ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 0, 3, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.025, 0.043, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.001, 0.048, 0.095, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.048 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.009, 0.056, 0.103, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.056 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.018, 0.074, 0.130, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.074 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.004, 0.074, 0.144, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.074 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.007, 0.086, 0.165, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.086 std_dev=0.079
O5' A 0, 0.056, 0.149, 0.241, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.149 std_dev=0.092
C5' A 0, -0.010, 0.107, 0.223, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.107 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.003, 0.121, 0.240, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.121 std_dev=0.119
P A 0, 0.070, 0.209, 0.348, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.209 std_dev=0.139
OP2 A 0, 0.086, 0.240, 0.394, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.240 std_dev=0.154
OP1 A 0, 0.078, 0.249, 0.420, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.249 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.182, 0.396, 0.609, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.396 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.245, 0.472, 0.699, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.472 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.237, 0.514, 0.791, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.514 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.227, 0.525, 0.824, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.525 std_dev=0.298
C3' B 0, 0.259, 0.565, 0.871, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.565 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.180, 0.493, 0.805, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.493 std_dev=0.313
C2 B 0, 0.164, 0.494, 0.823, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.494 std_dev=0.329
N9 B 0, 0.218, 0.557, 0.895, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.557 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.188, 0.528, 0.868, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.528 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.142, 0.510, 0.878, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.510 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.164, 0.550, 0.936, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.550 std_dev=0.386
C8 B 0, 0.222, 0.614, 1.006, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.614 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.273, 0.665, 1.058, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.665 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.287, 0.688, 1.088, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.688 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.128, 0.528, 0.929, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.528 std_dev=0.401
N7 B 0, 0.192, 0.609, 1.026, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.609 std_dev=0.417
OP2 B 0, 0.344, 0.765, 1.186, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.765 std_dev=0.421
N6 B 0, 0.105, 0.543, 0.981, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.543 std_dev=0.438
P B 0, 0.294, 0.751, 1.209, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.751 std_dev=0.458
OP1 B 0, 0.304, 0.765, 1.226, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.765 std_dev=0.461
O5' B 0, 0.292, 0.769, 1.246, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.769 std_dev=0.477
C5' B 0, 0.316, 0.825, 1.333, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.825 std_dev=0.509

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.22 0.18 0.19 0.22 0.26 0.22 0.27 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.18 0.16 0.27 0.25 0.20 0.23 0.22
C2 0.23 0.23 0.19 0.20 0.23 0.27 0.23 0.27 0.23 0.23 0.22 0.23 0.22 0.23 0.23 0.17 0.17 0.28 0.26 0.19 0.23 0.22
C2' 0.21 0.22 0.17 0.17 0.21 0.24 0.21 0.25 0.22 0.21 0.22 0.22 0.22 0.21 0.21 0.17 0.16 0.26 0.23 0.19 0.21 0.21
C3' 0.17 0.18 0.14 0.14 0.18 0.21 0.18 0.21 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.16 0.14 0.23 0.20 0.17 0.20 0.18
C4 0.20 0.14 0.18 0.18 0.17 0.22 0.17 0.22 0.16 0.19 0.14 0.16 0.16 0.18 0.19 0.17 0.16 0.22 0.22 0.15 0.21 0.19
C4' 0.18 0.19 0.15 0.16 0.18 0.23 0.18 0.24 0.18 0.18 0.19 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.14 0.23 0.22 0.20 0.21 0.20
C5 0.18 0.13 0.17 0.17 0.16 0.21 0.16 0.21 0.14 0.17 0.13 0.14 0.14 0.17 0.17 0.18 0.16 0.21 0.21 0.16 0.21 0.19
C5' 0.15 0.15 0.12 0.13 0.14 0.20 0.14 0.20 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18
C6 0.19 0.16 0.17 0.18 0.17 0.23 0.17 0.23 0.17 0.18 0.16 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.16 0.23 0.22 0.18 0.22 0.20
N1 0.21 0.20 0.18 0.19 0.21 0.25 0.21 0.26 0.20 0.21 0.20 0.21 0.20 0.21 0.21 0.18 0.16 0.26 0.24 0.19 0.23 0.21
N3 0.23 0.20 0.19 0.20 0.22 0.25 0.22 0.25 0.21 0.23 0.20 0.22 0.20 0.22 0.23 0.17 0.17 0.27 0.24 0.17 0.23 0.21
N4 0.18 0.11 0.18 0.17 0.14 0.19 0.15 0.18 0.13 0.17 0.11 0.11 0.13 0.17 0.17 0.17 0.15 0.18 0.19 0.13 0.20 0.17
O2 0.25 0.27 0.20 0.21 0.26 0.29 0.27 0.30 0.27 0.26 0.27 0.27 0.26 0.26 0.26 0.17 0.17 0.31 0.28 0.21 0.25 0.25
O2' 0.22 0.26 0.17 0.18 0.24 0.26 0.24 0.27 0.25 0.23 0.26 0.24 0.26 0.24 0.23 0.17 0.16 0.28 0.24 0.20 0.22 0.22
O3' 0.17 0.19 0.13 0.14 0.17 0.21 0.18 0.20 0.18 0.16 0.19 0.18 0.18 0.17 0.17 0.15 0.14 0.22 0.19 0.17 0.19 0.18
O4' 0.20 0.20 0.17 0.18 0.20 0.25 0.20 0.26 0.20 0.20 0.20 0.20 0.20 0.20 0.20 0.18 0.16 0.26 0.24 0.21 0.22 0.22
O5' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.15 0.10 0.15 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.15 0.10 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14
OP1 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.16 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09
OP2 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.16 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09
P 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.15 0.07 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.11 0.03 0.03
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.11 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03 0.02
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.11 0.05 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.10 0.05 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.05
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.08 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.03 0.05
O5' 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.11 0.06 0.07 0.10 0.10 0.10 0.03 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.06 0.12 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.10 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00