ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51866

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' B 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
OP2 A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
P A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O5' A 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C5' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP1 A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
P B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
OP1 B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4' B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP2 B 0, 0.000, 0.507, 1.015, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.507 std_dev=0.507
O2 B 0, 0.000, 0.532, 1.064, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.532 std_dev=0.532
C2 B 0, 0.000, 0.538, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.538
N1 B 0, 0.000, 0.557, 1.113, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.557 std_dev=0.557
N3 B 0, 0.000, 0.694, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C6 B 0, 0.000, 0.807, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.807 std_dev=0.807
C4 B 0, 0.000, 0.943, 1.886, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.943 std_dev=0.943
C5 B 0, 0.000, 1.017, 2.034, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.017 std_dev=1.017
O4 B 0, 0.000, 1.139, 2.277, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.139 std_dev=1.139

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02
O2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02
O5' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.12 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.05 0.01
C2 0.18 0.18 0.08 0.07 0.17 0.14 0.16 0.13 0.16 0.17 0.17 0.18 0.06 0.02 0.17 0.19 0.08 0.02 0.04 0.06
C2' 0.13 0.14 0.09 0.05 0.06 0.08 0.02 0.04 0.04 0.10 0.11 0.20 0.11 0.04 0.05 0.11 0.00 0.07 0.08 0.04
C3' 0.10 0.12 0.08 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02 0.06 0.08 0.20 0.12 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.09 0.02
C4 0.21 0.20 0.08 0.10 0.27 0.19 0.30 0.21 0.29 0.24 0.22 0.12 0.04 0.03 0.28 0.27 0.14 0.09 0.15 0.13
C4' 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.09 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01 0.10 0.03 0.03 0.01 0.12 0.04
C5 0.13 0.12 0.03 0.08 0.19 0.17 0.22 0.21 0.21 0.16 0.14 0.05 0.09 0.03 0.19 0.20 0.15 0.09 0.16 0.14
C5' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.00 0.18 0.03 0.14 0.04 0.04 0.12 0.06 0.01 0.16 0.01 0.03 0.09 0.11 0.00
C6 0.09 0.08 0.02 0.06 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11 0.10 0.09 0.06 0.05 0.03 0.10 0.13 0.12 0.06 0.10 0.10
N1 0.12 0.12 0.05 0.05 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.02 0.02 0.10 0.14 0.07 0.02 0.03 0.05
N3 0.22 0.22 0.10 0.09 0.25 0.18 0.25 0.18 0.25 0.23 0.23 0.18 0.03 0.02 0.25 0.25 0.11 0.06 0.09 0.09
O2 0.18 0.19 0.09 0.06 0.16 0.13 0.14 0.11 0.14 0.17 0.18 0.22 0.10 0.01 0.16 0.19 0.05 0.00 0.01 0.03
O2' 0.10 0.11 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.17 0.09 0.02 0.01 0.08 0.04 0.16 0.14 0.10
O3' 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.05 0.07 0.20 0.12 0.03 0.04 0.08 0.02 0.04 0.12 0.05
O4 0.25 0.24 0.09 0.11 0.37 0.21 0.41 0.24 0.39 0.31 0.29 0.13 0.05 0.03 0.39 0.30 0.15 0.10 0.19 0.15
O4' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.07 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01
O5' 0.03 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.12 0.02 0.01 0.14 0.07 0.00 0.12 0.02 0.03 0.12 0.07 0.02
OP1 0.03 0.03 0.01 0.02 0.19 0.03 0.26 0.05 0.22 0.10 0.09 0.08 0.03 0.00 0.23 0.04 0.03 0.19 0.04 0.05
OP2 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.10 0.01 0.00 0.16 0.09 0.00 0.10 0.03 0.00 0.17 0.01 0.07
P 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.00 0.17 0.02 0.14 0.04 0.04 0.11 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.17 0.02 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.13 0.05 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.13 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.05 0.10 0.10
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.00
O2 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.01 0.03 0.18 0.10 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.04
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.16 0.03 0.07
O4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02
O5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.12 0.13 0.13 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.06 0.08 0.18 0.12 0.16 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.10 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00