ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51868

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O5' B 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O5' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O3' A 0, 0.000, 0.261, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.261 std_dev=0.261
OP1 A 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O2 B 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
P A 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C4' B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
P B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C2' B 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.000, 0.382, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C1' B 0, 0.000, 0.399, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.399 std_dev=0.399
OP2 A 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
N3 B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
OP2 B 0, 0.000, 0.538, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.538 std_dev=0.538
N1 B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C4 B 0, 0.000, 0.896, 1.791, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.896 std_dev=0.896
C6 B 0, 0.000, 0.990, 1.980, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.990 std_dev=0.990
O4 B 0, 0.000, 1.025, 2.050, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.025 std_dev=1.025
C5 B 0, 0.000, 1.165, 2.330, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.165 std_dev=1.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.05 0.07 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.09 0.09
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.12 0.08 0.11 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.09 0.06 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.08 0.06 0.02 0.09 0.05 0.08 0.04 0.02 0.23 0.15 0.15
C2 0.12 0.06 0.11 0.08 0.15 0.06 0.21 0.03 0.20 0.13 0.09 0.02 0.11 0.03 0.15 0.08 0.00 0.19 0.09 0.11
C2' 0.10 0.06 0.12 0.08 0.13 0.04 0.18 0.01 0.18 0.11 0.08 0.01 0.12 0.06 0.13 0.06 0.02 0.23 0.16 0.15
C3' 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.02 0.14 0.00 0.14 0.08 0.04 0.04 0.08 0.05 0.09 0.03 0.02 0.20 0.14 0.13
C4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.14 0.04 0.07
C4' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.19 0.14 0.12
C5 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.05 0.02 0.02 0.10 0.09 0.04 0.05 0.03 0.12 0.04 0.07
C5' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.07
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.03 0.14 0.08 0.10
N1 0.07 0.05 0.07 0.04 0.08 0.03 0.10 0.00 0.10 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.02 0.19 0.11 0.12
N3 0.09 0.04 0.06 0.03 0.13 0.03 0.18 0.02 0.17 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.13 0.06 0.00 0.17 0.06 0.09
O2 0.16 0.09 0.17 0.12 0.22 0.08 0.30 0.05 0.30 0.19 0.13 0.03 0.18 0.08 0.23 0.11 0.01 0.21 0.10 0.11
O2' 0.11 0.08 0.12 0.07 0.14 0.04 0.18 0.01 0.17 0.12 0.09 0.02 0.14 0.06 0.14 0.06 0.04 0.26 0.21 0.18
O3' 0.06 0.01 0.07 0.05 0.09 0.03 0.14 0.00 0.14 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.09 0.03 0.02 0.18 0.14 0.11
O4 0.07 0.08 0.11 0.08 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.13 0.14 0.10 0.03 0.04 0.03 0.12 0.03 0.06
O4' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.21 0.14 0.13
O5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.06 0.07
OP1 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
OP2 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03
C2 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.15 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.04 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.00 0.08 0.12 0.13 0.11 0.12
C5' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.07 0.20 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.00 0.10 0.12 0.13 0.12 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.13 0.06
O2 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.03 0.00 0.17 0.16 0.07 0.26 0.17
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.05 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.12 0.04 0.07
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.06 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
O5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.05 0.16 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.06 0.13 0.02 0.13 0.06 0.00 0.07 0.12 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.12 0.02 0.13 0.26 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.12 0.00 0.13 0.02 0.06 0.17 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00