17 0.16 0.17 0.36 0.15
C4' 0.15 0.13 0.07 0.07 0.10 0.11 0.05 0.06 0.05 0.04 0.09 0.16 0.14 0.02 0.09 0.16 0.16 0.20 0.17 0.05 0.19 0.14 0.10
C5 0.16 0.13 0.13 0.18 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.19 0.27 0.19 0.18 0.16 0.17 0.33 0.14
C5' 0.19 0.19 0.08 0.04 0.15 0.20 0.09 0.22 0.09 0.07 0.14 0.22 0.19 0.04 0.14 0.15 0.08 0.27 0.17 0.06 0.13 0.09 0.06
C6 0.16 0.12 0.12 0.17 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.13 0.13 0.08 0.12 0.20 0.25 0.20 0.20 0.13 0.15 0.29 0.13
N1 0.17 0.11 0.13 0.16 0.10 0.11 0.07 0.11 0.08 0.08 0.08 0.12 0.12 0.06 0.12 0.22 0.23 0.20 0.22 0.10 0.15 0.28 0.14
N3 0.16 0.09 0.14 0.18 0.09 0.12 0.09 0.15 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.21 0.25 0.17 0.19 0.15 0.17 0.35 0.16
O2 0.19 0.12 0.16 0.17 0.12 0.13 0.10 0.18 0.10 0.10 0.10 0.13 0.14 0.09 0.13 0.25 0.23 0.18 0.23 0.13 0.17 0.30 0.17
O2' 0.16 0.13 0.18 0.24 0.13 0.18 0.14 0.32 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.24 0.30 0.14 0.17 0.18 0.28 0.29 0.24
O3' 0.10 0.09 0.11 0.17 0.07 0.08 0.07 0.17 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.19 0.25 0.10 0.14 0.11 0.27 0.18 0.19
O4 0.14 0.10 0.14 0.20 0.10 0.12 0.11 0.14 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.19 0.27 0.17 0.15 0.20 0.17 0.38 0.15
O4' 0.16 0.13 0.07 0.07 0.10 0.10 0.05 0.04 0.05 0.04 0.09 0.15 0.14 0.02 0.10 0.17 0.16 0.21 0.20 0.05 0.13 0.15 0.07
O5' 0.22 0.25 0.10 0.07 0.21 0.23 0.18 0.28 0.19 0.14 0.23 0.27 0.25 0.14 0.20 0.14 0.08 0.31 0.26 0.17 0.10 0.07 0.13
OP1 0.40 0.45 0.25 0.25 0.43 0.40 0.44 0.50 0.45 0.42 0.45 0.46 0.43 0.43 0.42 0.20 0.12 0.49 0.33 0.43 0.39 0.46 0.41
OP2 0.25 0.33 0.34 0.34 0.32 0.18 0.39 0.14 0.41 0.39 0.37 0.32 0.30 0.43 0.31 0.31 0.39 0.18 0.45 0.47 0.41 0.46 0.42
P 0.22 0.26 0.12 0.12 0.20 0.27 0.16 0.34 0.17 0.13 0.22 0.30 0.25 0.11 0.18 0.14 0.06 0.32 0.12 0.14 0.07 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.11 0.27 0.10
C2 0.03 0.00 0.11 0.20 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.26 0.04 0.11 0.01 0.16 0.32 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.07 0.14 0.12 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.03 0.10 0.16 0.04
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.11 0.16 0.23 0.19 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.25 0.10 0.15 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.03 0.11 0.02 0.13 0.30 0.12
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.20 0.03
C5 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.03 0.15 0.02 0.11 0.25 0.10
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.09 0.09 0.13 0.10 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.07 0.11 0.17 0.01
C6 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.04 0.15 0.00 0.12 0.24 0.10
C8 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.16 0.03 0.07 0.22 0.07
N1 0.03 0.00 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.22 0.04 0.13 0.01 0.15 0.28 0.12
N2 0.03 0.00 0.14 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.32 0.04 0.10 0.02 0.18 0.33 0.14
N3 0.03 0.00 0.12 0.19 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.23 0.03 0.09 0.01 0.15 0.32 0.14
N7 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.10 0.02 0.17 0.03 0.08 0.20 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.04 0.11 0.27 0.10
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05 0.07 0.19 0.06
O3' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.14 0.01 0.11 0.03 0.15 0.12 0.22 0.32 0.23 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.32 0.14 0.24 0.08 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.19 0.05 0.17 0.31 0.16
O5' 0.08 0.11 0.14 0.25 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.13 0.10 0.09 0.17 0.11 0.07 0.32 0.19 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01
O6 0.05 0.01 0.03 0.10 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.14 0.05 0.18 0.00 0.10 0.19 0.08
OP1 0.11 0.16 0.10 0.15 0.13 0.09 0.11 0.11 0.12 0.07 0.15 0.18 0.15 0.08 0.11 0.07 0.24 0.17 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01
OP2 0.27 0.32 0.16 0.12 0.30 0.20 0.25 0.17 0.24 0.22 0.28 0.33 0.32 0.20 0.27 0.19 0.08 0.31 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.04 0.12 0.12 0.03 0.10 0.01 0.10 0.07 0.12 0.14 0.14 0.07 0.10 0.06 0.20 0.16 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00