ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51864

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.005, 0.040, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.046 std_dev=0.045
O5' B 0, 0.066, 0.243, 0.421, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.243 std_dev=0.178
O3' B 0, 0.086, 0.311, 0.535, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.311 std_dev=0.225
P B 0, 0.062, 0.304, 0.546, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.304 std_dev=0.242
C5' B 0, 0.059, 0.323, 0.587, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.092, 0.377, 0.661, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.377 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.058, 0.350, 0.641, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.350 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.055, 0.354, 0.652, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.354 std_dev=0.298
C3' B 0, 0.073, 0.411, 0.749, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.411 std_dev=0.338
O4' A 0, -0.029, 0.324, 0.678, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.324 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.038, 0.393, 0.747, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.393 std_dev=0.355
P A 0, 0.007, 0.457, 0.907, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.457 std_dev=0.450
OP2 B 0, 0.021, 0.481, 0.942, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.481 std_dev=0.460
C2' B 0, 0.057, 0.518, 0.978, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.518 std_dev=0.461
C3' A 0, -0.084, 0.453, 0.990, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.453 std_dev=0.537
C2' A 0, -0.088, 0.459, 1.006, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.459 std_dev=0.547
C4' A 0, -0.095, 0.494, 1.083, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.494 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.036, 0.695, 1.355, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.695 std_dev=0.660
OP2 A 0, 0.091, 0.785, 1.479, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.785 std_dev=0.694
O4' B 0, -0.019, 0.719, 1.456, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.719 std_dev=0.738
O3' A 0, -0.136, 0.604, 1.345, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.604 std_dev=0.741
C5' A 0, -0.093, 0.725, 1.544, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.725 std_dev=0.819
O5' A 0, -0.106, 0.748, 1.602, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.748 std_dev=0.854
N1 B 0, 0.060, 0.937, 1.813, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.937 std_dev=0.877
O2' A 0, -0.185, 0.855, 1.894, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.855 std_dev=1.039
C2 B 0, -0.078, 1.108, 2.294, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.108 std_dev=1.186
C6 B 0, 0.092, 1.318, 2.544, 2.952 max_d=2.952 avg_d=1.318 std_dev=1.226
N3 B 0, -0.024, 1.257, 2.538, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.257 std_dev=1.281
C4 B 0, 0.084, 1.412, 2.740, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.412 std_dev=1.328
C5 B 0, 0.096, 1.571, 3.047, 3.546 max_d=3.546 avg_d=1.571 std_dev=1.475
O4 B 0, 0.085, 1.622, 3.159, 3.686 max_d=3.686 avg_d=1.622 std_dev=1.537
O2 B 0, -0.328, 1.341, 3.010, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.341 std_dev=1.669

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.29 0.03 0.01 0.03 0.18 0.70 0.21
C2 0.03 0.00 0.13 0.23 0.00 0.12 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.10 0.01 0.07 0.31 0.17 0.53 0.05
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.11 0.01 0.09 0.28 0.01 0.02 0.01 0.06 0.29 0.31 1.25 0.65
C3' 0.03 0.23 0.00 0.00 0.19 0.00 0.09 0.03 0.04 0.10 0.24 0.32 0.02 0.00 0.20 0.01 0.03 0.05 0.66 0.23
C4 0.03 0.00 0.01 0.19 0.00 0.07 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00 0.25 0.12 0.00 0.02 0.32 0.17 0.29 0.08
C4' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.12 0.19 0.22 0.03 0.07 0.01 0.04 0.30 0.37 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.18 0.00 0.02 0.22 0.19 0.26 0.05
C5' 0.01 0.18 0.15 0.03 0.13 0.01 0.05 0.00 0.02 0.08 0.19 0.24 0.05 0.11 0.13 0.02 0.00 0.31 0.08 0.04
C6 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.01 0.03 0.15 0.21 0.38 0.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.15 0.19 0.02 0.02 0.19 0.19 0.55 0.09
N3 0.04 0.00 0.09 0.24 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.08 0.01 0.06 0.36 0.17 0.41 0.07
O2 0.04 0.01 0.28 0.32 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.04 0.00 0.11 0.36 0.19 0.58 0.05
O2' 0.04 0.25 0.01 0.02 0.25 0.22 0.19 0.05 0.13 0.15 0.28 0.27 0.00 0.03 0.27 0.14 0.23 0.20 1.40 0.63
O3' 0.29 0.10 0.02 0.00 0.12 0.03 0.18 0.11 0.22 0.19 0.08 0.04 0.03 0.00 0.10 0.16 0.14 0.21 0.49 0.10
O4 0.03 0.01 0.01 0.20 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.27 0.10 0.00 0.02 0.33 0.13 0.24 0.10
O4' 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.11 0.14 0.16 0.02 0.00 0.10 0.34 0.40 0.07
O5' 0.03 0.31 0.29 0.03 0.32 0.04 0.22 0.00 0.15 0.19 0.36 0.36 0.23 0.14 0.33 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.18 0.17 0.31 0.05 0.17 0.30 0.19 0.31 0.21 0.19 0.17 0.19 0.20 0.21 0.13 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 0.53 1.25 0.66 0.29 0.37 0.26 0.08 0.38 0.55 0.41 0.58 1.40 0.49 0.24 0.40 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.05 0.65 0.23 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.09 0.07 0.05 0.63 0.10 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.30 0.05 0.02 0.06 0.13 0.12 0.04 0.12 0.11 0.24 0.52 0.07 0.06 0.05 0.21 0.21 0.23 0.14 0.16
C2 0.26 0.53 0.19 0.13 0.18 0.16 0.15 0.06 0.16 0.23 0.44 0.86 0.18 0.06 0.18 0.32 0.19 0.25 0.16 0.19
C2' 0.25 0.03 0.37 0.44 0.41 0.27 0.68 0.40 0.67 0.32 0.13 0.30 0.26 0.52 0.43 0.20 0.53 0.07 0.22 0.16
C3' 0.18 0.37 0.14 0.03 0.09 0.08 0.14 0.14 0.13 0.14 0.31 0.62 0.24 0.03 0.08 0.14 0.29 0.12 0.20 0.13
C4 0.46 0.68 0.35 0.24 0.46 0.23 0.29 0.13 0.27 0.47 0.63 0.91 0.25 0.13 0.46 0.50 0.14 0.24 0.17 0.20
C4' 0.19 0.31 0.19 0.12 0.19 0.12 0.09 0.10 0.08 0.20 0.28 0.42 0.24 0.11 0.18 0.16 0.24 0.12 0.17 0.15
C5 0.44 0.52 0.33 0.26 0.46 0.29 0.40 0.15 0.38 0.45 0.51 0.58 0.21 0.13 0.46 0.52 0.14 0.22 0.17 0.20
C5' 0.22 0.28 0.25 0.17 0.27 0.12 0.23 0.14 0.22 0.24 0.29 0.32 0.30 0.19 0.26 0.13 0.23 0.36 0.39 0.32
C6 0.31 0.40 0.23 0.19 0.32 0.25 0.24 0.09 0.23 0.32 0.38 0.48 0.17 0.09 0.32 0.39 0.18 0.24 0.17 0.20
N1 0.23 0.41 0.16 0.11 0.18 0.18 0.05 0.05 0.05 0.21 0.35 0.63 0.14 0.03 0.18 0.30 0.20 0.25 0.16 0.19
N3 0.36 0.66 0.28 0.19 0.31 0.19 0.13 0.10 0.13 0.34 0.57 1.01 0.23 0.10 0.31 0.40 0.16 0.26 0.17 0.20
O2 0.22 0.53 0.15 0.11 0.11 0.15 0.29 0.06 0.29 0.17 0.42 0.94 0.15 0.06 0.10 0.28 0.18 0.27 0.17 0.20
O2' 0.53 0.36 0.68 0.58 0.87 0.33 1.17 0.32 1.11 0.68 0.51 0.05 0.65 0.58 0.91 0.34 0.36 0.33 0.14 0.17
O3' 0.09 0.32 0.08 0.01 0.05 0.02 0.18 0.19 0.18 0.08 0.27 0.57 0.12 0.03 0.05 0.07 0.32 0.15 0.21 0.19
O4 0.48 0.79 0.35 0.24 0.57 0.20 0.38 0.14 0.35 0.54 0.74 1.04 0.22 0.12 0.57 0.50 0.13 0.22 0.16 0.19
O4' 0.21 0.29 0.19 0.14 0.21 0.17 0.13 0.05 0.13 0.21 0.28 0.39 0.20 0.12 0.20 0.21 0.21 0.11 0.05 0.05
O5' 0.28 0.35 0.33 0.20 0.31 0.14 0.26 0.14 0.26 0.30 0.35 0.40 0.41 0.22 0.31 0.15 0.21 0.38 0.49 0.33
OP1 0.17 0.33 0.16 0.15 0.21 0.06 0.07 0.14 0.05 0.19 0.32 0.41 0.05 0.03 0.23 0.22 0.18 0.25 0.16 0.14
OP2 0.13 0.04 0.20 0.11 0.14 0.12 0.12 0.08 0.06 0.02 0.10 0.03 0.39 0.35 0.17 0.11 0.09 0.17 0.20 0.13
P 0.05 0.08 0.06 0.04 0.16 0.01 0.20 0.14 0.18 0.11 0.12 0.05 0.05 0.01 0.17 0.02 0.13 0.18 0.33 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.21 0.03 0.18
C2 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.06 0.01 0.19 0.10 0.09 0.27 0.02
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.11 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.08 0.13
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.03 0.15 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.09 0.04 0.01 0.12 0.12 0.09
C4 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.10 0.26 0.28 0.14 0.32
C4' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.11 0.00 0.26 0.02 0.29 0.05 0.05 0.30 0.03 0.04 0.11 0.01 0.02 0.23 0.02 0.20
C5 0.02 0.00 0.12 0.15 0.00 0.26 0.00 0.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.04 0.00 0.27 0.48 0.42 0.42 0.53
C5' 0.04 0.13 0.01 0.03 0.28 0.02 0.54 0.00 0.55 0.16 0.01 0.43 0.05 0.05 0.29 0.04 0.01 0.04 0.10 0.05
C6 0.02 0.00 0.17 0.15 0.01 0.29 0.00 0.55 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.04 0.01 0.32 0.46 0.43 0.42 0.53
N1 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.13 0.25 0.06 0.25
N3 0.05 0.01 0.11 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.06 0.01 0.09 0.02 0.14 0.18 0.10
O2 0.06 0.00 0.26 0.05 0.00 0.30 0.00 0.43 0.01 0.02 0.00 0.00 0.53 0.08 0.01 0.40 0.35 0.05 0.57 0.20
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.05 0.03 0.29 0.05 0.34 0.03 0.17 0.53 0.00 0.03 0.05 0.04 0.13 0.20 0.03 0.13
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.13 0.09 0.08
O4 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.09 0.27 0.27 0.13 0.32
O4' 0.02 0.19 0.01 0.04 0.10 0.01 0.27 0.04 0.32 0.06 0.09 0.40 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.21 0.03 0.20
O5' 0.01 0.10 0.04 0.01 0.26 0.02 0.48 0.01 0.46 0.13 0.02 0.35 0.13 0.07 0.27 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.21 0.09 0.16 0.12 0.28 0.23 0.42 0.04 0.43 0.25 0.14 0.05 0.20 0.13 0.27 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.27 0.08 0.12 0.14 0.02 0.42 0.10 0.42 0.06 0.18 0.57 0.03 0.09 0.13 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.02 0.13 0.09 0.32 0.20 0.53 0.05 0.53 0.25 0.10 0.20 0.13 0.08 0.32 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00