ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 7, 11, 8, 6, 1, 3, 3, 3, 3, 12, 12, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.009, 0.033, 0.058, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.033 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.020, 0.083, 0.147, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.083 std_dev=0.064
N4 A 0, 0.019, 0.105, 0.191, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.105 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.086, 0.295, 0.505, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.295 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.086, 0.322, 0.557, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.322 std_dev=0.235
N3 B 0, 0.352, 0.605, 0.858, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.605 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.366, 0.695, 1.024, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.695 std_dev=0.329
C2 B 0, 0.293, 0.630, 0.966, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.630 std_dev=0.336
C5' A 0, 0.187, 0.526, 0.865, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.526 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.409, 0.783, 1.157, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.783 std_dev=0.374
N1 B 0, 0.305, 0.684, 1.064, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.684 std_dev=0.380
O5' A 0, 0.259, 0.663, 1.067, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.663 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.403, 0.825, 1.246, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.825 std_dev=0.422
P B 0, 0.377, 0.815, 1.253, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.815 std_dev=0.438
O2' A 0, 0.166, 0.627, 1.087, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.627 std_dev=0.461
O2 B 0, 0.250, 0.754, 1.258, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.754 std_dev=0.504
C4' A 0, 0.126, 0.635, 1.145, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.635 std_dev=0.509
OP2 B 0, 0.403, 0.915, 1.427, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.915 std_dev=0.512
N4 B 0, 0.467, 1.011, 1.554, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.011 std_dev=0.544
P A 0, 0.307, 0.909, 1.511, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.909 std_dev=0.602
O5' B 0, 0.350, 0.997, 1.644, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.997 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.288, 0.962, 1.636, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.962 std_dev=0.674
O4' B 0, 0.288, 1.026, 1.765, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.026 std_dev=0.738
OP1 B 0, 0.435, 1.206, 1.977, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.206 std_dev=0.771
C3' A 0, 0.115, 0.934, 1.752, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.934 std_dev=0.819
C5' B 0, 0.332, 1.292, 2.252, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.292 std_dev=0.960
C2' B 0, 0.342, 1.356, 2.370, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.356 std_dev=1.014
C4' B 0, 0.303, 1.355, 2.408, 2.898 max_d=2.898 avg_d=1.355 std_dev=1.053
OP1 A 0, 0.373, 1.456, 2.539, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.456 std_dev=1.083
C3' B 0, 0.325, 1.488, 2.650, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.488 std_dev=1.162
O2' B 0, 0.395, 1.661, 2.926, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.661 std_dev=1.266
OP2 A 0, 0.405, 1.697, 2.988, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.697 std_dev=1.291
O3' A 0, 0.143, 1.707, 3.271, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.707 std_dev=1.564
O3' B 0, 0.338, 1.967, 3.595, 4.213 max_d=4.213 avg_d=1.967 std_dev=1.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.35 0.01 0.21 0.73 0.13 0.26
C2 0.02 0.00 0.14 0.26 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.15 0.06 0.15 1.05 0.48 0.27
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.25 0.05 0.04 0.14 0.11 0.19 0.00 0.02 0.01 0.59 0.80 0.45 0.66
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.47 0.01 0.50 0.02 0.42 0.28 0.37 0.52 0.12 0.02 0.01 0.04 0.10 0.09 0.15 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.47 0.00 0.14 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.21 0.04 0.21 1.23 0.88 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.10 0.15 0.04 0.35 0.02 0.00 0.02 0.09 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.50 0.00 0.16 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.04 0.25 1.24 0.90 0.20
C5' 0.11 0.09 0.25 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.09 0.13 0.11 0.11 0.25 0.02 0.01 0.18 0.43 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.21 0.05 0.18 1.12 0.63 0.20
N1 0.01 0.01 0.04 0.28 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.07 0.02 0.13 0.99 0.40 0.24
N3 0.02 0.00 0.14 0.37 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.05 0.06 0.15 1.16 0.69 0.25
N4 0.02 0.01 0.11 0.52 0.00 0.15 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.29 0.05 0.25 1.26 1.03 0.22
O2 0.04 0.01 0.19 0.12 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.39 0.08 0.20 0.96 0.35 0.30
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.31 0.35 0.28 0.11 0.23 0.20 0.31 0.32 0.25 0.00 0.06 0.23 0.43 0.60 0.39 0.53
O3' 0.35 0.15 0.02 0.01 0.21 0.02 0.31 0.25 0.21 0.07 0.05 0.29 0.39 0.06 0.00 0.26 0.17 0.49 0.11 0.23
O4' 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.23 0.26 0.00 0.10 0.42 0.17 0.08
O5' 0.21 0.15 0.59 0.10 0.21 0.02 0.25 0.01 0.18 0.13 0.15 0.25 0.20 0.43 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.73 1.05 0.80 0.09 1.23 0.09 1.24 0.18 1.12 0.99 1.16 1.26 0.96 0.60 0.49 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.48 0.45 0.15 0.88 0.22 0.90 0.43 0.63 0.40 0.69 1.03 0.35 0.39 0.11 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.27 0.66 0.10 0.22 0.02 0.20 0.01 0.20 0.24 0.25 0.22 0.30 0.53 0.23 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.15 0.15 0.16 0.15 0.14 0.15 0.12 0.12 0.14 0.22 0.11 0.19 0.21 0.16 0.11 0.13 0.12 0.12
C2 0.15 0.09 0.26 0.26 0.10 0.17 0.10 0.16 0.12 0.12 0.10 0.13 0.09 0.28 0.38 0.17 0.14 0.17 0.13 0.13
C2' 0.21 0.10 0.30 0.30 0.24 0.29 0.20 0.26 0.12 0.11 0.18 0.34 0.14 0.42 0.43 0.23 0.16 0.18 0.13 0.11
C3' 0.68 0.53 0.66 0.67 0.39 0.75 0.43 0.75 0.50 0.56 0.43 0.35 0.60 0.75 0.72 0.74 0.65 0.66 0.52 0.60
C4 0.15 0.09 0.26 0.24 0.10 0.15 0.10 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.27 0.34 0.17 0.13 0.15 0.13 0.13
C4' 0.18 0.10 0.14 0.13 0.19 0.21 0.15 0.22 0.10 0.11 0.15 0.28 0.14 0.20 0.15 0.24 0.15 0.16 0.12 0.12
C5 0.15 0.09 0.16 0.15 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.17 0.19 0.16 0.12 0.14 0.12 0.13
C5' 0.09 0.13 0.09 0.10 0.30 0.11 0.27 0.12 0.18 0.11 0.23 0.39 0.09 0.11 0.10 0.14 0.11 0.10 0.19 0.12
C6 0.15 0.10 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.19 0.12 0.17 0.17 0.16 0.12 0.14 0.13 0.13
N1 0.15 0.09 0.18 0.18 0.13 0.16 0.11 0.15 0.12 0.11 0.12 0.17 0.10 0.21 0.25 0.17 0.12 0.14 0.12 0.12
N3 0.15 0.10 0.30 0.30 0.10 0.17 0.11 0.16 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.32 0.44 0.18 0.15 0.17 0.14 0.14
N4 0.15 0.13 0.32 0.29 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.14 0.31 0.40 0.18 0.14 0.16 0.15 0.14
O2 0.16 0.09 0.29 0.30 0.10 0.19 0.10 0.18 0.13 0.12 0.11 0.13 0.09 0.32 0.45 0.18 0.16 0.19 0.14 0.15
O2' 0.32 0.31 0.21 0.22 0.41 0.30 0.43 0.33 0.40 0.35 0.35 0.45 0.26 0.21 0.20 0.37 0.35 0.39 0.46 0.45
O3' 0.61 0.49 0.50 0.53 0.43 0.68 0.46 0.71 0.50 0.53 0.43 0.41 0.52 0.55 0.53 0.72 0.63 0.66 0.56 0.62
O4' 0.15 0.14 0.14 0.14 0.19 0.14 0.17 0.13 0.14 0.14 0.17 0.24 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12
O5' 0.32 0.31 0.31 0.29 0.31 0.34 0.29 0.35 0.27 0.29 0.32 0.35 0.36 0.35 0.33 0.35 0.31 0.30 0.28 0.28
OP1 1.22 1.26 1.30 1.32 1.28 1.20 1.32 1.16 1.32 1.28 1.26 1.23 1.20 1.23 1.32 1.14 1.23 1.22 1.27 1.22
OP2 1.25 1.24 1.19 1.18 1.11 1.26 1.11 1.28 1.16 1.22 1.20 1.02 1.27 1.20 1.17 1.28 1.23 1.21 1.13 1.20
P 0.16 0.19 0.19 0.18 0.33 0.17 0.33 0.18 0.27 0.20 0.26 0.39 0.16 0.19 0.20 0.16 0.23 0.23 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.05 0.07 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.08 0.17 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.12 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.10 0.06 0.13 0.12 0.15 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.10 0.12 0.16 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.11 0.12 0.15 0.13
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.09 0.09 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.05 0.09 0.09 0.14 0.11
N4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.17 0.05 0.11 0.14 0.18 0.16
O2 0.03 0.00 0.17 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.11 0.08 0.17 0.00 0.08 0.04 0.05 0.09 0.08 0.04
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.14 0.03 0.12 0.04 0.11 0.05 0.16 0.17 0.18 0.08 0.00 0.02 0.09 0.16 0.14 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.11 0.10
O5' 0.05 0.07 0.07 0.08 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.07 0.05 0.09 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.09 0.12 0.12 0.06 0.12 0.06 0.09 0.07 0.09 0.14 0.07 0.09 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.12 0.12 0.12 0.16 0.03 0.15 0.01 0.12 0.10 0.14 0.18 0.11 0.08 0.14 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.07 0.09 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.16 0.08 0.04 0.11 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00