ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, -0.005, 0.013, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.005, 0.020, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.025
C6 A 0, -0.005, 0.021, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.004, 0.022, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.026
C4 A 0, -0.005, 0.022, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.049 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.012, 0.063, 0.114, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.063 std_dev=0.051
C5' A 0, 0.021, 0.074, 0.127, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.074 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.001, 0.059, 0.117, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.059 std_dev=0.058
O2 A 0, -0.005, 0.054, 0.113, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.054 std_dev=0.059
O5' A 0, 0.017, 0.087, 0.157, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.087 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.017, 0.102, 0.187, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.102 std_dev=0.085
N4 A 0, -0.018, 0.075, 0.167, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.075 std_dev=0.093
O2' A 0, -0.015, 0.104, 0.223, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.104 std_dev=0.119
P A 0, 0.015, 0.159, 0.304, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.159 std_dev=0.145
OP2 A 0, -0.028, 0.273, 0.575, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.273 std_dev=0.302
OP1 A 0, -0.021, 0.318, 0.657, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.318 std_dev=0.339
O2' B 0, -0.056, 0.364, 0.784, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.364 std_dev=0.420
C2' B 0, -0.052, 0.408, 0.869, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.408 std_dev=0.461
C1' B 0, -0.062, 0.426, 0.914, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.426 std_dev=0.488
N1 B 0, -0.078, 0.445, 0.968, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.445 std_dev=0.523
C6 B 0, -0.079, 0.471, 1.020, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.471 std_dev=0.549
C2 B 0, -0.109, 0.452, 1.014, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.452 std_dev=0.562
O2 B 0, -0.117, 0.476, 1.069, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.476 std_dev=0.593
N3 B 0, -0.137, 0.466, 1.070, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.466 std_dev=0.603
C5 B 0, -0.113, 0.498, 1.108, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.498 std_dev=0.611
C4 B 0, -0.142, 0.491, 1.123, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.491 std_dev=0.632
OP2 B 0, -0.073, 0.586, 1.245, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.586 std_dev=0.659
C3' B 0, -0.089, 0.575, 1.240, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.575 std_dev=0.664
O4' B 0, -0.102, 0.565, 1.231, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.565 std_dev=0.667
N4 B 0, -0.169, 0.544, 1.258, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.544 std_dev=0.714
C4' B 0, -0.110, 0.640, 1.390, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.640 std_dev=0.750
O3' B 0, -0.117, 0.654, 1.425, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.654 std_dev=0.771
O5' B 0, -0.132, 0.749, 1.631, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.749 std_dev=0.882
P B 0, -0.123, 0.771, 1.665, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.771 std_dev=0.894
C5' B 0, -0.142, 0.784, 1.709, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.784 std_dev=0.926
OP1 B 0, -0.141, 0.896, 1.934, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.896 std_dev=1.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.05
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.23 0.10
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.16 0.27 0.14
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.16 0.27 0.14
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.23 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.21 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.13 0.26 0.12
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.07 0.18 0.28 0.15
O2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.22 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.09 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.14 0.04
O5' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.01 0.09 0.01 0.03 0.16 0.08 0.16 0.09 0.11 0.07 0.13 0.18 0.07 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02
OP2 0.15 0.23 0.06 0.01 0.27 0.04 0.27 0.03 0.23 0.21 0.26 0.28 0.22 0.06 0.09 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.03 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.15 0.09 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.26 0.03 0.02 0.35 0.09 0.32 0.11 0.27 0.23 0.33 0.40 0.22 0.06 0.06 0.16 0.11 0.12 0.06 0.08
C2 0.10 0.17 0.00 0.02 0.24 0.02 0.23 0.03 0.19 0.16 0.21 0.27 0.12 0.08 0.09 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01
C2' 0.16 0.27 0.04 0.04 0.33 0.11 0.29 0.13 0.24 0.22 0.32 0.37 0.25 0.04 0.03 0.17 0.13 0.15 0.05 0.09
C3' 0.22 0.33 0.09 0.11 0.39 0.19 0.35 0.22 0.30 0.29 0.38 0.43 0.32 0.01 0.03 0.25 0.22 0.23 0.11 0.18
C4 0.10 0.13 0.04 0.03 0.21 0.05 0.23 0.06 0.20 0.15 0.17 0.23 0.03 0.04 0.01 0.08 0.07 0.08 0.01 0.03
C4' 0.23 0.36 0.09 0.10 0.45 0.18 0.42 0.22 0.35 0.32 0.43 0.51 0.31 0.02 0.01 0.26 0.22 0.22 0.15 0.19
C5 0.19 0.24 0.09 0.10 0.32 0.15 0.33 0.16 0.29 0.25 0.29 0.34 0.16 0.01 0.04 0.19 0.16 0.16 0.08 0.12
C5' 0.30 0.42 0.15 0.17 0.53 0.26 0.50 0.31 0.43 0.39 0.50 0.59 0.37 0.04 0.07 0.34 0.31 0.31 0.23 0.29
C6 0.20 0.28 0.08 0.09 0.36 0.15 0.35 0.17 0.31 0.27 0.33 0.39 0.22 0.01 0.02 0.21 0.17 0.17 0.10 0.14
N1 0.15 0.24 0.04 0.03 0.32 0.09 0.30 0.11 0.26 0.22 0.29 0.36 0.19 0.05 0.04 0.15 0.11 0.12 0.05 0.08
N3 0.06 0.10 0.01 0.03 0.18 0.01 0.18 0.00 0.15 0.11 0.15 0.21 0.04 0.08 0.08 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03
N4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.01 0.16 0.01 0.14 0.07 0.05 0.14 0.15 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03
O2 0.08 0.16 0.02 0.05 0.22 0.01 0.20 0.00 0.16 0.14 0.20 0.26 0.12 0.09 0.12 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02
O2' 0.12 0.25 0.01 0.02 0.32 0.05 0.27 0.07 0.21 0.19 0.31 0.37 0.23 0.08 0.09 0.12 0.08 0.09 0.01 0.04
O3' 0.22 0.34 0.10 0.12 0.39 0.20 0.35 0.24 0.30 0.29 0.39 0.43 0.34 0.02 0.05 0.26 0.24 0.25 0.12 0.19
O4' 0.19 0.31 0.06 0.05 0.42 0.13 0.39 0.15 0.33 0.28 0.39 0.48 0.25 0.04 0.04 0.20 0.16 0.16 0.11 0.14
O5' 0.36 0.48 0.23 0.26 0.57 0.35 0.54 0.40 0.48 0.45 0.55 0.61 0.43 0.12 0.17 0.42 0.40 0.39 0.29 0.36
OP1 0.61 0.74 0.44 0.51 0.85 0.63 0.82 0.71 0.76 0.71 0.82 0.91 0.67 0.31 0.41 0.70 0.72 0.72 0.61 0.70
OP2 0.59 0.69 0.48 0.53 0.78 0.59 0.76 0.64 0.71 0.67 0.76 0.80 0.63 0.38 0.47 0.63 0.64 0.61 0.50 0.59
P 0.47 0.59 0.34 0.38 0.70 0.48 0.68 0.54 0.61 0.57 0.67 0.75 0.53 0.22 0.30 0.54 0.54 0.52 0.43 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.08
C2 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.19 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.19 0.27 0.17
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05 0.10 0.22 0.28 0.21
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.06 0.10 0.17 0.22 0.19
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.17 0.12
N3 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.05 0.13 0.23 0.13
N4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.22 0.29 0.18
O2 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.12 0.09 0.02 0.03 0.16 0.06
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.01 0.04 0.03 0.13 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.15 0.10
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08
O5' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.08 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.07 0.19 0.05 0.22 0.05 0.17 0.09 0.13 0.22 0.03 0.10 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.19 0.01 0.07 0.27 0.01 0.28 0.00 0.22 0.17 0.23 0.29 0.16 0.03 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.01 0.04 0.17 0.01 0.21 0.00 0.19 0.12 0.13 0.18 0.06 0.02 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00