ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51843

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O3' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
P A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
P B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
OP2 A 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
N2 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C5' B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C4' B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C3' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C8 B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.000, 0.326, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.326 std_dev=0.326
O6 B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05
N3 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.08 0.07
O3' 0.04 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01
O4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.00 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.09 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.00 0.05 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.00 0.06 0.02
C2 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.06 0.06 0.00 0.05 0.09 0.02 0.02 0.05
C2' 0.06 0.09 0.09 0.06 0.08 0.01 0.08 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.04 0.06 0.11 0.04 0.06 0.04
C3' 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.05 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.07 0.02 0.13 0.01 0.12 0.01
C4 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.11 0.09 0.10 0.13 0.03 0.05 0.01 0.17 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.13 0.04 0.10 0.08
C4' 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.05 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.00 0.10 0.02 0.10 0.01
C5 0.02 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.09 0.00 0.07 0.04 0.14 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.07 0.04 0.09 0.08
C5' 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01
C6 0.05 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.06 0.08 0.02 0.08 0.10 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05
N1 0.05 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.06 0.02 0.08 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.11 0.09 0.10 0.12 0.04 0.03 0.00 0.17 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.14 0.04 0.07 0.08
O2 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.05 0.05 0.00 0.05 0.09 0.01 0.00 0.05
O2' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.08 0.00 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.12 0.09 0.02 0.09
O3' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.04 0.10 0.00 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.06 0.03 0.13 0.01 0.11 0.00
O4 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.13 0.09 0.13 0.15 0.06 0.04 0.00 0.20 0.07 0.04 0.04 0.03 0.06 0.16 0.04 0.11 0.08
O4' 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.03 0.07 0.10 0.11 0.08 0.01 0.05 0.04 0.09 0.02
O5' 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.10 0.01 0.06 0.02
OP1 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00
OP2 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00
P 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.00 0.02 0.08 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.00 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.11 0.00 0.04 0.05 0.02
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.02 0.03 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.10 0.00 0.03 0.06 0.02
C8 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.04 0.06 0.02
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.03 0.07 0.00
N2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.09 0.03
N3 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02
N7 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.05 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.08 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.06
O5' 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.12 0.08 0.03 0.04 0.14 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.01
OP1 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.04 0.08 0.05 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00