ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51844

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
P B 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.000, 0.164, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.164 std_dev=0.164
P A 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C5' A 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
OP2 B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
OP1 B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
O4' B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
O5' A 0, 0.000, 0.684, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.684 std_dev=0.684
OP1 A 0, 0.000, 1.001, 2.001, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.001 std_dev=1.001
OP2 A 0, 0.000, 1.002, 2.004, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.002 std_dev=1.002
C2' B 0, 0.000, 1.314, 2.628, 2.628 max_d=2.628 avg_d=1.314 std_dev=1.314
C4' B 0, 0.000, 1.388, 2.776, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.388 std_dev=1.388
C5' B 0, 0.000, 1.392, 2.785, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.392 std_dev=1.392
N9 B 0, 0.000, 1.448, 2.895, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.448 std_dev=1.448
O2' B 0, 0.000, 1.842, 3.684, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.842 std_dev=1.842
C3' B 0, 0.000, 1.950, 3.901, 3.901 max_d=3.901 avg_d=1.950 std_dev=1.950
C8 B 0, 0.000, 2.111, 4.222, 4.222 max_d=4.222 avg_d=2.111 std_dev=2.111
N3 B 0, 0.000, 2.247, 4.494, 4.494 max_d=4.494 avg_d=2.247 std_dev=2.247
C4 B 0, 0.000, 2.420, 4.841, 4.841 max_d=4.841 avg_d=2.420 std_dev=2.420
O3' B 0, 0.000, 2.780, 5.560, 5.560 max_d=5.560 avg_d=2.780 std_dev=2.780
C2 B 0, 0.000, 3.386, 6.771, 6.771 max_d=6.771 avg_d=3.386 std_dev=3.386
N7 B 0, 0.000, 3.391, 6.782, 6.782 max_d=6.782 avg_d=3.391 std_dev=3.391
N2 B 0, 0.000, 3.401, 6.802, 6.802 max_d=6.802 avg_d=3.401 std_dev=3.401
C5 B 0, 0.000, 3.601, 7.201, 7.201 max_d=7.201 avg_d=3.601 std_dev=3.601
N1 B 0, 0.000, 4.598, 9.196, 9.196 max_d=9.196 avg_d=4.598 std_dev=4.598
C6 B 0, 0.000, 4.807, 9.615, 9.615 max_d=9.615 avg_d=4.807 std_dev=4.807
O6 B 0, 0.000, 5.937, 11.874, 11.874 max_d=11.874 avg_d=5.937 std_dev=5.937

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.48 0.34 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.61 0.33 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.34 0.44 0.08
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.13 0.19 0.45 0.11
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.49 0.47 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.26 0.19 0.04
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.38 0.57 0.01
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.01 0.05 0.04 0.13 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.39 0.55 0.03
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.50 0.42 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.58 0.37 0.03
O2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.65 0.24 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.34 0.37 0.09
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.46 0.14
O4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.48 0.44 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.45 0.19 0.03
O5' 0.04 0.09 0.10 0.13 0.29 0.01 0.35 0.01 0.31 0.15 0.17 0.04 0.00 0.11 0.32 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.48 0.61 0.34 0.19 0.49 0.26 0.38 0.11 0.39 0.50 0.58 0.65 0.34 0.07 0.48 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.33 0.44 0.45 0.47 0.19 0.57 0.04 0.55 0.42 0.37 0.24 0.37 0.46 0.44 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.08 0.11 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.09 0.14 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.62 0.31 0.19 0.53 0.09 0.86 0.30 1.05 0.58 0.89 0.55 0.41 0.93 0.33 0.05 0.00 0.33 0.03 1.29 0.23 0.09 0.04
C2 0.07 0.98 0.34 0.21 0.81 0.16 1.28 0.32 1.57 0.82 1.37 0.88 0.66 1.31 0.50 0.05 0.01 0.41 0.06 1.91 0.28 0.13 0.05
C2' 0.02 0.56 0.21 0.05 0.49 0.13 0.80 0.15 0.95 0.58 0.80 0.49 0.38 0.89 0.32 0.14 0.14 0.25 0.02 1.17 0.24 0.03 0.05
C3' 0.07 0.16 0.28 0.22 0.13 0.06 0.27 0.35 0.34 0.17 0.27 0.13 0.08 0.31 0.06 0.01 0.12 0.23 0.04 0.44 0.12 0.10 0.00
C4 0.08 1.22 0.29 0.12 1.02 0.26 1.56 0.25 1.89 0.96 1.68 1.09 0.85 1.52 0.63 0.11 0.08 0.46 0.06 2.20 0.30 0.18 0.04
C4' 0.13 0.02 0.38 0.41 0.04 0.18 0.04 0.50 0.09 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.08 0.14 0.35 0.28 0.07 0.16 0.07 0.16 0.02
C5 0.08 1.02 0.26 0.08 0.93 0.27 1.42 0.23 1.63 0.96 1.40 0.88 0.73 1.46 0.60 0.14 0.10 0.46 0.06 1.86 0.29 0.18 0.04
C5' 0.20 0.39 0.47 0.63 0.38 0.35 0.43 0.69 0.45 0.37 0.43 0.38 0.36 0.43 0.33 0.30 0.65 0.29 0.13 0.47 0.03 0.22 0.03
C6 0.07 0.81 0.27 0.11 0.74 0.21 1.15 0.26 1.33 0.83 1.13 0.70 0.57 1.25 0.48 0.11 0.08 0.42 0.05 1.56 0.28 0.16 0.04
N1 0.06 0.81 0.32 0.18 0.70 0.15 1.11 0.31 1.33 0.75 1.14 0.71 0.55 1.18 0.44 0.07 0.02 0.39 0.04 1.61 0.27 0.13 0.04
N3 0.07 1.15 0.33 0.18 0.94 0.21 1.46 0.30 1.81 0.91 1.60 1.04 0.79 1.45 0.58 0.07 0.03 0.44 0.06 2.17 0.30 0.16 0.05
O2 0.06 0.97 0.37 0.25 0.78 0.13 1.24 0.35 1.55 0.78 1.36 0.88 0.65 1.26 0.48 0.02 0.03 0.39 0.06 1.90 0.27 0.11 0.05
O2' 0.01 0.56 0.16 0.02 0.48 0.15 0.77 0.06 0.94 0.54 0.80 0.50 0.37 0.85 0.30 0.19 0.23 0.20 0.06 1.17 0.19 0.05 0.05
O3' 0.01 0.02 0.23 0.18 0.01 0.14 0.06 0.25 0.09 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
O4 0.08 1.41 0.26 0.10 1.12 0.28 1.67 0.23 2.08 0.98 1.91 1.27 0.97 1.55 0.66 0.12 0.08 0.45 0.06 2.40 0.30 0.19 0.04
O4' 0.09 0.30 0.42 0.41 0.24 0.10 0.44 0.49 0.56 0.27 0.46 0.26 0.17 0.48 0.12 0.13 0.29 0.31 0.08 0.70 0.15 0.14 0.01
O5' 0.56 0.63 0.20 0.39 0.64 0.02 0.62 0.44 0.61 0.61 0.62 0.61 0.63 0.60 0.62 0.05 0.41 0.69 0.13 0.58 0.13 0.46 0.23
OP1 0.05 0.28 0.88 1.14 0.25 0.58 0.33 0.91 0.39 0.24 0.36 0.25 0.22 0.33 0.18 0.79 1.24 0.22 0.18 0.45 0.01 0.14 0.02
OP2 0.60 0.09 1.48 1.75 0.06 1.33 0.19 1.61 0.38 0.12 0.30 0.06 0.10 0.17 0.28 1.41 1.83 0.54 0.90 0.56 0.58 0.21 0.53
P 0.05 0.35 0.83 1.06 0.29 0.61 0.38 0.99 0.45 0.24 0.43 0.34 0.28 0.35 0.19 0.72 1.12 0.17 0.33 0.50 0.19 0.14 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.11 0.01 0.18 0.18 0.03
C2 0.07 0.00 0.10 0.23 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.04 0.21 0.01 0.30 0.64 0.04
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.14 0.05 0.01 0.08 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.03 0.04 0.04 0.09
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.23 0.00 0.27 0.02 0.28 0.25 0.27 0.22 0.21 0.28 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.24 0.01 0.02
C4 0.03 0.00 0.06 0.23 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.09 0.01 0.21 0.00 0.29 0.62 0.04
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.11 0.09 0.03 0.05 0.21 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.21 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.18 0.03 0.29 0.01 0.38 0.78 0.03
C5' 0.07 0.04 0.14 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.18 0.01 0.00 0.09 0.29 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.28 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.19 0.21 0.02 0.32 0.00 0.43 0.83 0.02
C8 0.03 0.01 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.15 0.06 0.26 0.03 0.31 0.71 0.05
N1 0.05 0.00 0.08 0.27 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.27 0.01 0.38 0.76 0.03
N2 0.08 0.00 0.13 0.22 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.09 0.06 0.18 0.01 0.28 0.61 0.05
N3 0.07 0.00 0.10 0.21 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.05 0.05 0.16 0.01 0.25 0.56 0.05
N7 0.01 0.01 0.01 0.28 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.21 0.06 0.32 0.03 0.41 0.86 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.00 0.18 0.01 0.24 0.52 0.04
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.18 0.21 0.17 0.05 0.19 0.08 0.21 0.19 0.19 0.12 0.11 0.00 0.03 0.16 0.07 0.20 0.14 0.10 0.07
O3' 0.18 0.10 0.01 0.00 0.09 0.02 0.18 0.18 0.21 0.15 0.17 0.09 0.05 0.21 0.04 0.03 0.00 0.18 0.10 0.24 0.38 0.15 0.06
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.00 0.16 0.18 0.00 0.03 0.05 0.19 0.03 0.05
O5' 0.11 0.21 0.16 0.01 0.21 0.00 0.29 0.00 0.32 0.26 0.27 0.18 0.16 0.32 0.18 0.07 0.10 0.03 0.00 0.36 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.29 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.24 0.05 0.36 0.00 0.50 0.89 0.01
OP1 0.18 0.30 0.04 0.24 0.29 0.06 0.38 0.29 0.43 0.31 0.38 0.28 0.25 0.41 0.24 0.14 0.38 0.19 0.02 0.50 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.64 0.04 0.01 0.62 0.21 0.78 0.04 0.83 0.71 0.76 0.61 0.56 0.86 0.52 0.10 0.15 0.03 0.02 0.89 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.09 0.02 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00