ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4 A 0, -0.001, 0.018, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.019
O2' A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C5 B 0, 0.009, 0.045, 0.080, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.013, 0.050, 0.087, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.014, 0.054, 0.093, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.054 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.009, 0.054, 0.100, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.054 std_dev=0.045
C2' B 0, 0.019, 0.067, 0.115, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.067 std_dev=0.048
C6 B 0, 0.019, 0.068, 0.116, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.068 std_dev=0.048
C1' B 0, 0.021, 0.071, 0.122, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.071 std_dev=0.050
C3' B 0, 0.020, 0.074, 0.128, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.074 std_dev=0.054
O4' B 0, 0.024, 0.082, 0.141, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O3' B 0, 0.026, 0.097, 0.168, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.097 std_dev=0.071
C4' B 0, 0.029, 0.101, 0.172, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.101 std_dev=0.071
C2 B 0, -0.001, 0.073, 0.147, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.073 std_dev=0.074
O4 B 0, 0.021, 0.096, 0.171, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.096 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.023, 0.105, 0.187, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.105 std_dev=0.082
N3 B 0, 0.004, 0.088, 0.173, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.088 std_dev=0.085
O2' B 0, 0.031, 0.118, 0.204, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.118 std_dev=0.086
C5' B 0, 0.037, 0.128, 0.218, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.128 std_dev=0.090
OP1 B 0, 0.037, 0.138, 0.239, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.138 std_dev=0.101
O2 B 0, 0.007, 0.111, 0.216, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.111 std_dev=0.104
O5' B 0, 0.041, 0.147, 0.252, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.147 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.044, 0.153, 0.262, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.153 std_dev=0.109
P B 0, 0.043, 0.155, 0.266, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.155 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.016, 0.134, 0.253, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.134 std_dev=0.119
OP2 B 0, 0.056, 0.203, 0.350, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.203 std_dev=0.147
P A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.157 std_dev=0.157
OP2 A 0, -0.022, 0.190, 0.402, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.190 std_dev=0.212
OP1 A 0, -0.019, 0.254, 0.527, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.254 std_dev=0.273
C5' A 0, -0.029, 0.270, 0.569, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.270 std_dev=0.299
O5' A 0, -0.098, 0.442, 0.983, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.442 std_dev=0.540

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.22 0.08 0.08
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.27 0.09 0.11
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.32 0.12 0.12
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.12 0.06 0.01
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.27 0.22 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.16 0.09 0.01
C5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.11 0.00 0.09 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.00 0.35 0.32 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.19 0.10 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.03
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.10 0.02 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.27 0.11 0.09
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.30 0.17 0.07
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.11 0.05 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.23 0.12 0.05
O5' 0.13 0.03 0.22 0.26 0.10 0.00 0.13 0.00 0.09 0.01 0.03 0.11 0.12 0.16 0.13 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00
OP1 0.22 0.13 0.27 0.32 0.12 0.27 0.16 0.35 0.19 0.18 0.11 0.10 0.27 0.30 0.11 0.23 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.04 0.09 0.12 0.06 0.22 0.09 0.32 0.10 0.08 0.04 0.02 0.11 0.17 0.05 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.05 0.11 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.09 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02
C2 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03
C2' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01
C3' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.10 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01
C4 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04
C4' 0.04 0.03 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03
C5 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04
C5' 0.05 0.05 0.08 0.09 0.02 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.10 0.09 0.14 0.04 0.03 0.02 0.11 0.08 0.05
C6 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04
N1 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03
N3 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03
O2 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03
O2' 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
O4 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04
O4' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02
O5' 0.03 0.06 0.09 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.09 0.19 0.13 0.08 0.02 0.08 0.11 0.01 0.02
OP1 0.21 0.16 0.21 0.25 0.13 0.25 0.16 0.27 0.19 0.18 0.13 0.15 0.17 0.26 0.09 0.23 0.27 0.26 0.30 0.28
OP2 0.14 0.14 0.15 0.16 0.07 0.16 0.06 0.18 0.08 0.12 0.11 0.17 0.18 0.16 0.06 0.15 0.18 0.19 0.19 0.18
P 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00