ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 9, 10, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.002, 0.010, 0.021, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.010 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.024, 0.047, 0.071, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.047 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.037, 0.079, 0.121, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.079 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.003, 0.050, 0.097, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.050 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.042, 0.092, 0.142, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.092 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.014, 0.066, 0.118, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.066 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.070, 0.131, 0.193, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.131 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.067, 0.163, 0.259, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.163 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.039, 0.155, 0.270, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.155 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.061, 0.199, 0.337, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.199 std_dev=0.138
OP2 B 0, 0.031, 0.201, 0.371, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.201 std_dev=0.170
N7 B 0, 0.008, 0.188, 0.369, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.188 std_dev=0.181
P A 0, 0.044, 0.232, 0.419, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.232 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.028, 0.219, 0.410, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.219 std_dev=0.191
C8 B 0, -0.009, 0.189, 0.386, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.189 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.045, 0.244, 0.443, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.244 std_dev=0.199
N6 B 0, 0.001, 0.208, 0.414, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.208 std_dev=0.207
OP1 A 0, 0.117, 0.326, 0.534, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.326 std_dev=0.209
C5 B 0, -0.027, 0.187, 0.400, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.187 std_dev=0.213
P B 0, 0.012, 0.226, 0.441, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.226 std_dev=0.214
C6 B 0, -0.023, 0.203, 0.430, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.203 std_dev=0.226
N9 B 0, -0.046, 0.190, 0.426, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.190 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.048, 0.290, 0.532, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.290 std_dev=0.242
C4 B 0, -0.043, 0.200, 0.443, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.200 std_dev=0.243
C3' B 0, -0.010, 0.235, 0.480, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.235 std_dev=0.245
C2' B 0, -0.048, 0.212, 0.471, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.212 std_dev=0.259
N1 B 0, -0.035, 0.236, 0.507, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.236 std_dev=0.271
C5' B 0, 0.016, 0.289, 0.561, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.289 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.014, 0.288, 0.562, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.288 std_dev=0.274
C1' B 0, -0.066, 0.209, 0.483, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.209 std_dev=0.274
N3 B 0, -0.044, 0.239, 0.522, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.239 std_dev=0.283
O4' B 0, -0.040, 0.243, 0.526, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.243 std_dev=0.283
C4' B 0, -0.036, 0.251, 0.537, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.251 std_dev=0.287
C2 B 0, -0.040, 0.254, 0.548, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.254 std_dev=0.294
O2' B 0, -0.068, 0.253, 0.574, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.253 std_dev=0.321

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.08 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.07 0.08 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.04
O2 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.11 0.05 0.07
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.07 0.03 0.06 0.14 0.07 0.08
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.03 0.08 0.07 0.08 0.11 0.14 0.06 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.03 0.09 0.08 0.05 0.08 0.03 0.09 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10
C2 0.11 0.07 0.12 0.11 0.09 0.10 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08
C2' 0.08 0.04 0.08 0.10 0.03 0.10 0.03 0.12 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.03 0.06 0.08 0.09 0.09 0.13 0.13 0.15 0.14
C3' 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08
C4 0.07 0.07 0.10 0.11 0.05 0.09 0.09 0.10 0.11 0.06 0.10 0.07 0.15 0.11 0.04 0.11 0.11 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09
C4' 0.06 0.03 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08
C5 0.06 0.10 0.08 0.06 0.09 0.05 0.12 0.06 0.14 0.11 0.12 0.08 0.16 0.15 0.08 0.08 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.07
C5' 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05
C6 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.06 0.12 0.09 0.10 0.07 0.14 0.12 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
N1 0.08 0.04 0.09 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07
N3 0.12 0.07 0.13 0.13 0.08 0.12 0.05 0.10 0.07 0.05 0.06 0.10 0.11 0.05 0.09 0.14 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09
O2 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.14 0.06 0.09 0.13 0.15 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09
O2' 0.16 0.07 0.15 0.17 0.11 0.19 0.09 0.21 0.06 0.16 0.06 0.09 0.07 0.13 0.15 0.15 0.16 0.18 0.22 0.19 0.19 0.20
O3' 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06
O4 0.08 0.09 0.11 0.14 0.07 0.12 0.10 0.12 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.11 0.06 0.12 0.15 0.08 0.12 0.12 0.09 0.10
O4' 0.08 0.03 0.09 0.09 0.04 0.08 0.03 0.09 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10
O5' 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04
OP1 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04
OP2 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05
P 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.07 0.05 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.09 0.07 0.05 0.06
C8 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.04 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.07 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.03
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.10 0.08 0.06 0.07
N7 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.07 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00