ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 3, 1, 1, 0, 1, 1, 3, 3, 3, 3, 1, 4, 8, 5, 8, 3, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.034 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.032 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.024, 0.109, 0.194, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.109 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.015, 0.114, 0.212, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.114 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.031, 0.160, 0.289, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.160 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.042, 0.172, 0.302, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.172 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.043, 0.191, 0.340, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.191 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.248, 0.449, 0.651, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.449 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.107, 0.315, 0.522, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.315 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.094, 0.316, 0.539, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.316 std_dev=0.223
P A 0, 0.461, 0.788, 1.116, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.788 std_dev=0.327
OP2 A 0, 0.555, 0.915, 1.274, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.915 std_dev=0.359
O2 B 0, 0.448, 0.816, 1.183, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.816 std_dev=0.368
N3 B 0, 0.478, 0.854, 1.229, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.854 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.476, 0.864, 1.251, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.864 std_dev=0.388
C2 B 0, 0.464, 0.881, 1.298, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.881 std_dev=0.417
OP1 A 0, 0.599, 1.038, 1.477, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.038 std_dev=0.439
C4 B 0, 0.657, 1.156, 1.654, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.156 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.576, 1.103, 1.630, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.103 std_dev=0.527
N4 B 0, 0.628, 1.160, 1.691, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.160 std_dev=0.532
N1 B 0, 0.665, 1.223, 1.781, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.223 std_dev=0.558
C1' B 0, 0.727, 1.331, 1.936, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.331 std_dev=0.604
C5 B 0, 0.884, 1.561, 2.239, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.561 std_dev=0.678
C6 B 0, 0.876, 1.573, 2.270, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.573 std_dev=0.697
C3' B 0, 1.019, 1.907, 2.794, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.907 std_dev=0.887
O4' B 0, 1.169, 2.103, 3.036, 3.143 max_d=3.143 avg_d=2.103 std_dev=0.933
O3' B 0, 1.190, 2.231, 3.271, 3.413 max_d=3.413 avg_d=2.231 std_dev=1.040
C4' B 0, 1.264, 2.317, 3.371, 3.524 max_d=3.524 avg_d=2.317 std_dev=1.054
OP2 B 0, 1.265, 2.412, 3.559, 3.969 max_d=3.969 avg_d=2.412 std_dev=1.147
O5' B 0, 1.524, 2.786, 4.048, 4.209 max_d=4.209 avg_d=2.786 std_dev=1.262
P B 0, 1.500, 2.832, 4.165, 4.416 max_d=4.416 avg_d=2.832 std_dev=1.333
C5' B 0, 1.707, 3.091, 4.475, 4.511 max_d=4.511 avg_d=3.091 std_dev=1.384
OP1 B 0, 1.666, 3.081, 4.495, 4.782 max_d=4.782 avg_d=3.081 std_dev=1.415

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.08 0.09 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.13 0.13 0.15 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.12 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.07 0.08 0.10 0.02 0.01 0.02 0.09 0.15 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.04 0.16 0.17 0.19 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.17 0.16 0.18 0.16
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.15 0.13 0.14 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.11 0.12 0.09
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.15 0.15 0.18 0.13
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.10 0.04 0.17 0.19 0.22 0.18
O2 0.04 0.01 0.11 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.13 0.05 0.12 0.13 0.14 0.10
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.09 0.04
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.09 0.04 0.10 0.10 0.13 0.05 0.00 0.02 0.13 0.21 0.18 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.11 0.12 0.12 0.12
O5' 0.08 0.13 0.06 0.09 0.16 0.02 0.17 0.01 0.15 0.12 0.15 0.17 0.12 0.04 0.13 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.13 0.12 0.15 0.17 0.08 0.16 0.09 0.13 0.11 0.15 0.19 0.13 0.10 0.21 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.15 0.12 0.14 0.19 0.05 0.18 0.03 0.14 0.12 0.18 0.22 0.14 0.09 0.18 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.06 0.10 0.16 0.02 0.16 0.02 0.12 0.09 0.13 0.18 0.10 0.04 0.15 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.11 0.13 0.28 0.16 0.23 0.17 0.20 0.21 0.29 0.34 0.29 0.21 0.31 0.30 0.30 0.33 0.20 0.28
C2 0.20 0.17 0.13 0.17 0.18 0.18 0.15 0.19 0.14 0.15 0.19 0.22 0.21 0.22 0.33 0.27 0.23 0.28 0.15 0.21
C2' 0.29 0.29 0.12 0.12 0.29 0.26 0.26 0.29 0.25 0.27 0.30 0.33 0.31 0.21 0.25 0.39 0.35 0.40 0.23 0.33
C3' 0.37 0.37 0.19 0.18 0.37 0.35 0.35 0.40 0.35 0.36 0.38 0.40 0.38 0.25 0.23 0.48 0.48 0.52 0.35 0.46
C4 0.20 0.16 0.11 0.11 0.16 0.16 0.15 0.17 0.15 0.16 0.17 0.19 0.19 0.21 0.23 0.26 0.28 0.32 0.16 0.24
C4' 0.30 0.34 0.12 0.11 0.38 0.24 0.34 0.28 0.30 0.31 0.38 0.43 0.35 0.20 0.24 0.39 0.44 0.46 0.34 0.43
C5 0.24 0.25 0.14 0.12 0.25 0.19 0.23 0.21 0.22 0.23 0.25 0.26 0.28 0.22 0.21 0.30 0.39 0.40 0.25 0.35
C5' 0.30 0.36 0.15 0.15 0.43 0.26 0.39 0.31 0.34 0.33 0.41 0.49 0.35 0.20 0.23 0.40 0.50 0.51 0.42 0.50
C6 0.24 0.27 0.12 0.11 0.29 0.18 0.25 0.20 0.23 0.24 0.29 0.32 0.30 0.21 0.24 0.31 0.38 0.39 0.26 0.35
N1 0.21 0.23 0.11 0.12 0.25 0.16 0.21 0.17 0.18 0.19 0.26 0.29 0.27 0.21 0.28 0.29 0.29 0.33 0.19 0.27
N3 0.20 0.14 0.14 0.17 0.15 0.19 0.14 0.19 0.14 0.14 0.16 0.18 0.17 0.22 0.30 0.26 0.22 0.28 0.16 0.21
N4 0.19 0.14 0.12 0.11 0.15 0.16 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.21 0.21 0.24 0.27 0.31 0.16 0.23
O2 0.20 0.15 0.17 0.22 0.17 0.22 0.13 0.23 0.13 0.14 0.18 0.22 0.19 0.24 0.39 0.28 0.21 0.28 0.17 0.20
O2' 0.26 0.27 0.11 0.12 0.29 0.23 0.24 0.25 0.22 0.24 0.30 0.33 0.30 0.21 0.30 0.37 0.30 0.36 0.19 0.28
O3' 0.43 0.40 0.25 0.25 0.40 0.44 0.40 0.49 0.40 0.41 0.40 0.42 0.41 0.29 0.27 0.56 0.53 0.59 0.40 0.52
O4' 0.24 0.30 0.11 0.13 0.35 0.16 0.30 0.18 0.25 0.25 0.35 0.41 0.33 0.20 0.29 0.31 0.36 0.38 0.28 0.35
O5' 0.35 0.42 0.22 0.23 0.49 0.32 0.46 0.38 0.42 0.39 0.47 0.54 0.39 0.22 0.24 0.44 0.55 0.56 0.48 0.56
OP1 0.39 0.45 0.26 0.28 0.57 0.40 0.55 0.48 0.49 0.44 0.52 0.63 0.38 0.25 0.24 0.50 0.67 0.69 0.64 0.70
OP2 0.37 0.44 0.27 0.30 0.57 0.37 0.54 0.45 0.48 0.43 0.52 0.62 0.36 0.26 0.26 0.45 0.65 0.65 0.60 0.65
P 0.34 0.41 0.23 0.24 0.52 0.33 0.49 0.40 0.43 0.39 0.48 0.58 0.35 0.23 0.23 0.43 0.60 0.60 0.54 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.19 0.19 0.19 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.07 0.42 0.36 0.21 0.34
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.13 0.00 0.03 0.02 0.25 0.30 0.10 0.19
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.14 0.07 0.09 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.33 0.39 0.11 0.28
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.64 0.54 0.46 0.58
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.26 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.05 0.69 0.57 0.47 0.62
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.11 0.09 0.13 0.16 0.11 0.07 0.04 0.01 0.01 0.19 0.32 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.18 0.06 0.60 0.47 0.29 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.42 0.34 0.17 0.31
N3 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.06 0.53 0.45 0.33 0.46
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.69 0.61 0.56 0.66
O2 0.04 0.01 0.13 0.09 0.02 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.13 0.11 0.31 0.28 0.17 0.24
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.03 0.10 0.06 0.17 0.00 0.07 0.07 0.08 0.23 0.16 0.09
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.13 0.02 0.19 0.04 0.18 0.07 0.10 0.15 0.13 0.07 0.00 0.02 0.26 0.45 0.23 0.31
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.11 0.07 0.02 0.00 0.06 0.10 0.36 0.11
O5' 0.19 0.42 0.25 0.33 0.64 0.02 0.69 0.01 0.60 0.42 0.53 0.69 0.31 0.08 0.26 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.36 0.30 0.39 0.54 0.16 0.57 0.19 0.47 0.34 0.45 0.61 0.28 0.23 0.45 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.21 0.10 0.11 0.46 0.26 0.47 0.32 0.29 0.17 0.33 0.56 0.17 0.16 0.23 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.34 0.19 0.28 0.58 0.03 0.62 0.03 0.48 0.31 0.46 0.66 0.24 0.09 0.31 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00